一种鉴定安卡红鸡品种的分子标记及其应用制造技术

本发明专利技术公开了一种鉴定安卡红鸡品种的分子标记及其应用，涉及分子生物学检测领域。该分子标记组合包括核苷酸序列分别如SEQ ID NO.1

【技术实现步骤摘要】
一种鉴定安卡红鸡品种的分子标记及其应用


[0001]本专利技术涉及分子生物学检测领域，特别是涉及一种鉴定安卡红鸡品种的分子标记及其应用。

技术介绍

[0002]安卡红鸡为速生型黄羽肉鸡，四系配套。原产于以色列国，是国内生长速度最快的红羽肉鸡。全身羽毛黄中偏红，部分鸡颈部和背部有麻羽，胫趾、皮肤和喙均为黄色，体型较大、浑圆，是生长速度最快的有色羽肉鸡之一，具有适应性强、长速快、饲料报酬高等特点。
[0003]单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，SNP)，主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的改变而导致的核酸序列多态，其数量很多，多态性丰富，理论上，每个SNP位点都可以有4种不同的变异形式，包括转换、颠换、缺失和插入，但实际上发生的只有两种，即转换和颠换，二者之比为2:1。SNP是基因组中最常见的多态形式，具有很高的遗传稳定性。SNPs被认为是最主要的表型变异性的遗传学来源，它在特定的种群里是有个体差异的，特定的SNP的等位基因频率在不同的种群里可以不同。SNP标记为畜禽品系鉴别、亲缘关系鉴定提供更准确的辨别。标记密度的提高为研究者们提供更为精细的遗传图谱。
[0004]限制性酶切位点关联DNA测序技术(restriction
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site
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associated DNA sequencing，RAD
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seq)是在二代测序技术基础上发展起来的一种简化基因组技术。简化基因组测序(reduced
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representation sequencing，RRGS)是一种利用限制性内切酶打断基因组DNA，对特定片段进行高通量测序获得海量遗传多态性标记来充分代表目标物种全基因组信息的测序策略。RAD测序文库构建是对基因组DNA片段进行酶切和随机打断，选取一端带有酶切位点，另一端为随机打断点的片段进行建库测序。RAD
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seq能够降低基因组的复杂度，操作简便，同时不受参考基因组的限制，可快速鉴定出高密度的SNP。但是目前用于评价安卡红鸡的分子标记主要为经济性能相关标记，难以用于评价安卡红鸡遗传多样性，对安卡红鸡纯种鉴定尚存在不准确的问题，因此，基于简化基因组测序针对安卡红鸡进行单核苷酸多态性分子标记筛选具有重要意义。

