一种检测茄子Saet源胞质雄性不育恢复基因的分子标记及引物制造技术

本发明专利技术公开了一种用于检测茄子Saet源胞质雄性不育恢复基因的SNP分子标记SmRf186。所述的SNP分子标记SmRf186位于茄子6号染色体的第1860648位碱基，上游引物1序列为SEQ ID NO：1，上游引物2序列为SEQ ID NO：2，下游引物序列为SEQ IDNO：3。本发明专利技术是基于茄子Saet源胞质雄性不育恢复基因的精细定位结果开发的SNP分子标记，检测周期短，通量高。本发明专利技术用于茄子Saet源胞质雄性不育恢复系的转育，可以进行快速检测，提高育种效率。提高育种效率。

【技术实现步骤摘要】
一种检测茄子Saet源胞质雄性不育恢复基因的分子标记及引物


[0001]本专利技术涉及一种检测茄子Saet源胞质雄性不育恢复基因的分子标记及引物，属于植物育种
，专用于茄子育种材料中来源于茄子Saet源胞质雄性不育恢复基因的分子检测。

技术介绍

[0002]茄子(Solanum melongena L.)起源于亚洲东南亚热带地区，古印度为最早驯化地。我国栽培茄子的历史悠久，一般认为中国是茄子第二起源地。茄子是我国栽培较广的茄果类蔬菜之一，它不仅具有较高的营养价值，且食用方法也多种多样，是一种可以鲜干结合、周年供应、经济实惠的大宗蔬菜，深受广大生产者和消费者的欢迎。
[0003]胞质雄性不育(cytoplasmic male sterility,CMS)在作物杂种优势利用中具有重要价值，茄子杂交品种在生产中广泛应用。目前，茄子杂交品种均由2个自交系配组而成，杂交制种需要人工去雄，耗时费工，种子生产成本高。即使是人工去雄，也会发生去雄前花药少量散粉而导致的自交现象，影响种子纯度。胞质雄性不育系的利用可有效地克服自交系制种的不足。因此，胞质雄性不育的应用对茄子杂种优势的利用具有重要的意义。
[0004]已报道的茄子胞质雄性不育均为异源胞质雄性不育，但尚无实际应用于杂交品种选育的报道，其主要原因是缺少恢复系(Yoshimi et al.,2013)。研究表明，S.aethiopicum Aculeatum Group(Saet源)是茄子胞质雄性不育基因和恢复基因的理想供体(Khan et al.,2014)，但在实际应用中尚需解决的关键问题之一是如何建立高效的雄性不育恢复系选育技术，提高选择效率。常规育种过程中茄子Saet源胞质雄性不育恢复系选育田间鉴定检测方法所需时间长、消耗大、准确性较低，缺乏高效检测的分子标记。因此，迫切需要建立一种高效稳定可靠的茄子Saet源胞质雄性不育恢复系的鉴定与选育技术方法。

