信息处理装置、信息处理装置的工作方法、信息处理装置的工作程序制造方法及图纸

本发明专利技术公开了一种信息处理装置的工作方法，其中，处理器执行：获取处理，获取被赋予到与生物试样相关的多个生物标志物中的每一个的注释信息；导出处理，基于注释信息导出多个生物标志物中的每一个的评价值；以及选择处理，基于评价值从多个生物标志物中选择测定对象的生物标志物。象的生物标志物。象的生物标志物。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】信息处理装置、信息处理装置的工作方法、信息处理装置的工作程序


[0001]本公开的技术涉及信息处理装置、信息处理装置的工作方法、信息处理装置的工作程序。

技术介绍

[0002]在以iPS细胞(induced Pluripotent Stem Cell)等生物试样为研究对象的领域，组织了对细胞克隆的变异、药物剂量这样的参数进行各种变更的多层次实验，并参照由此获得的生物标志物，阐明分化能力这样的生物试样的特性。生物标志物例如包括在培养过程中细胞所表达的基因及蛋白质、在培养过程中由细胞产生的代谢物、或者二氧化碳浓度、pH(potential of Hydrogen)这样的与细胞的培养环境相关的要素。
[0003]作为生物标志物的代表例即基因的检查，已知有RNA(Ribonucleic Acid)测序(RNA
‑
Seq(Sequencing))。RNA
‑
Seq能够全面测定数万个基因的表达量。因此，对生物试样的特性的阐明有所进展。但是，由于检查耗费时间，并且比较昂贵，因此难以扩展到多层次实验中。
[0004]基因有非常庞大的数量，其中也有对生物试样的特性的阐明几乎没有贡献的基因。因此，对于多层次实验，为了更有效地阐明生物试样的特性，重要的是从数量庞大的基因中选择认为有助于阐明生物试样的特性的基因作为测定对象来缩小范围。
[0005]以往，作为选择测定对象的基因的方法，主要有以下两种。第一种方法是基于研究人员的经验的方法。具体地说，选择已知对细胞行为有影响的基因即先验知识基因作为测定对象。第二种方法是根据基因的表达量的实际的测定结果通过数据驱动选择基因的方法。具体地说，用少量样品进行预备实验，一旦全面测定了基因的表达量，则选择表达量特异性变动的基因即差异表达基因(DEGs；Differentially Expressed Genes)的一部分作为测定对象。例如据＜AraVind Subramanian等人、“A Next Generation ConnectiVity Map：L1000 platform and the first 1,000,000profiles”、2015年11月30日发行、Cell、Volume171、ISSUE6、P1437
‑
1452.e17、互联网〈URL：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5990023/〉＞记载，通过高级数据分析方法，从用数据驱动提取的DEGs中，选择能够说明所有基因行为的80％以上的DEGs作为测定对象。

