用于检测泌尿系统癌种的甲基化标志物组合及其筛选方法技术方案

本发明专利技术公开了一种用于检测泌尿系统癌种的甲基化标志物组合及其筛选方法，本发明专利技术甲基化标志物组合包括泌尿系统多个癌种共有的甲基化标志物，可以用于检测泌尿系统多种癌症的甲基化标志物，从而实现用甲基化检测方法对多种泌尿系统肿瘤进行筛查，实现了提高泌尿系统多癌种检测的便捷性。多癌种检测的便捷性。多癌种检测的便捷性。

【技术实现步骤摘要】
用于检测泌尿系统癌种的甲基化标志物组合及其筛选方法


[0001]本专利技术涉及生物与新医药
，尤其涉及一种用于检测泌尿系统癌种的甲基化标志物组合及其筛选方法。

技术介绍

[0002]泌尿系统负责人体尿液产生至排泄的一系列生理过程，并对通过与尿液进行物质交换来维持人体水盐、酸碱等平衡进行调节。当泌尿系统组织发生癌变时，脱落的肿瘤细胞及肿瘤细胞主动分泌或经坏死后产生的游离核算进入尿液，使得尿液成为了极好的检测样本。
[0003]目前可以通过对尿液检测样本进行甲基化检测实现对泌尿系统癌症的筛查，然而，目前尿液甲基化检测产品只能检测单种泌尿系统肿瘤，而泌尿系统癌症包括发生于泌尿系统任意部位的多种癌症，因此，当需要检查泌尿系统的多种癌症时需要进行多次检测，这使得检测过程繁琐。

