功能增强的免疫细胞制造技术

公开了CD49f阳性的T细胞并且与CD49f

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】功能增强的免疫细胞
[0001]相关申请
[0002]本申请要求2020年4月17日提交的专利技术名称为“功能增强的免疫细胞”的澳大利亚临时申请No.2020901217的优先权，其内容通过引用整体并入本文。


[0003]公开了功能增强的免疫细胞。更具体地，本公开涉及CD49f阳性的T细胞和CD49f
+
T细胞富集的T细胞群，所述T细胞和T细胞群在过继治疗环境中具有增加的增殖潜力、长期存活和显著提高的功效。CD49f
+
T细胞和CD49f
+
T细胞富集的T细胞群可用于一系列应用，包括用于治疗或抑制疾病的发展以及用于评估疾病风险和免疫治疗中的潜在反应性。

技术介绍

[0004]免疫治疗是感染性疾病、慢性恶性肿瘤和自身免疫性疾病的可行治疗方法。尽管免疫疗法以许多不同的形式出现，但细胞免疫疗法很可能是未来疾病治疗的核心，这在很大程度上是由于其将抗原特异性免疫效应细胞引导至患病细胞的能力，并且在常规疗法难以治疗的患者中提供可测量的临床益处。
[0005]细胞免疫疗法依赖于效应白细胞的选择、扩增和生长，其详细情况是高度可变的。正在评估各种方案和技术的成功制备大量有效免疫效应细胞的能力。然而，目前没有用于评估细胞治疗产品的潜在体内功效的标准或经验证的方法。
[0006]过继性T细胞疗法(ACT)是细胞免疫疗法的一种形式，其涉及向患者施用治疗性T细胞以治疗疾病，包括癌症和病毒感染(Rosenberg等，Nat Rev Cancer，2008.8(4):299
‑
308；Gattinoni等，Nat Rev Immunol，2006.6(5):383
‑
93；Fuji等，Best Pract Res Clin Haematol.2011.24(3):413
‑
419；Khanna等，Indian J Med Res.2013.138(5):796
‑
807)。
[0007]尽管多克隆和抗原特异性T细胞都可以容易地从全血中分离用于ACT，但它们的数量是有限的。因此，激活和促进T细胞离体扩增的方案广泛用于多种T细胞来源，包括遗传工程化的嵌合抗原受体T细胞、自体T细胞和同种异体T细胞。为了产生ACT所需的大量抗原特异性T细胞，通常用抗原刺激T细胞数周，随后常常进行T细胞选择和亚克隆。然而，这种离体操纵通常伴随与实质性T细胞分化，并且通常导致短期效应，包括短期存活以及缺乏持久性和缺乏转移的T细胞的体内扩增。因此，现有的T细胞制备方法产生较差的T细胞产物，其易于耗尽和丧失效应免疫细胞功能。
[0008]专利技术概述
[0009]本公开内容部分基于以下确定：干细胞生物标志物整联蛋白α6(也称为CD49f)在T细胞中的表达与关键转录调节因子T细胞因子1(T
‑
cell factor 1，TCF
‑
1)和/或淋巴增强子结合因子1(lymphoid enhancer binding factor 1，LEF
‑
1)的表达相关，所述关键转录调节因子与免疫疗法中维持T细胞干性和反应性有关。值得注意的是，本文显示了CD49f
+
T细胞具有增加的增殖潜力和早期记忆和/或干细胞样特征的保留以及长期存活，在过继治疗环境中具有显著提高的功效。这些发现已经简化为尤其是在适用于过继性T细胞疗法的
分离的T细胞群中，在用于评估T细胞群用于免疫疗法的能力的方法中，在用于增强患者中的免疫效应子功能的方法中，以及在用于那些应用中的药物组合物、制品和试剂盒中实践，如下文所述。
[0010]因此，在一个方面中，本文公开了包含CD49f
+
T细胞的分离T细胞群，其中CD49f
+
T细胞构成群中T细胞的至少1％(包括至少2％至99％和其间的所有整数百分比)。根据本公开，CD49f
