用于靶向HPV感染细胞的组合物和方法技术

公开了用于靶向治疗癌症例如HPV相关癌症的组合物和方法。尤其是，公开了修饰的T细胞受体(TCR)T细胞，其可与过继性细胞转移一起用于靶向和杀伤癌细胞，减少抗原逃逸。因此，还公开了在患有HPV相关癌症的受试者中提供抗肿瘤免疫的方法，其涉及过继性转移所公开的TCR

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于靶向HPV感染细胞的组合物和方法
[0001]相关申请
[0002]本申请要求享有2020年3月23日提交的美国临时专利申请系列号62/993,442的优先权的权益，其全部内容通过引用并入本文。

技术介绍

[0003]过继性细胞转移(ACT)涉及向患者体内植入或输注特定细胞，通常是免疫细胞和/或源自免疫系统的细胞(例如，致敏、修饰和/或工程化的淋巴细胞)，目的是识别、靶向和/或破坏疾病相关的细胞。过继免疫疗法(例如，T细胞疗法)已成为治疗许多疾病和疾患的有前景的方法，包括移植后淋巴增生性疾患、感染性疾病(例如，病毒感染)和自身免疫性疾病。过继性T细胞疗法也是一种有前景的癌症治疗方式，在临床试验中显示出令人鼓舞的结果。输注从患者的转移性瘤肿中分离并在离体扩增的肿瘤浸润性淋巴细胞(TIL)，已经在一些患者中与转移性黑素瘤和宫颈癌的完全消退相关。然而，这种自体过继性T细胞疗法的制造通常很耗时，并且对晚期患者的用途有限。因此，迫切需要开发一种“现成的”策略来快速提供过继性T细胞疗法。这可以潜在地通过基因工程淋巴细胞(例如，T细胞，如细胞毒性T细胞)以表达肿瘤或疾病靶向部分来实现，如嵌合抗原受体(CAR)或工程化的T细胞受体(TCR)。这种策略在B细胞恶性肿瘤、黑素瘤和滑膜细胞肉瘤的临床试验中显示出令人鼓舞的早期结果。然而，将这种方法扩展到上皮癌的努力通常依赖于肿瘤和健康组织共有的靶标(例如，抗原)，因此受到T细胞介导的靶向、肿瘤外毒性的限制。这种肿瘤外毒性可以通过靶向健康组织不表达的肿瘤抗原来避免，但很少有抗原是恶性细胞独有的，并且通常由特定的上皮癌家族表达。
[0004]皮肤或粘膜的选择性感染是HPV的典型特征，其复制与这些膜中细胞的成熟密切相关。在全球范围内，HPV感染每年导致约530,000例宫颈癌病例(约270,000例死亡)，其中大多数(86％的病例，88％的死亡)发生在发展中国家。总体而言，HPV占全球癌症负担的5.2％。在美国，每年估计有26,000例新的癌症可归因于HPV，其中女性约17,000例，男性约9,000例。最常见的HPV类型是低风险的HPV
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6和HPV
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11，它们导致90％的生殖器疣和一种称为复发性呼吸道乳头状瘤病的疾病，其中肿瘤在气道中生长。在慢性淋巴细胞白血病(CLL)和血液和骨髓移植(BMT)患者中，HPV还在非黑素瘤皮肤癌(NMSC)的发展中起作用，包括皮肤鳞状细胞癌(SCC)。尤其是HPV
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16和HPV
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18，占头颈癌(HNSCC)和宫颈癌、肛门癌、阴道癌、外阴癌、阴茎癌、舌根癌、喉癌和扁桃体癌的大多数。目前HNSCC的标准治疗选择包括且并入了手术、放疗和同时化疗(例如、顺铂和/或西妥昔单抗)。不幸的是，采用这种方式的患者的治疗后负担可能是巨大的且永久性的，并且可能包括吞咽困难、发音困难、口干、疤痕和外貌损害以及牙关紧闭。然而，HPV相关的癌前病变，例如外阴、阴道、肛门、阴茎的癌前病变以及生殖器疣，通常使用冷冻疗法(即，使用极冷来破坏组织)、化学烧灼(即，使用化学物质破坏组织)、以及激光或手术切除进行物理消除来治疗。值得注意的是，在这种癌前病变中，单独物理消除并不是很有效，因为20
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30％或更多的病例会复发，由于消除HPV的步骤失败，病变在先前治疗的部位复发，以及由于新的感染，病变在新的部位复发。当这种情况发生时，
放疗和化疗的使用会相对地成功；然而，大约50％的HPV相关癌症患者仍然死于该疾病。显然，迫切需要新的治疗策略来控制HPV相关癌症的负担。

