本发明专利技术公开了一种花生早斑病抗性主效基因AhELSR1及其分子标记的应用。本发明专利技术首先利用混池转录组测序技术、连锁分析和数量性状位点精细定位鉴定并克隆了花生早斑病抗性主效基因AhELSR1，其序列如SEQ ID NO.1所示，发现该基因编码区在抗、感早斑病花生资源中存在5个差异SNP位点，分别位于花生基因组B02号染色体上第4186273、4187545、4187547、4187575和4187586位核苷酸，对应的碱基分别为G、C、A、C、C。具体的，当AhELSR1的序列中这5个SNP位点为G、G、C、A、A时，对应的花生表型为具备较强的早斑病抗性；当为A、G、G、A、G时，对应的花生表型为较弱的早斑病抗性。本发明专利技术提供的基因信息和SNP分子标记，可以辅助选择抗早斑病的花生材料，有利于推动抗早斑病花生品种的选育，提高育种效率。育种效率。育种效率。
【技术实现步骤摘要】
花生早斑病抗性主效基因AhELSR1及其分子标记的应用
[0001]本专利技术涉及分子遗传学
，具体涉及一种花生早斑病抗性主效基因及其分子标记的应用。
技术介绍
[0002]花生（Arachis hypogaea）是我国重要的油料和经济作物。由真菌Cercospora arachidicola引起的花生早斑病是危害花生生产的重要真菌病害之一，在我国的为害面积每年在100万公顷以上，尤其在南方的海南、广东、广西、福建、湖南、江西、浙江、江苏南部和安徽南部等地区普遍发生，受害花生一般减产10%~20%，严重时达50%以上。
[0003]培育和种植抗性花生品种是最为经济有效的早斑病防治途径。但采用传统育种方法进行抗性育种时，由于抗性田间鉴定易受光照、温度、湿度、降雨等多个因素的影响，结果波动大，需多年重复进行，从而导致抗性品种选育周期变长，育种进展十分缓慢。分子育种技术，其核心基础是鉴定相关性状的关键基因位点，明确基因到性状的作用机理，以其定向、精准、高效的优势，已经在提高花生的育种效率方面展现出了广阔应用前景。鉴定和克隆主效抗性基因，是进行花生早斑病抗性分子育种的前提。
[0004]目前，尽管国内外已对花生早斑病抗性基因开展了定位研究，鉴定一批早斑病抗性QTL，但多数QTL为微效QTL，或者不能被重复检测到，或QTL标记与目标基因的遗传距离较远，还难以用于早斑病抗性的定向改良。为了进一步提高早斑病抗性育种的效率，鉴定主效抗性基因，开发功能标记具有重要意义。
技术实现思路
[0005]本专利技术的目的是提供一种花生早斑病抗性主效基因AhELSR1及其分子标记的应用。
[0006]具体的，本专利技术提供基因AhELSR1在抗早斑病花生中的运用：所述基因的CDS序列如SEQ ID NO.1 所示。
[0007]本专利技术的第二方面，提供检测特异SNP的分子标记在鉴定或辅助鉴定花生早斑病抗性中的应用；所述特异SNP为花生基因组B02号染色体上第4186273、4187545、4187547、4187575和4187586位核苷酸；所述特异SNP为G/A，C/G，A/G，C/A, C/G多态。
[0008]本专利技术的第三方面，提供用于检测AhELSR1中SNP标记的引物对，其序列如SEQ ID NO.2
‑
3所示，所述特异SNP为花生基因组B02号染色体上第4186273、4187545、4187547、4187575和4187586位核苷酸；所述特异SNP为G/A，C/G，A/G，C/A, C/G多态。
[0009]本专利技术的第四方面，本专利技术请求保护含有上述引物对的试剂或试剂盒。
[0010]根据本领域技术人员的理解，本专利技术还请求保护上述的AhELSR1中SNP标记的引物对，或如SEQ ID NO .2
‑
3所示的引物对，或含有SEQ ID NO .2
‑
3所述的引物对的试剂或试剂盒，在检测花生早斑病抗性主效基因AhELSR1中的应用。
[0011]本专利技术的第五方面，提供上述的引物对，含有上述引物对的试剂或试剂盒，在以下
任一的应用：
[0012]（1）在花生种质资源鉴定、改良或分子标记辅助育种中的应用；
[0013]（2）在花生早斑病抗性早期预测中的应用；
[0014]（3）在筛选抗早斑病花生中的应用。
[0015]本专利技术的第六方面，提供一种鉴定或辅助鉴定花生早斑病抗性的方法，包括以下步骤：
[0016]（1）利用SEQ ID NO .2
‑
3所示引物对，对待测花生的DNA进行 PCR扩增；
