一种与茄子果皮颜色性状紧密连锁的SNP分子标记和dCAPS分子标记及其应用制造技术

本发明专利技术提供了一种鉴别茄子果皮颜色的dCAPS分子标记及其应用，属于农作物育种。本发明专利技术提供的与控制茄子果皮的基因紧密连锁的dCAPS分子标记，位于茄子第10号染色体第19,558,828碱基处。本发明专利技术利用获得的分子标记及其特异性引物，可预测茄子果皮颜色，进而准确快速筛选绿色果皮茄子单株，从而减少工作量，降低育种成本，加快育种进程，具有很高的实际应用价值。应用价值。应用价值。

【技术实现步骤摘要】
一种与茄子果皮颜色性状紧密连锁的SNP分子标记和dCAPS分子标记及其应用


[0001]本专利技术属于作物育种
，具体涉及一种与茄子果皮颜色性状紧密连锁的SNP分子标记和dCAPS分子标记及其应用。

技术介绍

[0002]茄子(Solanum melongena L.)是茄科茄属草本植物，在世界各地广为栽培，联合国粮食及农业组织将其列为第四大蔬菜作物。
[0003]茄子含有丰富的营养成分，并且口感好，食用方法多样，深受广大人民群众的喜爱。目前，中国已是全球最大的茄子生产国，也是全球茄子消费大国与出口大国。而不同地域的消费人群对于茄子果实颜色有着不同的需求，其颜色的种类、深浅以及均匀程度直接影响茄子的商品价值。若要选育特定颜色的茄子品种，传统育种的方法存在种植面积大，耗费时间长等缺陷。
[0004]随着分子育种的发展，利用分子标记辅助选择(Marker
‑
assisted selection,MAS)技术能够缩短育种年限，提高育种效率，是育种工作中的一个有力工具。单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)是指在基因组水平上因单个核苷酸的转换、颠换、插入和缺失引起的DNA序列变异。基于SNP位点开发的衍生酶切扩增多态性(derived cleaved amplified polymorphic sequence,dCAPS)分子标记是针对酶切扩增多态性(cleaved amplified polymorphic sequence,CAPS)分子标记的一种改良方法。通过在SNP位点附近引入错配碱基使其能够被限制性内切酶识别，具有共显性、位点特异、操作简单和成本低等优点，在品种分类和分子标记辅助育种中得到了广泛的应用。
[0005]然而目前还未有关于茄子颜色性状相关的SNP分子标记的报道，更未有基于dCAPS分子标记检测茄子果皮颜色方法的报道，这无疑阻碍了茄子育种进程，具有很高的实际应用价值。

