本发明专利技术涉及一种小麦抗条锈病基因YrNP63的功能KASP分子标记及其应用，所述功能KASP分子标记为KASP2683，所述功能KASP分子标记是根据特异性SNP位点G2683A设计的KASP2683的引物扩增DNA模板所获得的核苷酸序列；所述SNP位点G2683A位于YrNP63编码基因CDS序列的第2683位，SNP位点G2683A的多态性分别为A/G。本发明专利技术开发的功能型KASP分子标记KASP2683可以简便、快速、高通量地应用于小麦分子辅助育种和YrNP63基因的种质资源筛查中。YrNP63基因的种质资源筛查中。
【技术实现步骤摘要】
IDNO:1所示；
[0009]作为进一步的技术方案，所述SNP位点G2683A位于SEQ ID NO:1所示序列中的第91处的碱基，碱基突变是A/G。
[0010]一种小麦抗条锈病基因YrNP63的功能KASP分子标记的引物，所述功能KASP分子标记为KASP2683，所述功能KASP分子标记的引物包括感病位点正向引物KASP2683
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FAM、抗病位点正向引物KASP2683
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HEX和共用反向引物KASP2683
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Common；
[0011]感病位点正向引物KASP2683
‑
FAM的核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示；
[0012]抗病位点正向引物KASP2683
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HEX的核苷酸序列如SEQ ID NO:3所示；
[0013]共用反向引物KASP2683
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Common的核苷酸序列如SEQ ID NO:4所示。
[0014]一种所述的小麦抗条锈病基因YrNP63的功能KASP分子标记在鉴定小麦材料中是否含有抗条锈病基因YrNP63、小麦抗条锈病基因YrNP63的种质资源筛查或小麦分子辅助选择育种中的应用。
[0015]一种所述的小麦抗条锈病基因YrNP63的功能KASP分子标记的引物在鉴定小麦材料中是否含有抗条锈病基因YrNP63、小麦抗条锈病基因YrNP63的种质资源筛查或小麦分子辅助选择育种中的应用。
[0016]一种鉴定小麦材料中是否含有抗条锈病基因YrNP63的方法，包括如下步骤：
[0017]步骤1、提取待测小麦材料的基因组DNA；
[0018]步骤2、以待测小麦材料的基因组DNA为模板，利用所述功能KASP分子标记KASP2683的引物对待测样品的基因组DNA进行PCR扩增，获得扩增产物；
[0019]所述功能KASP分子标记为KASP2683的引物包括感病位点正向引物KASP2683
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FAM、抗病位点正向引物KASP2683
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HEX和共用反向引物KASP2683
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Common；
[0020]感病位点正向引物KASP2683
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FAM的核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示；
[0021]抗病位点正向引物KASP2683
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HEX的核苷酸序列如SEQ ID NO:3所示；
[0022]共用反向引物KASP2683
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Common的核苷酸序列如SEQ ID NO:4所示。
[0023]步骤3、将扩增产物移至酶标仪中读取荧光数据，然后将所述荧光数据导入KlusterCaller软件进行分析得到基因型数据，获得基因型。
[0024]其中，带有HEX荧光的纯合等位基因基因型为“Y:Y”，带有FAM荧光的纯合等位基因基因型为“X:X”，杂合体基因型为“X:Y”或者“Y:X”，缺失值基因型为“？”。基因型为“Y:Y”或“X:Y”或者“Y:X”，则待测小麦材料含有抗条锈病基因YrNP63，基因型为“X:X”，则待测小麦材料不含有抗条锈病基因YrNP63。
[0025]作为进一步的技术方案，所述PCR扩增的反应程序为：94℃预变性15min；94℃变性20s，65℃退火60s，10个循环，每循环退火温度降低0.6℃；94℃变性20s，55℃退火60s，32个循环。
[0026]作为进一步的技术方案，所述PCR扩增的反应体系为：DNA0.2μg，2
×
KASP V4.0Mastermix 2μL，引物混合物0.044μL，ddH2O 1.956mL。
[0027]作为进一步的技术方案，引物混合液中，感病位点正向引物KASP2683
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FAM的浓度为12mM/uL，抗病位点正向引物KASP2683
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HEX的浓度为12mM/uL，共用反向引物KASP2683