技术实现思路

[0006]专利技术要解决的技术课题
[0007]然而，在选择先验知识基因作为测定对象的第一种方法中，由于依赖于研究人员的经验，因此先验知识基因的数量有限，很难说能够适当地选择被认为有助于阐明生物试样的特性的基因。另外，在选择一部分DEGs作为测定对象的第二种方法中，由于仅仅单纯是因为变动量异常而选择的，因此扩展到多层次实验中的结果发现，如果研究人员知之甚少的次要基因特别有助于阐明生物试样的特性，则难以获得该如何提高细胞的培养成绩这样
的指南。
[0008]本公开的技术所涉及的一实施方式提供一种关系到生物试样的特性的阐明的、能够选择更合适的测定对象的生物标志物的信息处理装置、信息处理装置的工作方法、信息处理装置的工作程序。
[0009]用于解决技术课题的手段
[0010]本公开的信息处理装置的工作方法中，处理器执行：获取处理，获取被赋予到与生物试样相关的多个生物标志物中的每一个的注释信息；导出处理，基于注释信息导出多个生物标志物中的每一个的评价值；以及选择处理，基于评价值从多个生物标志物中选择测定对象的生物标志物。
[0011]优选的是，处理器选定与关注的生物试样的特性相关的注释信息，仅基于选定的注释信息导出评价值。
[0012]优选的是，处理器参照登记了针对生物标志物的注释信息的数据库，对生物标志物赋予注释信息。
[0013]优选的是，生物试样的种类与注释信息相关联。
[0014]优选的是，处理器接受用户对根据生物试样的种类定义的多个类别、及多个类别中的每一个的测定对象的生物标志物的个数的范围的指定，从为多个类别中的每一个准备的生物标志物中选择满足范围的数量的生物标志物，将选择的生物标志物作为测定对象的生物标志物分配到多个类别的每一个中。
[0015]优选的是，类别包括iPS细胞、外胚层、中胚层及内胚层。
[0016]优选的是，处理器计数多个生物标志物中的每一个的注释信息的赋予数，基于赋予数导出评价值。
[0017]优选的是，处理器根据注释信息的信息价值对评价值进行加权。
[0018]优选的是，处理器将稀有度较高的注释信息判断为信息价值高，且加重加权。
[0019]优选的是，处理器基于注释信息的正交性对评价值进行加权。
[0020]优选的是，处理器加重强度指标在预先设定的阈值范围内的生物标志物的评价值的加权。
[0021]优选的是，处理器接受用户对先验知识标记的指定，该先验知识标记是已知对生物试样的特性有影响的生物标志物，加重先验知识标记的评价值的加权。
[0022]优选的是，处理器选择超过100个且1000个以下的测定对象的生物标志物。
[0023]优选的是，生物标志物包括基因。
[0024]优选的是，基因包括表达量特异性变动的差异表达基因。
[0025]优选的是，注释信息是由基因本体论定义的术语。
[0026]优选的是，处理器获取测定对象的生物标志物的测定结果，基于测定结果，通过统计方法从被赋予到测定对象的生物标志物的注释信息中选出对生物试样的特性的影响度较高的注释信息，将选出的注释信息呈现给用户。
[0027]本公开的信息处理装置具备至少一个处理器，处理器获取被赋予到与生物试样相关的多个生物标志物的每一个的注释信息，基于注释信息导出多个生物标志物中的每一个的评价值，基于评价值从多个生物标志物中选择测定对象的生物标志物。
[0028]本公开的信息处理装置的工作程序使处理器执行：获取处理，获取被赋予到与生
物试样相关的多个生物标志物的每一个的注释信息；导出处理，基于注释信息导出多个生物标志物中的每一个的评价值；以及选择处理，基于评价值从多个生物标志物中选择测定对象的生物标志物。
[0029]专利技术效果
[0030]根据本公开的技术，可提供一种关系到生物试样的特性的阐明的、能够选择更合适的测定对象的生物标志物的信息处理装置、信息处理装置的工作方法、信息处理装置的工作程序。
附图说明
[0031]图1是表示信息处理装置等的图。
[0032]图2是表示基因表达信息的图。
[0033]图3是表示注释信息表的图。
[0034]图4是表示注释信息的表。
[0035]图5是表示从iPS细胞分化为三胚层、从三本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种信息处理装置的工作方法，其中，由处理器执行：获取处理，获取被赋予到与生物试样相关的多个生物标志物中的每一个的注释信息；导出处理，基于所述注释信息导出多个所述生物标志物中的每一个的评价值；以及选择处理，基于所述评价值从多个所述生物标志物中选择测定对象的生物标志物。2.根据权利要求1所述的信息处理装置的工作方法，其中，所述处理器，选定与关注的生物试样的特性相关的注释信息，仅基于选定的注释信息导出所述评价值。3.根据权利要求1或权利要求2所述的信息处理装置的工作方法，其中，所述处理器，参照登记了针对所述生物标志物的所述注释信息的数据库，对所述生物标志物赋予所述注释信息。4.根据权利要求1至权利要求3中任一项所述的信息处理装置的工作方法，其中，所述生物试样的种类与所述注释信息相关联。5.根据权利要求4所述的信息处理装置的工作方法，其中，所述处理器，接受用户对根据所述生物试样的种类定义的多个类别、及多个所述类别中的每一个的所述测定对象的生物标志物的个数的范围的指定，从为多个所述类别中的每一个准备的所述生物标志物中选择满足所述范围的数量的生物标志物，将选择的所述生物标志物作为所述测定对象的生物标志物分配到多个所述类别的每一个中。6.根据权利要求5所述的信息处理装置的工作方法，其中，所述类别包括iPS细胞、外胚层、中胚层及内胚层。7.根据权利要求1至权利要求6中任一项所述的信息处理装置的工作方法，其中，所述处理器，按照多个所述生物标志物中的每一个对所述注释信息的赋予数进行计数，基于所述赋予数导出所述评价值。8.根据权利要求1至权利要求7中任一项所述的信息处理装置的工作方法，其中，所述处理器，根据所述注释信息的信息价值对所述评价值进行加权。9.根据权利要求8所述的信息处理装置的工作方法，其中，所述处理器，将稀有度较高的注释信息判断为所述信息价值高，且加重加权。10.根据权利要求8或权利要求9所述的信息处理装置的工作方法，其中，所述处理器，基于所述注释信息的正交性，对所述评价值进行...

【专利技术属性】
技术研发人员：长濑雅也，
申请(专利权)人：富士胶片株式会社，
类型：发明
国别省市：