一种基于肠道菌群评估半滑舌鳎细菌性肠炎风险的方法和应用技术

本发明专利技术公开一种基于肠道菌群评估半滑舌鳎细菌性肠炎风险的方法，包括如下步骤：(1)采集肠道内容物；(2)确定半滑舌鳎肠道内容物细菌种类与比例；(3)评估肠炎风险。本发明专利技术通过采集、检测半滑舌鳎肠道内容物样本细菌的组成与比例，即可评估、判定半滑舌鳎是否患细菌性肠炎以及患肠炎的风险。本发明专利技术方法不需杀死待检半滑舌鳎即可评估其是否患细菌性肠炎，尤其适合半滑舌鳎亲鱼、选育后代等珍贵个体细菌性肠炎的评估与诊断。炎的评估与诊断。炎的评估与诊断。

【技术实现步骤摘要】
一种基于肠道菌群评估半滑舌鳎细菌性肠炎风险的方法和应用


[0001]本专利技术属于生命科学和数据分析
，尤其是一种基于肠道菌群评估半滑舌鳎细菌性肠炎风险的方法和应用。

技术介绍

[0002]细菌性肠炎病是半滑舌鳎养殖过程中的常见病，往往给养殖者造成巨大的经济损失。因此建立半滑舌鳎肠炎风险的评估方法十分必要。目前评估鱼类是否患肠炎的方法，通常采用解剖出肠道肉眼观察或组织切片观察的方法。该方法需处死鱼类，适用于不珍贵的个体，用于指示群体疾病。而对于需要继续饲养的珍贵个体，此类方法并不可取。因此，对需要继续饲养的鱼类，务必建立对鱼体无损伤的肠炎检测评估方法。
[0003]具体地，现有技术中评估鱼类是否患肠炎的方法具体如下：
[0004]1、把待诊断的半滑舌鳎处死，解剖出肠道，肉眼观察肠道内外壁是否充血、肠道厚度、肠道内壁有无溃烂等外观症状，判断是否患肠炎。
[0005]通过分离、培养肠道内细菌，鉴定分离出的细菌，判定是否患细菌性肠炎。
[0006]2、把待诊断的半滑舌鳎处死，解剖其肠道，中性甲醛固定完全后，通过组织切片显微观察的方式诊断是否患肠炎。
[0007]上述方法存在如下的缺陷：
[0008]1)需要杀死待诊断的半滑舌鳎，不适用于需要继续饲养的亲鱼、选育后代等珍贵个体的细菌性肠炎诊断；2)对肠道组织做切片、染色、观察，诊断出结果的时间较长。
[0009]大量研究表明，人类肠道细菌的组成与其肠炎的发生密切相关，通过检测肠道内容物细菌群落组成与结构，可预测其患细菌性肠炎的风险。陆生动物包括哺乳动物和禽类的肠道菌群也可用于指示肠炎的发生。水生动物的生活环境和消化道结构与人和陆生动物虽有很大差异，但其消化道菌群对鱼类的营养、免疫、病原菌入侵等也密切相关。目前有研究报道了一些养殖的和野生的鱼类肠道菌群组成。也有许多研究可以证明个别病原菌菌株与鱼类肠炎的关系。还有研究初步探明了草鱼肠道正常菌群与肠炎病原菌的关系。但半滑舌鳎肠道细菌群落的组成、结构与其细菌性肠炎的关系，目前尚未见报道。
[0010]通过检索，未发现与本专利技术专利申请相关的专利公开文献。

