检测食管疾病制造技术

本发明专利技术涉及检测食管疾病。本文提供了用于食管疾病筛选的技术，特别地但不排他地涉及用于检测食管疾病(例如巴雷特食管、巴雷特食管发育异常等)的存在的方法、组合物和相关用途。此外，本技术提供了用于在通过内窥镜刷擦或者使用系留装置(例如胶囊海绵、球囊或其他装置)的非内窥镜全食管刷擦或拭抹获得的样品中区分巴雷特食管和巴雷特食管发育异常以及巴雷特食管低度发育异常、巴雷特食管高度发育异常和食管腺癌的方法、组合物和相关用途。组合物和相关用途。组合物和相关用途。

【技术实现步骤摘要】
检测食管疾病
[0001]本申请是申请日为2016年3月23日的中国专利申请201680018938.3“检测食管疾病”的分案申请。


[0002]本文提供了用于食管疾病筛选的技术，特别地但不排他地涉及用于检测食管疾病(例如巴雷特食管(Barrett
’
s esophagus)、巴雷特食管发育异常(Barrett
’
s esophageal dysplasia)等)的存在的方法、组合物和相关用途。此外，本技术提供了用于在通过内窥镜刷擦或者使用系留装置(例如胶囊海绵、球囊或其他装置)的非内窥镜全食管刷擦或拭抹获得的样品中区分巴雷特食管和巴雷特食管发育异常以及巴雷特食管低度发育异常、巴雷特食管高度发育异常和食管腺癌的方法、组合物和相关用途。

技术介绍

[0003]在巴雷特食管中，健康食管上皮被化生性柱状细胞(metaplastic columnar cells)代替，认为这是因为食管长期暴露于胃食管反流病(GERD)的反流的损伤的结果。已经确定了从巴雷特食管进展到食管腺癌的固有风险。在组织学上，这种进展包括从单独化生到低度发育异常，然后到高度发育异常，最后到腺癌的明确的顺序阶段。
[0004]没有发育异常的巴雷特食管的诊断不能导致特异性治疗。然而，当存在发育异常时，有强力证据表明内窥镜消融治疗可以防止随后转化为癌症。这种发育异常利用内窥镜通常不能与无发育异常的巴雷特区分开，定期随机活检和组织学评估是目前具有已证实的巴雷特的患者的监测方法。
[0005]很少证据支持抗分泌剂或抗反流手术阻止腺癌发生或导致巴雷特食管消退的假设(参见，例如，Haag S等，Gastrointest Endosc.Aug1999；50(2):229
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40)。
[0006]在20世纪80年代初期至中期，组胺2(H2)
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受体拮抗剂是治疗GERD最常用的药物。然而，使用西咪替丁或雷尼替丁进行了一些研究，没有记录到巴雷特食管的消退。
[0007]在20世纪80年代后期，引入了质子泵抑制剂(PPI)，并证明其在减少胃酸分泌方面更有效。即使如此，更好的酸抑制可以诱导巴雷特食管消退的假设并不乐观，并且在这方面进行的研究迄今为止都是不确定的。7名研究者中只有2名证明了一些消退。大部分不能检测到任何消退，尽管通过pH测试证明食管pH完全正常化。
[0008]目前，巴雷特食管的药物治疗的适应症
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症状的控制和食管粘膜的治愈与GERD的相同。
[0009]巴雷特食管是大多数食管腺癌的前体病变(precursor lesion)，食管腺癌是恶性肿瘤，具有迅速上升的发病率和持续不良的结果。如上所述，已经表明食管腺癌的早期检测与较早阶段和增加的存活率相关。并且，利用随后的内窥镜消融检测发育异常可以预防食管腺癌。
[0010]明显需要用于检测巴雷特食管和相关疾病(例如巴雷特食管发育异常)的改善的方法。

