与绵羊产羔数性状相关的SNP分子标记及其应用制造技术

本发明专利技术涉及分子标记技术领域，具体公开了与绵羊产羔数性状相关的SNP分子标记及其应用。本发明专利技术的与绵羊产羔数性状相关的SNP分子标记，其含有如SEQ ID NO.1所示序列第100位多态性为A/G的核苷酸序列。所述SNP分子标记具有第100位的多态性的位点的基因型为AA或GA，对应于绵羊产羔数多；基因型为GG，对应于绵羊产羔数少。本发明专利技术可依据GNAQ的基因型信息判断绵羊是否为多胎品种，为绵羊的大规模分子育种提供理论依据。供理论依据。

【技术实现步骤摘要】
与绵羊产羔数性状相关的SNP分子标记及其应用


[0001]本专利技术涉及分子标记
，具体地说，涉及与绵羊产羔数性状相关的SNP分子标记及其应用。

技术介绍

[0002]母羊的产羔数是衡量绵羊繁殖力的重要指标,因此,提高绵羊的产羔数对发展养羊业十分重要。绵羊的产羔性状是微效多基因控制的数量性状,通过与数量性状位点相连锁的分子标记实现对基因型的直接选择,将传统选育方法和现代分子育种方法相结合运用于育种实践,将会极大地提高选择效率,进一步提高绵羊繁殖性能。策勒黑羊一般性成熟比其他绵羊早。公羊在四个月龄左右性成熟，母羊在四、五个月龄性成熟，发情周期一般在15
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17天，发情持续期2
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3天，怀孕期一般148
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149天，1周岁后即可参加配种，产后发情时间为20
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30天，平均产羔率为215％(祁成年et al.,2006)。
[0003]GNAQ基因位于绵羊2号染色体上，含有7个外显子，编码区共1080bp，编码359个氨基酸。GNAQ是组成G蛋白的一种α亚基，编码Gaq蛋白。Gilman在1987年第一次发现G蛋白，确定其在信号传递过程中起关键作用(Gilman,1987)。G蛋白的信号转导功能主要取决于α亚基，根据α亚基不同功能可将其分为Gs,Gq,Gi,和G12/134类。Gq包含了Gaq、Ga11、Ga14、Ga15等亚型(Strathmann&Simon,1990)。GNAQ基因是miR
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200b的靶基因，miR
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200b通过抑制GNAQ基因表达量，引起其下游基因ITPR、PRKCB和MAP3K1基因显著上调，发情相关基因GPR54、KISS1和GnRH显著上调。推测，miR
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200b可能通过调控GNAQ基因进而影响发情过程(于要升et al.,2016)。然而，关于GNAQ基因与绵羊产羔数之间的关系还未见报道。
[0004]传统的基因型检测方法，大多采用PCR
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RFLP(polymerase chain reaction
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restriction fragment length polymorphism)和PCR
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SSCP(polymerase chain reaction
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single strand conformation polymorphism)检测方法，这些方法步骤繁琐，不能批量检测，人工成本过高。因此，仍有待于对检测方法的改进。

