一种基于特异探针及SNP位点的牛布鲁氏杆菌鉴定方法技术

本发明专利技术公开了一种基于特异探针及SNP位点的牛布鲁氏杆菌鉴定方法。本发明专利技术涉及生物技术领域，具体涉及一种基于特异探针及SNP位点的牛布鲁氏杆菌鉴定方法。本发明专利技术的鉴定或辅助鉴定牛布鲁氏杆菌的方法包括如下步骤：S1)、提取待测样品的基因组DNA(双链DNA)；S2)、对基因组DNA进行测序，得到测序结果；S3)、将测序结果与鉴定牛布鲁氏杆菌的特异性探针进行序列比对，根据序列比对结果确定或辅助确定待测样品是否为牛布鲁氏杆菌或是否含有牛布鲁氏杆菌。本方法可以快速简便高效地鉴定出该样品是否含有牛布鲁氏杆菌。有牛布鲁氏杆菌。

【技术实现步骤摘要】
一种基于特异探针及SNP位点的牛布鲁氏杆菌鉴定方法


[0001]本专利技术涉及生物
，具体涉及一种基于特异探针及SNP位点的牛布鲁氏杆菌鉴定方法。

技术介绍

[0002]布鲁氏杆菌(Brucella)是一种兼性胞内寄生的革兰氏阴性细菌，能够引起人兽共患的慢性传染性疾病
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布鲁氏杆菌病(Brucellosis，简称布病)。布病会引起牛、猪、羊等家畜的流产，引起人类的高热病，损害人、畜的生殖系统和关节，对畜牧业的发展以、人类健康和公共卫生产生了较大的危害，是世界上分布最广的人畜共患病。人类感染布病主要是接触了患布病的家畜或者食用了各种被病菌污染的食品或动物产品。布鲁氏杆菌病在《中华人民共和国传染病防治法》规定为乙类传染病，布鲁氏杆菌具有高度的感染性，被认为是潜在的生物武器。
[0003]根据布鲁氏杆菌的生化特性、对自然宿主的选择性和致病性，将布鲁氏杆菌属主要分为6个种，分别为羊种(Brucella melitensis)、牛种(Brucella abortus)、猪种(Brucella suis)、沙林鼠种(Bruc本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.鉴定或辅助鉴定牛布鲁氏杆菌的方法，其特征在于：所述方法包括如下步骤：S1)、提取待测样品的基因组DNA；S2)、对所述基因组DNA进行测序，得到测序结果；S3)、将所述测序结果与鉴定牛布鲁氏杆菌的特异性探针进行序列比对，根据序列比对结果确定或辅助确定待测样品是否为牛布鲁氏杆菌或是否含有牛布鲁氏杆菌；如果序列比对结果表明待测样品的基因组DNA序列中含有所述特异性探针中任一种探针，该待测样品为牛布鲁氏杆菌或含有牛布鲁氏杆菌；如果序列比对结果表明待测样品的基因组DNA序列中不含有所述特异性探针，该待测样品为非牛布鲁氏杆菌或不含有牛布鲁氏杆菌；所述特异性探针包含名称为探针1至探针28的28种单链DNA至少一种：探针1含有SNP(单核苷酸多态性)位点1，所述SNP位点1为序列1的第100位核苷酸且该核苷酸为T；探针2含有SNP(单核苷酸多态性)位点2，所述SNP位点2为序列2的第100位核苷酸且该核苷酸为T；探针3含有SNP(单核苷酸多态性)位点3，所述SNP位点3为序列3的第100位核苷酸且该核苷酸为T；探针4含有SNP(单核苷酸多态性)位点4，所述SNP位点4为序列4的第100位核苷酸且该核苷酸为A；探针5含有SNP(单核苷酸多态性)位点5，所述SNP位点5为序列5的第100位核苷酸且该核苷酸为T；探针6含有SNP(单核苷酸多态性)位点6，所述SNP位点6为序列6的第92位核苷酸且该核苷酸为C；探针7含有SNP(单核苷酸多态性)位点7，所述SNP位点7为序列7的第63位核苷酸且该核苷酸为C；探针8含有SNP(单核苷酸多态性)位点8，所述SNP位点8为序列8的第100位核苷酸且该核苷酸为C；探针9含有SNP(单核苷酸多态性)位点9，所述SNP位点9为序列9的第68位核苷酸且该核苷酸为A；探针10含有SNP(单核苷酸多态性)位点10，所述SNP位点10为序列10的第79位核苷酸且该核苷酸为A；探针11含有SNP(单核苷酸多态性)位点11，所述SNP位点11为序列11的第74位核苷酸且该核苷酸为C；探针12含有SNP(单核苷酸多态性)位点12，所述SNP位点12为序列12的第87位核苷酸且该核苷酸为T；探针13含有SNP(单核苷酸多态性)位点13，所述SNP位点13为序列13的第63位核苷酸且该核苷酸为G，所述SNP位点14为序列13的第64位核苷酸且该核苷酸为C；探针14含有SNP(单核苷酸多态性)位点15，所述SNP位点15为序列14的第100位核苷酸且该核苷酸为G；探针15含有SNP(单核苷酸多态性)位点16，所述SNP位点16为序列15的第69位核苷酸且