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Common的浓度为30mM/uL。
[0028]与现有技术相比，本专利技术的有益效果在于：
[0029]本专利技术通过研究找到了与小麦抗条锈病基因YrNP63共分离的特异性SNP位点G2683A，并基于特异性SNP位点G2683A开发了YrNP63的功能型KASP分子标记KASP2683，其属于功能标记，相比较于传统的连锁标记技术而言，功能标记与目的基因共分离，不存在重组现象，在追踪基因YrNP63时更为精准，有利于小麦分子标记辅助育种体系的建立。
[0030]本专利技术所述的功能型KASP分子标记KASP2683可以简便、快速、高通量地应用于小麦分子辅助育种和YrNP63基因的种质资源筛查中。
附图说明
[0031]图1为实施例3中KASP2683标记对F2遗传分离群体的基因分型结果；
[0032]图2为实施例4中KASP2683标记对遗传多样性群体的基因分型结果；
具体实施方式
[0033]下面将结合具体实施例对本专利技术的技术方案进行清楚、完整地描述，显然，所描述的实施例是本专利技术一部分实施例，而不是全部的实施例。基于本专利技术中的实施例，本领域普通技术人员在没有做出创造性劳动前提下所获得的所有其他实施例，都属于本专利技术保护的范围。
[0034]实施例1：功能KASP分子标记的开发
[0035]一种小麦抗条锈病基因YrNP63的功能KASP分子标记的开发，包括如下步骤：
[0036]利用已克隆的YrNP63基因CDS序列(见SEQ ID NO.5)与NCBI数据库中已有的来自不同小麦品种中的该基因的其它41条感病等位基因的CDS序列(NCBI中的序列号分别为MW788048.1、MW788047.1、MW788060.1、MW788051.1、MW788050.1、MW788063.1、MW788059.1、MW788062.1、MW756037.1、MW788061.1、MW788053.1、MW788052.1、MW788055.1、MW788054.1、MW788064.1、MW788056.1、MW756040.1、MW656173.1、MW788058.1、MW756039.1、MW756036.1、LR890103.1、MW788046.1、MW788045.1、MW788044.1、MW788043.1、MW788042.1、MW788041.1、MW788040.1、MW788039.1、MW788038.1、MW788037.1、MW788036.1、MW788035.1、MW788034.1、MW788033.1、MW788032.1、MW788031.1、MW756041.1、MW788057.1、MW788049.1)进行比对，获得YrNP63的特异性SNP位点G2683A，再根据SNP位点G2683A两侧的核苷酸序列设计KASP引物并进行PCR扩增，最终筛选到以特异性SNP位点G2683本文档来自技高网...
【技术保护点】
【技术特征摘要】
1.一种小麦抗条锈病基因YrNP63的功能KASP分子标记，其特征在于，所述功能KASP分子标记为KASP2683，所述功能KASP分子标记是根据特异性SNP位点G2683A设计的KASP2683的引物扩增DNA模板所获得的核苷酸序列；所述SNP位点G2683A位于YrNP63编码基因CDS序列的第2683位，SNP位点G2683A的多态性分别为A/G。2.一种小麦抗条锈病基因YrNP63的功能KASP分子标记，其特征在于，所述SNP位点G2683A前后各90nt的DNA单链序列如SEQ ID NO:1所示。3.一种小麦抗条锈病基因YrNP63的功能KASP分子标记的引物，其特征在于，所述功能KASP分子标记为KASP2683，所述功能KASP分子标记的引物包括感病位点正向引物KASP2683
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FAM、抗病位点正向引物KASP2683
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HEX和共用反向引物KASP2683
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Common；感病位点正向引物KASP2683
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FAM的核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示；抗病位点正向引物KASP2683
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HEX的核苷酸序列如SEQ ID NO:3所示；共用反向引物KASP2683
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Common的核苷酸序列如SEQ ID NO:4所示。4.一种如权利要求1
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2任一项所述的小麦抗条锈病基因YrNP63的功能KASP分子标记在鉴定小麦材料中是否含有抗条锈病基因YrNP63、小麦抗条锈病基因YrNP63的种质资源筛查或小麦分子辅助选择育种中的应用。5.一种如权利要求3所述的小麦抗条锈病基因YrNP63的功能KASP分子标记的引物在鉴定小麦材料中是否含有抗条锈病基因YrNP63、小麦抗条锈病基因YrNP63的种质资源筛查或小麦分子辅助选择育种中的应用。6.一种鉴定...
【专利技术属性】
技术研发人员：曾庆东，刘胜杰，王晓婷，程相瑞，相明杰，穆可卿，吴建辉，康振生，韩德俊，
申请(专利权)人：西北农林科技大学，
类型：发明
国别省市：
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