+
T细胞基因具有增强的免疫特性，其代表性实例包括早期记忆表型、干细胞样表型、增加的增殖潜力、增加的存活和增加的体内持久性、减少的分化、增加的免疫效应子功能、减少的免疫效应子功能障碍和增加的免疫疗法中的反应性中的一种或多种。在一些实施方案中，CD49f
+
T细胞包含CD49f
hi T细胞，CD49f
int T细胞或两者。在一些相同的和其他的实施方案中，所述CD49f
+
T细胞包括记忆T细胞(例如中枢记忆T细胞)，如但不限于CD49f
+
CD27
+
CD28
+
记忆T细胞、CD49f
+
CD27
+
CD28
+
CD45RA
+
记忆T细胞、CD49f
+
CD27
+
CD28
+
CCR7
+
记忆T细胞、CD49f
+
CD27
+
CD28
+
CD45RA
+
CCR7
+
记忆T细胞、CD49f
+
CD27
+
CD28
+
CD95
+
记忆T细胞、CD49f
+
CD27
+
CD28
+
CD45RA
+
CD95
+
记忆T细胞、CD49f
+
CD27
+
CD28
+
CD95
+
CCR7
+
记忆T细胞和CD49f
+
CD27
+
CD28
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CD45RA
+
CD95
+
CCR7
+
记忆T细胞。在这种类型的说明性实例中，记忆T细胞是CD127阳性的。在一些相同的和其他的实施方案中，CD49f
+
T细胞对CD4和CD8中的一种或两种是阳性的。在一些相同的和其他的实施方案中，CD49f+T细胞具有早期记忆表型和/或干细胞样表型，其在本文中也称为“年轻(young)”或“有效(potent)”T细胞。在这种类型的说明性实例中，CD49f
+
T细胞对TCF
‑
1(例如TCF
‑1hi
)和/或LEF
‑
1(例如，LEF
‑1hi
)是阳性的，并且任选对Oct4和Sox2中的一种或两种是阳性的。在一些相同的或其他的实施方案中，分离的群体中的CD49f
+
T细胞构成群中T细胞的1％或更多，包括分离群中T细胞的2％或更多、3％或更多、4％或更多、5％或更多、10％或更多、15％或更多、20％或更多、25％或更多、30％或更多、35％或更多、40％或更多、本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.分离的包含CD49f
+
T细胞的T细胞群，其中CD49f
+
T细胞构成群中T细胞的至少1％(包括至少2％至99％以及其间的所有整数百分比)。2.权利要求1的分离的群，其中CD49f
+
T细胞具有选自早期记忆表型、干细胞样表型、增加的增殖潜力、增加的存活和增加的体内持久性、减少的分化、增加的免疫效应子功能、减少的免疫效应子功能障碍和增加的免疫疗法中的反应性的一种或多种免疫特性。3.权利要求1或权利要求2的分离的群，其中CD49f
+
T细胞包含CD49f
hi T细胞，CD49f
int T细胞，或两者。4.权利要求1至3任一项的分离的群，其中CD49f
+
T细胞包括记忆T细胞(例如中枢记忆T细胞)，如但不限于CD49f
+
CD27
+
CD28
+
记忆T细胞、CD49f
+
CD27
+
CD28
+
CD45RA
+
记忆T细胞、CD49f
+
CD27
+
CD28
+
CCR7
+
记忆T细胞、CD49f
+
CD27
+
CD28
+
CD45RA
+
CCR7
+
记忆T细胞、CD49f
+
CD27
+
CD28
+
CD95
+
记忆T细胞、CD49f
+
CD27
+
CD28
+
CD45RA
+
CD95
+
记忆T细胞、CD49f
+
CD27
+
CD28
+
CD95
+
CCR7
+
记忆T细胞和CD49f
+
CD27
+
CD28
+
CD45RA
+
