高卢蜜环菌多态性微卫星分子标记及其引物与应用制造技术

本发明专利技术涉及一种高卢蜜环菌多态性微卫星分子标记及其引物与应用，属于分子技术领域，本发明专利技术公开了高卢蜜环菌多态性微卫星分子标记，其核苷酸序列如SEQ ID NO.1～12所示，本发明专利技术还公开了高卢蜜环菌多态性微卫星分子标记的引物，其核苷酸序列如SEQ ID NO.13～36所示。本发明专利技术的微卫星分子标记引物可用于高卢蜜环菌的遗传图谱的构建、目标基因的标定、指纹图谱的绘制、品种鉴定、谱系分析、群体间遗传距离分析、进化和遗传多样性及品种选育等。进化和遗传多样性及品种选育等。进化和遗传多样性及品种选育等。

【技术实现步骤摘要】
高卢蜜环菌多态性微卫星分子标记及其引物与应用


[0001]本专利技术属于分子生物学
，具体的说，涉及一种高卢蜜环菌多态性微卫星分子标记及其引物与应用。

技术介绍

[0002]蜜环菌是天麻栽培过程中必不可少的共生菌，直接影响天麻的产量、品质和经济效益。当前我国蜜环菌菌种市场十分混乱，存在菌株扩繁后随意冠名、市场品种混乱、市售菌种品质参差不齐等现象，天麻产区的各级职能部门对蜜环菌的品种优劣鉴定日益重视，但是天麻栽培中能使用的蜜环菌菌种鉴别特征十分有限，依据形态特征进行菌种识别极其困难。
[0003]高卢蜜环菌Armillaria gallica，生物学种属于CBSB，是目前天麻生产中使用最广泛的共生蜜环菌物种，针对该种开发一套快速有效的分子指纹品种鉴别系统，将有助于解决市售大部分蜜环菌菌种鉴别问题。
[0004]SSR(Simple Sequence Repeats)标记是近年来发展起来的一种以特异引物PCR为基础的分子标记技术，也称为微卫星DNA(Microsatellite DNA)，是一类由几个核苷酸（一般为1~6个）为重复单位组成的长达几十个核苷酸的串联重复序列。研究发现，微卫星中重复单位的数目存在高度变异，这些变异表现为微卫星数目的整倍性变异或重复单位序列中的序列有可能不完全相同，因而造成多个位点的多态性，将这些变异揭示出来，就能发现不同的SSR在不同的种甚至同种不同个体间的多态性。
[0005]目前，SSR分子标记以其多态性高、稳定性好、共显性、易于扩增以及标记丰富且分布于全基因组等特点，被广泛应用于遗传图谱的构建、目标基因的标定、指纹图谱的绘制、品种鉴定、谱系分析、群体间遗传距离分析、进化和遗传多样性等研究中。随着测序技术的发展，基因组、转录组以及基因组重测序成本越来越低，越来越多物种完成了基因组、转录组或者群体重测序，基于参考基因组、转录组或群体重测序基因组数据进行SSR标记开发极大缩短了SSR标记的开发时间和成本，同时极大提高了SSR标记开发成功率，使得基于群体基因组数据进行SSR分子标记开发成为未来SSR分子标记开发的主流方法。
[0006]本专利技术根据软件CandiSSR (Xia et al.，2016)预测出的高卢蜜环菌多态性微卫星位点，挑选出其中60个评分较为理想的微卫星位点，并根据收集的15个蜜环菌生物学种菌株的ITS/tef1
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a/β
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tubulin/LSU/rpb1/rpb2联合矩阵采用最大似然法构建的蜜环菌属分子系统发育树（如附图2所示），挑选出来源不同的81个高卢蜜环菌样本对这些位点的多态性进行初步验证。本专利技术为高卢蜜环菌的品种鉴定、谱系分析、群体间遗传距离分析、进化和遗传多样性等提供分子技术的支持，同时为其他蜜环菌物种微卫星的开发提供借鉴。

