一种胡子鲇actb2基因及其引物和应用制造技术

本发明专利技术公开了一种胡子鲇actb2基因，该基因的核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示。还公开了用于扩增所述胡子鲇actb2基因的引物，正向引物的核苷酸序列如SEQ ID NO：2所示，反向引物的核苷酸序列如SEQ ID NO：3所示。还进一步公开了上述胡子鲇actb2基因作为胡子鲇内参基因的应用以及所述actb2基因或引物在胡子鲇性别分化与发育调控相关基因筛选或研究中的应用。本发明专利技术利用分析软件对actb2基因的稳定性进行评价，actb2基因在胡子鲇成鱼不同组织和雌雄性腺不同发育时期中最稳定。本发明专利技术所设计的实时荧光定量PCR引物特异性强，具有很高的稳定性、可靠性和重复性，为胡子鲇性别分化与发育调控相关功能基因的精确定量提供有力支持。调控相关功能基因的精确定量提供有力支持。调控相关功能基因的精确定量提供有力支持。

【技术实现步骤摘要】
一种胡子鲇actb2基因及其引物和应用


[0001]本专利技术属于分子生物学
，具体涉及一种胡子鲇actb2基因及其引物和应用。

技术介绍

[0002]胡子鲇(Clarias fuscus)又称塘虱鱼，属鲇形目(Siluriformes)、胡子鲇科(Clariidae)、胡子鲇属(Clarias)，其适应性强，营养价值高，肉质细嫩。胡子鲇具有明显的性别生长二态性，同等养殖条件下，雄鱼生长速度显著快于同龄雌鱼，且雌鱼上市时性腺指数过高问题突出。研究胡子鲇性别分化与发育的分子调控机制，具有重要的理论价值和现实意义。
[0003]理想的内参基因应该是在不同组织、不同生长阶段及不同环境条件下保持表达水平恒定。然而，目前尚未成功报道适用于所有不同条件的内参基因。因此，根据实验条件和实验材料筛选合适的内参基因，已成为应用实时荧光定量PCR进行基因功能分析的重要前提。
[0004]鉴于胡子鲇不同组织、性腺不同发育时期的内参基因尚未报道，为进一步研究胡子鲇性别分化与发育相关功能基因的表达调控，有必要对该物种性别调控研究的内参基因进行筛选。

