一种检测待测样本所属个体是否患有遗传病的试剂盒制造技术

本发明专利技术提供了一种检测胎儿是否患有遗传病的试剂盒，所检测的SNP位点位于人类基因组第16号染色体的SEA缺失区域的上游和/或下游。本发明专利技术的检验α

【技术实现步骤摘要】
一种检测待测样本所属个体是否患有遗传病的试剂盒


[0001]本专利技术涉及基因检测
，具体涉及一种检测待测样本所属个体是否患有单基因遗传病的试剂盒。

技术介绍

[0002]地中海贫血是一种单基因遗传性疾病，主要携带者在热带和亚热带地区。中国南方沿海地区是地贫高发区，部分省份高达25％的人携带地贫变异。根据基因变异的分子生物学特征，地贫分为α
‑
地贫、β
‑
地贫和δ
‑
地贫。我国α
‑
地贫携带者总数超过其他类型地贫携带者，其中广西α
‑
地贫携带率高达17％。
[0003]α
‑
地贫可以分为缺失型和非缺失型两大基因类型。95％以上为缺失型，是由于α珠蛋白基因大片段缺失所致。α珠蛋白基因位于16号染色体上，每条16号染色体上有2个α珠蛋白基因，一对16号染色体上有4个珠蛋白基因。地贫具有高度的遗传异质性。一条染色体上缺失或缺陷1个α基因(α珠蛋白基因)，为α
+
地贫，表现为α
‑
珠蛋白肽链合成部分受阻，通常缺失一个α基因或一个α基因发生点突变或少数几个碱基的缺失或插入引起(
‑
α/αα，αα/α
T
α)，我国最常见的α
+
地贫基因为
‑
α
3.7
、
‑
α
4.2
缺失型突变以及α
CS
α、α
QS
α和α
>Westmead
α等点突变。缺失2个α基因，为α0地贫，特点为α
‑
珠蛋白肽链合成完全受阻，我国最常见的为
‑‑
SEA
，少见
‑‑
THAI
，而
‑‑
FIL
则更罕见。α
+
地贫或α0地贫携带者存在着下一代出现血红蛋白H病(hemo globinopathy H，Hb H)(
‑‑
/
‑
α或
‑‑
/α
T
α)或重型的Hb Bart's水肿综合症胎儿的风险。Hb H基因型与该病临床症状严重程度相关，可以是轻度贫血，也可以是重度贫血。最常见的是α0地贫与α
+
地贫的复合缺失型Hb H病。然而非缺失型的Hb H病也占有相当的比例，这类病人比那些缺了3个α珠蛋白基因所表现出来的临床贫血症状更严重。
[0004]胚胎植入前遗传学检测(preimplantation genetic testing，PGT)又称为第三代试管婴儿。是指在辅助生殖过程中对植入前的胚胎进行基因突变或染色体检测，选择正常的胚胎植入宫腔，以降低家族遗传性疾病、染色体异常及反复流产等风险的遗传学检测技术。
[0005]PGT从源头上真正实现了优生优育。PGT技术的最大难点在于样本量极少，仅为一至数个细胞，容易发生等位基因脱扣(allele drop
‑
out，ADO)，从而造成误诊。经研究表明，ADO是造成PGT误诊的主要原因。为了提高诊断准确性、降低误诊率，可以加入致病基因上下游多态位点(SNP)连锁分析来进行遗传学诊断。目前，基于二代测序的多重PCR扩增与单体型分析技术的结合是α
‑
地中海贫血胚胎植入前遗传学检测诊断中最常见的检测手段，不仅可以对α
‑
地中海贫血突变的直接检测结果进一步确认，还能预防等位基因脱扣(ADO)导致的PGT
‑
M误诊。但是无论一个位点多态性有多高，一旦脱扣，就没有任何诊断价值。所以，需要选择较多的多态性位点数量，即使一个或几个位点脱扣，还有其他的位点能够提供遗传信息，不影响最终诊断。而且，在配子进行减数分裂的过程中，SNP位点和致病基因之间可能发生重组，两者距离越远，发生重组的可能性越大。所以在α
‑
地中海贫血的检测中，需要提供一套更好更具有特异性的SNP位点组合并设计一套特异性引物组合，助力α
‑
地中海贫血
突变的检出。
[0006]目前应用于α
‑
地中海贫血的胚胎植入前遗传学检测诊断方法是发育至第5天或者第6天的囊胚行活检，对活检细胞进行全基因组扩增后，再利用相应技术进行诊断。目前常用的实验技术包括gap
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PCR、巢式PCR以及多重PCR。gap
‑
PCR具有灵敏度高的优点，但是gap
‑
PCR需要对缺失片段设计特异性探针，探针设计难度大，合成工艺要求及成本高。巢式PCR有内外两对引物，RCR反应分为两步，相对普通PCR，巢式PCR提高了PCR技术的灵敏度、特异性和精确度，但是巢式PCR需要两次扩增，操作复杂，交叉污染几率大，且对引物的要求更高。多重PCR捕获目标序列具有操作简单、成本低，对样本起始量要求低，大大缩短了检测流程和检测时间。然而，多重PCR拟捕获目标区域越多，则扩增的特异性、准确性、均一性就会受到影响，多重PCR捕获技术的实现难度越大。
[0007]与此同时，现有技术中使用“SEA缺失区域+下游区域”进行单体型分析，会造成一旦下游大片区域发生重组，从而造成对个体的单体型遗传自哪一个亲本进行判断时出现错误的结果。