该核苷酸为A；探针16含有SNP(单核苷酸多态性)位点17，所述SNP位点17为序列16的第20位核苷酸且该核苷酸为C；所述SNP位点18为序列16的第151位核苷酸且该核苷酸为G；探针17含有SNP(单核苷酸多态性)位点19，所述SNP位点19为序列17的第81位核苷酸且该核苷酸为T；探针18含有SNP(单核苷酸多态性)位点20，所述SNP位点20为序列18的第90位核苷酸且该核苷酸为A；探针19含有SNP(单核苷酸多态性)位点21，所述SNP位点21为序列19的第99位核苷酸且该核苷酸为A；探针20含有SNP(单核苷酸多态性)位点22，所述SNP位点22为序列20的第92位核苷酸且该核苷酸为T；探针21含有SNP(单核苷酸多态性)位点23，所述SNP位点23为序列21的第71位核苷酸且该核苷酸为A；探针22含有SNP(单核苷酸多态性)位点24，所述SNP位点24为序列22的第100位核苷酸且该核苷酸为T；探针23含有SNP(单核苷酸多态性)位点25，所述SNP位点25为序列23的第100位核苷酸且该核苷酸为T；探针24含有SNP(单核苷酸多态性)位点26，所述SNP位点26为序列24的第58位核苷酸且该核苷酸为T；探针25含有SNP(单核苷酸多态性)位点27，所述SNP位点27为序列25的第100位核苷酸且该核苷酸为A，所述SNP位点28为序列25的第136位核苷酸且该核苷酸为T；探针26含有SNP(单核苷酸多态性)位点29，所述SNP位点29为序列26的第78位核苷酸且该核苷酸为T；探针27含有SNP(单核苷酸多态性)位点30，所述SNP位点30为序列27的第100位核苷酸且该核苷酸为T；探针28含有SNP(单核苷酸多态性)位点31，所述SNP位点31为序列28的第69位核苷酸且该核苷酸为T。2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于：所述探针1的核苷酸序列为序列1且所述SNP位点1的核苷酸为T；所述探针2的核苷酸序列为序列2且所述SNP位点2的核苷酸为T；所述探针3的核苷酸序列为序列3且所述SNP位点3的核苷酸为T；所述探针4的核苷酸序列为序列4且所述SNP位点4的核苷酸为A；所述探针5的核苷酸序列为序列5且所述SNP位点5的核苷酸为T；所述探针6的核苷酸序列为序列6且所述SNP位点6的核苷酸为C；所述探针7的核苷酸序列为序列7且所述SNP位点7的核苷酸为C；所述探针8的核苷酸序列为序列8且所述SNP位点8的核苷酸为C；所述探针9的核苷酸序列为序列9且所述SNP位点9的核苷酸为A；所述探针10的核苷酸序列为序列10且所述SNP位点10的核苷酸为A；所述探针11的核苷酸序列为序列11且所述SNP位点11的核苷酸为C；
所述探针12的核苷酸序列为序列12且所述SNP位点12的核苷酸为T；所述探针13的核苷酸序列为序列13且所述SNP位点13的核苷酸为G，且所述SNP位点14的核苷酸为C；所述探针14的核苷酸序列为序列14且所述SNP位点15的核苷酸为G；所述探针15的核苷酸序列为序列15且所述SNP位点16的核苷酸为A；所述探针16的核苷酸序列为序列16且所述SNP位点17的核苷酸为C；且所述SNP位点18的核苷酸为G；所述探针17的核苷酸序列为序列17且所述SNP位点19的核苷酸为T；所述探针18的核苷酸序列为序列18且所述SNP位点20的核苷酸为A；所述探针19的核苷酸序列为序列19且所述SNP位点21的核苷酸为A；所述探针20的核苷酸序列为序列20且所述SNP位点22的核苷酸为T；所述探针21的核苷酸序列为序列21且所述SNP位点23的核苷酸为A；所述探针22的核苷酸序列为序列22且所述SNP位点24的核苷酸为T；所述探针23的核苷酸序列为序列23且所述SNP位点25的核苷酸为T；所述探针24的核苷酸序列为序列24且所述SNP位点26的核苷酸为T；所述探针25的核苷酸序列为序列25且所述SNP位点27的核苷酸为A，且所述SNP位点28的核苷酸为T；所述探针26的核苷酸序列为序列26且所述SNP位点29的核苷酸为T；所述探针27的核苷酸序列为序列27且所述SNP位点30的核苷酸为T；所述探针28的核苷酸序列为序列28且所述SNP位点31的核苷酸为T。