技术实现思路

[0005]针对上述问题，本专利技术在对茄子Saet源胞质雄性不育恢复基因精细定位的基础上，研究开发了一种与茄子Saet源胞质雄性不育恢复基因紧密连锁的高通量SNP分子标记SmRf186，用于对茄子Saet源胞质雄性不育恢复基因的分子检测。
[0006]技术方案
[0007]一种检测茄子Saet源胞质雄性不育恢复基因的分子标记，其特征在于，所述的SNP标记SmRf186位于茄子基因组的6号染色体1860648位置的碱基为C或G。所述SNP标记处碱基是G的为茄子Saet源胞质雄性不育恢复系，所述的SNP标记处碱基是C的为茄子Saet源胞质雄性不育保持系。
[0008]所述的分子标记SmRf186的PCR特异性引物，其特征在于：上游引物1为SEQ ID NO：1，上游引物2为SEQ ID NO：2，下游引物为SEQ ID NO：3。
[0009]所述的分子标记SmRf186的PCR特异性引物，其特征在于：所述上游引物1和上游引
物2的5
’
端加有荧光标签序列。
[0010]所述的分子标记SmRf186的PCR特异性引物，其特征在于：所述上游引物1的5
’
端加有FAM荧光标签序列，所述上游引物2的5
’
端加有HEX荧光标签序列。
[0011]所述的分子标记SmRf186的PCR特异性引物，其特征在于：所述FAM荧光标签序列为5
’‑
GAAGGTGACCAAGTTCATGCT
‑3’
，HEX荧光标签序列为5
’‑
GAAGGTCGGAGTCAACGGATT
‑3’
。
[0012]有益效果
[0013]本专利技术以茄子Saet源胞质雄性不育恢复系3
‑
26和保持系EP26的杂种F1群体为基础，将恢复基因定位至Ch06染色体上，通过序列分析设计了一个和恢复基因紧密连锁的SNP分子标记SmRf186。本专利技术可以在苗期对茄子Saet源胞质雄性不育恢复基因进行快速检测，提高育种效率。
附图说明
[0014]图1茄子Saet源胞质雄性不育恢复基因的定位结果；
[0015]图2分子标记SmRf186在亲本3
‑
26与EP26杂交F1分离群体中的检测。
具体实施方式
[0016]以下结合具体实施例，对本专利技术进行详细说明。
[0017]实施例1恢复基因分子标记的获得
[0018]1、群体构建与表型鉴定
[0019]群体母本为江苏省农业科学院选育的茄子Saet源胞质雄性不育恢复系3
‑
26(杂合)，父本为纯合的茄子高代自交系EP26，将3
‑
26和EP26进行杂交，得到F1分离群体。在群体材料开花后，对其进行表型鉴定：目测无花粉、不能自交结果或自交果实中无成熟种子的植株判定为不育，目测有花粉且自交果实中有成熟种子的植株判定为可育。
[0020]2、恢复基因的初定位
[0021]提取亲本和F1分离群体的120个单株的DNA，利用全基因组重测序技术对进行亲本间多态性标记开发，并构建高密度遗传图谱。根据120个单株的表型鉴定结果，将恢复基因定位在6号染色体(图1)。
[0022]3、恢复基因的精细定位
[0023]为了缩小初定位区间大小，结合茄子基因组数据(http://doi.org/10.1038/s41598
‑
019
‑
47985
‑
w)，在初定位区域内设计了13个SNP分子标记，并利用这些标记在F1分离群体中筛选重组交换单株，以期缩小候选区域，最终将恢复基因定位到1797257
‑
2510448位置区间。
[0024]4、恢复基因连锁的SNP标记开发
[0025]根据恢复基因精细定位的结果，依据SNP突变信息特点，设计了SmRf186的特异性PCR引物，包括上游引物1、上游引物2和下游引物。两条上游引物末端为等位变异碱基C/G，上游引物的5
’
端带有荧光标签序列，其中上游引物1的5
’
端带有FAM荧光标签序列5
’‑
GAAGGTGACCAAGTTCATGCT
‑3’
，上游引物2的5
’
端带有HEX荧光标签序列5
’‑
GAAGGTCGGAGTCAACGGATT
‑3’
。
[0026]实施例2SmRf186分子标记对恢复基因进行检测
[0027]1、采用CTAB法提取用于鉴定的亲本3
‑
26和EP26及其杂交F1分离群体的120个单株叶片基因组DNA。
[0028]2、PCR扩增反应体系如下：2
×
PARMS master mix缓冲液5μL，上游引物1 0.15μL，上游引物2 0.15μL，下游引物0.4μL，D本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种检测茄子Saet源胞质雄性不育恢复基因的SNP分子标记SmRf186，其特征在于，所述的SNP标记SmRf186位于茄子基因组的6号染色体1860648位置的碱基为C或G。所述SNP标记处碱基是G的为茄子Saet源胞质雄性不育恢复系，所述的SNP标记处碱基是C的为茄子Saet源胞质雄性不育保持系。2.根据权利要求1所述的SmRf186分子标记的PCR特异性引物，其特征在于：上游引物1为SEQ ID NO：1，上游引物2为SEQ ID NO：2，下游引物为SEQ ID NO：3。3.根据权利要求2所述的SmRf186分子标记的PCR特异性引物，其特征在于，所述上游引物1和上游引物2的5
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【专利技术属性】
技术研发人员：周晓慧，刘松瑜，刘军，杨艳，庄勇，
申请(专利权)人：江苏省农业科学院，
类型：发明
国别省市：