技术实现思路

[0011]已经研究了将甲基化DNA作为大多数肿瘤类型的组织中潜在一类生物标志物。在许多情况下，DNA甲基转移酶在胞嘧啶
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磷酸
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鸟嘌呤(CpG)岛位点处向DNA添加甲基作为基因表达的表观遗传学控制。在生物学上引人注目的机制中，在肿瘤抑制基因的启动子区域中获得的甲基化事件被认为沉默表达，因此有助于肿瘤形成。DNA甲基化可能是比RNA或蛋白质表达在化学和生物学上更稳定的诊断工具(Laird(2010)Nat Rev Genet 11:191
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203)。此外，在其他癌症如散发性结肠癌中，甲基化标志物提供了优异的特异性，并且比个体DNA突变更具广泛的信息性和灵敏度(Zou等(2007)Cancer Epidemiol Biomarkers Prev 16:2686
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96)。
[0012]当应用于动物模型和人细胞系时，CpG岛的分析产生了重要的发现。例如，Zhang和同事发现，来自相同CpG岛的不同部分的扩增子可能具有不同的甲基化水平(Zhang等(2009)PLoS Genet 5:e1000438)。此外，甲基化水平在高度甲基化序列和未甲基化序列之间双峰分布，进一步支持了DNA甲基转移酶活性的二元开关样模式(Zhang等(2009)PLoS Genet 5:e1000438)。体外小鼠组织和体外细胞系的分析表明，仅约0.3％的高CpG密度启动子(HCP，定义为在300个碱基对区域内具有>7％CpG序列)被甲基化，而低CpG密度(LCP，定义为在300个碱基对区域内具有<5％CpG序列)的区域倾向于以动态的组织特异性模式频繁地甲基化(Meissner等(2008)Nature 454:766
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70)。HCP包括遍在的管家基因和高度调控的发育基因的启动子。其中，>50％甲基化的HCP位点是多个建立的标志物，例如Wnt 2、NDRG2、SFRP2和BMP3(Meissner等(2008)Nature 454:766
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70)。
[0013]因此，本文提供了用于食管疾病筛选(例如监测)的技术，特别地但不排他地涉及用于检测食管疾病(例如巴雷特食管、巴雷特食管发育异常等)的存在的方法、组合物和相关用途。此外，本技术提供了用于在通过内窥镜刷擦或者使用系留装置(例如胶囊海绵、球囊或其他装置)的非内窥镜全食管刷擦或拭抹获得的样品中区分巴雷特食管和巴雷特食管发育异常以及巴雷特食管低度发育异常、巴雷特食管高度发育异常和食管腺癌的方法、组合物和相关用途。
[0014]事实上，在开发本技术的过程中进行的实验将来自具有巴雷特食管的受试者的食管组织的DNA标志物的甲基化状态与来自对照受试者(例如，各组织类型的正常组织)的相同DNA标志物的甲基化状态以及来自具有巴雷特食管发育异常的受试者的相同DNA标志物的甲基化状态进行了比较(参见实施例1和5)。
[0015]鉴定了能够在食管组织中分类巴雷特食管(BE)和对照(例如，各组织类型的正常组织)的标志物和/或标志物组(例如，表1、7和/或8中提供的具有注释的染色体区)(参见实施例1、2和5)。
[0016]鉴定了能够在食管组织中分类BE和巴雷特食管相关发育异常(BED)的标志物和/或标志物组(例如，表2、3、5和/或6中提供的具有注释的染色体区)(参见实施例1、3和4)。
[0017]鉴定了能够在通过全食管拭抹或刷擦获得的样品中预测巴雷特食管相关低度发育异常(BE
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LGD)、巴雷特食管相关发育异常高度发育异常(BE
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HGD)和食管腺癌(EAC)的标志物和/或标志物组(例如，表5中提供的具有注释的染色体区)(参见实施例1和4)。
[0018]鉴定了能够在通过全食管拭抹或刷擦获得的样品中分类BE和BED的标志物和/或标志物组(例如，表5中提供的具有注释的染色体区)(参见实本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种在获自受试者的样品中筛选巴雷特食管的方法，所述方法包括：a)测定获自受试者的样品中的标志物的甲基化状态；以及b)当所述标志物的甲基化状态不同于在不具有巴雷特食管的受试者或不具有巴雷特食管发育异常的受试者中测定的所述标志物的甲基化状态时，将所述受试者鉴定为具有巴雷特食管，其中所述标志物包含选自BMP3、NDRG4、VAV3、SFMBT2、DIO3、HUNK、ELMO1、CD1D、CDKN2A和OPLAH的差异甲基化区域(DMR)中的碱基。2.如权利要求1所述的方法，其中所述样品包含食管组织。3.如权利要求1所述的方法，其中所述样品包含通过全食管拭抹或刷擦或使用海绵胶囊装置...

【专利技术属性】
技术研发人员：DA阿尔奎斯特，WR泰勒，JB基西尔，DW马霍尼，TC亚布，GP利加德，HT阿拉维，
申请(专利权)人：梅奥医学教育和研究基金会，
类型：发明
国别省市：