使用MDM2拮抗剂治疗癌症的生物标志物制造技术

本发明专利技术提供SKP2作为使用MDM2拮抗剂预测癌症有效治疗的生物标志物。在癌症患者中鉴定该生物标志物可以确定患者的癌症是否可能使用MDM2拮抗剂成功治疗。因此，本发明专利技术总体上涉及用于MDM2拮抗剂治疗的伴随诊断。SKP2生物标志物可通过检测功能上位于SKP2上游或下游且其水平与SKP2生物标记物水平相关的分子(例如检测一种或多种SKP2底物)直接或间接测量。检测一种或多种SKP2底物)直接或间接测量。检测一种或多种SKP2底物)直接或间接测量。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】使用MDM2拮抗剂治疗癌症的生物标志物


[0001]本专利技术涉及用于癌症治疗的生物标志物。具体而言，本专利技术提供了生物标志物，该标志物鉴定可能对MDM2拮抗剂敏感癌细胞。这些生物标志物可以整合到预测治疗反应的方法、系统和试剂盒中，也可以并入到癌症的个体化治疗中。

技术介绍

[0002]精准医疗或个体化医疗是一种新兴的疾病治疗和预防的方法，它考虑到每个患者的基因、环境和生活方式的个体差异。这即是常说的在正确的时间施用正确剂量的正确药物。
[0003]精准医疗的一个特别关注点是需要预测一位指定患者是否会对某一特定药物产生反应。能够预测一个特定药物是否能有效治疗一个个体患者的测试通常被称为伴随诊断。有效的伴随诊断是非常可取的，因为它们能够改善患者的治疗结果，同时还可以节省提供无效治疗的巨大经济花费。新的治疗试剂的有效伴随诊断也可以增加该治疗在正确人群中试验并最终获得批准的机会。
[0004]精准医疗和伴随诊断通常依赖于能够可靠地预测患者是否可能对特定治疗产生反应的生物标志物。为每种治疗和疾病鉴定可靠的生物标志物是一项非常重大的挑战。
[0005]Iorio等人(细胞，2016年7月28日；166(3)：740
‑
75)“癌症中药物基因组相互作用的研究概况”报告了来自29个组织的11,289个肿瘤中鉴定的癌症驱动的改变(整合体细胞突变、拷贝数改变、DNA甲基化和基因表达)如何映射到1,001个分子注释的人类癌细胞系，并与对265种药物的敏感性相关联。虽然此类研究提供了将基因型与细胞表型联系起来并为选定的癌症亚群鉴定治疗选择的资源，但临床相关的分子靶向癌症治疗的开发仍然是一项艰巨的挑战。
[0006]仍然需要鉴定用于精准医疗的可靠生物标志物。