技术实现思路

[0004]本专利技术的主要目的在于提供一种用于检测泌尿系统癌种的甲基化标志物组合及其筛选方法，旨在提高泌尿系统多癌种检测的便捷性。
[0005]为实现上述目的，本专利技术提供一种用于检测泌尿系统癌种的甲基化标志物组合，所述甲基化标志物组合包括说明书中表1的全部甲基化标志物。
[0006]可选地，所述泌尿系统癌种包括膀胱癌、肾透明细胞癌、乳头状肾细胞癌、前列腺癌和睾丸癌。
[0007]可选地，所述甲基化标志物组合中的各个甲基化标志物为膀胱癌、肾透明细胞癌、乳头状肾细胞癌、前列腺癌和睾丸癌共有的甲基化标志物。
[0008]此外，为实现上述目的，本专利技术提供一种用于检测泌尿系统癌种的甲基化标志物组合的筛选方法，所述筛选方法用于筛选得到如上所述的用于检测泌尿系统癌种的甲基化标志物组合，所述用于检测泌尿系统癌种的甲基化标志物组合的筛选方法包括：
[0009]基于肿瘤与癌症基因组数据库中多种泌尿系统癌症的癌变组织甲基化水平、癌旁对照组织甲基化水平和基因表达数据库中健康人样本甲基化水平进行筛选得到具有差异甲基化水平的目标位点；
[0010]对所述目标位点进行处理得到第一标志物；
[0011]基于文献收录的多种泌尿系统癌症的患者样本异常基因的甲基化状态确定第二标志物，其中，所述患者样本异常基因的上游或第一外显子区域具有差异甲基化水平；
[0012]基于所述第一标志物和所述第二标志物设计杂交探针，将所述杂交探针确定为泌尿系统癌种检测甲基化标志物。
[0013]可选地，所述基于肿瘤与癌症基因组数据库中多种泌尿系统癌症的癌变组织甲基化水平、癌旁对照组织甲基化水平和基因表达数据库中健康人样本甲基化水平进行筛选得
到具有差异甲基化水平的目标位点的步骤，包括；
[0014]分别去除肿瘤与癌症基因组数据库中多种泌尿系统癌症的癌变组织甲基化水平、癌旁对照组织甲基化水平和基因表达数据库中健康人样本甲基化水平各自的无效值，得到去除无效值后的癌变组织甲基化水平、去除无效值后的癌旁对照组织甲基化水平和去除无效值后的健康人样本甲基化水平；
[0015]分别去除所述去除无效值后的癌变组织甲基化水平、所述去除无效值后的癌旁对照组织甲基化水平和所述去除无效值后的健康人样本甲基化水平各自的异常甲基化值，得到去除异常甲基化值后的癌变组织甲基化水平、去除异常甲基化值后的癌旁对照组织甲基化水平和去除异常甲基化值后的健康人样本甲基化水平；
[0016]使用所述去除异常甲基化值后的癌变组织甲基化水平和所述去除异常甲基化值后的癌旁对照组织甲基化水平分别与所述去除异常甲基化值后的健康人样本甲基化水平做校正T检验得到检验结果，基于所述检验结果从各个CpG(胞嘧啶
‑
磷酸
‑
鸟嘌呤，双核甘酸)位点中确定保留位点，其中，所述保留位点的假定值小于第一预设阈值且所述保留位点的假定值小于各个所述CpG位点中预设比例的位点的假定值；
[0017]从各个所述保留位点中确定具有差异甲基化水平的目标位点，其中，所述目标位点对应的癌变组织甲基化水平、所述目标位点对应的癌旁对照组织甲基化水平和所述目标位点对应的健康人样本甲基化水平之间的差值大于第二预设阈值，所述目标位点对应的癌变组织甲基化水平、所述目标位点对应的癌旁对照组织甲基化水平和所述目标位点对应的健康人样本甲基化水平之间的差异Log FC绝对值大于第三预设阈值，且所述目标位点对应的癌变组织甲基化水平、所述目标位点对应的癌旁对照组织甲基化水平和所述目标位点对应的健康人样本甲基化水平之间的甲基化OR值处于预设范围内。
[0018]可选地，所述方法还包括：
[0019]检测所述目标位点的预设距离内是否存在450K甲基化芯片覆盖位点；
[0020]若存在所述450K甲基化芯片覆盖位点，则检测所述450K甲基化芯片覆盖位点的甲基化水平变化方向与所述450K甲基化芯片覆盖位点对应的健康人样本甲基化水平的变化方向是否一致；
[0021]若所述变化方向一致，则保留所述目标位点；
[0022]若所述变化方向不一致，则去除所述目标位点。
[0023]可选地，所述对所述目标位点进行处理得到第一标志物的步骤，包括：
[0024]基于所述目标位点进行延伸得到延伸后位点；
[0025]将所述延伸后位点中所述泌尿系统癌种共有的位点作为第一标志物。
[0026]可选地，所述基于所述目标位点进行延伸得到延伸后位点的步骤，包括：
[0027]对于各个所述目标位点中的任意目标位点，检测所述任意目标位点与相邻目标位点之间的碱基对是否大于第四预设阈值；
[0028]若所述任意目标位点与所述相邻目标位点之间的碱基对小于或者等于所述第四预设阈值，则基于所述任意目标位点第一预设数量的碱基对得到第一标志物；
