【技术实现步骤摘要】
定量产品对人微生物组影响的方法
[0001]相关申请的交叉引用
[0002]本申请要求2022年5月11日提交的美国临时专利申请63/340,634和2021年10月6日提交的美国临时专利申请63/252,818的较早申请日的权益，这些申请中的每一者的全部内容据此以引用方式并入本文，如同在本文完全阐述一样。
[0003]本专利技术涉及用于提供对人微生物组的影响进行高通量定量分析(例如，通过应用正面和/或负面影响微生物物种的材料)的方法和试剂盒。
技术介绍
[0004]令人眼花缭乱的一系列微生物栖息在人体中，包括病毒、细菌、真菌和原生动物(它们单独和统称为
″
微生物
″
和
″
微生物的
″
；此类微生物的混合物或此类微生物的物种称为
″
多微生物的
″
)。大多数以共生关系共存于宿主体内(作为微生物组)，它们从宿主提供的营养中获益。一些微生物与宿主建立互惠互利的关系，而另一些微生物则基于宿主的免疫强度水平作出致病...
【技术保护点】
【技术特征摘要】
1.一种用于分析人、哺乳动物或非人/非哺乳动物的微生物组的方法，所述方法包括以下步骤：a.收集含有来自所述人、哺乳动物或非人/非哺乳动物的核酸材料(NA)的至少一种多微生物样品；b.向步骤a的所述样品中加入加标对照标准物，所述标准物包含至少两种已知浓度的分别不存在于所述人、哺乳动物或非人/非哺乳动物之上/体内的已知微生物物种；c.从步骤b的所述微生物样品中提取NA；d.使用鸟枪法宏基因组测序分析步骤c的所述样品，其中所述技术提供了微生物有机体下至物种或菌株分类水平的全面识别，以及它们的呈NA拷贝数或相对丰度的形式的丰度；e.计算在步骤d中识别的所述微生物有机体中的每一者的细胞数；以及f.基于已知的关于所述微生物物种和健康状况或此类健康状况的原因的临床测试信息，在1：n的基础上映射在步骤d中识别的每个微生物物种与人和/或哺乳动物的所述健康状况或此类健康状况的原因。2.根据权利要求1和以下实施方案中的任一项所述的方法，其中所述计算在步骤e中识别的所述微生物有机体数的步骤包括以下步骤：a.为每个样品生成步骤b的所述对照标准物相对于所述NA拷贝数或相对丰度的校准曲线，以计算微生物有机体基因组NA的量或重量；b.使用从基因组数据库中获得的基因组大小信息来确定步骤d中在所述物种或菌株分类水平上识别的所述微生物有机体的分子量；以及c.使用以下公式计算步骤d中识别的所述微生物有机体中的每一者的所述细胞数：3.根据权利要求1所述的方法，所述方法包括以下步骤：确定微生物组的微生物群体发生变化或微生物组的微生物群体没有变化。4.根据权利要求1所述的方法，所述方法包括以下步骤：通过将来自步骤e的所述细胞数数据与从步骤f获得的所述映射数据组合和组织来确定一个或多个变量的定量影响和/或对所述人和/或哺乳动物微生物组的一种或多种微生物物种的所述细胞数产生此类影响的开始时间。5.根据权利要求4所述的方法，其中所述影响是临床相关的影响。6.根据权利要求1所述的方法，所述方法包括以下步骤：从所述方法中排除任何尚未分离用于分类学分类的微生物分类群和/或通常不存在于人、哺乳动物或非人/非哺乳动物来源的身体的感兴趣区域之上/之内的瞬时微生物物种。7.根据权利要求1所述的方法，所述方法进一步包括以下步骤：从所述方法中排除任何先前分离用于分类学分类的微生物分类群和/或通常存在于人、哺乳动物或非人/非哺乳动物来源的所述身体的感兴趣区域之上/之内的瞬时微生物物种。8.一种用于分析人、哺乳动物或非人/非哺乳动物的微生物组的方法，所述方法包括以下步骤：a.向用户提供收集含有来自所述人、哺乳动物或非人/非哺乳动物的NA的至少一种多
微生物样品的样品收集试剂盒；b.向步骤a的所述样品中加入加标对照标准物，所述标准物包含至少两种已知浓度的分别不存在于所述人、哺乳动物或非人/非哺乳动物之上/体内的已知微生物物种；c.从步骤b的所述微生物样品中提取NA；d.使用鸟枪法宏基因组测序分析步骤c的所述样品，其中所述技术提供了微生物有机体下至物种或菌株分类水平的全面识别，以及它们以NA拷贝数或相对丰度的形式的丰度；e.计算在步骤d中识别的所述微生物有机体中的每一者的细胞数；以及f.基于已知的关于所述微生物物种和健康状况或此类健康状况的原因的临床测试信息，在1：n的基础上映射在步骤d中识别的每个微生物物种与人和/或哺乳动物的所述健康状况或此类健康状况的原因；g.获得与步骤f的所述健康状况或此类健康状况的原因有关的所述用户的当前和历史数据；h.确定用户或来源参考群体，所述确定包括以下步骤：i.识别具有至少一个共同特征(诸如居住在同...
还没有人留言评论。发表了对其他浏览者有用的留言会获得科技券。