【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于治疗癌症的剪接衍生抗原的鉴定
技术介绍
[0001]本申请要求于2019年11月13日提交的美国临时专利申请第62/934914号和于2019年11月8日提交的美国临时专利申请第62/932751号的优先权权益，其均通过引用整体并入本文。
[0002]本专利技术是在美国国立卫生研究院颁发的授权号为CA211015和CA233074的政府支持下完成的。政府对本专利技术享有一定的权利。
II.
[0003]本专利技术涉及癌症治疗领域。
[0004]III.
技术介绍
[0005]癌症免疫治疗在过去十年中获得了巨大的发展势头。人们认为检查点抑制剂例如针对PD
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1和CTLA
‑
4的中和抗体的临床有效性是由于它们能够重新活化肿瘤特异性T细胞。同时，过继细胞治疗使用基因修饰的T细胞受体(TCR)或合成嵌合抗原受体T细胞(CAR
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T)来识别肿瘤特异性抗原。近年来，癌细胞表达特异性T细胞反应性抗原的发现激发了对表位的发现。然而，肿瘤抗原的鉴定仍然是一个重大挑战...
【技术保护点】
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种合成抗原肽的方法，所述方法包括：鉴定源自肿瘤组织的RNA
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seq数据中的可变剪接事件；获得包括剪接点数据的可变剪接事件的参照组，其中可变剪接事件的参照组源自健康匹配的组织、身体的其他组织或类似的第二肿瘤组织；通过比较源自肿瘤组织的可变剪接事件与可变剪接事件的参照组来检测肿瘤组织中的肿瘤可变剪接事件；从检测到具有肿瘤可变剪接事件的肿瘤组织的RNA
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seq数据中选择可变异形体；生成基于跨越所选可变异形体的检测到的肿瘤可变剪接事件的剪接点的核苷酸序列衍生的肽。2.根据权利要求1所述的方法，其中所选异形体是基于与参照组的健康匹配的组织或身体的其他组织相比在肿瘤组织中以更高水平存在的肿瘤剪接事件来选择的。3.根据权利要求1或2所述的方法，其中所选异形体是基于与参照组的健康匹配的组织或身体的其他组织相比在第二肿瘤组织中以更高水平存在的肿瘤剪接事件来选择的。4.根据权利要求1、2或3所述的方法，其中可变剪接事件是外显子跳跃、外显子包含、可变3
′
剪接位点和可变5
′
剪接位点或内含子保留。5.根据权利要求1至4中任一项所述的方法，其中RNA
‑
seq数据中的可变剪接事件是使用rMATS包来鉴定的。6.根据权利要求1至5中任一项所述的方法，其中通过比较肿瘤组织中可变异形体的相对丰度或出现率和参照组织组中可变异形体的相对丰度或患病率来确定肿瘤可变剪接事件。7.根据权利要求1至6中任一项所述的方法，其中参照组织组包括来自与肿瘤组织具有相同组织来源的健康组织的可变剪接事件。8.根据权利要求6或7所述的方法，其中通过比较肿瘤组织中可变异形体的相对表达与参照组织组中可变异形体的相对表达来确定可变异形体的相对丰度。9.根据权利要求6或7所述的方法，其中通过比较肿瘤组织组中表达可变异形体的样品的数量和参照组织组中表达可变异形体的样品的数量来确定可变异形体的出现率。10.根据权利要求1至9中任一项所述的方法，其中至少一种可变异形体的选择是基于对肿瘤性可变剪接事件的显著性的统计来推断的。11.根据权利要求1至10中任一项所述的方法，其中确定所产生的肽为T细胞受体(TCR)靶标。12.根据权利要求11所述的方法，其中所产生的肽的计算的中值HLA结合亲和力(IC
50
