基于新型脂肪酸代谢相关基因预测肾透明细胞癌预后的装置和计算机可读存储介质制造方法及图纸

本发明专利技术公开了基于新型脂肪酸代谢相关基因预测肾透明细胞癌预后的装置和计算机可读存储介质。本发明专利技术发现脂肪酸代谢异常在肾透明细胞癌患者中的重要价值，然后结合多种方法建立新型脂肪酸代谢基因预后模型，并基于此模型预测肾透明细胞癌患者预后的装置。本发明专利技术在独立的肾透明细胞癌队列和临床队列中成功验证了该模型和装置对于肾透明细胞癌患者预后具有很好的预测价值。可以在临床应用中改善肾透明细胞癌患者的风险分层优化和个性化管理。明细胞癌患者的风险分层优化和个性化管理。

【技术实现步骤摘要】
基于新型脂肪酸代谢相关基因预测肾透明细胞癌预后的装置和计算机可读存储介质


[0001]本专利技术属于生物
，具体涉及基于新型脂肪酸代谢相关基因预测肾透明细胞癌预后的装置和计算机可读存储介质。

技术介绍

[0002]肾细胞癌是泌尿系统肿瘤的第二大死因，约占每年成年男性所有新发病例的5％，占成年女性所有新发病例的3％。肾脏透明细胞癌是肾细胞癌最流行和最具侵略性的亚型，是大多数肾脏癌症相关死亡的原因。但由于缺乏有用的生物标志物，肾透明细胞癌在晚期阶段的治疗效果不佳。因此，准确和及时的预后生物标志物对肾透明细胞癌患者至关重要，在临床实践中非常需要。
[0003]脂肪酸是细胞膜形成、能量储存、信号分子产生等生物过程所必需的成分。脂肪酸代谢的增加是对癌症病人癌细胞高代谢需求的反应并且与多个细胞过程密切相关，如细胞生长、细胞转化、肿瘤发展和疾病进展。近年来，研究显示能量代谢重编程是癌细胞共有的特征，其可以参与维持细胞生长、分裂和生存所需的ATP和大分子的产生。除糖代谢外，近年来对脂肪酸代谢的失调也有了更多的了解和认识。与正常肾脏组织相比，肾透明细胞癌患者的肿瘤组织中的脂质储存增加。然而，肾透明细胞癌中脂肪酸代谢途径的具体调节机制目前还未被阐明。因此，建立脂肪酸代谢基因模型可为探索肾透明细胞癌的病理机制和治疗开辟新的途径。

