一种基于多聚单核苷酸多态性的猪50K液相芯片及其应用制造技术

本发明专利技术涉及基因分子育种领域，具体涉及基于多聚单核苷酸多态性的猪50K液相芯片及其应用。本发明专利技术芯片的探针设计考虑了捕获的SNP位点在全基因组的分布情况、位点多态性、mSNP标记质量等问题，有效避免了标记密度不均匀和多态性较差等问题。还考虑了mSNP标记质量及mSNP标记间连锁不平衡问题，在保持液相芯片设计基本原则下，挑选标记间连锁不平衡程度中等的基因组区域，产生更多分型质量高、在探针区域内与靶位点连锁不平衡中等的SNP标记。本发明专利技术的mSNP液相芯片使可检测的SNP数目扩大到靶位点数的1.5

【技术实现步骤摘要】
一种基于多聚单核苷酸多态性的猪50K液相芯片及其应用


[0001]本专利技术涉及基因分子育种领域，具体涉及基于多聚单核苷酸多态性的猪50K液相芯片及其应用，更具体是猪50K mSNP液相芯片。

技术介绍

[0002]单核苷酸多态性（Single nucleotide polymorphism, SNP）具有数量庞大，在基因组范围分布广泛、易于大规模快速筛查以及基因分型等特点，被认为是目前最佳的分子标记。分子检测技术发展极为迅速，能够进行高通量基因分型的SNP芯片应运而生。目前，市场主流的SNP芯片主要基于固相技术开发，检测准确率较高。如图1所示，固相芯片主要对目标位点多次检测，保证基因分型的准确性。但固相芯片存在灵活性差、样本量要求严格（需是12或24的倍数）、定制成本高等缺点，限制了其在实际育种中的大规模使用。
[0003]与固相芯片不同，基于靶向测序基因型检测（genotyping by target sequencing，GBTS）技术的液相芯片，具有标记增减方便、无样本量要求等优点。图1显示了GBTS技术主要对靶位点及其上下游进本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种用于多聚单核苷酸多态性的50K液相芯片的SNP标记筛选和探针制备的方法，其以猪品种全基因组测序数据，挖掘并筛选靶位点SNP，再针对靶位点SNP设计探针并优化，最终得到确定的探针，所述方法包括以下步骤：步骤一、确定靶位点SNP：基于杜洛克、大白、长白三个猪品种全基因组测序数据，比对至猪品种全基因组测序数据，挑选标记间连锁不平衡程度中等的基因组区域，筛选靶向捕获位点，即靶位点SNP；步骤二、根据确定的靶位点SNP，设计探针：利用多聚单核苷酸多态性检测技术，以每个靶位点SNP为核心，设计1
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4个110bp长度探针，每个探针覆盖靶位点，以靶位点为核心的探针总覆盖165bp长度区间；而探针设计的原则是：1)选取探针含量在30%
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80%之间的；2)选取同源性区域个数≤5的；3)选取探针区域不包含SSR、N区域的；步骤三、挑选含高质量mSNP的探针并优化探针：对探针进行杂交和测序，检测靶位点在内的mSNP基因型分型质量，设定缺失率NA<0.1，最小等位基因频率MAF>=0.05，杂合度Het<0.5，作为标准筛选mSNP，去掉不符合要求的mSNP，若探针没有符合标准要求的mSNP，删去该探针和靶位点，重新按步骤一和二设计新的探针，继续按本步骤检测和优化探针；符合质检要求的mSNP，最终作为50KmSNP液相芯片的靶位点。2.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述猪品种全基因组测序数据是11.1参考基因组；所述靶位点SNP筛选的原则是：
①
各染色体上分布均匀、各染色体两端分布较密；
②
多态性考虑杜洛克、长白猪、大白猪中MAF>0.35；
③
与上下游SNP标记平均连锁不平衡程度r2低于0.85；
④
与QTLdb数据库比对，SNP标记尽量落在经济性状QTL区域；
⑤
与已知的猪50K芯片的部分位点重叠。3.如权利要求2所述的方法，其特征在于，所述已知的猪50K芯片是50KSNP液相芯片、美国纽勤公司GGP50K或中芯一号。4.一种基于多聚单核苷酸多态性的猪50KmSNP液相芯片，其特征在于，其是基于如权利要求1至3任一项所述方法得到的探针制备而成。5.如权利要...

【专利技术属性】
技术研发人员：丁向东，刘华涛，张梓鹏，都鹤鹤，张勤，王楚端，
申请(专利权)人：中国农业大学，
类型：发明
国别省市：