生物标记确定方法及细胞的制造方法技术

一种包括(1)～(4)的生物标记确定方法及其应用。(1)根据对多个生物标记分别赋予的注释信息来导出每个生物标记的评价值，并根据评价值从多个生物标记中选择要测定的生物标记。(2)在细胞A的培养开始前及培养期间中的至少一个时期，从细胞A及培养系统中的至少一者获取要测定的生物标记的评价数据。(3)在细胞A的培养末期及培养结束后中的至少一个时期，从细胞A及培养系统中的至少一者获取细胞B的识别标记的评价数据。(4)根据要测定的生物标记的评价数据和细胞B的识别标记的评价数据从要测定的生物标记中确定至少一个表示细胞A的特征的生物标记。的生物标记。的生物标记。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】生物标记确定方法及细胞的制造方法


[0001]本专利技术的技术涉及一种生物标记确定方法及细胞的制造方法。

技术介绍

[0002]日本特开2019
‑
020838号公报中公开了一种构建包括反映活体试样中的基因的表达或基因产物的功能的基因相关测定数据的基因相关信息的数据库的方法。
[0003]日本特表2009
‑
534036号公报中公开了一种鉴定在细胞系中调节细胞培养表型或成为细胞培养表型的指标的蛋白质的方法。

技术实现思路

[0004]专利技术要解决的技术课题
[0005]以调整细胞的培养工序或培养细胞的表型为目的，尝试了确定限制细胞的培养效率或培养细胞的品质的特征性生物标记。为了确定特征性生物标记，可考虑实测可想到的所有生物标记，然而，实测所有生物标记费力费时。并且，即使实测了可想到的所有生物标记，这些生物标记中的与细胞培养相关的知识也不一定多，确定特征性生物标记也有可能无法调整细胞的培养工序或培养细胞的表型。
[0006]本专利技术的实施方式是在上述状况下完成的。
[0007]本专利技术的课题在于，提供一种快速确定表示细胞的特征的生物标记的生物标记确定方法及快速优化制造工序的细胞的制造方法。
[0008]用于解决技术课题的手段
[0009]用于解决课题的具体方案包括下述方式。
[0010]＜1＞一种生物标记确定方法，其为确定表示用于细胞B的制造的细胞A的特征的生物标记的方法，包括下述(1)～(4)。
[0011](1)根据对多个生物标记分别赋予的注释信息来导出多个生物标记的每一个的评价值，并根据评价值从多个生物标记中选择要测定的生物标记。
[0012](2)在细胞A的培养开始前及培养期间中的至少一个时期，从细胞A及培养系统中的至少一者获取要测定的生物标记的评价数据。
[0013](3)在细胞A的培养末期及培养结束后中的至少一个时期，从细胞A及培养系统中的至少一者获取细胞B的识别标记的评价数据。
[0014](4)根据要测定的生物标记的评价数据和细胞B的识别标记的评价数据从要测定的生物标记中确定至少一个表示用于细胞B的制造的细胞A的特征的生物标记。
[0015]＜2＞根据＜1＞所述的生物标记确定方法，其中，生物标记包括选自包括基因的表达量、蛋白质的表达量及代谢物的生成量的组中的至少一种。
[0016]＜3＞根据＜1＞或＜2＞所述的生物标记确定方法，其中，(2)在多个时间点进行。
[0017]＜4＞根据＜1＞至＜3＞中任一项所述的生物标记确定方法，其中，细胞A为多能干细胞，细胞B为分化细胞。
[0018]＜5＞一种细胞的制造方法，其为培养细胞A来制造细胞B的方法，包括下述(A)～(C)。
[0019](A)进行＜1＞至＜3＞中任一项所述的生物标记确定方法来确定至少一个表示细胞A的特征的生物标记。
[0020](B)参考所确定的生物标记的注释信息来确定生物标记所涉及的信号传导及生物标记发生变动的机理中的至少一个。
[0021](C)在阻碍或促进信号传导及机理中的至少一个的培养条件下培养细胞A来制造细胞B。
[0022]＜6＞根据＜5＞所述的细胞的制造方法，其中，细胞A为多能干细胞，细胞B为分化细胞。
[0023]专利技术效果
[0024]根据本专利技术，提供一种快速确定表示细胞的特征的生物标记的生物标记确定方法及快速优化制造工序的细胞的制造方法。
附图说明
[0025]图1是表示信息处理装置等的图。
