一种小麦族物种Ns基因组特异KASP分子标记引物及其应用制造技术

本发明专利技术公开了一种小麦族物种Ns基因组特异KASP分子标记引物及其应用，涉及分子标记辅助育种技术领域，该分子标记引物包含两个引物组，分别为核苷酸序列如SEQ ID NO.1～3所示的引物组KP1A

【技术实现步骤摘要】
一种小麦族物种Ns基因组特异KASP分子标记引物及其应用


[0001]本专利技术涉及分子标记辅助育种
，具体涉及一种小麦族物种Ns基因组特异KASP分子标记引物及其应用。

技术介绍

[0002]小麦(TriticumaestivumL.)是世界上种植面积最大、总产量仅次于玉米的粮食作物(葛江燕，2012)，为全球约40％的人口提供了能量来源(Lietal.2019)。但是近年来随着耕作制度的变化及育种中少数亲本的反复使用，导致小麦的遗传多样性降低，对生物胁迫和非生物胁迫抗性降低，制约了小麦产量和品质的提高，难以育成突破性品种(Jiangetal.1993；何中虎等，2011)。小麦近缘物种中蕴藏着丰富的优良基因，通过远缘杂交的方式将其优良基因导入到普通小麦，可以丰富小麦的遗传多样性(刘成等，2020)。
[0003]小麦族物种包含多种重要种属，涉及多种基因组组成。新麦草属是小麦族中非常重要的Ns基因组供体属，赖草属则为异源多倍体的大属，含有来自新麦草属物种的Ns基因组(颜济，杨俊良，2011)。我国现有4种新麦草属物种，包括华山新麦草(Psathyrostachyshuashanica)、毛穗新麦草(Psathyrostachyslanuginose)、单花新麦草(Psathyrostachyskronenburgii)和新麦草(Psathyrostachysjuncea)，现有研究主要集中于华山新麦草和新麦草(盛誉，2020)。华山新麦草因其具有抗病(条锈病、秆锈病、白粉病、全蚀病)、抗逆(耐寒、耐旱、耐盐碱)、早熟、矮秆、多分蘖等优良特性已被广泛应用于小麦遗传改良(Baden1991，黄娟等，2019)。新麦草分蘖多、叶量大、抗性好、早春且反青和再生性能好，其资源利用研究主要集中与牧草和小麦改良(范亚坤等，2020；陈勤等，1988)。赖草属包含60多种，广泛分布与全球各地。该属植物多数物种为草原和草甸的主要组成成分；许多种类因具有较高的饲用价值已作为优良牧草利用(张立，2015)。同时，因赖草属植物常生长在盐碱地和干旱地区，对寒冷、干旱、盐碱土等环境具有高度适应性，部分物种还具有抗病虫、穗大、粒多、高光效、高氮素利用率等优良特性(葛荣朝等，2001；Subbaraoetal.2021)。目前，大赖草(Leymus racemosus)、多枝赖草(Leymusmulticaulis)和滨麦PI567896(Leymusmollis)已经和小麦成功杂交并获得了部分农艺性状优异的附加系、代换系和渗入系等异染色体系(Liuetal.2002；Zhaoetal.2013；Subbaraoetal.2021；Yangetal.2020；Lietal.2021；Jinetal.2021)。
[0004]在种质资源利用过程中，分子标记已被广泛用于外源染色体或染色体片段的检测与跟踪，加速种质创新(Fedaketal.1999)。目前，Ns基因组物种特异分子标记主要有华山新麦草RAPD(RandomAmplifiedPolymorphic DNA)标记、SCAR(SequenceCharacterizedAmplifiedRegions)标记和普通PCR(PolymeraseChainReaction)标记；新麦草特异RAPD标记；大赖草特异RAPD标记、SNP(Singlenucleotidepolymorphism)标记和普通PCR标记以及滨麦EST
‑
SSR(ExpressedSequenceTag
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SimpleSequenceRepeat)标记、STS(Sequence
‑
taggedsite)标记、普通PCR标记和SNP标记(陈林刚等，2010；Duetal.2013；Tanetal.2022；Edetetal.2018a；2018b)。目前，转录组测序技术已广泛应用于SNP挖掘并开发KASP标记引
物(Wangetal.2017；Zhouetal.2017；Okadaetal.2018)，而利用转录组测序技术获得SNP变异并开发小麦族物种中Ns基因组特异KASP标记引物还未见报道，这严重阻碍小麦族物种中Ns基因组物种优异基因资源的开发与利用。