[0017]（2）对PCR产物进行测序，分析PCR扩增产物中权利要求4所述的SNP标记的基因型，根据所述基因型判断待鉴定花生的早斑病抗性；
[0018]（3）若SNP分子标记B02号染色体上第4186273、4187545、4187547、4187575和4187586位核苷酸为G、C、A、C、C，待鉴定花生的早斑病抗性强；若SNP分子标记B02号染色体上第4186273、4187545、4187547、4187575和4187586位核苷酸为A、G、G、A、G，待鉴定花生的早斑病抗性弱。
[0019]本专利技术的有益效果在于：
[0020]（1） 本专利技术首次鉴定到花生早斑病抗性主效基因AhELSR1。
[0021]（2）基于发现的主效基因AhELSR1，本专利技术在该基因CDS区域筛选出了区分花生早斑病抗性的特异SNP位点，SNP在B02号染色体上第4186273、4187545、4187547、4187575和4187586位核苷酸为G、C、A、C、C。
[0022]（3）利用检测特异SNP的引物对，可以辅助选择抗早斑病的花生材料，有利于推动抗早斑病花生品种的选育，提高育种效率。
[0023]（4）本专利技术的SNP分子标记主要是检测是否含有早斑病抗性主效基因AhELSR1，含有AhELSR1位点的花生材料抵抗早斑病的能力更强。在育种应用中，可以将具有AhELSR1的材料做亲本进行杂交，在其后代中会产生含有或不含有AhELSR1的许多个体，通过标记辅助选择保留含有AhELSR1的个体材料，再从这些个体材料中再选择产量高、品质优的，最终就可以形成抗早斑病的花生新品种。
附图说明
[0024]图1为采用BSR
‑
seq和连锁分析对花生早斑病抗性基因的定位。
[0025]图2为早斑病抗性基因AhELSR1的精细定位。
[0026]图3为AhELSR1序列与其突变序列ahelsr1的CDS序列比对。
实施方式
[0027]应该指出，以下详细说明都是例示性的，旨在对本申请提供进一步的说明。除非另有指明，本文使用的所有技术和科学术语具有与本申请所属
的普通技术人员通常理解的相同含义。需要理解的是以下实施例的给出仅是为了起到说明的目的，并不是用于对本专利技术的范围进行限制。本领域的技术人员在不背离本专利技术的宗旨和精神的情况下，可以对本专利技术进行各种修改和替换。
[0028]下述实施例中所用的材料、试剂等，如无特殊说明，均可从商业途径得到。
[0029]实例1：花生早斑病抗性主效基因AhELSR1的定位
[0030]供试材料：以高感花生早斑病的品种中花10号为父本，高抗花生早斑病的种质12625为父本进行杂交，通过单籽粒传法获得包含140个单株的重组自交系（RIL）群体。
[0031]表型鉴定：2019、2020和2021年连续在中国热带农业科学院湛江实验站科研基地田间鉴定中花10号、ICG12625和RIL群体140个株系的早斑病抗性。采用完全随机区组实验设计，3次重复。每次重复每份材料种植1行15株，行距30厘米，株距10厘米。采取标准田间管理方式，整个生长期不使用杀菌剂。花生收获前按照《花生种质资源描述规范和数据标准》鉴定每份材料的发病等级，发病等级越高，本文档来自技高网...
【技术保护点】
【技术特征摘要】
1.花生早斑病抗性主效基因AhELSR1，其CDS序列如SEQ ID NO.1所示。2.包含基因AhELSR1的重组表达载体、重组菌和/或转基因细胞系在抗早斑病花生中的应用，所述基因AhELSR1，其CDS序列如SEQ ID NO.1所示。3.检测特异SNP的分子标记在鉴定或辅助鉴定花生早斑病抗性中的应用；所述特异SNP为花生基因组B02号染色体上第4186273、4187545、4187547、4187575和4187586位核苷酸；所述特异SNP为G/A，C/G，A/G，C/A, C/G多态。4.用于检测AhELSR1中SNP标记的引物对，其序列如SEQ ID NO.2
‑
3所示，所述特异SNP为花生基因组B02号染色体上第4186273、4187545、4187547、4187575和4187586位核苷酸；所述特异SNP为G/A，C/G，A/G，C/A, C/G多态。5.含有权利要求4所述引物对的试剂或试剂盒...
【专利技术属性】
技术研发人员：徐志军，黄莉，张雪姣，姜慧芳，邱勇辉，何喜娃，徐磊，李启彪，
申请(专利权)人：中国热带农业科学院湛江实验站，
类型：发明
国别省市：
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