基于小卫星DNA标记Trip-yark01的叶尔羌高原鳅基因型检测方法技术

基于小卫星DNA标记Trip

【技术实现步骤摘要】
基于小卫星DNA标记Trip
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yark01的叶尔羌高原鳅基因型检测方法


[0001]本专利技术属于叶尔羌高原鳅（Triplophysa yarkandensis）DNA分子遗传标记技术，涉及一种检测叶尔羌高原鳅小卫星DNA标记Trip
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yark01的技术方法，具体是叶尔羌高原鳅小卫星DNA标记Trip
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yark01的基因型检测方法。

技术介绍

[0002]叶尔羌高原鳅（Triplophysa yarkandensis）隶属于高原鳅属(Triplophysa)、鼓鳔亚属(Hedinichthys)，广泛分布于新疆南部的塔里木河水系，是塔里木河流域的优势土著鱼类。叶尔羌高原鳅为底栖冷水性鱼类，其肉质细腻、味道鲜美、营养价值高于一般鱼类，深受广大消费者的欢迎。叶尔羌高原鳅不仅是名贵的新疆特有鱼类，也是我国重要的水产种质资源，有极高的经济开发价值。由于近年来的环境污染、森林破坏和过渡捕捞等人为因素，该鱼的资源面临枯竭，已被成为重要水生野生保护动物。近年来，塔里木大学研究人员已经开始了叶尔羌高原鳅的人工繁育、资源增值及人工驯化养殖研究，并取得了一定的研究成果，有望实现养殖的产业化。叶尔羌高原鳅作为一种新兴的养殖品种，遗传学研究相对薄弱，还没有小卫星DNA标记开发的报道。
[0003]小卫星DNA (Minisatellite DNA)是一种重复DNA小序列，核心序列为10到几百核苷酸的重复，拷贝数10~1000不等。因此，小卫星DNA又称作数目可变串联重复序列(Variable Number of Tandem Repeats，VNTR )。虽然同工酶标记、RAPD标记及AFLP标记技术也可以用于研究叶尔羌高原鳅的遗传结构及其遗传多样性，然而由于这些标记都属于显性遗传标记，检测效率不如小卫星DNA标记等共显性标记高。另外，同工酶标记的缺点是多态性低， RAPD标记的稳定性不好，AFLP标记操作繁琐，这些都大大限制了它们的应用。而小卫星DNA序列广泛分布于真核生物基因组中，其特点是种类多，等位基因数目多，多态性高，共显性，孟德尔遗传方式，并随机分布于基因组中，而且小卫星DNA标记检测效率高，结果稳定。但由于缺乏叶尔羌高原鳅小卫星DNA标记，限制了其分子遗传学研究的发展，所以迫切需要获取小卫星DNA标记以进行叶尔羌高原鳅遗传多样性、个体识别和系谱认证等方面的研究和应用。

