【技术实现步骤摘要】
高粱属高频Indel分子标记及其应用
[0001]本专利技术具体涉及一种高粱属高频Indel分子标记及其应用，属于分子标记
技术介绍
[0002]在中国酿造业拉动下，近年来高粱种植迅猛发展，我国高粱种植面积和产量正逐年增加。高粱种植面积在2015
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2021年间增幅58.86％，年均复合增长率约8.01％；产量增幅为42.26％，年均复合增长率约6.05％。高粱同时作为优良的饲草，2021年全国工业饲料产量已达29344万吨，环比增长5.4％。我国高粱产业化快速增长趋势也将进一步带动高粱种业的显著进步。自2017年实施非主要农作物品种登记至今，高粱登记品种累计761个，其中酿用和粮用品种分别占比63.7％和16.8％，而包含饲用在内的其他用途已占19.5％。我国高粱品种登记数正快速增加，2022年已登记高粱品种132个，相比2021年登记数(64个)已翻倍。为了最大程度提高高粱属分子遗传育种效率、保护高粱属品种权，开发精准度更高、鉴定周期更短的酿用、粮用和饲用高粱属品种高频分子标记迫在眉睫。
【技术保护点】
【技术特征摘要】
1.一种快速预测Indel标记最小等位基因频率的方法，包括如下步骤：将种质资源分别提取DNA后，n数量基因型等份混池共获得N个混池样品，再分别对N个混池DNA进行特异引物的PCR，所得N个产物二次混池为一个最终产物，利用4％琼脂糖进行电泳分离，对同一泳道上的不同Indel条带强弱进行量化分析后，计算MAF(％)＝Intensity(弱带)/[Intensity(弱带)+Intensity(强带)]*100，n和N均为大于1的整数。2.根据权利要求1所述的一种快速预测Indel标记最小等位基因频率的方法，其特征在于，n＜15，N数量＝种质资源数/n。3.根据权利要求1所述的一种快速预测Indel标记最小等位基因频率的方法，其特征在于，特异引物为高粱属基因组引物，PCR程序为降落PCR类型，退火温度在63
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54℃之间。4.一种高粱InDel分子标记，其特征在于，所述高粱InDel分子标记具有如下23个位点对应的正向和反向引物：WA01位点：Chro.01染色体11.93Mbp处；上游引物F：CTCCGGGTTGTGGTAGCTTT，如SEQ ID No：1所示；下游引物R：CACTGCGGAGGATGACCATT，如SEQ ID No：2所示；WA02位点：Chro.01染色体62.91Mbp处；上游引物F：CTGCTTCGTTTCGGAGGCTA，如SEQ ID No：3所示；下游引物R：CATCCTCCTGTGTTCCGTCC，如SEQ ID No：4所示；WA03位点：Chro.02染色体0.262Mbp处；上游引物F：CGTGAGCGATCATCGGATCAACAA，如SEQ ID No：5所示；下游引物R：ACCTTGGCGTGCCGTGAGAT，如SEQ ID No：6所示；WA04位点：Chro.02染色体55.545Mbp处；上游引物F：GGAACTGCGGAACGACCACA，如SEQ ID No：7所示；下游引物R：GTTGTAAGGTTACATCCTGCTTCTCC，如SEQ ID No：8所示；WA05位点：Chro.03染色体0.943Mbp处；上游引物F：AGGATGAGGCGGATTCTTGG，如SEQ ID No：9所示；下游引物R：TCCATAGGCATTCATCGGTC，如SEQ ID No：10所示；WA06位点：Chro.03染色体55.646Mbp处；上游引物F：CCTCAACTGTGAATTGGTGACGGATAT，如SEQ ID No：11所示；下游引物R：AACAGATATATACAAATCCAGGCTGCTACC，如SEQ ID No：12所示；WA07位点：Chro.04染色体0.212Mbp处；上游引物F：GCTCAATCATGGGCTAACTAGACTCAA，如SEQ ID No：13所示；下游引物R：ATTTGCCTCTAATTTGCGAGACGAATC，如SEQ ID No：14所示；WA08位点：Chro.04染色体63.669Mbp处；上游引物F：AGAATGAAGGTATGCGCTGTGT，如SEQ ID No：15所示；下游引物R：GAGGAGGAGAAGACGACGACAG，如SEQ ID No：16所示；WA09位点：Chro.05染色体1.118Mbp处；上游引物F：AAGCATCTTGATTAAGGACGGAATGGA，如SEQ ID No：17所示；下游引物R：TACATGCCTTGACAACGAACCTAGC，如SEQ ID No：18所示；WA10位点：Chro.05染色体12.853Mbp处；