)小于500nM。13.根据权利要求1至2中任一项所述的方法，其中所产生的肽是细胞外结构域的一部分。14.根据权利要求1至13中任一项所述的方法，其中所产生的肽在质谱数据中被鉴定。15.根据权利要求1至14中任一项所述的方法，其中所产生的肽是通过固相肽合成来合成的。16.根据权利要求1至14中任一项所述的方法，其中所产生的肽是通过在宿主细胞中的分子表达来合成的。
17.根据权利要求1至16中任一项所述的方法，其中将所产生的肽用于确定肽的免疫原性的测定中。18.根据权利要求1至16中任一项所述的方法，其中将所产生的肽用于确定T细胞的识别的测定中。19.根据权利要求1至16中任一项所述的方法，其中将所产生的肽用于治疗肿瘤的肽疫苗中。20.根据权利要求1至16中任一项所述的方法，其中所产生的肽用于开发T细胞的经修饰的T细胞受体。21.根据权利要求1至16中任一项所述的方法，其中所产生的肽用于产生抗体。22.根据权利要求1至16中任一项所述的方法，其中所产生的肽用于开发T细胞的嵌合抗原受体。23.根据权利要求1至23中任一项所述的方法，其中肿瘤是以下之一：急性淋巴细胞白血病(ALL)、急性髓细胞白血病(AML)、肛门癌、星形细胞瘤、基底细胞癌、胆管癌、膀胱癌、乳腺癌、伯基特淋巴瘤、宫颈癌、慢性淋巴细胞白血病(CLL)、慢性粒细胞白血病(CML)、慢性骨髓增生性肿瘤、结直肠癌、弥漫性大B细胞淋巴瘤、子宫内膜癌、室管膜瘤、食道癌、鼻腔神经母细胞瘤、尤文肉瘤、输卵管癌、滤泡性淋巴瘤、胆囊癌、胃癌、胃肠道类癌肿瘤、毛细胞白血病、肝细胞癌、霍奇金淋巴瘤、下咽癌、卡波西肉瘤、肾癌、朗格汉斯细胞组织细胞增生症、喉癌、白血病、肝癌、肺癌、淋巴瘤、黑色素瘤、默克尔细胞癌、间皮瘤、口腔癌、神经母细胞瘤、非霍奇金淋巴瘤、非小细胞肺癌、骨肉瘤、卵巢癌、胰腺癌、胰腺神经内分泌肿瘤、咽癌、垂体瘤、前列腺癌、直肠癌、肾细胞癌、视网膜母细胞瘤、皮肤癌、小细胞肺癌、小肠癌、鳞状颈癌、T细胞淋巴瘤、睾丸癌、胸腺瘤、甲状腺癌、子宫癌、阴道癌或血管瘤。24.根据权利要求1至23中任一项所述的方法，其中肿瘤组织来源于肿瘤活检、淋巴结活检、手术切除或液体活检/软活检。25.一种工程化T细胞受体(TCR)，其包括：包含与SEQ ID NO：30具有至少90％序列同一性的氨基酸序列的TCRα(TCR
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a)CDR3和包含与SEQ ID NO：31具有至少90％序列同一性的氨基酸序列的TCRβ(TCR
‑
b)CDR3；包含与SEQ ID NO：32具有至少90％序列同一性的氨基酸序列的TCRα(TCR
‑
a)CDR3和包含与SEQ ID NO：33具有至少90％序列同一性的氨基酸序列的TCRβ(TCR
‑
b)CDR3；包含与SEQ ID NO：34具有至少90％序列同一性的氨基酸序列的TCRα(TCR
‑
a)CDR3和包含与SEQ ID NO：35具有至少90％序列同一性的氨基酸序列的TCRβ(TCR
‑
b)CDR3；包含与SEQ ID NO：36具有至少90％序列同一性的氨基酸序列的TCRα(TCR
‑
a)CDR3和包含与SEQ ID NO：37具有至少90％序列同一性的氨基酸序列的TCRβ(TCR
‑
b)CDR3；包含与SEQ ID NO：38具有至少90％序列同一性的氨基酸序列的TCRα(TCR
‑
a)CDR3和包含与SEQ ID NO：39具有至少90％序列同一性的氨基酸序列的TCRβ(TCR
‑
b)CDR3；包含与SEQ ID NO：40具有至少90％序列同一性的氨基酸序列的TCRα(TCR
‑
a)CDR3和包含与SEQ ID NO：41具有至少90％序列同一性的氨基酸序列的TCRβ(TCR
‑
b)CDR3；包含与SEQ ID NO：42具有至少90％序列同一性的氨基酸序列的TCRα(TCR
‑
a)CDR3和包含与SEQ ID NO：43具有至少90％序列同一性的氨基酸序列的TCRβ(TCR
‑
b)CDR3；或包含与来自表6中所列克隆型的TCR
‑
a和TCR
‑
b CDR3对具有至少90％序列同一性的氨
基酸序列的TCR
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a和TCR
‑