CD95
+
CCR7
+
记忆T细胞，其中记忆细胞任选是CD127阳性的。5.权利要求1至4任一项的分离的群，其中CD49f
+
T细胞对CD4和CD8中的一种或两种是阳性的。6.权利要求1至5任一项的分离的群，其中CD49f
+
T细胞是TCF
‑
1阳性的(例如TCF
‑1hi
)和/或LEF
‑
1阳性的(例如，LEF
‑1hi
)并且任选对Oct4和Sox2中的一种或两种是阳性的。7.权利要求1至6中任一项的分离的群，其中分离的群中的CD49f
+
T细胞构成群中T细胞的1％或更多，包括分离的群中T细胞的2％或更多、3％或更多、4％或更多、5％或更多、10％或更多、15％或更多、20％或更多、25％或更多、30％或更多、35％或更多、40％或更多、45％或更多、50％或更多、55％或更多、60％或更多、65％或更多、70％或更多、75％或更多、80％或更多、85％或更多、90％或更多、95％或更多、96％或更多、97％或更多、98％或更多、99％或更多，或高达并包括100％。8.权利要求1至6任一项的分离的群，其中分离的群中的CD49f
+
T细胞构成群中细胞总数的10％或更多，包括群中T细胞的1％或更多，包括分离的群中细胞总数的2％或更多、3％或更多、4％或更多、5％或更多、10％或更多、15％或更多、20％或更多、25％或更多、30％或更多、35％或更多、40％或更多、45％或更多、50％或更多、55％或更多、60％或更多、65％或更多、70％或更多、75％或更多、80％或更多、85％或更多、90％或更多、95％或更多。96％或更多、97％或更多、98％或更多、99％或更多，或高达并包括100％。9.权利要求1至8任一项的分离的群，其中分离的群是基本上同质(homogeneous)的群。10.权利要求1至9任一项的分离的群，其中CD49f
+
T细胞表达重组T细胞受体(rTCR)。11.权利要求1至9任一项的分离的群，其中CD49f
+
T细胞表达嵌合抗原受体(CAR)，其中CAR或表达CAR的T细胞合适地选自针对通用细胞因子介导杀伤的重定向T细胞(“TRUCK”)、通用CAR(Universal CAR)、自驱动CAR(Self
‑
driving CAR)、装甲CAR(Armored CAR)、自毁CAR(Self
‑
destruct CAR)、条件性CAR(Conditional CAR)、标记CAR(Marked CAR)、TenCAR、双重CAR(Dual CAR)或安全性CAR(safety CAR)。12.权利要求11的分离的群，其中CAR靶向CD19。13.权利要求11的分离的群，其中CAR靶向包括以下的任一种：CD22、CD23、骨髓增生性白血病蛋白(MPL)、CD30、CD32、CD20、CD70、CD79b、CD99、CD123、CD138、CD179b、CD200R、
CD276、CD324、Fc受体样5(FcRH5)、CD171、CS
‑
1(信号淋巴细胞激活分子家族7，SLAMF7)、C型凝集素样分子
‑
1(CLL
‑
1)、CD33、钙粘蛋白1、钙粘蛋白6、钙粘蛋白16、钙粘蛋白17、钙粘蛋白19、表皮生长因子受体变体III(EGFRviii)、神经节苷脂GD2、神经节苷脂GD3、人白细胞抗原A2(HLA
‑
A2)、B细胞成熟抗原(BCMA)、Tn抗原、前列腺特异性膜抗原(PSMA)、受体酪氨酸激酶样孤儿受体1(ROR1)、FMS样酪氨酸激酶3(FLT3)、成纤维细胞激活蛋白(FAP)、肿瘤相关糖蛋白(TAG)
‑
72、CD38、CD44v6、癌胚抗原(CEA)、上皮细胞粘附分子(EpCAM)、KIT、白细胞介素
‑
13受体亚基α
‑
2(IL
‑
13Rα2)、白细胞介素
‑