技术实现思路

[0004]本专利技术的目的是提供一种高多态性的叶尔羌高原鳅DNA分子遗传标记技术，即叶尔羌高原鳅小卫星DNA标记Trip
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yark01的快速检测方法，以弥补已有技术的不足。
[0005]本专利技术的基本构思主要是利用叶尔羌高原鳅DNA序列中含有的小卫星DNA核心序列，在其两端设计特异性引物并进行PCR检测，从而快速地检测叶尔羌高原鳅每个个体在此小卫星DNA区的遗传变异，获得该引物（小卫星DNA标记Trip
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yark01）对叶尔羌高原鳅的多态性图谱，通过图谱直观地检测出每个个体的基因型。基于上述背景现状和实际要求，本专利技术从叶尔羌高原鳅DNA序列中获取了一个小卫星DNA标记，命名为Trip
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yark01，该小卫星
DNA标记Trip
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yark01可用于叶尔羌高原鳅遗传多样性分析和系谱认证。
[0006]本专利技术是按照以下操作技术方案完成的：首先提取叶尔羌高原鳅肌肉中的基因组DNA并稀释备用；再利用叶尔羌高原鳅基因组DNA序列中含有的小卫星DNA核心序列，在其序列两端设计特异性引物；然后使用该引物对叶尔羌高原鳅不同地理群或叶尔羌高原鳅群内个体的基因组DNA进行PCR扩增，对PCR产物进行变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测，从而确定每个个体的基因型，获得叶尔羌高原鳅的遗传多态性图谱。
[0007]提取叶尔羌高原鳅基因组DNA，将其稀释为100ng/μl，每个PCR反应中加入1μl，反应总体积为25μl。
[0008]含有小卫星DNA序列的DNA序列为：aaagggtgtttgactatttatgtacaatagatttacaattgaggagtttagggttcctgcatccggcacactggggttgtcccaaaaccctcccgcacttgattagcgccccatttagctggttaattgttatagcatagtattattatcagccttaactttggtcccgtctctagcagcattcagggcattagctattcagggcattagctattcagggcattagctattcagggcattagctattcagggcattagctattcagggcattagctattcagggcattagctattcagggcattagctattcagggcattagctattcagggcattagctattcagggcattagctattcagggcattagctattcagggcattagctattcagggcattagctattcagggcattagctattcagggcattagctattcagggcattagctattcagggcattagctattcagggcattagctattcagggcattagctctggtggtcgtcaacaaagaacctgtccaaaggcatgcggatgaaacgggtgaagctcaagctgaaggttgttagacagagctgctgctgctgctgctgctgctgctgctgaatacatgatctttcgcctgacgactactctgttccctggggcactgccagcctttagccgctgctgca其中小卫星DNA核心序列为：ATTCAGGGCATTAGCTATTCAGGGCATTAGCTATTCAGGGCATTAGCTATTCAGGGCATTAGCTATTCAGGGCATTAGCTATTCAGGGCATTAGCTATTCAGGGCATTAGCTATTCAGGGCATTAGCTATTCAGGGCATTAGCTATTCAGGGCATTAGCTATTCAGGGCATTAGCTATTCAGGGCATTAGCTATTCAGGGCATTAGCTATTCAGGGCATTAGCTATTCAGGGCATTAGCTATTCAGGGCATTAGCTATTCAGGGCATTAGCTATTCAGGGCATTAGCTATTCAGGGCATTAGCTATTCAGGGCATTAGCT。
[0009]Trip
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yark01小卫星DNA引物序列为：正链5
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，负链5
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，使用该引物时的退火温度为55℃。
[0010]小卫星DNA核心序列和引物序列是本专利技术的核心，在叶尔羌高原鳅遗传多样性检测中呈现高度多态性。
[0011]PCR本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一组利用小卫星DNA标记Trip
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yark01对叶尔羌高原鳅基因型进行检测的引物，其特征在于，其中所述的引物为序列：正链5
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atcagccttaactttggtcccgt
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，负链5
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，使用该标记时的退火温度为55℃。2.利用小卫星DNA标记Trip
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yark01对叶尔羌高原鳅基因型进行检测的方法，其特征在于，首先提取叶尔羌高原鳅肌肉中的基因组DNA并稀释备用；再利用叶尔羌高原鳅DNA序列中含有的微卫星核心序列，使用特异性引物对叶尔羌高原鳅不同个体的基因组DNA进行PCR扩增，对PCR产物进行变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测，从而确定叶尔羌高原鳅不同个体在Trip
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yark01核心序列区的基因型，其中所述的叶尔羌高原鳅小卫星DNA标记Trip
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yark01即特异性引物为：正链5
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atcagccttaactttggtcccgt
ꢀ‑3’
，负链5
’‑ꢀ
atccgcatgcctttggacaggt
ꢀ‑3’
，使用该标记时的退火温...

【专利技术属性】
技术研发人员：刘云国，李瑶瑶，陈生熬，张海光，刘凌霄，全先庆，隋智海，张如华，
申请(专利权)人：临沂大学，
类型：发明
国别省市：