[0029]若所述相邻距离大于所述第四预设阈值，则基于所述任意目标位点延伸第二预设数量的碱基对得到所述第一标志物。
[0030]可选地，所述基于所述任意目标位点第一预设数量的碱基对得到第一标志物的步
骤，包括：
[0031]基于所述任意目标位点和所述相邻目标位点延伸第一预设数量的碱基对得到延伸后的任意目标位点和延伸后的相邻目标位点，并检测所述延伸后的任意目标位点和所述延伸后的相邻目标位点之间的碱基对是否小于第五预设阈值；
[0032]若所述延伸后的任意目标位点和所述延伸后的相邻目标位点之间的碱基对小于所述第五预设阈值，则基于所述延伸后的任意目标位点和所述延伸后的相邻目标位点进行延伸，以将所述任意目标位点和所述相邻目标位点之间的碱基对补充至于所述第五预设阈值得到第一标志物；
[0033]若所述延伸后的任意目标位点和所述延伸后的相邻目标位点之间的碱基对大于或者等于所述第五预设阈值，确定基于所述任意目标位点和所述相邻目标位点延伸所述第一预设数量的碱基对后得到所述第一标志物。
[0034]可选地，所述基于所述异常基因确定第二标志物的步骤，包括：
[0035]将基于所述异常基因的常用转录本的转录起始位点为中心的第三预设范围的碱基对作为第二标志物本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种用于检测泌尿系统癌种的甲基化标志物组合，其特征在于，所述甲基化标志物组合包括说明书中表1的全部甲基化标志物。2.如权利要求1所述的用于检测泌尿系统癌种的甲基化标志物组合，其特征在于，所述泌尿系统癌种包括膀胱癌、肾透明细胞癌、乳头状肾细胞癌、前列腺癌和睾丸癌。3.如权利要求2所述的用于检测泌尿系统癌种的甲基化标志物组合，其特征在于，所述甲基化标志物组合中的各个甲基化标志物为膀胱癌、肾透明细胞癌、乳头状肾细胞癌、前列腺癌和睾丸癌共有的甲基化标志物。4.一种用于检测泌尿系统癌种的甲基化标志物组合的筛选方法，其特征在于，所述筛选方法用于筛选得到如权利要求1至3所述的用于检测泌尿系统癌种的甲基化标志物组合，所述用于检测泌尿系统癌种的甲基化标志物组合的筛选方法包括：基于肿瘤与癌症基因组数据库中多种泌尿系统癌症的癌变组织甲基化水平、癌旁对照组织甲基化水平和基因表达数据库中健康人样本甲基化水平进行筛选得到具有差异甲基化水平的目标位点；对所述目标位点进行处理得到第一标志物；基于文献收录的多种泌尿系统癌症的患者样本异常基因的甲基化状态确定第二标志物，其中，所述患者样本异常基因的上游或第一外显子区域具有差异甲基化水平；基于所述第一标志物和所述第二标志物设计杂交探针，将所述杂交探针确定为泌尿系统癌种检测甲基化标志物。5.如权利要求4所述的用于检测泌尿系统癌种的甲基化标志物组合的筛选方法，其特征在于，所述基于肿瘤与癌症基因组数据库中多种泌尿系统癌症的癌变组织甲基化水平、癌旁对照组织甲基化水平和基因表达数据库中健康人样本甲基化水平进行筛选得到具有差异甲基化水平的目标位点的步骤，包括；分别去除肿瘤与癌症基因组数据库中多种泌尿系统癌症的癌变组织甲基化水平、癌旁对照组织甲基化水平和基因表达数据库中健康人样本甲基化水平各自的无效值，得到去除无效值后的癌变组织甲基化水平、去除无效值后的癌旁对照组织甲基化水平和去除无效值后的健康人样本甲基化水平；分别去除所述去除无效值后的癌变组织甲基化水平、所述去除无效值后的癌旁对照组织甲基化水平和所述去除无效值后的健康人样本甲基化水平各自的异常甲基化值，得到去除异常甲基化值后的癌变组织甲基化水平、去除异常甲基化值后的癌旁对照组织甲基化水平和去除异常甲基化值后的健康人样本甲基化水平；使用所述去除异常甲基化值后的癌变组织甲基化水平和所述去除异常甲基化值后的癌旁对照组织甲基化水平分别与所述去除异常甲基化值后的健康人样本甲基化水平做校正T检验得到检验结果，基于所述检验结果从各个CpG位点中确定保留位点，其中，所述保留位点的假定值小于第一预设阈值且所述保留位点的假定值小于各个所述CpG位点中预设比例的位点的假定值；从各个所述保留位点中确定具有差异甲基化水平的目标位点，其中，所述目标位点对应的癌变组织甲基化水平、所述目标位点对应的癌旁对照组织甲基化水平和所述目标位点对应的健康人样本甲基化水平之间的差值大于第二预设阈值，所述目标位点对应的癌变组织甲基化水平、所述目标位点对应的癌旁对照组织甲...

【专利技术属性】
技术研发人员：许明炎，张晓妮，万学斌，许家铭，
申请(专利权)人：深圳市海普洛斯生物科技有限公司，
类型：发明
国别省市：