技术实现思路

[0004]本专利技术所要解决的技术问题是如何预测肾透明细胞癌患者的预后。
[0005]为了解决上述技术问题，本专利技术首先提供了预测待测肾透明细胞癌患者预后的装置，其特征在于：所述装置可为装置M或装置N。所述装置M可包括如下模块：
[0006]M1)基因表达量获取模块：用于获取待测肾透明细胞癌患者肿瘤组织中的10个基因的表达量数据；
[0007]M2)预后风险评分计算模块：用于基于式Ⅰ和所述表达量数据计算获得待测肾透明细胞癌患者的预后风险评分；
[0008]风险评分＝(
‑
0.2219
×
CPT2基因表达量)+(
‑
0.0416
×
ACADL基因表达量)+(
‑
0.2152
×
PTPRG基因表达量)+(0.0897
×
CPOX基因表达量)+(0.0429
×
TDO2基因表达量)+
‑
0.0428
×
HPGD基因表达量)+(0.0104
×
ENO2基因表达量)+(0.0944
×
ENO3基因表达量)+(
‑
0.0298
×
ALDH3A2的基因表达量)+(
‑
0.0536
×
ACAA2)的基因表达量)式Ⅰ；
[0009]M3)预后结果输出模块：用于基于所述预后风险评分输出待测肾透明细胞癌患者的预后结果；
[0010]所述装置N可包括如下模块：
[0011]N1)基因数据获取模块：用于获取待测肾透明细胞癌患者肿瘤组织中10个基因的
RNA反转录成cDNA后在进行实时定量聚合酶链反应的标准化阈值数据；
[0012]N2)预后风险分数计算模块：用于基于式Ⅱ和所述标准化阈值数据计算获得待测肾透明细胞癌患者的预后风险分数；
[0013]平均RT
‑
qPCR检测Ct值(ACAA2、ACADL、ALDH3A2、CPT2、HGPD和PTPRG基因)－平均RT
‑
qPCR检测Ct值(CPOX、ENO2、ENO3和TDO2)式Ⅱ；
[0014]N3)预后结果输出模块：用于基于所述预后风险分数输出待测肾透明细胞癌患者的预后结果。
[0015]所述10个基因为人类基因组中的CPT2基因、ACAA2基因、HPGD基因、ALDH3A2基因、ENO2基因、ENO3基因、TDO2基因、CPOX基因、ACADL基因和PTPRG基因。
[0016]所述基因的表达量可为基因在mRNA水平的表达量。所述基因的表达量可为待测肾透明细胞癌患者肿瘤组织中基因的表达量。
[0017]式Ⅱ中，所述平均RT
‑
qPCR检测Ct值可为RT
‑
qPCR检测基因的标准化阈值(Ct值)的平均值。
[0018]所述10个基因可分别为人基因组中的CPT2(HGNC ID:HGNC:2330，相关网站https://www.genenames.org，即NCBI Reference Sequence:NM_000098.3(14
‑
AUG
‑
2022))、ACAA2(HGNC ID:HGNC:83，NCBI Reference Sequence:NM_006111.3(01
‑
JUN
‑
2022))、HPGD(HGNC ID:HGNC:5154，NCBI Reference Sequence:NM_000860.6(24
‑
JUL
‑
2022))、ALDH3A2(HGNC ID:HGNC:403，NCBI Reference Sequence:NM_000382.3(14
‑
AUG
‑
2022))、ENO2(HGNC ID:HGNC:3353，NCBI Reference Sequence:NM_001975.3(21
‑
AUG
‑
2022))、ENO3(HGNC ID:HGNC:3354，NCBI Reference Sequence:NM_053013.4(16
‑
SEP
‑
2022))、TDO2(HGNC ID:HGNC:11708，NCBI Reference Sequence:NM_005651.4(14
‑
AUG
‑
2022))、CPOX(HGNC ID:HGNC:2321，NCBI Reference Sequence:NM_000097.7(11
‑
AUG
‑
2022))、ACADL(HGNC ID:HGNC:88，NCBI Reference Sequence:NM_001608.4(14
‑
AUG
‑
2022))和PTPRG(HGNC ID:HGNC:9671，NCBI Reference Sequence:NM_002841.4(02
‑
OCT
‑
2022))。
[0019]所述预后结果可为高风险和低风险。所述高风险患者的预后差于所述低风险的预后。所述高风险可为将肾透明细胞癌患者群体的风险分数按照由高到底的顺序排序，待测肾透明细胞癌患者排序为肾透明细胞癌患者群体的风险分数前1/3的样本被划分为高风险，排序为后2/3的样本被划分本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.预测待测肾透明细胞癌患者预后的装置，其特征在于：所述装置为装置M或装置N，所述装置M包括如下模块：M1)基因表达量获取模块：用于获取待测肾透明细胞癌患者肿瘤组织中的10个基因的表达量数据；M2)预后风险评分计算模块：用于基于式Ⅰ和所述表达量数据计算获得待测肾透明细胞癌患者的预后风险评分；风险评分＝(