技术实现思路

[0005]本专利技术的目的是提供一种鉴定安卡红鸡品种的分子标记及其应用，以解决上述现有技术存在的问题，本专利技术提供的分子标记组合可以高效、准确评价安卡红鸡个体的血缘纯度，实现品种鉴定，有利于缓解现有技术中由于缺少能够评价安卡红鸡遗传多样性的分子标记和现有纯种鉴定方法不准确的问题。
[0006]为实现上述目的，本专利技术提供了如下方案：
[0007]本专利技术提供一种鉴定安卡红鸡品种的SNP位点组合，包括下表所示的SNP位点SNP1
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13：
[0008]SNP编号染色体SNP位置野生型突变型SNP1122519784TA
SNP2269229744AGSNP3269264992GTSNP4269329456CTSNP5291639328CTSNP62103467101CTSNP72106949790TGSNP82126786478GASNP9376559047GASNP10377123885TASNP11196238586AGSNP12233687958AGSNP13242732572TG。
[0009]本专利技术还提供一种鉴定安卡红鸡品种的分子标记组合，所述分子标记组合包括核苷酸序列分别如SEQ ID NO.1
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13所示的分子标记；
[0010]SEQ ID NO.1所示分子标记的11bp处碱基存在突变位点SNP1，为T/A突变；
[0011]SEQ ID NO.2所示分子标记的11bp处碱基存在突变位点SNP2，为A/G突变；
[0012]SEQ ID NO.3所示分子标记的11bp处碱基存在突变位点SNP3，为G/T突变；
[0013]SEQ ID NO.4所示分子标记的11bp处碱基存在突变位点SNP4，为C/T突变；
[0014]SEQ ID NO.5所示分子标记的11bp处碱基存在突变位点SNP5，为C/T突变；
[0015]SEQ ID NO.6所示分子标记的11bp处碱基存在突变位点SNP6，为C/T突变；
[0016]SEQ ID NO.7所示分子标记的11bp处碱基存在突变位点SNP7，为T/G突变；
[0017]SEQ ID NO.8所示分子标记的11bp处碱基存在突变位点SNP8，为G/A突变；
[0018]SEQ ID NO.9所示分子标记的11bp处碱基存在突变位点SNP9，为G/A突变；
[0019]SEQ ID NO.10所示分子标记的11bp处碱基存在突变位点SNP10，为T/A突变；
[0020]SEQ ID NO.11所示分子标记的11bp处碱基存在突变位点SNP11，为A/G突变；
[0021]SEQ ID NO.12所示分子标记的11bp处碱基存在突变位点SNP12，为A/G突变；
[0022]SEQ ID NO.13所示分子标记的11bp处碱基存在突变位点SNP13，为T/G突变。
[0023]进一步地，所述SNP1的基因型为TT、TA或AA；所述SNP2的基因型为AA、AG或GG；所述SNP3的基因型为GG、GT或TT；所述SNP4的基因型为CC、CT或TT；所述SNP5的基因型为CC、CT或TT；所述SNP6的基因型为CC、CT或TT；所述SNP7的基因型为TT、TG或GG；所述SNP8的基因型为GG、GA或AA；所述SNP9的基因型为GG、GA或AA；所述SNP10的基因型为TT、TA或AA；所述SNP11的基因型为AA、AG或GG；所述SNP12的基因型为AA、AG或GG；所述SNP13的基因型为TT、TG或GG。
[0024]本专利技术还提供一种鉴定安卡红鸡品种的引物对组合，所述引物对组合包括如下表所示的引物对1
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13：
[0025][0026]本专利技术还提供上述的SNP位点组合、分子标记组合或引物对组合在鉴定安卡红鸡品种中的应用。
[0027]本专利技术还提供上述的引物对组合在制备安卡红鸡品种鉴定试剂盒中的应用。
[0028]本专利技术还提供一种安卡红鸡品种鉴定试剂盒，包括上述的引物对组合。
[0029]本专利技术还提供一种鉴定安卡红鸡品种的方法，包括以下步骤：
[0030](1)获取待测鸡个体的全基因组DNA，以所述全基因组DNA为模板，PCR扩增得到含有上述的SNP位点组合的基因片段组合；
[0031](2)对所述基因片段组合进行测序，鉴定出上述的SNP位点组合中各SNP位点的基因型；
[0032](3)根据步骤(2)鉴定得出的基因型，以下列公式计算血缘评价总得分S：
[0033]本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种鉴定安卡红鸡品种的SNP位点组合，其特征在于，包括下表所示的SNP位点SNP1
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13：SNP编号染色体SNP位置野生型突变型SNP1122519784TASNP2269229744AGSNP3269264992GTSNP4269329456CTSNP5291639328CTSNP62103467101CTSNP72106949790TGSNP82126786478GASNP9376559047GASNP10377123885TASNP11196238586AGSNP12233687958AGSNP13242732572TG。2.一种鉴定安卡红鸡品种的分子标记组合，其特征在于，所述分子标记组合包括核苷酸序列分别如SEQ ID NO.1
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13所示的分子标记；SEQ ID NO.1所示分子标记的11bp处碱基存在突变位点SNP1，为T/A突变；SEQ ID NO.2所示分子标记的11bp处碱基存在突变位点SNP2，为A/G突变；SEQ ID NO.3所示分子标记的11bp处碱基存在突变位点SNP3，为G/T突变；SEQ ID NO.4所示分子标记的11bp处碱基存在突变位点SNP4，为C/T突变；SEQ ID NO.5所示分子标记的11bp处碱基存在突变位点SNP5，为C/T突变；SEQ ID NO.6所示分子标记的11bp处碱基存在突变位点SNP6，为C/T突变；SEQ ID NO.7所示分子标记的11bp处碱基存在突变位点SNP7，为T/G突变；SEQ ID NO.8所示分子标记的11bp处碱基存在突变位点SNP8，为G/A突变；SEQ ID NO.9所示分子标记的11bp处碱基存在突变位点SNP9，为G/A突变；SEQ ID NO.10所示分子标记的11bp处碱基存在突变位点SNP10，为T/A突变；SEQ ID NO.11所示分子标记的11bp处碱基存在突变位点SNP11，为A/G突变；SEQ ID NO.12所示分子标记的11bp处碱基存在突变位点SNP12，为A/G突变；SEQ ID NO.13所示分子标记的11bp处碱基存在突变位点SNP13，为T/G...

【专利技术属性】
技术研发人员：薛倩，韩威，周成浩，李国辉，张会永，殷建玫，蒋一秀，朱云芬，邢伟杰，王钱保，
申请(专利权)人：江苏省家禽科学研究所，
类型：发明
国别省市：