技术实现思路

[0008]根据第一方面，在一实施例中，提供一种检测SNP位点的试剂在制备用于检测待测样本所属个体是否患有遗传疾病或患有遗传疾病的风险度的试剂盒中的用途，所述SNP位点位于人类基因组第16号染色体的SEA缺失区域的上游和/或下游1Mb的连锁内。
[0009]根据第二方面，在一实施例中，提供一种检测待测样本所属个体是否患有遗传疾病或患有遗传疾病的风险度的试剂盒，所述试剂盒包含用于检测人类基因组第16号染色体的SEA缺失区域的上游和/或下游的SNP位点的引物。
[0010]根据第三方面，在一实施例中，提供一种检测待测样本所属个体是否患有遗传疾病或患有遗传疾病的风险度的方法，所述方法包含对人类基因组第16号染色体的SEA缺失区域的上游和/或下游的SNP位点进行单体型分析检测。
[0011]专利技术效果
[0012]在一个具体的实施方式中，本专利技术的检验α
‑
地贫突变构建单体型的SNP位点来自
‑‑
SEA
、
‑
α
3.7
或
‑
α
4.2
突变缺失区域特异性区域。
[0013]在一个具体的实施方式中，本专利技术的检验α
‑
地贫突变构建单体型的SNP位点来自α
CS
α、α
QS
α或α
Westmead
α等点突变靶向位点。
[0014]在一个具体的实施方式中，本专利技术的检验α
‑
地贫突变构建单体型的SNP位点来自
‑‑
SEA本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种检测SNP位点的试剂在制备用于检测待测样本所属个体是否患有遗传疾病或患有遗传疾病的风险度的试剂盒中的用途，所述SNP位点位于人类基因组第16号染色体的SEA缺失区域的上游和/或下游。2.如权利要求1所述的用途，其特征在于，所述SNP位点位于所述SEA缺失区域上游的如下位置中的至少一个碱基对：39279、42391、44919、47354、47610、51263、51277、51304、53009、53423、53923、55320、55325、55444、56777、57162、57275、58586、59673、60167、60927、62114、62378、62515、63495、63926、63972、64537、65043、65074、65659、65819、68659、68811、72212、72784、72850、72884、73222、73898、74142、74163、74473、75343、75463、75758、77231、77578、77825、77828、77906、78180、78955、80198、80854、80894、81110、81554、81566、82225、82247、82511、83947、84442、84458、84746、86143、86259、86889、88020、88033、89088、89369、89603、91707、92827、93505、95327、95360、96489、96963、96967、98354、102222、103235、105322、105510、105891、105968、107143、111939、112999、113599、113668、120045、120329、123184、124170、125727、125728、126158、126744、130407、135103、135124、137430、137510、138304、138607、140238、142315、143587、148094、149541、151184、155036、157060、157612、157910、159817、161106、161107、162329、163800、163804、165380。3.如权利要求1所述的用途，其特征在于，所述SNP位点位于所述SEA缺失区域下游的如下位置中的至少一个碱基对：190281、197889、198358、198419、206279、211867、225998、227459、235314、239695、243563、250389、254804、261854、262254、263407、266891、266901、272935、274052、276826、286660、299293、306689、308161、309953、310303、310888、311873、312638、315024、319413、320484、327623、330425、340780、342461、346264、354750、355416、361092、363747、364374、364608、366663、369092、370678、373420、373423、376432、377309、377349、377479、377516、377657、377784、377820、377866、379129、379951、382751、389550、389618、391710、397416、399162、399345、399934、400165、400309、407226、411762、427619、440645、440835、442529、445538、464407、466922、472672、484765、484954、487979、489140、489429、489882、4...

【专利技术属性】
技术研发人员：张钰，马晓冰，李洪洲，王晓丽，
申请(专利权)人：广东菲鹏生物有限公司，
类型：发明
国别省市：