一种用于宫颈癌预后评估的基因组合物、诊断试剂盒和芯片制造技术

本发明专利技术提供了一种用于宫颈癌预后评估的基因组合物，包括恶性上皮细胞的特征基因KRT17基因、S100A10基因、CDKN2A基因、CLIC1基因和KRT20基因，及尖端细胞的特征基因ESM1基因、ADAMTSL2基因、COL4A1基因、APLN基因和ANGPTL2基因。本发明专利技术利用TCGA数据库中宫颈癌转录组学数据及生存预后信息，评估宫颈癌恶性上皮联合尖端细胞十基因组合的预后预测价值，证实非单一维度的联合十基因组合高表达组患者的生存预后显著差于低表达组患者，并基于联合特征基因组合构建了用于检测相关基因表达的试剂盒或基因芯片。本发明专利技术构建了一套有效的预后评估体系，为宫颈癌的临床诊治提供了新的思路。思路。思路。

【技术实现步骤摘要】
一种用于宫颈癌预后评估的基因组合物、诊断试剂盒和芯片


[0001]本专利技术属于生物医学
，涉及基因组合物、诊断试剂盒和芯片，具体来说是一种用于宫颈癌预后评估的基因组合物、诊断试剂盒和芯片。

技术介绍

[0002]宫颈癌是严重威胁女性生命健康的三大妇科恶性肿瘤之一。2020年，全世界宫颈癌新发病例60.4万，死亡34.2万，为全球排名第四的女性恶性肿瘤。我国2020年宫颈癌新发病例为11.0万，死亡5.9万，是我国女性中位列第三的癌症死因，已被列为我国重大公共卫生防治项目。既往研究结果表明，临床分期，肿瘤体积、间质浸润深度、淋巴脉管间隙浸润、宫旁浸润、淋巴结转移等临床病理因素是宫颈癌预后评估的重要指标。上述指标大多需要通过术后病理报告获得，而出现上述高危因素时，通常患者的预后较差，很可能已经失去最佳的干预机会。因此，寻找更为敏感、精准的预后评估标志物十分必要。
[0003]近年来，分子标志物作为新型肿瘤预后标志物被广泛研究。已有许多研究通过基因组、转录组、蛋白组测序技术比较肿瘤组织与癌旁正常组织的差异基因或蛋白，从而建立肿瘤特异性预后评估标志物。然而传统的混池测序结果为多种细胞基因或蛋白表达的平均值，只能反映样本中数量或含量占优势的细胞数据，掩盖了不同类型细胞的异质性。随着分子生物学技术的高速发展，单细胞测序技术成为热点，能够对单个细胞的遗传物质进行高通量测序分析，从而辅助研究者们揭示个体之间、细胞之间的异质性，已被广泛应用于生命科学的各个领域，并为临床疾病的诊断、治疗、预后评估提供了前所未有的新思路。因此，单细胞测序技术或许能帮助我们探索、挖掘基于特殊细胞亚群的新型宫颈癌预后评估标志物。
[0004]众所周知，肿瘤的恶性特征是多维度的，诸如基因组不稳定性、抵抗凋亡、血管新生、免疫逃逸等等。而既往研究所建立的肿瘤分子标志物大多聚焦于某一维度的特征，未能对纷繁复杂的肿瘤微环境进行综合、全面的考量。因此，深入探索宫颈癌肿瘤微环境，挖掘在宫颈癌发生发展过程中发挥重要作用的细胞亚群，并尝试建立非单一维度的宫颈癌预后评估标志物，极具临床意义与价值。
[0005]综上，为了建立更精准的、更能综合体现肿瘤特征的、具有临床价值的新型分子标志物，我们拟利用能够充分挖掘肿瘤异质性的单细胞转录组测序技术，深入探索宫颈癌微环境，并尝试建立非单一维度的新型宫颈癌预后评估标志物以辅助评估生存预后。

