一种人类常染色体InDel位点的荧光复合扩增检测试剂盒及其应用制造技术

本发明专利技术属于基因检测技术领域，涉及一种基因检测试剂盒及其应用。具体涉及一种同时检测31个人类常染色体InDel位点和1个性别鉴定基因的试剂盒及其应用。所述试剂盒包含31对常染色体InDel位点以及1个性别鉴定基因的特异性扩增引物，适用于常规生物检材、降解生物检材的InDel分型，能够应用于人类个体识别、亲权鉴定。定。

【技术实现步骤摘要】
一种人类常染色体InDel位点的荧光复合扩增检测试剂盒及其应用


[0001]本专利技术属于基因检测
，具体涉及一种同时检测31个人类常染色体InDel位点和1个性别鉴定基因的试剂盒及其应用。

技术介绍

[0002]在法医学
，基于DNA的分型技术广泛用于个体识别、亲权鉴定等司法实践工作中。其中短串联重复序列(short tandem repeats，STR)分型技术是目前应用最广泛的技术手段。短串联重复一般由2
‑
6个碱基对作为核心重复单元，串联形成的一类微卫星DNA。随着STR基因座在法医DNA分型中的广泛使用，这类遗传标记的局限性也逐渐显现和持续受到关注，比如：由于STR扩增子长度较长，在降解检材中检出效率较低，不易实现对降解生物检材的分型；STR的突变率高，在向下遗传过程中容易发生突变，在亲权鉴定中出现不符合遗传规律现象。而现在学界通过对不同的遗传多态性标记的研究，探索使用不同方式优化STR的检测或发展新遗传标记类型替代STR分型系统并应用于法医DNA分型。
[0003]插入缺失多态性(insertion/deletion polymorphism，InDel)指基因组某个座位上由于插入或缺失了不同长度的DNA片段所形成的遗传变异，兼具STR和SNP的特点。根据InDel插入片段的序列特征，可将基因组中InDel分为3大类，第一类是单碱基或随机DNA序列的插入/缺失，第二类为单个或2
‑
15个碱基对作为单元的扩增，第三类为转座子的插入。第一类InDel推测是随机原因引起的DNA序列插入或缺失，因而可能具有更低的突变率。第二类InDel一般倾向于认为是复制滑脱引起的重复单元的复制或缺失，与STR的突变机制相似，因而可能具有较高的突变率；一定程度上来说，STR也属于InDel遗传标记一类。第三类InDel为转座元件的随机插入，因其具有较长的长度，在法医学中的应用相对较少。因此，InDel遗传标记在个体识别和亲权鉴定中具有更大的意义。
[0004]目前，已有商业化的InDel试剂盒可用于生物检测的DNA检测，所选用的的InDel位点为二等位基因，仅存在2个等位基因，因而多态性较低，导致所述的试剂盒不能满足法医学实践需要。有研究者试图通过增加检测位点提高InDel试剂盒的区分效能，然而由于复合扩增体系能够同时检测位点的数量有限，单纯地增加位点仍难以很大提高InDel试剂盒的效能。
[0005]基于本专利技术前期研究提出的随机序列的InDel的
‘
二次突变
’
假说，即一个插入缺失位点仍可能发生第二次插入或缺失，因而产生新的等位基因；通过对千人基因组深度测序数据进行分析，筛选获得了3000余个插入缺失序列为随机序列的多等位基因InDel，进一步证实了前述的假说。本申请精心筛选鉴定了人类基因组中在中国人群中含有多等位基因、具有高多态性的InDel位点，建立了一个检测准确便捷、鉴定效能高的检测分析试剂盒。

