与苦瓜性别紧密连锁的KASP分子标记及其应用制造技术

本发明专利技术属于生物分子标记技术领域，本发明专利技术提供了一种与苦瓜性别紧密连锁的KASP分子标记及其应用。所述KASP分子标记在苦瓜基因1号染色体的第20075506位、第20576810位和第20597564位碱基。本发明专利技术所述的KASP分子标记方法可用于苦瓜性别的鉴定、苦瓜雌性系的改良育种，所述3组KASP分子标记的引物组的特异性更好、灵敏度更高、重复性更好，使得检出率高，能够更准确的鉴定出苦瓜性型；且不易受强雌性和假全雌性的影响，可以加速苦瓜雌性系育种工作进程。进程。进程。

【技术实现步骤摘要】
与苦瓜性别紧密连锁的KASP分子标记及其应用


[0001]本专利技术涉及生物分子标记
，尤其涉及与苦瓜性别紧密连锁的KASP分子标记及其应用。

技术介绍

[0002]苦瓜是葫芦科重要的保健型蔬菜，近年来，由于人们对苦瓜药用保健价值认识的不断深入，苦瓜的消费群体从东南亚及我国南方地区逐步扩大到整个亚洲及世界其它地区。
[0003]苦瓜花有雌花、雄花和两性花3种类型，在自然条件下，根据同一植株上不同花的组合，苦瓜的类型分这几种，第一种为同一植株上同时出现雌花和雄花的是雌雄异花类型；第二种为同一植株上只出现雌花的是全雌性类型；第三种为同一植株上同时出现雌花、雄花和两性花的类型，但非常少见。苦瓜雌雄异花类型最为普遍，能自交留种，是苦瓜育种和生产的主要资源来源。根据其雌雄花的比例可分为强雌性株系、非强雌性株系和弱雌性株系，雌雄花比在90
‑
100％之间的株系即为强雌性株系，雌雄花比在10
‑
90％之间的株系即为非强雌性株系，雌雄花比在0
‑
10％之间的株系即为弱雌性株系。强雌性株系的遗传除受本身的遗传因子控制外，其基因的表达还与气候环境因素有关，有些强雌性株夏秋季种植时表现为强雌性株甚至是全雌性株，冬春季种植时则表现为非强雌性株或全雌性株表现为强雌株，这种假全雌性现象影响了苦瓜雌性系选择的效率。苦瓜的雌雄花明显不同，雌花有子房，雄花没有，所以苦瓜性别通过表观性状就能区分开来。传统鉴别方法是至少经过2年的种植观察以确定苦瓜性型，花费时间长，且易受强雌性和假全雌性的影响，阻碍了苦瓜雌性系的选育进程。
[0004]KASP(KompetitiveAllele
‑
Specific PCR，竞争性等位基因特异性PCR)通过荧光探针特异性识别基因位点达到基因分型的效果，可用于检测SNP位点和InDel位点。与SSR、RFLP、InDel等分子标记相比，KASP标记具有检测快速，成本低，易于规模化应用等特点，KASP标记不需要根据DNA片段大小进行分型，能够摆脱传统凝胶电泳这种步骤相对繁琐，低通量，价格又较贵的检测方法，更加适用于现阶段飞速发展的高通量分子检测平台。因此，开发适合于高通量分子检测平台的苦瓜性型KASP分子标记对于提高苦瓜雌性系育种效率具有重要意义。