技术实现思路

[0011]本专利技术的目的在于克服现有技术的不足之处，提供一种基于肠道菌群评估半滑舌鳎细菌性肠炎风险的方法和应用。
[0012]本专利技术解决其技术问题所采用的技术方案是：
[0013]一种基于肠道菌群评估半滑舌鳎细菌性肠炎风险的方法，包括如下步骤：
[0014](1)采集肠道内容物
[0015]采用对鱼体无损伤的方式取出半滑舌鳎的肠道内容物；
[0016](2)确定半滑舌鳎肠道内容物细菌种类与比例
[0017](3)评估肠炎风险
[0018]根据肠道内容物细菌的组成和比例，评估半滑舌鳎患肠炎的风险：
[0019]健康组半滑舌鳎肠道内容物的特征为：健康半滑舌鳎肠道内容物为稀粥状液体；肠道内容物中含有鲁杰氏菌属Ruegeria且比例占24.04％～15.45％；同时含Defluviimonas且比例占11.20％～7.23％；Sulfitobacter占4.00％～2.66％；混合水污物球菌Roseovarius占4.24％～3.02％；Pseudahrensia占2.82％～1.82％；Rubritalea占2.10％～1.65％；Maritalea占1.71％～1.57％；Methyloceanibacter占1.80％～1.55％；假红杆菌属Pseudorhodobacter占2.59％～1.66％；Anderseniella占1.56％～0％；军团菌属Legionella占1.08％～0％；柯克斯体属Coxiella占1.41％～0％；Aquibacter占4.71％～0％；Psychroserpens占2.28％～0％；Maribacter占1.71％～0％；Marinicella占1.63％～0％；Thiothrix占1.32％～0％；Woeseia占1.17％～0％；Leucothrix占1.08％～0％；Nannocystis占1.08％～0％，由此判定半滑舌鳎肠道健康，无细菌性肠炎；
[0020]若半滑舌鳎肠道内容物为浓稠状液体；当肠道内容物中含有Lactococcus占93.00％～78.91％；弧形菌属Vibrio占1.83％～0.90％；Shewanella占0.87％～0.43％；Fusibacter占0.01％～0％；Cetobacterium占0.11％～0.03％；不动杆菌属Acinetobacter占3.72％～1.11％；Marinomonas占0.05％～0.03％；嗜冷杆菌属Psychrobacter占2.76％～0.38％；假单胞菌属Pseudomonas占0.28％～0.11％；Enterococcus占0.04％～0％；Rheinheimera占0.07％～0.03％；判定半滑舌鳎患有肠炎。
[0021]较优地，包括如下步骤：
[0022](1)采集肠道内容物
[0023]以待检测的半滑舌鳎为对象，在其摄食后6
‑
7h取鱼，用丁香酚麻醉，待鱼不挣扎时，用无菌棉球擦去半滑舌鳎肛门周围的水和粘液；用无菌、末端钝圆的硅胶软管插入半滑舌鳎肛门，晃动软管放松肛门周围的括约肌；拔出硅胶软管，用拇指和食指沿肛门附近肠道的走向挤压，即可挤出肠道内容物；将肠道内容物挤入冻存管，每尾鱼的肠道内容物单独一管，液氮保存，并转移至
‑
80℃储存；
[0024](2)确定半滑舌鳎肠道内容物细菌种类与比例
[0025]提取肠道内容物DNA，以16S rRNA部分或全部序列引物扩增，获得扩增片段，进行高通量测序；确定样品的细菌群落组成和比例；
[0026](3)评估肠炎风险
[0027]根据肠道内容物细菌的组成和比例，评估半滑舌鳎患肠炎的风险：
[0028]健康组半滑舌鳎肠道内容物的特征为：健康半滑舌鳎肠道内容物为稀粥状液体；肠道内容物中含有鲁杰氏菌属Ruegeria且比例占24.04％～15.45％；同时含Defluviimonas且比例占11.20％～7.23％；Sulfitobacter占4.00％～2.66％；混合水污物球菌Roseovarius占4.24％～3.02％；Pseudahrensia占2.82％～1.82％；Rubritalea占2.10％～1.65％；Maritalea占1.71％～1.57％；Methyloceanibacter占1.80％～1.55％；假红杆菌属Pseudorhodobacter占2.59％～1.66％；Anderseniella占1.56％～0％；军团菌属Legionella占1.08％～0％；柯克斯体属Coxiella占1.41％～0％；Aquibacter占4.71％～0％；Psychroserpens占2.28％～0％；Maribacter占1.71％～0％；Marinicella占1.63％<本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种基于肠道菌群评估半滑舌鳎细菌性肠炎风险的方法，其