‑
0.2219
×
CPT2基因表达量)+(
‑
0.0416
×
ACADL基因表达量)+(
‑
0.2152
×
PTPRG基因表达量)+(0.0897
×
CPOX基因表达量)+(0.0429
×
TDO2基因表达量)+
‑
0.0428
×
HPGD基因表达量)+(0.0104
×
ENO2基因表达量)+(0.0944
×
ENO3基因表达量)+(
‑
0.0298
×
ALDH3A2的基因表达量)+(
‑
0.0536
×
ACAA2)的基因表达量)式Ⅰ；M3)预后结果输出模块：用于基于所述预后风险评分输出待测肾透明细胞癌患者的预后结果；所述装置N包括如下模块：N1)基因数据获取模块：用于获取待测肾透明细胞癌患者肿瘤组织中10个基因的RNA反转录成cDNA后在进行实时定量聚合酶链反应的标准化阈值数据；N2)预后风险分数计算模块：用于基于式Ⅱ和所述标准化阈值数据计算获得待测肾透明细胞癌患者的预后风险分数；平均RT
‑
qPCR检测Ct值(ACAA2、ACADL、ALDH3A2、CPT2、HGPD和PTPRG基因)－平均RT
‑
qPCR检测Ct值(CPOX、ENO2、ENO3和TDO2)式Ⅱ；N3)预后结果输出模块：用于基于所述预后风险分数输出待测肾透明细胞癌患者的预后结果；所述10个基因为人类基因组中的CPT2基因、ACAA2基因、HPGD基因、ALDH3A2基因、ENO2基因、ENO3基因、TDO2基因、CPOX基因、ACADL基因和PTPRG基因。2.根据权利要求1所述的装置，其特征在于：所述预后为待测肾透明细胞癌患者的总体生存期、疾病特异性生存期和/或无进展生存期。3.预测待测肾透明细胞癌患者预后的装置，其特征在于：所述装置为装置A或装置B；所述装置A包括如下模块：A1)数据获取模块：用于获取待测肾透明细胞癌患者肿瘤组织的10个基因的表达量数据、待测肾透明细胞癌患者的年龄和待测肾透明细胞癌患者的临床数据；A2)预后风险评分计算模块：用于基于式Ⅰ和所述表达量数据计算获得待测肾透明细胞癌患者的预后风险评分；风险评分＝(
‑
0.2219
×
CPT2基因表达量)+(
‑
0.0416
×
ACADL基因表达量)+(
‑
0.2152
×
PTPRG基因表达量)+(0.0897
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CPOX基因表达量)+(0.0429
×
TDO2基因表达量)+
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0.0428
×
HPGD基因表达量)+(0.0104
×
ENO2基因表达量)+(0.0944
×
ENO3基因表达量)+(
‑
0.0298
×
ALDH3A2的基因表达量)+(
‑
0.0536
×
ACAA2)的基因表达量)式Ⅰ；A3)预后结果输出模块：用于基于所述预后风险评分、待测肾透明细胞癌患者的年龄和待测肾透明细胞癌患者的临床数据输出预后结果；所述装置B包括如下模块：B1)基因数据获取模块：用于获取待测肾透明细胞癌患者肿瘤组织中10个基因的RNA反
转录成cDNA后在进行实时定量聚合酶链反应的标准化阈值数据、待测肾透明细胞癌患者的年龄和待测肾透明细胞癌患者的临床数据；B2)预后风险分数计算模块：用于基于式Ⅱ和所述标准化阈值数据计算获得待测肾透明细胞癌患者的预后风险分数；平均RT
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qPCR检测Ct值(ACAA2、ACADL、ALDH3A2、CPT2、HGPD和PTPRG基因)－平均RT
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qPCR检测Ct值(CPOX、ENO2、ENO3和TDO2)式Ⅱ；B3)预后结果输出模块：用于基于所述预后风险分数、待测肾透明细胞癌患者的年龄和待测肾透明细胞癌患者的临床数据输出预后结果；所述10个基因为人类基因组中的CPT2基因、ACAA2基因、HPGD基因、ALDH3A2基因、ENO2基因、ENO3基因、TDO2基因、CPOX基因、ACADL基因和PTPRG基因。4.根据权利要求3所述的装置，其特征在于：所述临床数据为待测肾透明细胞癌患者的AJCC分期和/或肿瘤分级。5.根据权利要求3或4所述的装置，其特征在于：所述预后为待测肾透明细胞癌患者的总体生存期、疾病特异性生存期和/或无进展生存期。6.预测待测肾...

【专利技术属性】
技术研发人员：胡小鹏，张地，张何，
申请(专利权)人：首都医科大学附属北京朝阳医院，
类型：发明
国别省市：