暗纹东方鲀DNA指纹图谱及其应用制造技术

本发明专利技术公开了一种暗纹东方鲀的DNA指纹图谱及其应用。本发明专利技术所述的暗纹东方鲀的DNA指纹图谱包括84个特异性的SNP位点。本发明专利技术还公开了采用上述暗纹东方鲀的DNA指纹图谱在鉴定暗纹东方鲀中的应用。本发明专利技术提供的DNA指纹图谱库以及特定群体(江苏群体、广东群体、日本群体)暗纹东方鲀品种的DNA指纹图谱基于重测序得到，用于暗纹东方纯品种鉴定时，突破了传统的外观评定方法，可以更准确的追朔暗纹东鲀的群体来源，提供更加客观、准确的鉴定结果。准确的鉴定结果。准确的鉴定结果。

【技术实现步骤摘要】
暗纹东方鲀DNA指纹图谱及其应用


[0001]本专利技术涉及分子生物学研究领域，具体而言，本专利技术涉及一种暗纹东方鲀DNA指纹图谱及其应用。

技术介绍

[0002]暗纹东方鲀是我国重要的经济养殖河鲀品种，由于其肉质鲜美、营养价值高，深受消费者喜爱。暗纹东方鲀的主要分布在中国近海(东、黄、渤海)和长江中下游。由于长期的地理隔绝，不同地理群体之间遗传性状存在差异，为了了解暗纹东方鲀遗传背景、遗传结构以及群体之间的关系，就要对其进行群体区分。而仅从外观等表征上很难进行这项工作，因此制定更加精准的鉴定方法是十分有必要的。
[0003]DNA指纹图谱是指DNA样品用特定分子标记技术处理显示出具有特定DNA片段的总称。随着生物技术的进步与发展，DNA指纹图谱技术在品种资源多样性和品种鉴定研究中得到广泛的应用。其中，用于构建DNA指纹图谱的SNP分子标记具有多态性检出率高、基因组中分布广泛、结果稳定可靠等特点等优点。基于SNP标记的暗纹东方鲀DNA指纹图谱的构建为暗纹东方鲀品种的区别鉴定提供了准确、高效的依据。
[0004]目前，DNA指纹图谱技术在水产养殖品种上的应用并不多，以SNP分子标记来构建暗纹东方鲀DNA指纹图谱的更是未见报道。