技术实现思路

[0005]本专利技术的目的在于提供一种检测与苦瓜性别紧密连锁的KASP分子标记相关的引物组、试剂盒及其应用，可准确、稳定的进行鉴定苦瓜性别，而且不易受强雌性和假全雌性的影响，可提高苦瓜雌性系育种效率，利于苦瓜雌性系的改良育种。
[0006]为了实现上述专利技术目的，本专利技术提供以下技术方案：
[0007]本专利技术提供了检测与苦瓜性别紧密连锁的KASP分子标记的引物组，所述引物组为苦瓜基因1号染色体的第20075506位、第20576810位和第20597564位碱基的KASP引物组中
的任一组；
[0008]第20075506位碱基的KASP引物组包括正向引物F1 SEQ ID NO:28，正向引物F2 SEQ ID NO:29，反向引物R SEQ ID NO:30；
[0009]第20576810位碱基的KASP引物组包括正向引物F1 SEQ ID NO:37，正向引物F2 SEQ ID NO:38，反向引物R SEQ ID NO:39；
[0010]第20597564位碱基的KASP引物组包括正向引物F1 SEQ ID NO:40，正向引物F2 SEQ ID NO:41，反向引物R SEQ ID NO:42。
[0011]本专利技术提供了检测与苦瓜性别紧密连锁的KASP分子标记的测序引物组，所述测序引物组为苦瓜基因1号染色体的第20075506位、第20576810位和第20597564位碱基的KASP测序引物组中的任一组；
[0012]第20075506位碱基的KASP测序引物组通过在权利要求1所述的第20075506位碱基的KASP引物组的正向引物F1和正向引物F2上分别连接第一测序接头和第二测序接头获得；
[0013]第20576810位碱基的KASP测序引物组通过在权利要求1所述第20576810位碱基的KASP引物组的正向引物F1和正向引物F2上分别连接第一测序接头和第二测序接头获得；
[0014]第20597564位碱基的KASP测序引物组通过在权利要求1所述第20597564位碱基的KASP引物组的正向引物F1和正向引物F2上分别连接第一测序接头和第二测序接头；
[0015]所述第一测序接头和第二测序接头的5
’
端分别连接不同的荧光基团；所述第一测序接头的序列如SEQ ID NO:49所示，所述第二测序接头的序列如SEQ ID NO:50所示。
[0016]本专利技术还提供了一种用于鉴别苦瓜性别的试剂盒，包括所述的KASP分子标记的引物组或所述的测序引物组。
[0017]作为优选，所述试剂盒中还包括检测试剂。
[0018]本专利技术还提供了所述KASP分子标记的引物组、所述测序引物组或所述试剂盒在苦瓜性别鉴别中的应用。
[0019]本专利技术还提供了所述KASP分子标记的引物组、所述测序引物组或所述试剂盒在苦瓜雌性系的改良育种中的应用。
[0020]本专利技术还提供了一种利用KASP分子标记鉴别苦瓜性别的方法，包括如下步骤：
[0021](1)以苦瓜基因组DNA为模板，利用所述的测序引物组进行PCR扩增反应，获得扩增产物；
[0022](2)对扩增产物进行检测：当检测到的KASP分子标记的第20075506位、第20576810位和第20597564位的基因型分别为TT、GG和AA，则判定为全雌苦瓜品种；
[0023]当检测到的KASP分子标记的第20075506位、第20576810位和第20597564位的基因型分别为TG、GT和CA，则判定为强雌或非强雌苦瓜品种；
[0024]当检测到的KASP分子标记的第20075506位、第20576810位和第20597564位的基因型分别为GG、TT和CC，则判定为弱雌苦瓜品种。
[0025]通过采用上述技术方案，本专利技术具有如下有益效果：
[0026]1.本专利技术技术方案中得到的KASP引物组和KASP测序引物组特异性好、灵敏度高、重复性好，标记分型的效果更好，检出率更高。
[0027]2.本专利技术利用KASP分子标记用于苦瓜性别的鉴定，所述方法不需要根据DNA片段大小进行分型，能够摆脱传统凝胶电泳这种步骤相对繁琐，低通量，价格又较贵的检测方
法，具有操作简便、成本低廉、特异性强、稳定性高的特点。
[0028]3.本专利技术所述方案不易受强雌性和假全雌性的影响，可提高苦瓜雌性系育种效率，加速苦瓜雌性系育种工作进程，利于苦瓜雌性系的改良育种。
附图说明
[0029]图1为KASP分子标记MS20075506、MS20576810和MS20本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.检测与苦瓜性别紧密连锁的KASP分子标记的引物组，其特征在于，所述引物组为苦瓜基因1号染色体的第20075506位、第20576810位和第20597564位碱基的KASP引物组中的任一组；第20075506位碱基的KASP引物组包括正向引物F1 SEQ ID NO:28，正向引物F2 SEQ ID NO:29，反向引物R SEQ ID NO:30；第20576810位碱基的KASP引物组包括正向引物F1 SEQ ID NO:37，正向引物F2 SEQ ID NO:38，反向引物R SEQ ID NO:39；第20597564位碱基的KASP引物组包括正向引物F1 SEQ ID NO:40，正向引物F2 SEQ ID NO:41，反向引物R SEQ ID NO:42。2.检测与苦瓜性别紧密连锁的KASP分子标记的测序引物组，其特征在于，所述测序引物组为苦瓜基因1号染色体的第20075506位、第20576810位和第20597564位碱基的KASP测序引物组中的任一组；第20075506位碱基的KASP测序引物组通过在权利要求1所述的第20075506位碱基的KASP引物组的正向引物F1和正向引物F2上分别连接第一测序接头和第二测序接头获得；第20576810位碱基的KASP测序引物组通过在权利要求1所述第20576810位碱基的KASP引物组的正向引物F1和正向引物F2上分别连接第一测序接头和第二测序接头获得；第20597564位碱基的KASP测序引物组通过在权利要求1所述第20597564位碱基的KASP引物组的正向引...

【专利技术属性】
技术研发人员：黄玉辉，黄如葵，陈小凤，冯诚诚，刘杏连，黄熊娟，琚茜茜，梁家作，
申请(专利权)人：广西壮族自治区农业科学院，
类型：发明
国别省市：