技术实现思路

[0005]本专利技术的目的是提供一种与绵羊产羔数相关的新的SNP分子标记及其应用。
[0006]本专利技术通过对54只策勒黑羊与26只和田羊进行简化基因组测序，使用Fst(前5％)值和π值(前5％和后5％)筛选SNP并获得一些基因，其中包括GNAQ基因，并进一步对其进行研究，挖掘出与棉羊产羔数相关的SNP位点。
[0007]第一方面，本专利技术提供的与绵羊产羔数性状相关的SNP分子标记，其含有如SEQ ID NO.1所示序列第100位多态性为A/G的核苷酸序列。
[0008]所述SNP分子标记具有第100位的多态性的位点的基因型为AA或GA，对应于绵羊产羔数多；基因型为GG，对应于绵羊产羔数少。
[0009]本专利技术提供的分子标记，其含有GNAQ基因上的一个SNP位点，该SNP位点为绵羊2号染色体上的第62677376bp位点(NC_040253.1，参考基因组版本：Oar rambouillet v1.0)，
该SNP位点存在G/A突变，与棉羊多羔性状具有显著相关性。
[0010]第二方面，本专利技术提供用于扩增上述SNP分子标记的引物组合，其包括正向引物、反向引物和延伸引物，所述正向引物、反向引物和延伸引物的核苷酸序列分别如SEQ ID NO.2
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4所示。
[0011]本专利技术的引物组合是基于Sequenom MassARRAY技术开发获得的。
[0012]第三方面，本专利技术提供含有上述引物组合的试剂或试剂盒。
[0013]第四方面，本专利技术提供上述SNP分子标记或引物组合或试剂或试剂盒的以下任一应用：
[0014](1)在鉴定绵羊产羔数性状表型中的应用；
[0015](2)在绵羊品种改良或分子标记辅助育种中的应用；
[0016](3)在绵羊产羔数性状早期预测中的应用；
[0017](4)在筛选高产羔数绵羊中的应用。
[0018]第五方面，本专利技术提供一种绵羊产羔数性状早期预测的方法，其以待测绵羊基因组DNA为模板，采用SEQ ID NO.2
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3所示引物对进行PCR扩增反应；使用SAP酶消化PCR产物，以消化后的PCR产物作为模板，使用SEQ ID NO.4所示引物进行延伸反应；对延伸产物进行分析，确定SEQ ID NO.1所示序列第100位的多态性位点的基因型；
[0019]若SEQ ID NO.1所示序列第100位的多态性位点的基因型为AA或GA，则预测待测绵羊产羔数多；若SEQ ID NO.1所示序列第100位的多态性位点的基因型为GG，则预测待测绵羊产羔数少。
[0020]所述PCR扩增反应的程序包括：94℃120s；94℃20s，56℃30s，72℃60s，45个循环；每5ul所述PCR扩增反应的体系包括：基因组DNA 10ng,10
×
PCR反应缓冲液0.5ul，25mM MgCl
2 0.3ul，25mM dNTPs 0.1ul,0.5μM PCR Primer mix 1ul,5U/μL Taq DNA聚合酶0.2ul，余量为去离子水。
[0021]每2ul SAP酶消化的体系包括：10
×
SAP Buffer 0.15ul，1.7U/ul SAP 0.26ul，余量为去离子水；SAP酶消化的反应程序为：37℃40min，85℃5min。
[0022]每2ul所述延伸反应的体系为：10
×
iPLEX buffer plus 0.17ul，IPLEX terminator 0.17ul，0.6
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1.3uM Primer Mix 0.69ul，IPLEX enzyme 0.04ul，余量为去离子水；所述延伸反应的条件为：94℃30s；[94℃5s，(52℃5s，80℃5s)5个内部循环]，40个外部循环；72℃180s。
[0023]分析延伸产物的方法为质谱检测法。
[0024]本专利技术通过对绵羊2号染色体上的第62677376bp位点(NC_040253.1，参考基因组版本：Oar rambouillet v1.0)上的核苷酸使用Sequenom MassSNP技术进行检测，根据检测结果确定棉羊GNAQ的基因型。依据GNAQ的基因型信息判断棉羊是否为多胎品种。具体地，A本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.与绵羊产羔数性状相关的SNP分子标记，其特征在于，其含有如SEQ ID NO.1所示序列第100位多态性为A/G的核苷酸序列。2.根据权利要求1所述的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记具有第100位的多态性的位点的基因型为AA或GA，对应于绵羊产羔数多；基因型为GG，对应于绵羊产羔数少。3.用于扩增权利要求1或2所述的SNP分子标记的引物组合，其特征在于，包括正向引物、反向引物和延伸引物，所述正向引物、反向引物和延伸引物的核苷酸序列分别如SEQ ID NO.2
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4所示。4.含有权利要求3所述引物组合的试剂或试剂盒。5.权利要求1或2所述的SNP分子标记或权利要求3所述的引物组合或权利要求4所述的试剂或试剂盒的以下任一应用：(1)在鉴定绵羊产羔数性状表型中的应用；(2)在绵羊品种改良或分子标记辅助育种中的应用；(3)在绵羊产羔数性状早期预测中的应用；(4)在筛选高产羔数绵羊中的应用。6.一种绵羊产羔数性状早期预测的方法，其特征在于，以待测绵羊基因组DNA为模板，采用SEQ ID NO.2
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3所示引物对进行PCR扩增反应；使用SAP酶消化PCR产物，以消化后的PCR产物作为模板，使用SEQ ID NO.4所示引物进行延伸反应；对延伸产物进行分析，确定SEQ ID NO.1所示序列第100位的多态性位点的基因型；若SEQ ID NO.1所示序列第100位的多态性位点的基因型为AA或GA，则预测待测绵羊产羔数多；若SEQ ID NO.1所示序列第100位的多态性位点的基因型为GG，则预测...

【专利技术属性】
技术研发人员：邢凤，张志帅，高庆华，隋志远，张永杰，王晨光，李孝君，
申请(专利权)人：塔里木大学，
类型：发明
国别省市：