一种肿瘤微环境中解耦耗竭性T细胞的系统技术方案

本发明专利技术涉及生物信息学技术领域，公开了一种肿瘤微环境中解耦耗竭性T细胞的系统，包括：对单细胞数据和空间转录组数据分别进行预处理；通过对预处理后的单细胞数据进行两次聚类分群和标记基因的计算，提取出肿瘤浸润性T细胞数据、耗竭性T细胞数据；对预处理后的肿瘤组织空间转录组数据进行聚类分群，得到若干个空间域；利用解卷积方法，在若干个空间域中识别出肿瘤浸润性T细胞的空间域，并在肿瘤浸润性T细胞的空间域中识别出耗竭性T细胞的空间域，并得到耗竭性T细胞在肿瘤浸润性T细胞中所占的比例。能够定位耗竭性T细胞在肿瘤微环境中的空间定位，从而进一步分析在不同肿瘤微环境下的结构与功能。下的结构与功能。下的结构与功能。

【技术实现步骤摘要】
一种肿瘤微环境中解耦耗竭性T细胞的系统


[0001]本专利技术涉及生物信息学
，特别是涉及一种肿瘤微环境中解耦耗竭性T细胞的系统。

技术介绍

[0002]本部分的陈述仅仅是提到了与本专利技术相关的
技术介绍
，并不必然构成现有技术。
[0003]单细胞转录组学和空间转录组学都属于转录组学范畴，是生命科学与计算机科学的交叉学科。转录组学领域的突破性进展已经为疾病和生物过程的研究带来了新的发现。免疫组学主要研究的是免疫相关的全套分子库，以及它们的作用靶分子及其功能。而肿瘤微环境中的特异性T细胞对于癌症的发展及转归至关重要，它们可有效促进肿瘤免疫疗法发挥功能。
[0004]专利技术人发现，现有对于免疫组学的研究主要围绕着单细胞技术展开。一般的实验方法是对正常组织和肿瘤组织进行单细胞测序，通过比较单细胞表达谱之间的差异来挖掘分子生物机制。这种方法的一个局限性在于，无法分析在同一个肿瘤组织下不同区域中的细胞行为，也就是说这种方法只能平均地比较正常组织和肿瘤组织的细胞行为差异，不能比较肿瘤组织内部不同区域的细胞行为差异。
[000本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种肿瘤微环境中解耦耗竭性T细胞的系统，其特征是，包括：数据获取模块，其被配置为：获取肿瘤组织的单细胞数据和空间转录组数据；预处理模块，其被配置为：对单细胞数据和空间转录组数据分别进行预处理；提取模块，其被配置为：通过对预处理后的单细胞数据进行两次聚类分群和标记基因的计算，在预处理后的单细胞数据中提取出肿瘤浸润性T细胞数据，并在肿瘤浸润性T细胞数据中提取出耗竭性T细胞数据；空间域划分模块，其被配置为：对预处理后的肿瘤组织空间转录组数据进行聚类分群，得到若干个空间域；T细胞定位模块，其被配置为：利用解卷积方法，将单细胞数据和肿瘤浸润性T细胞数据作为参考，在若干个空间域中识别出肿瘤浸润性T细胞的空间域；T细胞富集分析模块，其被配置为：利用解卷积方法，将肿瘤浸润性T细胞数据和耗竭性T细胞数据作为参考，在肿瘤浸润性T细胞的空间域中识别出耗竭性T细胞的空间域，并得到耗竭性T细胞在肿瘤浸润性T细胞中所占的比例。2.如权利要求1所述的一种肿瘤微环境中解耦耗竭性T细胞的系统，其特征是，所述预处理包括基因过滤、标准化、归一化和主成分分析。3.如权利要求1所述的一种肿瘤微环境中解耦耗竭性T细胞的系统，其特征是，所述提取模块包括第一标记基因识别模块；所述第一标记基因识别模块，其被配置为：对预处理后的单细胞数据进行聚类分群，得到若干个第一分群，并计算每个第一分群的标记基因。4.如权利要求3所述的一种肿瘤微环境中解耦耗竭性T细胞的系统，其特征是，所述第一标记基因识别模块包括过滤模块；所述过滤模块，其被配置为：针对某个第一分群，计算每一个基因在该第一分群和其他第一分群中的百分比和对数表达情况，进行基因过滤，得到过滤后的基因。5.如权利要求4所述的一种肿瘤微环境中解耦耗竭性T细胞的系统，其特征是，所述第一标记基因识别模块还包括检验模块；所述检验模块，其被配置为：针对某个第一分群，对过滤后的基因执行检验，得到p值，并对得到的p值进行校正后，对p值从小到大进行排序，选择排名靠前的若干个基因作为该第一分群的标记基因。6.如权利要求3所述的一种肿瘤微环境中解耦耗竭性T细胞的系统，其特征是，所述提取模块还包括肿瘤浸润性T细胞提取模块；所述肿瘤浸润性T细胞提取模块，其被配置为：基于所有第一分群的标记基因，结合标记基因数据库中存储的不同细胞的标记基因，在预处理后的单细胞数据中提取出肿瘤浸润性T细胞数据。7.如权利...

【专利技术属性】
技术研发人员：刘健，阮志涵，陈娇，
申请(专利权)人：南开大学，
类型：发明
国别省市：