技术实现思路

[0007]本专利技术基于生物标志物的鉴定，该鉴定可用于使用MDM2拮抗剂预测有效癌症治疗。鉴定癌症患者中的一种或多种这些生物标志物能够允许确定使用MDM2拮抗剂患者的癌症是否可能被治疗，或可能被成功治疗。因此，在某些方面，本专利技术总体上涉及用于MDM2拮抗剂治疗的伴随诊断。
[0008]特别地，本专利技术中鉴定的生物标志物是SKP2。SKP2蛋白和编码它的基因是本领域已知的，具有Entrez基因ID 6502。如本文所用，SKP2被称为“本专利技术的生物标志物”。
[0009]特别地，在一个方面，本专利技术提供了用于治疗癌症的方法中的MDM2拮抗剂，其中癌症表达低水平的SKP2。
[0010]可以通过减少的SKP2表达来鉴定对MDM2拮抗作用的敏感性。
[0011]对于SKP2，通常可以测量和/或蛋白质和/或核酸水平。蛋白质水平可以使用例如免疫组织化学(IHC)来实现。
[0012]SKP2核酸可以是DNA或RNA。可以检测到RNA，通常是SKP2 mRNA。因此，测量技术可以包括定量技术，如本领域已知的RT
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PCR或纳米串(Nanostring)分析。
[0013]也可以测量DNA。在一些实施方式中，拷贝数变异(CNV)分析和/或突变分析(例如DNA测序)可用于检测SKP2状态。
[0014]生物标志物的测量有多种，包括基因的存在或缺失、基因的突变、基因表达水平和蛋白质表达水平。术语缺失可能意味着SKP2基因的丢失或完全丢失、SKP2基因突变和功能丧失，或者可能意味着低基因表达和蛋白质表达和功能水平低，这是由于基因的丢失或突变或其它原因造成的。所有这些缺失都包括在术语“缺失”中。
[0015]可以直接或间接检测SKP2。间接测量通常涉及检测功能上位于SKP2上游或下游的分子，其水平与生物标志物的水平相关。可以通过检测一种或多种SKP2底物来间接检测SKP2。因此，SKP2底物在本文中也称为本专利技术的生物标志物。如下所述，典型的SKP2底物是p27。在本专利技术的一个实施方式中，通过测量p27、p21、p57、E2F
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1、MEF、P130、Tob1、cyclin D、cyclin E、Smad4、Myc、Mcb、RASSF1A、Foxo1、Orc1p、Cdt1、Rag2、Brca2、CDK9、MPK1和/或UBP43中的一种或多种，例如两种或多种、三种或多种、五种或多种或十种或多种的水平来评估SKP2水平。在一个实施方式中，通过鉴定p27、p21、p57、E2F
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1、MEF、P130、Tob1、cyclin D、cyclin E、Smad4、Myc、Mcb、RASSF1A、Foxo1、Orc1p、Cdt1、Rag2、Brca2、CDK9、MPK1和/或UBP43中的一种或多种，例如两种或更多种、三种或更多、五种或更多或十种或更多的增加的或高水平来确定缺失的SKP2。在一些实施方式中，可检测蛋白质和核酸的组合。
[0016]高SKP2底物水平表示低SKP2。在一个实施方式中，本专利技术的生物标志物是p27、p21、p57、E2F
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1、MEF、P130、Tob1、cyclin D、cyclin E、Smad4、Myc、Mcb、RASSF1A、Foxo1、Orclp、Cdt1、Rag2、Brca2、CDK9、MPK1和/或UBP43中的一种或多种，例如两种、三种、四种、五种、六种、七种、八种、九种、十种或更多种的低SKP2或增加的或高水平。
[0017]以下实施例中的数据表明，SKP2的缺失例如丢失(也称为完全或完全丢失)可预测癌细胞对MDM2拮抗剂的敏感性。因此，低水平的SKP2可用于鉴定适合用MDM2拮抗剂治疗的癌症。
[0018]低SKP2表达表明癌细胞对MDM2拮抗剂的敏感性。相反，正常或高SKP2表达表明对MDM2拮抗剂具有抗性。当肿瘤具有正常或高SKP2并因此表明对MDM2拮抗作用不敏感时，可以使用诱导对MDM2拮抗剂敏感性的试剂。例如，这可以是降低肿瘤中SKP2水平的试剂。因此，提供了一种治疗患者癌症的方法，其中基于从所述患者获得的生物样品中具有正常或高水平的SKP2选择患者，并且向该患者施用治疗有效量的MDM2拮抗剂和诱导对MDM2拮抗剂敏感性的试剂，例如降低肿瘤中SKP2水平的试剂。
[0019]在一些实施方式中，本专利技术的生物标志物的表达是相对于非癌细胞确定的。这种癌症：非癌症比较可能对评估SKP2丢失特别有用。非癌细胞通常是与癌细胞类型相同的一种细胞。非癌细胞可以来自同一患者，或者可以来自不同的患者，或者可以是该类型非癌细胞的已知的值。这样，表达可以与在健康个体中确定的对照水平或与在正常非增殖组织中确定的对照水平进行比较。
[0020]在一些实施方式中，本专利技术的生物标志物的表达是相对于来自MDM2抑制剂非应答受试者的癌细胞样品或来自MDM2抑制物无反应受试者癌细胞样品确定的。在一些实施方式中，生物标志物相对于来自MDM2抑制剂无反应受试者的癌细胞样品或在来自MDM2抑制剂无
反应受试者的癌细胞样品中降低。无反应性癌细胞通常是与被测试的癌细胞具有相同癌症类型的细胞。无反本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种治疗癌症的方法中使用的MDM2拮抗剂，其中所述癌症：是SKP2缺失的。2.根据权利要求1所述的MDM2拮抗剂，其中所述SKP2缺失通过以下方式确定：直接确定SKP2水平；或确定p27、p21、p57、E2F
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1、MEF、P130、Tob1、cyclin D、cyclin E、Smad4、Myc、Mcb、RASSF1A、Foxo1、Orc1p、Cdt1、Rag2、Brca2、CDK9、MPK1和/或UBP43中的一种、两种、三种、四种或更多种的增加或高水平；或确定p27和任选的p21、p57、E2F
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1、MEF、P130、Tob1、cyclin D、cyclin E、Smad4、Myc、Mcb、RASSF1A、Foxo1、Orc1p、Cdt1、Rag2、Brca2、CDK9、MPK1和/或UBP43中的一种或多种的增加或高水平。3.根据权利要求1或2所述的MDM2拮抗剂，其中在治疗之前测试患者组织样本以确定癌症表达谱。4.根据权利要求3所述的MDM2拮抗剂，其中所述样本包括癌症DNA、ctDNA或癌细胞。5.根据权利要求3或权利要求4所述的MDM2拮抗剂，其中所述测试包括检测蛋白质、mRNA和/或ctDNA的测定。6.根据权利要求5所述的MDM2拮抗剂，其中，(i)蛋白检测使用免疫测定法、蛋白质结合测定法、基于抗体的测定法、基于抗原结合蛋白的测定法、基于蛋白质的阵列、酶联免疫吸附测定(ELISA)、流式细胞术、蛋白质阵列、印迹、蛋白质印迹、比浊法、比浊法、色谱法、质谱法、酶活性、放射免疫测定法、免疫荧光法、免疫化学发光法、免疫电化学发光法、免疫电泳法、竞争性免疫测定法，或免疫沉淀；和/或(ii)其中，使用RT
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PCR或定量基因表达测定法检测mRNA。7.根据权利要求3至6中任一项所述的MDM2拮抗剂，其中基于所述确定的表达谱选择所述患者进行治疗。8.根据任何前述权利要求所述的MDM2拮抗剂，其中所述癌症是血癌、白血病、淋巴瘤、髓系白血病或急性髓系白血病。9.根据权利要求8所述的MDM2拮抗剂，其中所述癌症是具有易位t(15；17)的急性髓系白血病。10.根据任何前述权利要求所述的MDM2拮抗剂，其中所述癌症是P53野生型。11.根据任何前述权利要求所述的MDM2拮抗剂，其中所述癌细胞在所述治疗步骤之后发生细胞凋亡。12.根据任何前述权利要求所述的MDM2拮抗剂，其中在至少一部分癌细胞中活化的caspase