技术实现思路

[0006]针对现有技术中的上述技术问题，本专利技术提供了一种用于宫颈癌预后评估的基因组合物、诊断试剂盒和芯片，所述的这种用于宫颈癌预后评估的基因组合物、诊断试剂盒和芯片要解决现有技术中的分子标记物对于宫颈癌预后评估的敏感性和精确度不高的技术问题。
[0007]本专利技术提供了一种用于宫颈癌预后评估的基因组合物，包括恶性上皮细胞的特征
基因KRT17基因、S100A10基因、CDKN2A基因、CLIC1基因和KRT20基因，及尖端细胞的特征基因ESM1基因、ADAMTSL2基因、COL4A1基因、APLN基因和ANGPTL2基因。
[0008]本专利技术还提供了一种用于检测上述的基因组合物的试剂在制备诊断试剂盒中的用途，所述的试剂包括如下的引物组合，检测KRT17基因的上游引物如SEQ ID NO.1所示，检测KRT17基因的下游引物如SEQ ID NO.2所示，检测S100A10基因的上游引物如SEQ ID NO.3所示，检测S100A10基因的下游引物如SEQ ID NO.4所示，检测CDKN2A基因的上游引物如SEQ ID NO.5所示，检测CDKN2A基因的下游引物如SEQ ID NO.6所示，检测CLIC1基因的上游引物如SEQ ID NO.7所示，和检测CLIC1基因的下游引物如SEQ ID NO.8所示，检测KRT20基因的上游引物如SEQ ID NO.9所示，检测KRT20基因的下游引物如SEQ ID NO.10所示，检测ESM1基因的上游引物如SEQ ID NO.11所示，检测ESM1基因的下游引物如SEQ ID NO.12所示，检测ADAMTSL2基因的上游引物如SEQ ID NO.13所示，检测ADAMTSL2基因的下游引物如SEQ ID NO.14所示，检测COL4A1基因的上游引物如SEQ ID NO.15所示，检测COL4A1基因的下游引物如SEQ ID NO.16所示，检测APLN基因的上游引物如SEQ ID NO.17所示，检测APLN基因的下游引物如SEQ ID NO.18所示，检测ANGPTL2基因的上游引物如SEQ ID NO.19所示，检测ANGPTL2基因的下游引物如SEQ ID NO.20所示。
[0009]具体的，上述的用于宫颈癌预后评估的基因组合物还包括GADPH基因(内参基因)，所述的检测GADPH基因的上游引物如SEQ ID NO.21所示，检测GADPH基因的下游引物如SEQ ID NO.22所示。
[0010]本专利技术还提供了一种诊断试剂盒，包括如下的引物组合，检测KRT17基因的上游引物如SEQ ID NO.1所示，检测KRT17基因的下游引物如SEQ ID NO.2所示，检测S100A10基因的上游引物如SEQ ID NO.3所示，检测S100A10基因的下游引物如SEQ ID NO.4所示，检测CDKN2A基因的上游引物如SEQ ID NO.5所示，检测CDKN2A基因的下游引物如SEQ ID NO.6所示，检测CLIC1基因的上游引物如SEQ ID NO.7所示，和检测CLIC1基因的下游引物如SEQ ID NO.8所示，检测KRT20基因的上游引物如SEQ ID NO.9所示，检测KRT20基因的下游引物如SEQ ID NO.10所示，检测ESM1基因的上游引物如SEQ ID NO.11所示，检测ESM1基因的下游引物如SEQ ID NO.12所示，检测ADAMTSL2基因的上游引物如SEQ ID NO.13所示，检测ADAMTSL2基因的下游引物如SEQ ID NO.14所示，检测COL4A1基因的上游引物如SEQ ID NO.15所示，检测COL4A1基因的下游引物如SEQ ID NO.16所示，检测APLN基因的上游引物如SEQ ID NO.17所示，检测APLN基因的下游引物如SEQ ID NO.18所示，检测ANGPTL2基因的上游引物如SEQ ID NO.19所示，检测ANGPTL2基因的下游引物如SEQ ID NO.20所示。