11受体亚基α(IL11Rα)、间皮素、前列腺干细胞抗原(PSCA)、血管内皮生长因子受体2(VEGFR2)、Lewis Y、CD24、血小板衍生的生长因子受体β(PDGFR
‑
β)、蛋白酶丝氨酸21(Protease Serine21，PRSS21)、唾液酸糖脂阶段特异性胚胎抗原4(SSEA
‑
4)、免疫球蛋白的Fc区、组织因子、叶酸受体α、表皮生长因子受体2(ERBB2)、粘蛋白1(MUC1)、表皮生长因子受体(EGFR)、神经小粘附分子(NCAM)、Prostase、前列腺酸性磷酸酶(PAP)、突变的延伸因子2(ELF2M)，蝶素B2(Ephrin
‑
B2)、胰岛素样生长因子I受体(IGF
‑
I受体)、碳酸酐酶IX(CAIX)、潜伏膜蛋白2(LMP2)、黑素细胞蛋白gp100、bcr
‑
abl、酪氨酸酶、产生促红细胞生成素的肝细胞癌A2(EphA2)、岩藻糖基化单唾液酸神经节苷脂(岩藻糖基GM1)、唾液酸Lewis a(sLea)、神经节苷脂GM3、转谷氨酰胺酶5(TGS5)、高分子量黑素瘤相关抗原(HMWMAA)、o
‑
乙酰基
‑
GD2神经节苷脂、叶酸受体β、TEM1/CD248、肿瘤内皮标志物7相关(tumour endothelial marker 7
‑
related，TEM7R)、claudin 6(CLDN6)、促甲状腺激素受体(TSHR)、T细胞受体(TCR)
‑
β1恒定链、TCRβ2恒定链、TCRγ
‑
δ、G蛋白偶联受体C类第5组成员D(GPRC5D)、CXORF61蛋白、CD97、CD179a、间变性淋巴瘤激酶(ALK)、聚唾液酸、胎盘特异性1(PLAC1)、碳水化合物抗原GloboH、乳腺分化抗原NY
‑
BR
‑
1、uroplakin
‑
2(UPK2)、甲型肝炎病毒细胞受体1(HAVCR1)、肾上腺素受体β3(ADRB3)、泛连接蛋白3(PANX3)、G蛋白偶联受体20(GPR20)、淋巴细胞抗原6家族成员K(LY6K)、嗅觉受体家族51亚家族E成员2(OR51E2)、T细胞受体γ
‑
链交替阅读框蛋白(TARP)、Wilms肿瘤抗原1蛋白(WT1)，癌症
‑
睾丸抗原NY
‑
ESO
‑
1、癌症
‑
睾丸抗原LAGE
‑
1a、豆荚蛋白、人乳头瘤病毒(HPV)E6、HPV E7、人T淋巴细胞病毒(HTLVL)
‑
Tax、卡波西肉瘤相关疱疹病毒糖蛋白(KSHV)K8.1蛋白、EB病毒(EBV)编码的糖蛋白350(EBB gp350)、HIV1
‑
包膜糖蛋白gp120、多重自动化基因组工程化(MAGE)
‑
A1、易位
‑
Ets
‑
白血病病毒(ETV)蛋白6
‑
AML、精子蛋白17、X抗原家族成员(XAGE)1、跨膜酪氨酸蛋白激酶受体Tie2、黑色素瘤癌
‑
睾丸抗原MAD
‑
CT
‑
1、黑色素瘤癌
‑
睾丸抗原MAD
‑
CT
‑
2、Fos相关抗原1、p53、p53突变体，Prostein、生存素和端粒酶、前列腺癌肿瘤抗原
‑
1(PCTA
‑
1)/半乳凝素8、MelanA/MARTl、Ras突变体、人端粒酶逆转录酶(hTERT)、δ
‑
样3(DLL3)、滋养层细胞表面抗原2(TROP2)、蛋白酪氨酸激酶
‑
7(PTK7)、鸟苷酸环化酶C(GCC)、α
‑
甲胎蛋白(AFP)、肉瘤易位断点、黑素瘤凋亡抑制剂(ML
‑
IAP)、ERG(TMPRSS2 ETS融合基因)、N
‑
乙酰葡糖胺基转移酶V(NA17)、配对盒蛋白Pax
‑
3(PAX3)、雄激素受体、细胞周期蛋白B1、v
‑
myc禽髓细胞瘤病病毒癌基因神经母细胞瘤衍生的同源物(MYCN)、Ras同源物家族成员C(RhoC)、酪氨酸酶相关蛋白2(TRP
‑
2)、细胞色素P4501B1(CYP1B1)、CCCTC
‑
结合因子(锌指蛋白)样(BORIS或印迹位点调节剂的兄弟)、T细胞识别的鳞状细胞癌抗原3(SART3)、PAX5、顶体蛋白原结合蛋白Sp32(OY
‑