技术实现思路

[0005]本专利技术的目的在于提供一种胡子鲇actb2基因。
[0006]本专利技术的目的还在于提供用于扩增上述胡子鲇actb2基因的引物。
[0007]本专利技术的最后一个目的在于提供上述胡子鲇actb2基因作为胡子鲇内参基因的应用以及上述引物在分析胡子鲇成鱼不同组织和胡子鲇雌雄性腺不同发育时期表达模式的实时荧光定量PCR实验中的应用等。
[0008]本专利技术的上述第一个目的可以通过以下技术方案来实现：一种胡子鲇actb2基因，所述胡子鲇actb2基因的核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示。
[0009]本专利技术通过从胡子鲇转录组数据获得胡子鲇actb2基因，利用BestKeeper、GeNorm和NormFinder等分析软件对该基因的稳定性进行评价，表明该基因适用于胡子鲇雌雄性腺不同发育时期及成鱼不同组织基因表达研究，并用该基因为基础设计了实时荧光定量PCR引物，为后续胡子鲇成鱼不同组织和不同时期的雌雄性腺相关功能基因的精确定量及功能研究奠定基础。
[0010]本专利技术的上述第二个目的可以通过以下技术方案来实现：用于扩增上述胡子鲇actb2基因的引物，所述引物包括正向引物和反向引物，所述正向引物的碱基序列如SEQ ID NO：2所示，所述反向引物的碱基序列如SEQ ID NO：3所示。
[0011]该胡子鲇actb2基因是在分析胡子鲇转录组数据基础上，以胡子鲇雌雄性腺不同发育时期及成鱼不同组织的cDNA为模板，以所述胡子鲇actb2基因的核苷酸序列为基础，利
用Primer Premier 6.0软件、并遵循实时荧光定量PCR引物设计的原则设计出一对荧光定量特异引物，该对荧光定量特异引物即为所述实时荧光定量PCR引物；
[0012]具体引物序列为：
[0013]正向引物5'
‑
AGGCTGGATTCGCTGGAGATGAT
‑
3'(如SEQ ID NO：2所示)；
[0014]反向引物5'
‑
TGGTGACAATACCGTGCTCAATGG
‑
3'(如SEQ ID NO：3所示)。
[0015]本专利技术利用所述实时荧光定量PCR引物，采用BestKeeper、GeNorm和NormFinder分析软件对胡子鲇actb2基因的稳定性进行评价，表明胡子鲇actb2基因在胡子鲇雌雄性腺不同发育时期及成鱼不同组织中最稳定，可以作为研究胡子鲇雌雄性腺不同发育时期及成鱼不同组织相关基因表达的内参基因。
[0016]本专利技术所设计的实时荧光定量PCR引物特异性强，具有很高的稳定性、可靠性和重复性，为胡子鲇雌雄性腺不同发育时期及成鱼不同组织相关功能基因的精确定量提供有力支持，提高了研究的稳定性、重复性和可靠性。
[0017]本专利技术的上述最后一个目的可以通过以下技术方案来实现：上述胡子鲇actb2基因作为胡子鲇内参基因的应用。
[0018]所述应用包括：所述胡子鲇actb2基因在胡子鲇成鱼不同组织中以及在胡子鲇雌雄性腺不同发育时期表达稳定。
[0019]本专利技术还提供了所述引物在分析胡子鲇成鱼不同组织和胡子鲇雌雄性腺不同发育时期表达模式的实时荧光定量PCR实验中的应用。
[0020]本专利技术还进一步提供了所述胡子鲇actb2基因在胡子鲇成鱼不同组织和雌性性腺不同发育时期相关基因筛选或研究中的应用；以及所述引物在胡子鲇性别分化与发育调控相关基因筛选或研究中的应用。
[0021]本专利技术具有以下优点：
[0022](1)本专利技术利用分析软件对actb2基因的稳定性进行评价，本专利技术提供的胡子鲇actb2基因在胡子鲇成鱼不同组织和雌雄性腺不同发育时期中最稳定，可以作为内参基因使用，为该物种性别分化和发育调控相关功能基因的表达定量提供可靠的分析依据，还可进一步在胡子鲇成鱼不同组织和雌雄性腺不同发育时期相关基因筛选或研究中的应用；
[0023](2)本专利技术所设计的实时荧光定量PCR引物特异性强，扩增效率高，具有很高的稳定性、可靠性和重复性，可以应用在胡子鲇成鱼不同组织和胡子鲇雌雄性腺不同发育时期表达模式的实时荧光定量PCR实验的分析中，为胡子鲇性别分化与发育调控相关功能基因的精确定量提供有力支持。
[0024](3)本专利技术胡子鲇actb2基因填补了胡子鲇性别分化与发育调控机制研究中没有合适内参基因的现状。
附图说明
[0025]下面参照附图结合实施例对本专利技术作进一步的描述。
[0026]图1是本专利技术中实施例1主要组织(脑、肌肉、皮肤、性腺、肝脏、脾脏、肾脏、肠、心脏、胃和鳃)的cDNA模板混合样的1％琼脂糖凝胶电泳图；
[0027]图2是本专利技术中实施例1主要组织(脑、肌肉、皮肤、性腺、肝脏、脾脏、肾脏、肠、心脏、胃和鳃)混合样的溶解曲线图。
具体实施方式
[0028]下面结合具体实施例详细说明本专利技术的技术方案，以便本领域技术人员更好理解和实施本专利技术的技术方案。下述实施例和附图仅用于示例性说明，不能理解为对本专利技术的限制。实施例中所用试剂或材料，如未特别说明，均来源于商业渠道。除非特别说明，使用的实验仪器均为实验室常规仪器。
[0029]实施例1胡子鲇actb2基因获得，引物设计和特异性检测
[0030](1)提取胡子鲇肌肉组织DNA组织，通过三代测序技术获取胡子鲇性腺转录组数据并对基因进行功能注释，从注释基因序列中获得胡子鲇actb2基因核苷酸序列，遵循实时荧光定量PCR引物设计的原则，采用Primer Premier 6.0设计出一对荧光定量特异引物，其扩增片段为180bp(胡子鲇actb2基因核苷酸序列划线部分)，该对荧光定量特异引物即为所述实时荧光定量PCR引物。
[0031]其中：
[0032]正向引物5'
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【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种胡子鲇actb2基因，其特征是：所述胡子鲇actb2基因的核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示。2.用于扩增权利要求1所述胡子鲇actb2基因的引物，其特征是：所述引物包括正向引物和反向引物，所述正向引物的核苷酸序列如SEQ ID NO：2所示，所述反向引物的核苷酸序列如SEQ ID NO：3所示。3.权利要求1所述胡子鲇actb2基因作为胡子鲇内参基因的应用。4.根据权利要求3所述的应用，其特...

【专利技术属性】
技术研发人员：田昌绪，沈奕君，林星桦，朱奕安，张龙飞，李广丽，黄洋，张玉蕾，朱春华，
申请(专利权)人：广东海洋大学，
类型：发明
国别省市：