技术实现思路

[0006]本专利技术的目的是为了解决现有的技术缺陷与限制，提供一种鉴定效能高、适用于
中国人群，可用于常规生物检材和降解生物检材的鉴定分析的试剂盒。具体提供一种人类常染色体InDel位点荧光复合扩增试剂盒及其应用。
[0007]本专利技术试剂盒包含31个分型较均衡的InDel位点和1个性别鉴定基因位点，采用五色荧光标记的复合扩增检验系统；31个InDel位点基于东亚地区的群体遗传学数据筛选并进一步在中国人群中验证获得，均含有3个或以上的等位基因，具有鉴定效能高的特点。本专利技术试剂盒扩增产物的片段较短，均小于225bp，适用于常规生物检材和降解生物检材的DNA分型。
[0008]为了实现本专利技术的目的，采用如下技术方案：
[0009]本专利技术第一方面提供一种基因检测试剂盒，该试剂盒是一种人类常染色体InDel位点荧光复合扩增试剂盒。
[0010]本专利技术提供的基因检测试剂盒包含31对常染色体InDel位点的特异性扩增引物，以及1对性别鉴定基因的特异性扩增引物。
[0011]作为优选的技术方案，所述常染色体InDel位点为如下位点：HID1
‑
1(rs60893206)、HID1
‑
2(rs58568060)、HID1
‑
3(rs1553161226)、HID1
‑
4(rs34314833)、HID2
‑
1(rs77948797)、HID3
‑
1(rs139809929)、HID3
‑
2(rs386670017)、HID4
‑
1(rs3077701)、HID4
‑
2(rs70949989)、HID5
‑
1(rs200753977)、HID6
‑
1(rs10635385)、HID6
‑
2(rs1554219917)、HID7
‑
1(rs58558819)、HID7
‑
2(rs6150152)、HID7
‑
3(rs112257258)、HID8
‑
1(rs10596541)、HID8
‑
2(rs59118283)、HID9
‑
1(rs386737038)、HID9
‑
2(rs138815275)、HID11
‑
1(rs11271121)、HID11
‑
2(rs66572312)、HID11
‑
3(rs1555121221)、HID12
‑
1(rs6144790)、HID13
‑
1(rs386768785)、HID14
‑
1(rs33958617)、HID14
‑
2(rs58233606)、HID16
‑
1(rs1383237378)、HID18
‑
1(rs772191138)、HID19
‑
1(rs113712314)、HID20
‑
1(rs11467514)、HID22
‑
1(rs758153887)，其中括号中的rs号为该位点在dbSNP数据库中的编号；性别鉴定基因为Amelogenin基因。
[0012]作为进一步优选的技术方案，所述特异性扩增引物的PCR扩增产物长度均小于225bp。
[0013]作为更进一步优选的技术方案，所述特异性扩增引物序列如下：HID1
‑
1、SEQ ID NO.1
‑
2；HID1
‑
2、SEQ ID NO.3
‑
4；HID1
‑
3、SEQ ID NO.5
‑
6；HID1
‑
4、SEQ本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种基因检测试剂盒，其特征在于，该试剂盒包含31对常染色体InDel位点的特异性扩增引物，以及1对性别鉴定基因的特异性扩增引物；所述的常染色体InDel位点为如下位点：HID1
‑
1(rs60893206)、HID1
‑
2(rs58568060)、HID1
‑
3(rs1553161226)、HID1
‑
4(rs34314833)、HID2
‑
1(rs77948797)、HID3
‑
1(rs139809929)、HID3
‑
2(rs386670017)、HID4
‑
1(rs3077701)、HID4
‑
2(rs70949989)、HID5
‑
1(rs200753977)、HID6
‑
1(rs10635385)、HID6
‑
2(rs1554219917)、HID7
‑
1(rs58558819)、HID7
‑
2(rs6150152)、HID7
‑
3(rs112257258)、HID8
‑
1(rs10596541)、HID8
‑
2(rs59118283)、HID9
‑
1(rs386737038)、HID9
‑
2(rs138815275)、HID11
‑
1(rs11271121)、HID11
‑
2(rs66572312)、HID11
‑
3(rs1555121221)、HID12
‑
1(rs6144790)、HID13
‑
1(rs386768785)、HID14
‑
1(rs33958617)、HID14
‑
2(rs58233606)、HID16
‑
1(rs1383237378)、HID18
‑
1(rs772191138)、HID19
‑
1(rs113712314)、HID20
‑
1(rs11467514)、HID22
‑
1(rs758153887)，其中的rs号为该位点在dbSNP数据库中的编号；所述的性别鉴定基因为Amelogenin基因。2.根据权利要求1所述的基因检测试剂盒，其特征在于，所述常染色体InDel位点在群体中至少含有3个等位基因。3.根据权利要求1所述的基因检测试剂盒，其特征在于，所述特异性扩增引物的PCR扩增产物长度均小于225bp。4.根据权利要求1所述的基因检测试剂盒，其特征在于，所述特异性扩增引物序列选自如下序列：HID1
‑
1、SEQ ID NO.1
‑
2；HID1
‑
2、SEQ ID NO.3
‑
4；HID1
‑
3、SEQ ID NO.5
‑
6；HID1
‑
4、SEQ ID NO.7
‑
8；HID2
‑
1、SEQ ID NO.9
‑
10；HID3
‑
1、SEQ ID NO.11
‑
12；HID3
‑
2、SEQ ID NO.13
‑
14；HID4
‑
1、SEQ ID NO.15
‑
16；HID4
‑
2、SEQ ID NO.17
‑
18；HID5
‑
1、SEQ ID NO.19
‑
20；HID6
‑
1、SEQ ID NO.21
‑
22；HID6
‑
2、SEQ ID NO.23
‑
24；HID7
‑
1、SEQ ID NO.25
‑
26；HID7
‑
2、SEQ ID NO.27
‑
28；HID7
‑
3、SEQ ID NO.29
‑
30；HID8
‑
1、SEQ ID NO.31
‑
32；HID8
‑
2、SEQ ID NO.33
‑
34；HID9
‑
1、SEQ ID NO.35
‑
36；HID9
‑
2、SEQ ID NO.37
‑
38；HID11
‑
1、SEQ ID NO.39
‑
40；HID11
‑
2、SEQ ID NO.41
‑
42；HID11
‑
3、SEQ ID NO.43
‑
44；HID12
‑
1、SEQ ID NO.45
‑
46；HID13
‑
1、SEQ ID NO.47
‑
48；HID14
‑
1、SEQ ID NO.49
‑
50；HID14
‑
2、SEQ ID NO.51
‑
52；HID16
‑
1、SEQ ID NO.53
‑
54；HID18
‑
1、SEQ ID NO.55
‑
56；HID19
‑
1、SEQ ID NO.57
‑
58；HID20
‑
1、SEQ ID NO.59
‑
60；HID22
‑
1、SEQ ID NO.61
‑
62；Amelogenin、SEQ ID NO.63
‑
64。5.根据权利要求4所述的基因检测试剂盒，其特征在于，所述特异性扩增引物的反应浓度如下：HID1
‑
1、0.48μM；HID1
‑
2、0.48μM；HID1
‑
3、0.48μM；HID1<...

【专利技术属性】
技术研发人员：谢建辉，姚以宁，
申请(专利权)人：复旦大学，
类型：发明
国别省市：