[0026]图2是表示基因表达信息的图。
[0027]图3是表示注释信息表的图。
[0028]图4是表示注释信息的表。
[0029]图5是表示从iPS细胞分化成三胚层及从三胚层分化成组织细胞的状况的图。
[0030]图6是表示信息处理装置的处理的概要的图。
[0031]图7是表示构成信息处理装置的计算机的框图。
[0032]图8是表示信息处理装置的CPU的处理部的框图。
[0033]图9是表示类别指定画面和类别及数量范围指定信息的图。
[0034]图10是表示在类别指定画面上弹出显示有警告画面的状态的图。
[0035]图11是表示选择部的处理的概要的图。
[0036]图12是表示先验知识基因指定画面和先验知识基因指定信息的图。
[0037]图13是表示提取对象指定画面和提取对象指定信息的图。
[0038]图14是表示DEGs列表的图。
[0039]图15是表示传送信息的图。
[0040]图16是表示在获取部中生成已赋予的DEGs列表的状况的图。
[0041]图17是表示在导出部中生成评价值表的状况的图。
[0042]图18是表示在选择部中无条件地选择先验知识基因作为测定对象基因的状况的图。
[0043]图19是表示在选择部中根据评价值表生成选择位次表组的状况的图。
[0044]图20是表示在选择部中选择满足数量范围的数量的DEGs并分配所选择的DEGs作为测定对象基因的状况的图。
[0045]图21是表示测定对象基因列表的图。
[0046]图22是表示提取部及获取部的处理的概要的图。
[0047]图23是表示导出部及选择部的处理的概要的图。
[0048]图24是表示测定对象基因显示画面的图。
[0049]图25是表示信息处理装置的处理顺序的流程图。
[0050]图26是表示将稀有度相对较高的注释信息判断为信息价值高而增加该注释信息的赋予数的例子的图。
[0051]图27是表示针对3个DEGs的注释信息的赋予状况的表。
[0052]图28是表示对强度指标在预先设定的阈值范围内的基因的评价值增加权重的第3实施方式的图。
[0053]图29是表示为了选择实施例的测定对象基因而指定的先验知识基因及所提取的DEGs的表。
[0054]图30是表示通过作为比较例的微阵列进行的基因表达量测定的结果的图。
[0055]图31是表示选自成为微阵列的测定对象的基因中的高影响注释信息的表。
[0056]图32是表示选自成为微阵列的测定对象的基因中的高影响注释信息的表。
[0057]图33是表示C1000的表达量的测定结果的图。
[0058]图34是表示选自C1000中的高影响注释信息及被赋予高影响注释信息的基因的表。
[0059]图35是基于C1000的测定基因组的优势比的条形图表。
[0060]图36是基于比较例的TaqMan记分卡的测定基因组的优势比的条形图表。
[0061]图37是表示利用流式细胞仪分析诱导iPS细胞分化成心肌细胞的细胞团而得的结果的点图的一例。
[0062]图38是通过使用随机森林的回归分析制作出的cTnT阳性率的预测模型的散点图。
具体实施方式<本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种生物标记确定方法，其为确定表示用于细胞B的制造的细胞A的特征的生物标记的方法，包括下述(1)～(4)：(1)根据对多个生物标记分别赋予的注释信息来导出多个所述生物标记的每一个的评价值，并根据所述评价值从多个所述生物标记中选择要测定的生物标记；(2)在所述细胞A的培养开始前及培养期间中的至少一个时期，从所述细胞A及培养系统中的至少一者获取所述要测定的生物标记的评价数据；(3)在所述细胞A的培养末期及培养结束后中的至少一个时期，从所述细胞A及培养系统中的至少一者获取所述细胞B的识别标记的评价数据；及(4)根据所述要测定的生物标记的评价数据和所述细胞B的识别标记的评价数据从所述要测定的生物标记中确定至少一个表示用于所述细胞B的制造的细胞A的特征的生物标记。2.根据权利要求1所述的生物标记确定方法，其中，所述生物标记包括选自由基因...

【专利技术属性】
技术研发人员：村上裕太，长濑雅也，野口恭久，
申请(专利权)人：富士胶片株式会社，
类型：发明
国别省市：