一种东串猪鉴定方法技术

本发明专利技术涉及一种东串猪鉴定方法，首先采集东串猪的特异性遗传标签组合，经全基因组测序后，通过线性混合模型进行全基因组关联分析，筛选显著值前35的SNP位点构成鉴定数据集；再通过鉴定数据集利用支持向量机构建机器学习模型，鉴定时，提取待测肉制品的基因组DNA进行测序，并获得待测肉制品的特异性遗传标签组合中位点的基因型；将待测肉制品的SNP位点的基因型输入机器学习模型进行鉴别；输出鉴别结果。本发明专利技术提供的东串猪鉴定方法操作简单、价格低廉、具有很高的准确性，填补了市场的空缺，有效解决了东串猪品系的鉴伪问题。有效解决了东串猪品系的鉴伪问题。

【技术实现步骤摘要】
一种东串猪鉴定方法


[0001]本专利技术关于一种猪鉴定方法，特别是有关于一种东串猪鉴定方法。

技术介绍

[0002]东串猪又名本种大骨头、沙夹子,原产于江苏省如皋市西部及泰兴市东部,是江苏省五大地方猪种之一。东串猪适应性好、耐粗饲、抗病力强,性情温顺,易于饲养管理。历史上,产区群众都有圈养的传统习惯,积累了丰富的经验,饲料调制比较精细,精粗饲料都经煮熟后才饲喂。在猪的日粮中使用较多的精料,而肥育时多采用吊架子的方式饲养,渐而形成东串猪体型较大、耐粗饲、膘厚、肉紧等特性。另一方面，江苏省北有姜曲海猪，南有二花脸猪，东北有灶猪，西南有米猪，加上该地区种猪交流频繁，使东串猪的来源相当复杂。通过传统方法将东串猪与其他品种猪区分难度很大，尤其是宰杀后的分割猪及其处理后的肉制品。如何快速准确的鉴别东串猪是目前亟需解决的一个问题，东串猪的鉴定是可靠的食品追溯手段，有利于规范种业发展，推进中国地方猪保护工作。

技术实现思路

[0003]要解决的技术问题：本专利技术的目的在于提供一种东串猪鉴定方法，对东串猪的品种进行快速鉴别，填补市场空缺，有效本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种东串猪鉴定方法，其特征在于，该方法包括以下步骤：S1：采集东串猪的特异性遗传标签组合；S2：特异性遗传标签组合构成鉴定数据集；S3：利用鉴定数据集构建机器学习模型；S4：提取待测肉制品的基因组DNA并进行测序；S5：获得待测肉制品的特异性遗传标签组合中位点的基因型；S6：将位点的基因型输入机器学习模型进行鉴别；S7：输出鉴别结果。2.根据权利要求1所述的一种东串猪鉴定方法，其特征在于，所述步骤S1通过线性混合模型对全基因组数据进行全基因组数据关联分析获得品种基因组数据，选取显著值前35的特异性遗传标签组合。3.根据权利要求1所述的一种东串猪鉴定方法，其特征在于，所述步骤S1中全基因组数据包括76个地方猪品种，1305个个体。4.根据权利要求1所述的一种东串猪鉴定方法，其特征在于，所述步骤S1中线性混合模型表达式为：y＝μ+xb+Σ
k
W
ik
U
k
+e，其中，y代表个体品种，编码为1或0，当y值为1时代表个体品种为东串猪，当y值为0时代表个体品种为其他，μ是一个固定的均值项，x是位点的基因型变量，b表示两个群体之间的等位基因频率差的函数，∑
k
W
ik
U
k
是模型中其他染色体上的所有SNP位点用来控制群体分化的项，k表示全基因组数据的所有位点，W
ik
表示SNP位点的标准化基因型变量，U
k
表示对应不同位点的效果大小，e表示残差。5.根据权利要求2所述的一种东串猪鉴定方法，其特征在于，所述显著值前35的特异性遗传标签组合包括：东串猪2号染色体第1495134位位点，东串猪2号染色体第1720381位位点，东串猪2号染色体第1720773位位点，东串猪2号染色体第1723214位位点，东串猪2号染色体第1730835位位点，东串猪2号染色体第2133478位位点，东串猪2号染色体第2138194位位点，东串猪2号染色体第2142208位位点，东串猪5号染色体第60267613位位点，东串猪5号染色体第66626221位位点，东串猪8号染色体第13775701位位点，东串猪8号染色体第15471163位位点，东串猪8号染色体第15529343位位点，东串猪8号染色体第15532680位位点，东串猪8号染色体第15553072位位点，东串猪8号染色体第15840949位位...

【专利技术属性】
技术研发人员：王振，程洪，吴芬，潘玉春，王起山，张哲，
申请(专利权)人：扬州市峰豪生态农业科技发展有限公司，
类型：发明
国别省市：