技术实现思路

[0005]本专利技术的目的是提供一种小麦族物种Ns基因组特异KASP分子标记引物及其应用，该分子标记引物不仅可用于普通小麦背景中Ns基因组的快速检测，也可用于小麦族所有包含Ns基因组物种的染色体或染色体片段的鉴定，且能准确鉴定区分Ns和其他小麦近缘物种基因组，为小麦族系统进化、种质资源鉴定和分子标记辅助选择育种提供了重要途径。
[0006]为了达到上述目的，本专利技术提供了一种华山新麦草Ns染色体特异KASP分子标记引物，该分子标记引物包含两个引物组，分别为引物组KP1A
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440448839和引物组KP4D
‑
349184744，这两个引物组分别包含F
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FAM、F
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HEX、R三条引物，其中，引物组KP1A
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440448839包含的引物，其核苷酸序列依次分别如SEQ ID NO.1、SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3所示；引物组KP4D
‑
349184744包含的引物，其核苷酸序列依次分别如SEQ IDNO.4、SEQ ID NO.5和SEQ ID NO.6所示。
[0007]本专利技术还提供了一种华山新麦草Ns染色体的基因分型方法，该方法通过采用上述的两个引物组对待测株系的基因组DNA进行PCR扩增。
[0008]优选地，上述基因分型方法中的PCR扩增条件如下：
[0009]PCR反应体系为10μL：200ng/μL的DNA模板1μL，10μM的混合引物1.4μL，2
×
KaspMasterMix5μL，ddH2O2.6μL。
[0010]PCR反应程序为：95℃10min；95℃20s，61℃45s，10个循环，每个循环降低0.6℃；95℃20s，55℃45s，32个循环；25℃1min；95℃20s,55℃40s，3个循环；30℃30s。
[0011]其中，上述混合引物的体系为100μL：包含F
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FAM和F
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HEX引物各12μL，R引物30μL，H2O46μL。
[0012]本专利技术还提供了一种用于鉴定华山新麦草Ns染色体的试剂盒，该试剂盒包含上述的引物组KP1A
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440448839和引物组KP4D
‑
349184744。
[0013]本专利技术提供的KASP分子标记引物可被用于以下任意一种：
[0014]①
检测华山新麦草Ns染色体；
[0015]②
检测含有华山新麦草Ns染色体的产品；
[0016]③
追踪华山新麦草Ns染色体；
[0017]④
追踪含有华山新麦草本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种华山新麦草Ns染色体特异KASP分子标记引物，其特征在于，该分子标记引物包含两个引物组，分别为引物组KP1A
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440448839和引物组KP4D
‑
349184744，所述的两个引物组分别包含F
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FAM、F
‑
HEX、R三条引物，所述引物组KP1A
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440448839包含的引物，其核苷酸序列依次分别如SEQ ID NO.1、SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3所示；所述引物组KP4D
‑
349184744包含的引物，其核苷酸序列依次分别如SEQ ID NO.4、SEQID NO.5和SEQ ID NO.6所示。2.一种华山新麦草Ns染色体的基因分型方法，其特征在于，该方法采用如权利要求1所述的KASP分子标记引物对待测株系的基因组DNA进行PCR扩增。3.根据权利要求2所述的基因分型方法，其特征在于，所述的PCR扩增条件如下：PCR反应体系为10μL：200ng/μL的DNA模板1μL，10μM的混合引物1.4μL，2
×
Kasp Master...

【专利技术属性】
技术研发人员：康厚扬，张浩，朱微，徐黎黎，曾建，王益，凡星，沙莉娜，张海琴，吴丹丹，周永红，
申请(专利权)人：四川农业大学，
类型：发明
国别省市：