技术实现思路

[0006]有鉴于此，本专利技术的目的在于提供一种与茄子果皮颜色性状紧密连锁的SNP分子标记，能够快速、准确检测绿色果皮茄子品种。
[0007]本专利技术的目的还在于提供一种鉴别茄子果皮颜色的dCAPS分子标记及其应用，可大大减少茄子果皮颜色鉴定的工作量，提高工作效率，加快育种进程。
[0008]本专利技术提供了一种与茄子果皮颜色性状紧密连锁的SNP分子标记，位于茄子参考基因组CNP0000734第10号染色体上第19,558,828碱基处存在多态性位点T/C，所述T控制绿色茄子果皮，所述C控制紫色茄子果皮。
[0009]优选的，所述SNP分子标记是在SEQ ID NO:1所示的DNA片段上第25位碱基处存在多态性位点T/C。
[0010]本专利技术提供了一种基于所述SNP分子标记开发的dCAPS分子标记EGP22363，所述
dCAPS分子标记EGP22363由正向引物和反应引物扩增得到；
[0011]所述正向引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示；
[0012]所述反向引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:3所示。
[0013]本专利技术提供了一种用于鉴别茄子果皮颜色的试剂盒，包括扩增所述dCAPS分子标记EGP22363的正向引物和反向引物以及限制性内切酶MnlⅠ。
[0014]优选的，所述试剂盒还包括PCR扩增混合液和酶切缓冲液。
[0015]本专利技术提供了所述SNP分子标记、所述dCAPS分子标记EGP22363或所述试剂盒在鉴别茄子果皮颜色中的应用。
[0016]本专利技术提供了一种基于所述dCAPS分子标记EGP22363鉴别茄子果皮颜色的方法，包括以下步骤：
[0017]以待检测茄子的基因组DNA为模板，用所述dCAPS分子标记EGP22363的扩增引物进行PCR反应，得到PCR产物；
[0018]将所述PCR产物经限制性内切酶MnlⅠ酶切，根据得到的酶切片段长度判断茄子果皮颜色：
[0019]若只检测到长度210bp的片段，判断待测茄子样本果皮颜色为紫色；
[0020]若检测到长度分别175bp和35bp的两个片段，判断待测茄子果皮颜色为绿色；
[0021]若同时检测到175bp、35bp和210bp的三个片段，判断待测茄子果皮颜色为紫色的杂合型。
[0022]优选的，所述PCR反应的体系为10μl，无菌去离子水3.8μL、2
×
Hieff PCR Master Mix 5μL、正向引物0.4μL、反向引物0.4μL、茄子基因DNA 0.4μL。
[0023]优选的，所述PCR反应的体系为94℃5min；94℃30sec，52～56℃30sec，72℃1.5min，35个循环；72℃10min。
[0024]优选的，所述PCR产物酶切反应体系为10μL包括以下组分：PCR产物2μL、无菌去离子水6.8μL、Cutsmart Buffer1μL、MnlⅠ0.2μL。
[0025]本专利技术提供了一种与茄子果皮颜色性状紧密连锁的SNP分子标记，位于茄子参考基因组CNP0000734第10号染色体上第19,558,828碱基处存在多态性位点T/C，所述T控制绿色茄子果皮，所述C控制紫色茄子果皮。本专利技术从绿色果皮茄子和紫色果皮茄子杂交后代F1以及F1自交后代F2为材料经高通量测序，锁定与绿色果皮茄子紧密连锁的区域和SNP位点。实验筛选表明，第10号染色体上第19,558,828碱基的位点存在的多态性与茄子果皮颜色连锁性较好。且基于该位点检测果皮颜色，说明所述SNP分子标记能够准确有效鉴别茄子果皮颜色，为特定果皮颜色的茄子育种提供了检测靶点。
[0026]本专利技术提供了一种基于所述SNP分子标记开发的dCAPS分子标记EGP22363，所述dCAPS分子标记EGP22363由正向引物和反应引物扩增得到；所述正向引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示；所述反向引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:3所示。基于本专利技术提供的dCAPS分子标记EGP22363检测茄子果皮颜色，准确率高达88％以上，可从苗期进行鉴定，不仅节约生产成本，而且操作简便等特点，能够对茄子果皮颜色进行有效地检测，可用于果皮颜色相关茄子的选育。
附图说明
[0027]图1为BSA
‑
seq方法定位目标性状关联区间示意图；横坐标为染色体的位置，纵坐标为SNP
‑
Ratio算法的计算值；
[0028]图2为48对引物扩增片段酶切示意图，1至2号泳道模板为QD绿色果皮茄子，3至4号泳道模板为8G紫色果皮茄子，5至6号泳道模板为QD和8G的F1代紫色果皮茄子的酶切产物检测结果；未出现的引物意为酶切后无条带或条带微弱；
[0029]图3为5对多态性引物扩增片段酶切示意图；1至2号泳道模板为QD绿色果皮茄子，3至4号泳道模板为8G紫色果皮茄子，5至6号泳道模板本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种与茄子果皮颜色性状紧密连锁的SNP分子标记，其特征在于，位于茄子参考基因组CNP0000734第10号染色体上第19,558,828碱基处存在多态性位点T/C，所述T控制绿色茄子果皮，所述C控制紫色茄子果皮。2.根据权利要求1所述与茄子果皮颜色性状紧密连锁的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记是在SEQ ID NO:1所示的DNA片段上第25位碱基处存在多态性位点T/C。3.一种基于权利要求1所述SNP分子标记开发的dCAPS分子标记EGP22363，其特征在于，所述dCAPS分子标记EGP22363由正向引物和反应引物扩增得到；所述正向引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示；所述反向引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:3所示。4.一种用于鉴别茄子果皮颜色的试剂盒，其特征在于，包括扩增权利要求3所述dCAPS分子标记EGP22363的正向引物和反向引物以及限制性内切酶MnlⅠ。5.根据权利要求4所述试剂盒，其特征在于，所述试剂盒还包括PCR扩增混合液和酶切缓冲液。6.权利要求1或2所述SNP分子标记、权利要求3所述dCAPS分子标记EGP22363或权利要求4所述试剂盒在鉴别茄子果皮颜色中的应用。7.一种基于权利要求3所述dCAPS分子标记EGP22363鉴别茄子果皮...

【专利技术属性】
技术研发人员：吴雪霞，谭枫，肖凯，查丁石，张爱冬，刘晓慧，
申请(专利权)人：上海市农业科学院，
类型：发明
国别省市：