基因终止子查询方法、装置、设备及可读存储介质制造方法及图纸

本申请提供一种基因终止子查询方法、装置、设备及可读存储介质，当需要确定任意一个物种的高效终止子序列时，本申请可获取目标生物的基因组文件、基因组注释文件或目标生物的高通量数据文件，这几个文件均可以反馈目标生物的高效终止子序列，因此，在获取这几个文件之后，可依据基因组文件以及基因组注释文件或依据目标生物的高通量数据文件，生成所述目标生物的终止子序列；并基于目标生物的终止子序列，确定目标生物的高效终止子序列。由此，本申请可针对任一物种的基因组文件以及基因组注释文件或物种的高通量数据文件来精准查找对应的物种的高效终止子序列，适应性较强，且查询效率和准确度较高，可以适应不同物种改造载体的需求。体的需求。体的需求。

【技术实现步骤摘要】
基因终止子查询方法、装置、设备及可读存储介质


[0001]本申请涉及数据处理
，尤其涉及一种基因终止子查询方法、装置、设备及可读存储介质。

技术介绍

[0002]在实际应用过程中，转录终止是基因表达的重要调控步骤，终止子是基因组上具有调控基因转录终止功能的一段序列，是保障基因正常转录表达所不可或缺的顺式作用元件。终止子经转录后位于mRNA的3
’
UTR区域内，并且通过自身的序列形成“发卡”结构，从而使RNA聚合酶II不能继续沿着DNA模板移动，协同其他蛋白因子释放模板和已经合成的RNA。由此可见，终止子在基因的转录表达过程中具有重要的调控作用。
[0003]近年来，合成生物学的快速发展使得研发一种高效、快速的终止子查找工具迫在眉睫。构建高效的遗传转化体系是合成生物学对底盘细胞进行改造最重要的一步，其中，启动子和终止子是遗传转化体系必不可少的组成部分，现有的终止子查询方法其适用性较低，一般只能适用于某一个单一的物种的终止子查询。低效的终止子不仅不能有效地终止转录，还会影响RNA聚合酶的循环使用及下一个表达盒的正常表本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种基因终止子查询方法，其特征在于，包括：获取目标生物的基因组文件和所述目标生物的基因组注释文件，或获取所述目标生物的高通量数据文件，其中，所述基因组文件包括至少一种基因信息，所述基因组注释文件包括至少一种信息；若获取的为所述基因组文件以及所述基因组注释文件，则依据所述基因组文件以及所述基因组注释文件，生成所述目标生物的终止子序列；若获取的为所述目标生物的高通量数据文件，则依据所述目标生物的高通量数据文件，生成所述目标生物的终止子序列；基于所述目标生物的终止子序列，确定所述目标生物的高效终止子序列。2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，该方法还包括：基于所述目标生物的高效终止子序列，生成所述目标生物对应的高效终止子报告。3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述依据所述基因组文件以及所述基因组注释文件，生成所述目标生物的终止子序列，包括：依据所述基因组文件以及所述基因组注释文件，获取所述目标生物的目标基因所在染色体的所有基因；将所述目标生物的目标基因所在染色体的所有基因进行排序，得到所述目标基因所在染色体的所有基因排序结果；依据所述目标基因所在染色体的所有基因排序结果，确定所述目标基因的终止子序列的起始坐标；依据所述目标基因的终止子序列的起始坐标及终止子序列的长度，确定所述目标生物的终止子序列。4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述依据所述目标生物的高通量数据文件，生成所述目标生物的终止子序列，包括：分析所述目标生物的高通量数据文件，确定所述目标生物的高通量转录组测序结果；依据所述目标生物的高通量转录组测序结果，得到所述目标生物的基因表达量文件，其中，所述基因表达量文件包含所述目标生物的基因编号和所述目标生物的基因表达量；依据所述基因表达量基因编号和所述目标生物的基因表达量，生成所述目标生物的终止子序列。5.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，所述基于所述目标生物的终止子序列，确定所述目标生物的高效终止子序列，包括：依据所述目标生物的终止子序列，确定所述目标生物的各个基因编号；依据所述目标生物的各个基因编号，查阅预设的全...

【专利技术属性】
技术研发人员：李达伟，李宏业，黄小龙，杨维东，黄丹，赖浩强，
申请(专利权)人：暨南大学，
类型：发明
国别省市：