本发明专利技术公开了两对与西瓜果皮间歇性条纹基因ClIS紧密连锁的分子标记及应用，属于分子育种技术领域。本发明专利技术首次对西瓜果皮间歇性条纹性状进行了精细定位，获得了两对与间歇性条纹性状紧密连锁且扩增稳定、多态性好的Indel标记。这两对Indel标记与西瓜果皮间歇性条纹基因ClIS紧密连锁，可用于西瓜间歇性条纹性状的分子标记辅助育种，有助于提高育种效率，加速育种改良进程，为西瓜外观品质分子育种提供了理论基础。了理论基础。了理论基础。
【技术实现步骤摘要】
与西瓜果皮间歇性条纹基因ClIS紧密连锁的分子标记及应用
[0001]本专利技术属于分子育种
，具体涉及与西瓜果皮间歇性条纹基因ClIS紧密连锁的分子标记及应用。
技术介绍
[0002]果实的外观品质一直是消费者最关心的重要性状之一。独特新颖的果皮性状更具吸引力，并且能够决定消费者的选择。果皮条纹作为一种重要的外观性状，其变异类型多种多样。对于西瓜而言，根据果皮的底色，可以区分为黄色、深绿色、淡绿色、白色等；根据条纹类型，西瓜果皮可以区分为条状、网状、间歇性、斑点等。除此之外，还有其他一些特殊的西瓜条纹类型，如果皮黄斑、果皮有黄肚、果皮不规则条纹等。对于西瓜育种者来说，不同的果皮形态一直是研究的热点。
[0003]在以往的研究中，对西瓜果皮的研究主要集中在遗传分析和初步定位上。遗传分析表明，西瓜浅绿色果皮受单基因g控制，浅绿色对深绿色果皮颜色为隐性遗传。然而，也有报道称，在西瓜上存在两个基因座共同调节深绿色和浅绿色果皮性状。对于西瓜条纹而言，研究人员已经证明了宽齿粗条纹对细条纹为显性，并且受单基因调控；西瓜果皮腹部黄色以及间歇性条纹均由单基因控制；西瓜果皮黄斑受两个基因控制。到目前为止，控制西瓜果皮性状的基因还很少定位到。目前研究人员已通过墨绿果皮与淡绿果皮西瓜杂交获得的BC1群体在8号染色体鉴定出一个控制西瓜墨绿果皮的基因位点；并进一步通过精细定位鉴定出西瓜墨绿色果皮调控基因ClCGMenG。另有研究表明ClGS基因上3个碱基的插入/缺失决定了西瓜墨绿色条纹的形成。此外，西瓜黄果皮受4号染色体最前端的一个基因位点控制；对于西瓜黄斑性状，分别位于1号和8号染色体的两个基因座起主要作用。对于西瓜果皮条纹类型，综合多个研究结果显示在6号染色体上存在多个与西瓜果皮条纹相关的基因位点。然而，一些特殊的西瓜果皮条纹类型，特别是间歇性条纹的精细定位和克隆研究尚未报道，也未开发与之紧密连锁的分子标记。
技术实现思路
[0004]本专利技术的目的在于提供两对与西瓜果皮间歇性条纹基因ClIS紧密连锁的分子标记，分别为Indel2和Indel8标记。单独或同时利用这两个与西瓜果皮间歇性条纹基因ClIS进行辅助选择，可显著提高西瓜果皮条纹育种效率。
[0005]为实现上述目的，本专利技术提供如下技术方案：
[0006]本专利技术中与西瓜果皮条纹基因ClIS紧密连锁的两对分子标记，其中一对分子标记Indel2，扩增所述分子标记的引物对的上游引物序列如SEQ ID NO.1所示，下游引物序列如SEQ ID NO.2所示。
[0007]本专利技术中另一对与西瓜果皮条纹基因ClIS紧密连锁的Indel8分子标记，扩增所述分子标记的引物对的上游引物序列如SEQ ID NO.5所示，下游引物序列如SEQ ID NO.6所示。
[0008]本专利技术最主要的是专利技术点在于采用上述西瓜果皮间歇性条纹基因ClIS紧密连锁的分子标记在西瓜分子育种中的应用，包括用于鉴定是否存在本专利技术的分子标记来判定西瓜果皮间歇性条纹的基因型。
[0009]其中，利用Indel2分子标记对西瓜果皮间歇性条纹品种或者基因型的判定方法，所述判定方法包括如下步骤：
[0010](1)提取待测西瓜基因组DNA；
[0011](2)以步骤(1)中所提取基因组DNA为模板，利用权利要求1所述分子标记的引物对进行PCR扩增，对PCR扩增产物进行电泳检测和/或测序；
[0012](3)根据步骤(2)的电泳条带和/或测序结果进行判定，具体标准为：
[0013]如果PCR扩增产物仅有一条如SEQ ID NO.3所示的长度为87bp的特征条带，则该待测材料为西瓜果皮间歇性条纹纯合基因型(ClIS/ClIS)；如果PCR扩增产物仅有一条如SEQ ID NO.4所示的长度为95bp的特征条带，则待测西瓜材料为果皮浅绿色条纹纯合基因型(Clis/Clis)；如果PCR扩增产物中既有一条如SEQ ID NO.3所示的长度为87bp的特征条带，又有一条如SEQ ID NO.4所示的长度为95bp的特征条带，则该待测西瓜材料为果皮间歇性条纹杂合基因型(ClIS/Clis)。