‑
3由MDM2拮抗剂诱导。13.根据权利要求11所述的MDM2拮抗剂，其中在至少40％的癌细胞或至少60％的癌细胞中活化的caspase
‑
3由MDM2拮抗剂诱导。14.根据任何前述权利要求所述的MDM2拮抗剂，其中所述MDM2拮抗剂是分子式(I
o
)的化合物或其互变异构体、N
‑
氧化物、药学上可接受的盐或如本文定义的溶剂合物，例如，(2S,3S)
‑3‑
(4
‑
氯苯基)
‑3‑
[(1R)
‑1‑
(4
‑
氯苯基)
‑7‑
氟
‑5‑
[(1S)
‑1‑
羟基
‑1‑
(氧杂
‑4‑
基)丙基]
‑1‑
甲氧基
‑3‑
氧代
‑
2,3
‑
二氢
‑
1H
‑
异吲哚
‑2‑
基]
‑2‑
甲基丙酸或其互变异构体、药学上可接受的盐或溶剂化物。
15.根据任何前述权利要求所述的MDM2拮抗剂，其中，所述MDM2拮抗剂是选自由以下组成的组：化合物1、依达奴林(RG
‑
7388)、HDM
‑
201、KRT
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232(AMG
‑
232)、ALRN
‑
6924、MI
‑
773(SAR405838)、米拉德梅坦(DS
‑
3032b)、APG
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115、BI
‑
907828、LE
‑
004、DS
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5272、SJ
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0211、BI
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0252、AM
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7209、SP
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141、SCH
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1450206、NXN
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6、ADO
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21、CTX
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50
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CTX
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1、ISA
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27、RO
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8994、RO
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6839921、ATSP
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7041、SAH
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p53
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8、PM
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2、K
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178、MMRi
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64和或互变异构体或溶剂化物或其药学上可接受的盐。16.在人类患者的癌细胞样品中SKP2的表达水平作为生物标记物或生物标志物用于评估所述癌症是否易受MDM2拮抗剂治疗的用途，例如，其中所述MDM2拮抗物是式(I
o
)化合物或如本文所定义的互变异构体、N
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氧化物、药学上可接受的盐或溶剂化物，例如(2S，3S)
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氯苯)
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羟基
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基)丙基]
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甲氧基
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氧代
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二氢
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异吲哚
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基]
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甲基丙酸或其互变异构体、N
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氧化物、药学上可接受的盐或溶剂化物。17.一种预测或评估人类癌症患者对MDM2拮抗剂治疗的反应性的方法，包括评估SKP2癌症患者样品中的表达水平；并确定测试的表达水平是否表明癌症应该用MDM2拮抗剂治疗。18.根据权利要求17所述的方法，其中，所述评估步骤包括将所述表达水平与(i)对用MDM2拮抗剂的治疗有反应或无反应相关的表达水平相比较，或(ii)来自健康同一类型非癌的细胞的表达水平相比较。19.根据权利要求17或18所述的方法，其中，基于所述生物标志物概况将所述患者分类为一组，任选地其中所述组包括或由以下各项组成：(i)有反应者和无反应者；或者(ii)强烈的反应者。20.根据权利要求17至19中任一项所述的方法，其中当SKP2的表达水平低于被鉴定为不适合治疗的患者时，患者被鉴定为特别适合治疗。21.根据权利要求17至20中任一项所述的方法，其中，当检测到降低的SKP2表达相对于表达水平(i)与MDM2拮抗剂治疗无反应相关或(ii)来自相同类型的健康非癌细胞时，所述患者被鉴定为使用MDM2拮抗剂治疗。22.根据权利要求17至21中任一项所述的方法，其包括检测来自所述人类患者的癌细胞样本中生物标志物的表达水平的步骤。23.根据权利要求22所述的方法，其中，所述检测是使用体外检测测定法进行的。24.一种确定人类癌症患者对用MDM2拮抗剂治疗的易感性的方法，包括在患者的癌细胞样本中检测到以下的表达S...

【专利技术属性】
技术研发人员：N，
申请(专利权)人：大冢制药株式会社，
类型：发明
国别省市：