一种检测tet(X)基因及其同源基因的简并引物对及其方法技术

本发明专利技术属于分子生物学领域，具体公开了一种检测tet(X)基因及其同源基因的简并引物对及其方法，该简并引物是基于tet(X)基因及其同源基因的多序列比对设计的，具有较好的特异性和敏感性；通过PCR参数的优化，建立了快速检测tet(X)基因及其同源基因的PCR方法，多次重复证明，该方法快速，灵敏，并可实现一对引物检测多种tet(X)同源基因，检测成本低、耗时短、普适性好。为耐药基因的流行性调查提供高效、可靠的方法。的方法。的方法。

【技术实现步骤摘要】
一种检测tet(X)基因及其同源基因的简并引物对及其方法


[0001]本专利技术涉及分子生物学领域，特别是一种检测tet(X)基因及其同源基因的简并引物对及其方法。

技术介绍

[0002]替加环素是第三代四环素类抗生素，被认为是临床对抗多重耐药菌的“最后一道防线”。近年来，在畜禽养殖业、畜禽产品、人以及环境等多种来源的细菌中广泛存在替加环素耐药基因tet(X)基因及其同源基因，该基因可赋予细菌对四环素类抗生素产生高程度的耐药，严重威胁了人类健康。监测tet(X)基因及其同源基因的流行情况，有助于指导临床合理用药，及时控制耐药菌和耐药基因的传播。
[0003]tet(X)最初是在专性厌氧脆弱拟杆菌(Bacteroides fragilis)的R质粒上发现的，编码一种黄素依赖性单加氧酶。随后又在拟杆菌中发现了同源基因tet(X1)和tet(X2)，与tet(X)分别具有61.7％和99.5％的氨基酸序列同一性，但并未发现大规模的流行。直到2019年，研究发现新型tet(X)同系物tet(X3)和tet(X4)基因在动物源大肠杆菌和不动杆菌中本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种检测tet(X)基因及其同源基因的简并引物对，其特征在于：所述简并引物对包括上游引物和下游引物；所述上游引物的核苷酸序列为:5
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；所述下游引物的核苷酸序列为:5
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；其中：W＝A or T；Y＝C or T；S＝C or G；R＝A or G；D＝A,G or T。2.一种检测tet(X)基因及其同源基因的方法，其特征在于，包括以下步骤：S1、提取待测菌株的DNA；S2、以提取的DNA为模板，利用权利要求1所述的检测tet(X)基因及其同源基因的简并引物对构建PCR反应体系和/或qPCR反应体系，进行PCR反应或qPCR反应；S3、对PCR产物进行凝胶电泳分离，染色，结果判断：如出现332bp的条带，说明待测菌株携带tet(X)基因或其同源基因；否则，说明待测菌株无tet(X)基因或其同源基因；对qPCR产物分析其Ct值，如Ct值小于35，说明待测菌株携带tet(X)基因或其同源基因，否则，说明待测菌株无tet(X)基因或其同源基因。S4、对待测菌株的DNA进行PCR反应，并对PCR产物进行一代测序，将序列与Genbank数据库中的tet(X)基因或其同源基因进行比对，判定具体tet(X)变体。3....

【专利技术属性】
技术研发人员：刘璨颖，黄雨婷，马剑钢，唐标，关椿久，杨华，乐敏，赵国屏，
申请(专利权)人：佛山科学技术学院，
类型：发明
国别省市：