上游引物F：CATGATTGATTGACACGGCACATCTC，如SEQ ID No：19所示；下游引物R：GTTCCGCTTGCCATTCAGCATTATG，如SEQ ID No：20所示；WA11位点：Chro.05染色体68.653Mbp处；上游引物F：TCCTCCCGAATTAGAAGACGAAACAAAG，如SEQ ID No：21所示；下游引物R：CAGTGAGATACCACATTGGAACTTGAGT，如SEQ ID No：22所示；WA12位点：Chro.06染色体3.262Mbp处；上游引物F：TCCTGTCTATGTGGTTGAAGCCTATAAG，如SEQ ID No：23所示；下游引物R：AATGACTGAAAGGCAACACAGAGAAAC，如SEQ ID No：24所示；WA13位点：Chro.06染色体40.431Mbp处；上游引物F：TAACAGGTTAGGGATCTCCACCCAATA，如SEQ ID No：25所示；下游引物R：GCGATAACTTCATAGCTCATGCCAATT，如SEQ ID No：26所示；WA14位点：Chro.07染色体0.074Mbp处；上游引物F：GGTGATTGTGCAATGTGCATGATATAGAC，如SEQ ID No：27所示；下游引物R：ACCACCGCTACACTCGCCAAA，如SEQ ID No：28所示；WA15位点：Chro.07染色体57.814Mbp处；上游引物F：GTGACACTTTAGCACTTTCGTTTGT，如SEQ ID No：29所示；下游引物R：CGGCAGAAGGAGATCACGATACT，如SEQ ID No：30所示；WA16位点：Chro.07染色体63.740Mbp处；上游引物F：GCGTTCTGTAGCCTCGTGAGTC，如SEQ ID No：31所示；下游引物R：TCCCGTCACATCGAATCTTTAGACA，如SEQ ID No：32所示；WA17位点：Chro.08染色体4.569Mbp处；上游引物F：ATCAATGGCTATGGCGGTGCTG，如SEQ ID No：33所示；下游引物R：GGACAACAACGGAATCGGTGGT，如SEQ ID No：34所示；WA18位点：Chro.08染色体9.499Mbp处；上游引物F：GCATGGAATCTTAACTCTTAGCTTCTCAC，如SEQ ID No：35所示；下游引物R：CAATGGACTGGTTCTCGCTTCGT，如SEQ ID No：36所示；WA19位点：Chro.08染色体58.972Mbp处；上游引物F：CCGAGACGCACAGAGAAACAGAAA，如SEQ ID No：37所示；下游引物R：ATGAAGAGGGAGATATTTGTTGGGCTTAG，如SEQ ID No：38所示；WA20位点：Chro.09染色体4.075Mbp处；上游引物F：ACTCCACCACTTCTCCTCCTCC，如SEQ ID No：39所示；下游引物R：AGATCCACCACAGCTCAAACTCAAA，如SEQ ID No：40所示；WA21位点：Chro.09染色体44.364Mbp处；上游引物F：TGAAGCATTGGTGGACAACTGATGG，如SEQ ID No：41所示；下游引物R：GAGGGCCTCTTTGGTTACTCATTACAT，如SEQ ID No：42所示；WA22位点：Chro.10染色体1.86Mbp处；上游引物F：TAGAGAGGAGAGGAGGGACAGAGAG，如SEQ ID No：43所示；下游引物R：GGACGCATGAAAGACCTGGA，如SEQ ID No：44所示；WA23位点：Chro.10染色体49.341Mbp处；
上游引物F：CTGAAGAGATCTGTCACGAAGTTGCT，如SEQ ID No：45所示；下游引物R：ACACTGAATCCTGCATTCTGTCTAAGATAG，如SEQ ID No：46所示。5.权利要求4所述的高粱InDel分子标记或检测权利要求4所述的高粱InDel分子标记的物质在如下(A1)
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(A5)中的应用：(A1)在高粱...
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