TES1)、淋巴细胞特异性蛋白酪氨酸激酶(LCK)、激酶锚定蛋白4(AKAP
‑
4)、滑膜肉瘤、X断点2(SSX2)、晚期糖基化终产物受体(RAGE
‑
1)、肾遍在蛋白1(RU1)、RU2、肠羧基酯酶、突变的热休克蛋白70
‑
2(mut hsp70
‑
2)、CD79a、CD72、白细胞相关免疫球蛋白样受体1(LAIR1)、
IgA受体(FCAR)的Fc片段、白细胞免疫球蛋白样受体亚家族A成员2(LILRA2)；CD300分子样家族成员f(CD300LF)、C型凝集素结构域家族12成员A(CLEC12A)、骨髓基质细胞抗原2(BST2)、含有EGF样模块的粘蛋白样激素受体样2(EMR2)、淋巴细胞抗原75(LY75)、磷脂酰肌醇蛋白聚糖
‑
3(GPC3)、Fc受体样5(FCRL5)、免疫球蛋白λ样多肽1(IGLL1)、FITC、黄体生成素受体(LHR)、促卵泡激素受体(FSHR)、绒毛膜促性腺激素受体(CGHR)、CC趋化因子受体4(CCR4)、信号传导淋巴细胞激活分子(SLAM)家族成员6(SLAMF6)、SLAMF4，或其任何组合。14.一种制备T细胞群的方法，所述T细胞群包含免疫特性(例如选自早期记忆表型、干细胞样表型、增加的增殖潜力、增加的存活和增加的体内持久性、减少的分化、增加的免疫效应子功能、减少的免疫效应子功能障碍和增加的免疫治疗反应性中的一种或多种)增强的T细胞，所述方法包括以下或基本上由以下组成：从含有T细胞的样品中分离或选择包含CD49f
+
T细胞的T细胞群，其中CD49f
+
T细胞构成群中T细胞的至少1％(包括至少2％至99％和其间的所有整数百分比)，或富集含有T细胞的样品的CD49f
+
T细胞，从而制备包含免疫特性增强的T细胞群。15.权利要求14的方法，还包括从合适的来源收获含有T细胞的样品。16.权利要求15的方法，其中来源选自外周血单个核细胞(PBMC)样品、脐带血细胞、纯化的T细胞群、T细胞系或通过白细胞去除术获得的样品。17.权利要求14至16任一项的方法，其中将含有T细胞的样品富集目标T细胞，例如CD8
+
T细胞，CD4
+
T细胞、初始T细胞、记忆T细胞、先前激活的T细胞和/或肿瘤浸润淋巴细胞。18.权利要求14至17任一项的方法，其中CD49f
+
T细胞包括CD49f
+
记忆T细胞，包括CD49f
+
中央记忆T细胞(例如CD49f
+
CD27
+
CD28
+
记忆T细胞、CD49f
+
CD27
+
CD28
+
CD45RA
+
记忆T细胞、CD49f
+
CD27
+
CD28
+
CCR7
+
记忆T细胞、CD49f
+
CD27
+
CD28
+
CD45RA
+
CCR7
+
记忆T细胞、CD49f
+
CD27
+
CD28
+
CD95
+
记忆T细胞、CD49f
+
CD27
+
CD28
+
CD45RA
+
CD95
+
记忆T细胞、CD49f
+
CD27
+
CD28
+
CD95
+
CCR7
+
记忆T细胞和CD49f
+
CD27
+
CD28
+
CD45RA
+
CD95
+
CCR7
+
记忆T细胞)，其中记忆细胞任选是CD127阳性的。19.权利要求14至18任一项的方法，其中CD49f
+
T细胞具有早期记忆表型和/或干细胞样表型(例如，CD49f
+
T细胞是TCF
‑
1阳性的(例如TCF
‑1hi
)和/或是LEF
‑
1阳性的(例如，LEF
‑1hi
)并且任选对Oct4和Sox2中的一种或两种是阳性的)。20.权利要求14至19任一项的方法，其中增强的免疫特性是相对于对照(例如，如上文和本文其他地方定义的未富集CD49f
+
T细胞的T细胞群，或如上文和本文其他地方定义的分离的或富集CD49f<...

【专利技术属性】
技术研发人员：C，
申请(专利权)人：昆士兰医学研究所理事会，
类型：发明
国别省市：