基于光控细胞标记的空间单细胞转录组测序方法技术

本发明专利技术公开了一种基于光控细胞标记的空间单细胞转录组测序方法，所述方法使用的探针为ONPF

【技术实现步骤摘要】
基于光控细胞标记的空间单细胞转录组测序方法


[0001]本专利技术涉及生物检测
，具体的说，涉及一种基于光控细胞标记的空间单细胞转录组测序技术。

技术介绍

[0002]单细胞转录组测序是现代生物学(scRNA
‑
seq)的核心技术之一。利用单细胞测序，研究者可以对每个细胞的基因表达进行检测，从而获得细胞的种类、数量和状态等信息。多细胞生物中每个细胞的功能和基因表达受到其空间位置的调控，但细胞的空间信息在单细胞测序的实验流程中会丢失。针对这一挑战，研究者开发了多种方法希望实现具有空间分辨率的单细胞测序。这些方法的核心是对特定空间位置的细胞进行荧光标记，再对标记的细胞进行分离和单细胞测序，从而在单细胞测序数据中为每个细胞加入空间位置信息。Ido课题组利用遗传编码的光激活荧光蛋白实现了小鼠组织中细胞的空间标记和单细胞测序。此方法依赖遗传学操作，应用难度较高。Costantino课题组采用荧光素的光漂白原理实现了细胞的空间标记，但此方法效率较低，背景信号高。Krummel课题组开发的ZipSeq技术利用光照控制细胞表面的DNA杂本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.ONPF
‑
biotin在空间单细胞转录组测序技术中的应用，所述ONPF
‑
biotin的结构式为：2.一种用于空间单细胞转录组测序的探针，其特征在于，所述探针为ONPF
‑
biotin，所述ONPF
‑
biotin的结构式为：3.一种权利要求2所述探针的制备方法，其特征在于，包括将AzONPF与DBCO
‑
biotin加入到二甲亚砜和水的混合溶液中，反应，得到ONPF
‑
biotin的步骤。4.根据权利要求3所述的制备方法，其特征在于，所述AzONPF与DBCO
‑
biotin的摩尔比为1:1；反应条件为室温反应2小时。5.根据权利要求3所述的制备方法，其特征在于，所述AzONPF的制备方法为：1)将2
‑
叠氮乙醇溶解于吡啶中，加入氯甲酰基
‑
(4
‑
硝基)
‑
苯酚酯并搅拌均匀，反应，纯化后得到化合物1，所述化合物1的结构式为2)将化合物1溶解于二氯甲烷中，向体系中加N
‑
叔氧羰基
‑
1,2
‑
乙二胺和三乙胺，室温过夜反应，反应结束后，将产物进一步萃取纯化，得到化合物2；3)将化合物2溶解于二氯甲烷中，加入三氟乙酸，室温反应，得到化合物3；4)将2
‑
羟基
‑5‑
甲酰基
‑
苯甲酸甲酯溶解于二甲基甲酰胺中，加入碳酸铯，冰浴下加入邻硝基苄溴的二甲基甲酰胺溶液，体系升至室温并反应过夜；反应结束后，将产物进一步萃取纯化，得到化合物4；5)将化合物4溶解于甲醇/四氢呋喃中，冰浴下缓慢加入硼氢化钠，搅拌下继续反应，反应结束后，将产物进一步萃取纯化，得到化合物5；6)将化合物5溶解于四氢呋喃中，加入氢氧化锂的水溶液，室温反应过夜；反应结束后，将产物进一步萃取纯化，将得到的白色粗产物重新溶解在二甲基甲酰胺中，并加入化合物3，L N,N
‑
二异丙基乙胺，羟基苯并三唑和1
‑
(3
‑

【专利技术属性】
技术研发人员：陈兴，唐麒，刘璐，张旭，郭怡兰，张绍然，
申请(专利权)人：北京大学，
类型：发明
国别省市：