b CDR3。26.根据权利要求25所述的TCR，其中TCR包含：包含与SEQ ID NO：44具有至少80％序列同一性的氨基酸序列的TCRα(TCR
‑
a)可变区和包含与SEQ ID NO：45具有至少80％序列同一性的氨基酸序列的TCRβ(TCR
‑
b)可变区；包含与SEQ ID NO：46具有至少80％序列同一性的氨基酸序列的TCRα(TCR
‑
a)可变区和包含与SEQ ID NO：47具有至少80％序列同一性的氨基酸序列的TCRβ(TCR
‑
b)可变区；或包含与SEQ ID NO：48具有至少80％序列同一性的氨基酸序列的TCRα(TCR
‑
a)可变区和包含与SEQ ID NO：49具有至少80％序列同一性的氨基酸序列的TCRβ(TCR
‑
b)可变区。27.根据权利要求25或26所述的TCR，其中TCR包含组成为双特异性TCR。28.根据权利要求27所述的TCR，其中双特异性TCR包含靶向或选择性结合CD3的scFv。29.根据权利要求25至28中任一项所述的TCR，其中可溶性TCR还定义为单链TCR(scTCR)，其中α链和β链通过柔性接头共价连接。30.根据权利要求25至29中任一项所述的TCR，其中TCR包含修饰或者是嵌合的。31.一种或多于一种核酸，其编码根据权利要求25或30所述的TCR。32.根据权利要求31所述的核酸，其中核酸包含编码TCR的cDNA。33.一种核酸载体，其包含根据权利要求31或32所述的核酸。34.根据权利要求33所述的载体，其中载体包含TCRα和TCRβ基因。35.一种细胞，其包含根据权利要求25或30所述的TCR、根据权利要求31或32所述的核酸或根据权利要求33或34所述的载体。36.根据权利要求35所述的细胞，其中细胞是免疫细胞。37.根据权利要求35或36所述的细胞，其中细胞包括干细胞、祖细胞、T细胞、NK细胞、不变NK细胞、NKT细胞、间充质干细胞(MSC)、诱导多能干细胞(iPS)、调节性T细胞、CD8+T细胞、CD4+T细胞或γδT细胞。38.根据权利要求37所述的细胞，其中细胞包括造血干细胞或祖细胞、T细胞或诱导多能干细胞(iPSC)。39.根据权利要求35至38中任一项所述的细胞，其中细胞是自体的。40.根据权利要求35至38中任一项所述的细胞，其中细胞是同种异体的。41.根据权利要求35至40中任一项所述的细胞，其中细胞分离自癌症患者。42.根据权利要求35至41中任一项所述的细胞，其中细胞是HLA
‑
A型。43.根据权利要求42所述的细胞，其中细胞是HLA
‑
A*03：01型、HLA
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A*01：01型或HLA
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A*02：01型。44.一种组合物，其包含根据权利要求35至43中任一项所述的细胞。45.根据权利要求44所述的组合物，其中确定本公开内容的组合物为无血清、无支原体、无内毒素和/或无菌的。46.一种方法，所述方法包括将根据权利要求32或33所述的核酸或根据权利要求34所述的载体转移到细胞中。47.根据权利要求46所述的方法，其中所述方法还包括在培养基中培养细胞、在允许细胞分裂的条件下孵育细胞、筛选细胞和/或冷冻细胞。48.一种用于治疗对象脑癌的方法，所述方法包括将根据权利要求44或45所述的组合
物施用于对象。49.根据权利要求48所述的方法，其中脑癌包括胶质母细胞瘤或神经胶质瘤。50.根据权利要求48或49所述的方法，其中对象先前已经接受过癌症治疗。51.根据权利要求50所述的方法，其中确定对象对先前的治疗有抗性。52.根据权利要求48至51中任一项所述的方法，其中方法还包括施用另外的治疗。53.根据权利要求48至52中任一项所述的方法，其中癌症包括I、II、III或IV期癌症。54.根据权利要求48至53中任一项所述的方法，其中癌症包括转移性...
【专利技术属性】
技术研发人员：邢毅，罗伯特，
申请(专利权)人：加利福尼亚大学董事会，
类型：发明
国别省市：
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