技术实现思路

[0005]本专利技术至少部分地基于以下发现：HPV抗原，特别是除了E6和E7以外的HPV抗原，可用于HPV相关疾病(例如，HPV相关的癌症，例如，头颈癌、胃肠道癌、泌尿生殖器癌和妇科癌症)的靶向治疗。在一些方面，本文提供了免疫细胞，其表达靶向HPV抗原的工程化的TCR(例如，TCR
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T细胞，TCR
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T)。
[0006]本文公开的本专利技术的方面包括对人乳头瘤病毒(HPV)16具有抗原特异性的T细胞受体(TCR)多肽。在一些实施方案中，所述TCR包含选自表1和/或13中所列氨基酸序列的至少一个互补决定区3α(CDR3α)和至少一个CDR3β氨基酸序列。在本专利技术的一些实施方案中，本文公开的TCR多肽对包含至少一个表位的抗原具有特异性，所述表位具有选自表1、11和/或13中所列氨基酸序列的氨基酸序列，例如SEQ ID NO：1
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12、217、或218。
[0007]在本专利技术的某些方面，本文公开了治疗受试者中的癌症或癌前病变的方法，所述方法包括施用有效量的包含细胞的过继性免疫治疗组合物，所述细胞表达本文考虑的TCR多肽。在优选的实施方案中，癌症或病变是HPV相关的癌症或病变。在本专利技术的一些方面，本文公开了包含用于过继免疫疗法的细胞的细胞库。在一些实施方案中，此类库的细胞表达本文考虑的TCR。在某些优选的实施方案，所述表达TCR的细胞的HLA限制性是已知的。在某些实施方案中，如本文公开的，治疗HPV相关的癌症或癌前病变包括施用有效量的过继免疫疗法组合物，所述组合物包含选自本文所考虑的细胞库的表达TCR的细胞。
附图说明
[0008]图1显示了HPV16
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E5
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NLD表位特异性CD8
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T细胞的分选通路，其通过双细胞因子捕获测定法检测，并通过双阳性(IFNγ和TNFα)单细胞分选到96孔PCR板中。
[0009]图2显示含有CDR3α和CDR3β的TCR区段的琼脂糖凝胶电泳图像。简而言之，对单个细胞进行RT
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PCR，对所得cDNA进行两轮巢式PCR。在第一轮中，TCRα和TCRβ转录本扩增是通过外部、正义Vα和Vβ区段特异性引物和反义Cα和Cβ区段特异性引物的多重综合小组实现的。对第一轮PCR产物进行两个单独的第二轮PCR，分别包括(1)外部正义Vα和反义Cα区段特异性引物的多重小组或(2)外部正义Vβ和反义Cβ区段特异性引物。来自同一细胞的成对TCRα和TCRβ产物被加载到相邻的泳道中，并显示在成对的标记列中。阴性对照(H1
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H12)PCR反应显示在底行(右泳道)中。在梯形泳道中，显示了300bp的标志物。
[0010]图3显示E2
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TLQ
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TCR氨基酸序列(SEQ ID NO.209)，指示相关特征。
[0011]图4显示E5
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NLD
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TCR氨基酸(SEQ ID NO.210)，指示相关特征。
[0012]图5显示了示例性慢病毒构建体(E5
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NLD
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TCR)，指示相关特征。图5公开了SEQ ID NO:233的“SGSG接头”。
[0013]图6显示E6
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AFR