技术实现思路

[0005]专利技术目的：本专利技术的目的是提供了一种用于鉴定暗纹东方鲀的DNA指纹图谱；本专利技术的另一目的是提供一种利用上述DNA指纹图谱鉴定暗纹东方鲀群体的鉴定方法。
[0006]技术方案：本专利技术所述的暗纹东方鲀的DNA指纹图谱，所述DNA指纹图谱包括84个SNP位点，所述SNP位点及该处的特异性核苷酸如下：
[0007][0008]。
[0009]本专利技术所述的一种上述暗纹东方鲀的DNA指纹图谱在鉴定暗纹东方鲀中的应用。
[0010]本专利技术所述的一种暗纹东方鲀的鉴定方法，包括以下步骤：检测待测鱼样本的基因组DNA中84个SNP位点处的核苷酸，并与权利要求1中所述的暗纹东方鲀的DNA指纹图谱中对应的84个SNP位点处的特异性核苷酸相比较，符合率≥95％时，则待测样本鉴定为暗纹东方鲀。
[0011]进一步地，所述待测鱼样本为鱼的尾鳍组织。具体地，所述待测鱼的基因组DNA从待测鱼的新鲜尾鳍组织中获得。
[0012]进一步地，所述鉴定方法包括以下步骤：
[0013](1)对待测鱼样本进行DNA提取及重测序；
[0014](2)对重测序后数据进行SNP位点筛选；所述筛选条件为设置位点缺失率为0和MAF值≥0.1进行过滤；然后再提取位点上下游100bp的序列进行拷贝数分析，保留位点上下游序列在基因组上是唯一的位点；再通过过滤位点杂合率＜0.1和平均深度＞5的位点；最后按照间隔＞4Mb进行筛选位点，得到待测鱼样本的SNP位点；
[0015](3)将步骤(2)中得到的SNP位点处的核苷酸与权力要求1中限定的暗纹东方鲀的DNA指纹图谱中SNP位点相比较，符合率≥95％时，则待测样本鉴定为暗纹东方鲀群体。
[0016]进一步地，待测鱼样品鉴定为暗纹东方鲀群体后，还包括鉴定暗纹东方鲀具体生活地区的步骤。
[0017]进一步地，鉴定暗纹东方鲀具体生活地区的步骤为计算样本间遗传距离，与该专利技术中样本进行亲缘关系比较分析，最终鉴定暗纹东方鲀具体生活地区为江苏、广东或日本。
[0018]江苏群体、广东群体、日本群体这3个地区有着优质暗纹东方鲀鱼种质资源，能为暗纹东方鲀新种质创制提供很好的育种材料。因此，本申请选择了利用这3个地理群体的暗纹东方鲀的DNA建立暗纹东方鲀的DNA指纹图谱。
[0019]进一步地，生活地区为江苏的暗纹东方鲀的DNA指纹图谱为：
[0020][0021]。
[0022]进一步地，生活地区为广东的暗纹东方鲀的DNA指纹图谱为：
[0023][0024]。
[0025]进一步地，生活地区为日本的暗纹东方鲀的DNA指纹图谱为：
[0026][0027]。
[0028]有益效果：与现有技术相比，本专利技术具有如下突出的显著优点：本申请通过对三个不同地区(江苏、广东、日本)的暗纹东方鲀进行重测序，构建的暗纹东方鲀的DNA指纹图谱更加全面，能够更加有效的进行暗纹东方鲀种质识别，与传统的群体鉴定方法相比，本方法更加客观、准确、可靠，可以实现暗纹东方鲀种质资源的精准化管理和高效利用。
附图说明
[0029]图1为样本测序的质量分布图；
[0030]图2为测序碱基含量分布图；
[0031]图3为84个SNP在染色体上的存在情况；
[0032]图4为三个不同地理群体暗纹东方鲀的遗传距离关系；
[0033]图5为验证未知地理群体暗纹东方鲀的遗传距离关系。
具体实施方式
[0034]下面结合附图对本专利技术的技术方案作进一步说明。
[0035]本专利技术的研究过程及原理在于：广泛收集不同地理群体暗纹东方鲀，构建基于重测序后的暗纹东方鲀DNA数据库，在该数据库中筛选和过滤暗纹东方鲀特异性位点，基于特异性位点计算样本间亲缘关系并作系统进化树。具体步骤包括：1、广泛收集江苏、群体、广东群体暗纹东方鲀；2、对收集的不同地理群体的暗纹东方鲀分别进行DNA提取，并对提取的DNA进行质量分析；3、对质控合格后的片段进行重测序；4、对重测序数据进行质量分布检测、碱基分布检测、污染检测；5、采用软件将各个样本的reads与参考基因组进行比对，设置合理的筛选过滤参数，构建暗纹东方鲀的特异位点(SNP位点)数据库；6、对SNP位点进行变异检测及统计。7、进行指纹图谱位点筛选；8、计算样本间亲缘关系并构建系统进化树；9、构建暗纹东方鲀SNP分子身份证。
[0036]实施例1暗纹东方鲀的DNA指纹图谱的建立
[0037]1、广泛收集不同地理群体暗纹东方鲀的尾鳍，其中江苏群体6条，记为A1
‑
A6；广东群体6条，记为B1
‑
B6；日本群体的暗纹东方鲀重测序数据来源于NCBI项目PRJDB3165，记为C1
‑
C6，无需质控和筛选，直接用于SNP位点进行变异检测及统计。
[0038]2、对收集到的尾鳍组织使用DNA提取试剂盒进行提取及质量检测。
[0039]使用诺维赞公司的DNA提取试剂盒(FastPure Cell/Tissue DNA Isolation Mini Kit，DC102
‑
01)进行DNA提取，根据说明书测OD值及浓度，并跑电泳检测质量后使用。其中OD
260
/OD
280
应在1.8
‑
2.0之间；样本量为2μl时，样本浓度需≥50ng/μl。DNA质量检测结果均合格。
[0040]3、对质控合格后的片段进行重测序。
[0041]使用MGISEQ T7测序仪进行测序，对检测合格的DNA样品随机打断，筛选符合要求的、适合大小的DNA片段。经纯化的DNA片段连接本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种暗纹东方鲀的DNA指纹图谱，所述DNA指纹图谱包括84个SNP位点，所述SNP位点及该处的特异性核苷酸如下：
。2.一种权利要求1所述暗纹东方鲀的DNA指纹图谱在鉴定暗纹东方鲀中的应用。3.一种暗纹东方鲀的鉴定方法，其特征在于，包括以下步骤：检测待测鱼样本的基因组DNA中84个SNP位点处的核苷酸，并与权利要求1中所述的暗纹东方鲀的DNA指纹图谱中对应的84个SNP位点处的特异性核苷酸相比较，符合率≥95％时，则待测鱼样本鉴定为暗纹东方鲀。4.根据权利要求3所述的暗纹东方鲀的鉴定方法，其特征在于，所述待测鱼样本为鱼的尾鳍组织。5.根据权利要求3所述的暗纹东方鲀的鉴定方法，其特征在于，所述鉴定方法具体包括以下步骤：(1)对待测鱼样本进行DNA提取及重测序；(2)对重测序后数据进行SNP位点筛选；所述筛选条件为设置位点缺失率为0和MAF值≥0.1进行过滤；然后再提取位点上下游100bp的序列进行拷贝数分析，保留位点上下游序列在基因组上是唯一的位点；再通过过滤位点杂合率＜0.1和平均深度＞5的位点；最...

【专利技术属性】
技术研发人员：王涛，张莹，尹绍武，商如华，褚鹏，
申请(专利权)人：南京师范大学，
类型：发明
国别省市：