[0011]具体的，还包括检测GADPH基因的引物，所述的检测GADPH基因的上游引物如SEQ ID NO.21所示，检测GADPH基因的下游引物如SEQ ID NO.22所示。
[0012]进一步的，通过计算样品中的宫颈癌恶性上皮细胞联合尖端细胞十基因组合表达水平来了解宫颈癌患者的预后情况，宫颈癌恶性上皮细胞联合尖端细胞十基因组合表达水平计算方式为：用于预测总体生存率的十基因组合：0.002657*KRT17基因标准化表达量+0.210685*S100A10基因标准化表达量+0.0本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种用于宫颈癌预后评估的基因组合物，其特征在于，包括恶性上皮细胞的特征基因KRT17基因、S100A10基因、CDKN2A基因、CLIC1基因和KRT20基因，及尖端细胞的特征基因ESM1基因、ADAMTSL2基因、COL4A1基因、APLN基因和ANGPTL2基因。2.根据权利要求1所述的一种用于宫颈癌预后评估的基因组合物，其特征在于，还包括GADPH基因。3.一种用于检测权利要求1所述的基因组合物的试剂在制备诊断试剂盒中的用途，其特征在于，所述的试剂包括如下的引物组合，检测KRT17基因的上游引物如SEQ ID NO.1所示，检测KRT17基因的下游引物如SEQ ID NO.2所示，检测S100A10基因的上游引物如SEQ ID NO.3所示，检测S100A10基因的下游引物如SEQ ID NO.4所示，检测CDKN2A基因的上游引物如SEQ ID NO.5所示，检测CDKN2A基因的下游引物如SEQ ID NO.6所示，检测CLIC1基因的上游引物如SEQ ID NO.7所示，和检测CLIC1基因的下游引物如SEQ ID NO.8所示，检测KRT20基因的上游引物如SEQ ID NO.9所示，检测KRT20基因的下游引物如SEQ ID NO.10所示，检测ESM1基因的上游引物如SEQ ID NO.11所示，检测ESM1基因的下游引物如SEQ ID NO.12所示，检测ADAMTSL2基因的上游引物如SEQ ID NO.13所示，检测ADAMTSL2基因的下游引物如SEQ ID NO.14所示，检测COL4A1基因的上游引物如SEQ ID NO.15所示，检测COL4A1基因的下游引物如SEQ ID NO.16所示，检测APLN基因的上游引物如SEQ ID NO.17所示，检测APLN基因的下游引物如SEQ ID NO.18所示，检测ANGPTL2基因的上游引物如SEQ ID NO.19所示，检测ANGPTL2基因的下游引物如SEQ ID NO.20所示。4.根据权利要求3所述的用途，其特征在于，还包括检测GADPH基因的引物，所述的检测GADPH基因的上游引物如SEQ ID NO.21所示，检测GADPH基因的下游引物如SEQ ID NO.22所示。5.一种诊断试剂盒，其特征在于，包括如下的引物组合，检测KRT17基因的上游引物如SEQ ID NO.1所示，检测KRT17基因的下游引物如SEQ ID NO.2所示，检测S100A10基因的上游引物如SEQ ID NO.3所示，检测S100A10基因的下游引物如SEQ ID NO.4所示，检测CDKN2A基因的上游引物如SEQ ID NO.5所示，检测CDKN2A基因的下游引物如SEQ ID NO.6所示，检测CLIC1基因的上游引物如SEQ ID NO.7所示，和检测CLIC1基因的下游引物如SEQ ID NO.8所示，检测KRT20基因的上游引物如SEQ ID NO.9所示，检测KRT20基因的下游引物如SEQ ID NO.10所示，检测ESM1基因的上游引物如SEQ ID NO.11所示，检测ESM1基因的下游引物如SEQ ID NO.12所示，检测ADAMTSL2基因的上游引物如SEQ ID NO.13所示，检测ADAMTSL2基因的下游引物如SEQ ID...

【专利技术属性】
技术研发人员：邱君君，华克勤，瞿欣瑜，郭靖婧，
申请(专利权)人：复旦大学附属妇产科医院，
类型：发明
国别省市：