技术实现思路

[0007]为了克服
技术介绍
中存在的问题，本专利技术提供了高卢蜜环菌多态性微卫星分子标记及其引物与应用。
[0008]为实现上述目的，本专利技术是通过如下技术方案实现的：高卢蜜环菌多态性微卫星分子标记，所述的多态性微卫星分子标记为CBSB
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SSR120、CBSB
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SSR198、CBSB
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SSR208、CBSB
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SSR273、CBSB
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SSR353、CBSB
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SSR364、CBSB
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SSR431、CBSB
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SSR468、CBSB
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SSR495、CBSB
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SSR620、CBSB
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SSR648和CBSB
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SSR723，其核苷酸序列如SEQ ID NO. 1～12所示。
[0009]进一步的，所述的微卫星分子标记CBSB
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SSR120的重复序列为AT；所述的微卫星分子标记CBSB
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SSR198的重复序列为CAA；所述的微卫星分子标记CBSB
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SSR208的重复序列为CAC；所述的微卫星分子标记CBSB
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SSR273的重复序列为CGA；所述的微卫星分子标记CBSB
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SSR353的重复序列为CTG；所述的微卫星分子标记CBSB
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SSR364的重复序列为CTTC；所述的微卫星分子标记CBSB
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SSR431的重复序列为GAG；所述的微卫星分子标记CBSB
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SSR468的重复序列为GCA；所述的微卫星分子标记CBSB
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SSR495的重复序列为GGCA；所述的微卫星分子标记CBSB
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SSR620的重复序列为TCA；所述的微卫星分子标记CBSB
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SSR648的重复序列为TCG；所述的微卫星分子标记CBSB
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SSR723的重复序列为TGG。
[0010]本专利技术还提供一种高卢蜜环菌多态性微卫星分子标记的引物， CBSB
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SSR120的引物正和反向序列如SEQ ID NO.13和14所示；CBSB
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SSR198的引物正和反向序列如SEQ ID NO.15和16所示；CBSB
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SSR208的引物正和反向序列如SEQ ID NO.17和18所示；CBSB
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SSR273的引物正和反向序列如SEQ ID NO.19和20所示；CBSB
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SSR353的引物正和反向序列如SEQ ID NO.21和22所示；CBSB
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SSR364的引物正和反向序列如SEQ ID NO.23和24所示；CBSB
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SSR431的引物正和反向序列如SEQ ID NO.25和26所示；CBSB
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SSR468的引物正和反向序列如SEQ ID NO.27和28所示；CBSB
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SSR495的引物正和反向序列如SEQ ID NO.29和30所示；CBSB
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SSR620的引物正和反向序列如SEQ ID NO.31和32所示；CBSB
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SSR648的引物正和反向序列如SEQ ID NO.33和34所示；CBSB
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SSR723的引物正和反向序列如SEQ ID NO.35和36所示。
[0011]进一步的，微卫星分子标记CBSB
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SSR620的引物对的荧光标记为TAMRA，微卫星分子标记CBSB
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SSR208和CBSB
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SSR723的引物对的荧光标记HEX，所述的微卫星分子标记CBSB
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SSR120、CBSB
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SSR198、CBSB
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SSR364、CBSB
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SSR648的引物对的荧光标记为本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.高卢蜜环菌多态性微卫星分子标记，其特征在于：所述的微卫星分子标记为CBSB
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SSR120、CBSB
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SSR198、CBSB
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SSR208、CBSB
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SSR273、CBSB
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SSR353、CBSB
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SSR364、CBSB
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SSR431、CBSB
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SSR468、CBSB
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SSR495、CBSB
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SSR620、CBSB
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SSR648和CBSB
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SSR723，其核苷酸序列如SEQ ID NO. 1～12所示。2.根据权利要求1所述的高卢蜜环菌多态性微卫星分子标记，其特征在于：所述的微卫星分子标记CBSB
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SSR120的重复序列为AT；所述的微卫星分子标记CBSB
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SSR198的重复序列为CAA；所述的微卫星分子标记CBSB
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SSR208的重复序列为CAC；所述的微卫星分子标记CBSB
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SSR273的重复序列为CGA；所述的微卫星分子标记CBSB
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SSR353的重复序列为CTG；所述的微卫星分子标记CBSB
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SSR364的重复序列为CTTC；所述的微卫星分子标记CBSB
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SSR431的重复序列为GAG；所述的微卫星分子标记CBSB
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SSR468的重复序列为GCA；所述的微卫星分子标记CBSB
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SSR495的重复序列为GGCA；所述的微卫星分子标记CBSB
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SSR620的重复序列为TCA；所述的微卫星分子标记CBSB
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SSR648的重复序列为TCG；所述的微卫星分子标记CBSB
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SSR723的重复序列为TGG。3.根据权利要求1或2任一项所述的高卢蜜环菌多态性微卫星分子标记的引物，其特征在于：CBSB
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SSR120的引物正和反向序列如SEQ ID NO.13和14所示；CBSB
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SSR198的引物正和反向序列如SEQ ID N...

【专利技术属性】
技术研发人员：刘建伟，于富强，杨祝良，田孟华，徐鑫，
申请(专利权)人：中国科学院昆明植物研究所，
类型：发明
国别省市：