特征在于：包括如下步骤：(1)采集肠道内容物采用对鱼体无损伤的方式取出半滑舌鳎的肠道内容物；(2)确定半滑舌鳎肠道内容物细菌种类与比例(3)评估肠炎风险根据肠道内容物细菌的组成和比例，评估半滑舌鳎患肠炎的风险：健康组半滑舌鳎肠道内容物的特征为：健康半滑舌鳎肠道内容物为稀粥状液体；肠道内容物中含有鲁杰氏菌属Ruegeria且比例占24.04％～15.45％；同时含Defluviimonas且比例占11.20％～7.23％；Sulfitobacter占4.00％～2.66％；混合水污物球菌Roseovarius占4.24％～3.02％；Pseudahrensia占2.82％～1.82％；Rubritalea占2.10％～1.65％；Maritalea占1.71％～1.57％；Methyloceanibacter占1.80％～1.55％；假红杆菌属Pseudorhodobacter占2.59％～1.66％；Anderseniella占1.56％～0％；军团菌属Legionella占1.08％～0％；柯克斯体属Coxiella占1.41％～0％；Aquibacter占4.71％～0％；Psychroserpens占2.28％～0％；Maribacter占1.71％～0％；Marinicella占1.63％～0％；Thiothrix占1.32％～0％；Woeseia占1.17％～0％；Leucothrix占1.08％～0％；Nannocystis占1.08％～0％，由此判定半滑舌鳎肠道健康，无细菌性肠炎；若半滑舌鳎肠道内容物为浓稠状液体；当肠道内容物中含有Lactococcus占93.00％～78.91％；弧形菌属Vibrio占1.83％～0.90％；Shewanella占0.87％～0.43％；Fusibacter占0.01％～0％；Cetobacterium占0.11％～0.03％；不动杆菌属Acinetobacter占3.72％～1.11％；Marinomonas占0.05％～0.03％；嗜冷杆菌属Psychrobacter占2.76％～0.38％；假单胞菌属Pseudomonas占0.28％～0.11％；Enterococcus占0.04％～0％；Rheinheimera占0.07％～0.03％；判定半滑舌鳎患有肠炎。2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于：具体包括如下步骤：(1)采集肠道内容物以待检测的半滑舌鳎为对象，在其摄食后6
‑
7h取鱼，用丁香酚麻醉，待鱼不挣扎时，用无菌棉球擦去半滑舌鳎肛门周围的水和粘液；用无菌、末端钝圆的硅胶软管插入半滑舌鳎肛门，晃动软管放松肛门周围的括约肌；拔出硅胶软管，用拇指和食指沿肛门附近肠道的走向挤压，即可挤出肠道内容物；将肠道内容物挤入冻存管，每尾鱼的肠道内容物单独一管，液氮保存，并转移至
‑
80℃储存；(2)确定半滑舌鳎肠道内容物细菌种类与比例提取肠道内容物DNA，以16S rRNA部分或全部序列引物扩增，获得扩增片段，进行高通量测序，或者在提取DNA后直接测定全基因组序列，确定样品的细菌群落组成和比例；(3)评估肠炎风险根据肠道内容物细菌的组成和比例，评估半滑舌鳎患肠炎的风险：健康组半滑舌鳎肠道内容物的特征为：健康半滑舌鳎肠道内容物为稀粥状液体；肠道内容物中含有鲁杰氏菌属Ruegeria且比例占24.04％～15.45％；同时含Defluviimonas且比例占11.20％～7.23％；Sulfitobacter占4.00％～2.66％；混合水污物球菌Roseovarius占4.24％～3.02％；Pseudahrensia占2.82％～1.82％；Rubritalea占2.10％～1.65％；
Maritalea占1.71％～1.57％；Methyloceanibacter占1.80％～1.55％；假红杆菌属Pseudorhodobacter占2.59％～1.66％；Anderseniella占1.56％～0％；军团菌属Legionella占1.08％～0％；柯克斯体属Coxiella占1.41％～0％；Aquibacter占4.71％～0％；Psychroserpens占2.28％～0％；Maribacter占1.71％～0％；Marinicella占1.63％～0％；Thiothrix占1.32％～0％；Woeseia占1.17％～0％；Leucothrix占1.08％～0％；Nannocystis占1.08％～0％，由此判定半滑舌鳎肠道健康，无细菌性肠炎；若半滑舌鳎肠道内容物为浓稠状液体；当肠道内容物中含有Lactococcus占93.00％～78.91％；弧形菌属Vibrio占...

【专利技术属性】
技术研发人员：王庆奎，王洋，谷雪勤，韩鑫怡，韩妞妞，
申请(专利权)人：天津农学院，
类型：发明
国别省市：