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T本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种对人乳头瘤病毒(HPV)16具有抗原特异性的T细胞受体(TCR)多肽，其中所述TCR包含选自SEQ ID NO.13至52、或219
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226中所列氨基酸序列的至少一个互补决定区3α(CDR3α)氨基酸序列和至少一个CDR3β氨基酸序列。2.一种对HPV16具有抗原特异性的TCR多肽，其中所述TCR对包含至少一个表位的抗原具有特异性，所述表位具有选自SEQ ID NO:1
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12、217或218中所列氨基酸序列的氨基酸序列。3.根据权利要求1或2所述的TCR多肽，其中所述TCR对E6和E7之外的HPV16肽具有抗原特异性。4.根据权利要求1至3中任一项所述的TCR多肽，其中所述TCR对HPV16肽E1、E2、E4或E5中的任一具有抗原特异性。5.根据权利要求1至4中任一项所述的TCR多肽，其中所述TCR对包含至少一个表位的抗原具有抗原特异性，所述表位具有选自SEQ ID NO:1
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7中所列氨基酸序列的氨基酸序列。6.根据权利要求4所述的TCR多肽，其中所述TCR包含在SEQ ID NO.13和14，SEQ ID NO.25和26，或SEQ ID NO.51和52中列出的CDR3α氨基酸序列和CDR3β氨基酸。7.根据权利要求4所述的TCR多肽，其中所述TCR包含在SEQ ID NO.59和60，或SEQ ID NO.61和62中列出的TCRβ氨基酸序列和TCRα链氨基酸。8.一种核酸，其编码权利要求1至7中任一项所述的TCR多肽。9.根据权利要求8所述的核酸，其包含在SEQ ID NO.53至58、227、228中列出的任何一种核酸序列，和/或其片段。10.一种分离的核酸，其包含编码一种或多种多肽的核苷酸序列，所述多肽包含TCR，所述TCR包含选自SEQ ID NO.59至70、229
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232、或209至216的氨基酸序列。11.根据权利要求8至10中任一项所述的核酸，其中所述核酸是表达载体。12.根据权利要求11所述的核酸，其中所述表达载体是病毒载体。13.根据权利要求12所述的核酸，其中所述病毒载体是慢病毒表达载体。14.一种免疫细胞，其包含权利要求8至13中任一项所述的核酸。15.一种免疫细胞，其表达权利要求1至6中任一项所述的TCR多肽。16.根据权利要求14或15所述的免疫细胞，其中所述免疫细胞是白细胞。17.根据权利要求14至16中任一项所述的免疫细胞，其中所述免疫细胞是淋巴细胞、单核细胞、巨噬细胞、树突状细胞、肥大细胞、嗜中性粒细胞、嗜碱性粒细胞或嗜酸性粒细胞。18.根据权利要求14至17中任一项所述的免疫细胞，其中所述免疫细胞是淋巴细胞，其选自αβT细胞、γδT细胞、自然杀伤(NK)细胞、自然杀伤T(NKT)细胞、B细胞、先天性淋巴细胞(ILC)、细胞因子诱导的杀伤(CIK)细胞、细胞毒性T淋巴细胞(CTL)、淋巴因子活化的杀伤(LAK)细胞、调节性T细胞或其任意组合。19.根据权利要求18所述的免疫细胞，其中所述免疫细胞是细胞毒性T淋巴细胞(CTL)。20.根据权利要求18或19所述的免疫细胞，其中所述免疫细胞是病毒抗原致敏的CTL。21.根据权利要求18至20中任一项所述的免疫细胞，其中所述免疫细胞是对病毒抗原致敏的CTL，所述病毒抗原来自人乳头瘤病毒(HPV)、爱泼斯坦
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巴尔病毒(EBV)、巨细胞病毒(CMV)、B.K.病毒(BKV)、约翰坎宁安病毒(JCV)、小核糖核酸病毒(例如，甲型肝炎病毒)、嗜肝DNA病毒(例如，乙型肝炎病毒)、肝炎病毒(例如，丙型肝炎病毒)、delta病毒(例如，丁型
肝炎病毒)、肝炎病毒(例如，戊型肝炎病毒)中的任一、或其任何组合。22.根据权利要求18至21中任一项所述的免疫细胞，其中所述免疫细胞是HPV致敏的CTL。23.根据权利要求15至22中任一项所述的表达TCR的细胞，其中所述表达TCR的细胞被遗传修饰以不再表达一种或多种免疫检查点分子。24.根据权利要求15至22中任一项所述的表达TCR的细胞，其中所述细胞还表达一种或多种免疫检查点分子的显性失活形式。25.根据权利要求15至22中任一项所述的表达TCR的细胞，其中所述细胞还表达对一种或多种免疫检查点分子特异的开关受体。26.根据权利要求15至22中任一项所述的表达TCR...

【专利技术属性】
技术研发人员：J，
申请(专利权)人：昆士兰医学研究所理事会，
类型：发明
国别省市：