3.鉴定或辅助鉴定牛布鲁氏杆菌的装置，所述装置包括：1)序列比对模块：将待测样品的基因组DNA与鉴定牛布鲁氏杆菌的特异性探针进行序列比对，输出序列比对结果，所述特异性探针包含名称为探针1至探针28的28种单链DNA至少一种：探针1含有SNP(单核苷酸多态性)位点1，所述SNP位点1为序列1的第100位核苷酸且该核苷酸为T；探针2含有SNP(单核苷酸多态性)位点2，所述SNP位点2为序列2的第100位核苷酸且该核苷酸为T；探针3含有SNP(单核苷酸多态性)位点3，所述SNP位点3为序列3的第100位核苷酸且该核苷酸为T；探针4含有SNP(单核苷酸多态性)位点4，所述SNP位点4为序列4的第100位核苷酸且该核苷酸为A；探针5含有SNP(单核苷酸多态性)位点5，所述SNP位点5为序列5的第100位核苷酸且该核苷酸为T；探针6含有SNP(单核苷酸多态性)位点6，所述SNP位点6为序列6的第92位核苷酸且该核苷酸为C；探针7含有SNP(单核苷酸多态性)位点7，所述SNP位点7为序列7的第63位核苷酸且该核苷酸为C；探针8含有SNP(单核苷酸多态性)位点8，所述SNP位点8为序列8的第100位核苷酸且该
核苷酸为C；探针9含有SNP(单核苷酸多态性)位点9，所述SNP位点9为序列9的第68位核苷酸且该核苷酸为A；探针10含有SNP(单核苷酸多态性)位点10，所述SNP位点10为序列10的第79位核苷酸且该核苷酸为A；探针11含有SNP(单核苷酸多态性)位点11，所述SNP位点11为序列11的第74位核苷酸且该核苷酸为C；探针12含有SNP(单核苷酸多态性)位点12，所述SNP位点12为序列12的第87位核苷酸且该核苷酸为T；探针13含有SNP(单核苷酸多态性)位点13，所述SNP位点13为序列13的第63位核苷酸且该核苷酸为G，所述SNP位点14为序列13的第64位核苷酸且该核苷酸为C；探针14含有SNP(单核苷酸多态性)位点15，所述SNP位点15为序列14的第100位核苷酸且该核苷酸为G；探针15含有SNP(单核苷酸多态性)位点16，所述SNP位点16为序列15的第69位核苷酸且该核苷酸为A；探针16含有SNP(单核苷酸多态性)位点17，所述SNP位点17为序列16的第20位核苷酸且该核苷酸为C；所述SNP位点18为序列16的第151位核苷酸且该核苷酸为G；探针17含有SNP(单核苷酸多态性)位点19，所述SNP位点19为序列17的第81位核苷酸且该核苷酸为T；探针18含有SNP(单核苷酸多态性)位点20，所述SNP位点20为序列18的第90位核苷酸且该核苷酸为A；探针19含有SNP(单核苷酸多态性)位点21，所述SNP位点21为序列19的第99位核苷酸且该核苷酸为A；探针20含有SNP(单核苷酸多态性)位点22，所述SNP位点22为序列20的第92位核苷酸且该核苷酸为T；探针21含有SNP(单核苷酸多态性)位点23，所述SNP位点23为序列21的第71位核苷酸且该核苷酸为A；探针22含有SNP(单核苷酸多态性)位点24，所述SNP位点24为序列22的第100位核苷酸且该核苷酸为T；探针23含有SNP(单核苷酸多态性)位点25，所述SNP位点25为序列23的第100位核苷酸且该核苷酸为T；探针24含有SNP(单核苷酸多态性)位点26，所述SNP位点26为序列24的第58位核苷酸且该核苷酸为T；探针25含有SNP(单核苷酸多态性)...

【专利技术属性】
技术研发人员：刘先凯，吕宇飞，王恒樑，王东澍，袁璐，朱力，潘超，郭艳，
申请(专利权)人：中国人民解放军军事科学院军事医学研究院，
类型：发明
国别省市：