[0014]利用Indel8分子标记对西瓜果皮间歇性条纹品种或者基因型的判定方法，所述判定方法包括如下步骤：
[0015](1)提取待测西瓜基因组DNA；
[0016](2)以步骤(1)中所提取基因组DNA为模板，利用权利要求2所述分子标记的引物对进行PCR扩增，对PCR扩增产物进行电泳检测和/或测序；
[0017](3)根据步骤(2)的电泳条带和/或测序结果进行判定，具体标准为：
[0018]如果PCR扩增产物仅有一条如SEQ ID NO.7所示的长度为99bp的特征条带，则该待测西瓜材料为果皮间歇性条纹纯合基因型(ClIS/ClIS)；如果PCR扩增产物仅有一条如SEQ ID NO.8所示的长度为94bp的特征条带，则待测西瓜材料为果皮浅绿色条纹纯合基因型(Clis/Clis)；如果PCR扩增产物中既有一条如SEQ ID NO.7所示的长度为99bp的特征条带，又有一条如SEQ ID NO.8所示的长度为94bp的特征条带，则该待测西瓜材料为果皮间歇性条纹杂合基因型(ClIS/Clis)。
[0019]另外，包含上述引物对的试剂盒，可以用来鉴定西瓜材料果皮条纹性状，具体应用时，可以选择含有上述分子标记引物对的试剂做成试剂盒。
[0020]再者，用于检测两对Indel标记是否存在的试剂在西瓜果皮条纹基因ClIS定位中的应用，利用本专利技术的分子标记，可以对西瓜果皮条纹基因ClIS进行定位，上述这些应用均可以按照常规的方法进行。
[0021]需要说明的是，本申请中，西瓜果皮间歇性条纹基因ClIS与西瓜果皮浅绿色条纹基因Clis为等位基因，其中西瓜果皮间歇性条纹基因ClIS为显性控制(即含有该基因的西瓜果皮条纹呈间歇性条纹，也即对应基因对为ClIS/ClIS或ClIS/Clis)，而西瓜果皮浅绿色条纹基因Clis为隐性控制(即，只有纯合基因对Clis/Clis时，该西瓜品种的果皮才表现为浅绿色条纹表型)。
[0022]本专利技术还保护含有上述分子标记的载体。所述重组载体可以是插入有本专利技术的分子标记的表达载体或者克隆载体。获得上述重组载体后，本领域技术人员可以根据不同的
需要，将重组载体转化到合适的细胞中，得到含有该重组载体的重组细胞。因此，本专利技术还保护含有所述重组载体的重组细胞。
[0023]本专利技术的优点：
[0024]本研究以西瓜间歇性条纹纯合自交系WT20和浅绿色条纹纯合自交系WCZ为材料，构建F2和BC1分离群体，利用分子标记技术对西瓜间歇性条纹性状进行精细定位，找到了与间歇性条纹性状紧密连锁的两对Indel标记，该分子标记扩增稳定、多态性好、检测方便高效，因此可直接用于西瓜果皮间歇性条纹材料的分子标记辅助育种。由于分子标记在辅助选择育种体系中具有简便、快速、高效的优势，因而本专利技术所提供的分子标记在西瓜果皮本文档来自技高网...
【技术保护点】
【技术特征摘要】
1.与西瓜果皮间歇性条纹基因ClIS紧密连锁的Indel2分子标记，其特征在于，扩增所述分子标记的引物对的上游引物序列如SEQ ID NO.1所示，下游引物序列如SEQ ID NO.2所示。2.与西瓜果皮间歇性条纹基因ClIS紧密连锁的Indel8分子标记，其特征在于，扩增所述分子标记的引物对的上游引物序列如SEQ ID NO.5所示，下游引物序列如SEQ ID NO.6所示。3.权利要求1或权利要求2所述的与西瓜果皮间歇性条纹基因ClIS紧密连锁的分子标记在西瓜分子育种中的应用。4.根据权利要求3所述的应用，其特征在于，所述分子标记用于鉴定或辅助选择西瓜果皮间歇性条纹性状。5.一种西瓜果皮条纹品种/基因型的判定方法，其特征在于，所述判定方法包括如下步骤：(1)提取待测西瓜基因组DNA；(2)以步骤(1)中所提取基因组DNA为模板，利用权利要求1所述分子标记的引物对进行PCR扩增，对PCR扩增产物进行电泳检测和/或测序；(3)根据步骤(2)的电泳条带和/或测序结果进行判定，具体标准为：如果PCR扩增产物仅有一条如SEQ ID NO.3所示的长度为87bp的特征条带，则该待测西瓜材料为果皮间歇性条纹纯合品种/基因型；如果PCR扩增产物仅有一条如SEQ ID NO.4所示的长度为95bp的特征条带，则该待测西瓜材料为果皮浅绿色条纹纯合品种/基因型；如果PCR扩增产物中既有一条如SEQ ID NO.3所示的长度为87bp的特征条带，又有一条如SEQ ID NO.4所示的长度为95bp的特征条带，则该待测西瓜材料为果皮...
【专利技术属性】
技术研发人员：杨路明，豆峻岭，朱忠厚，杨森，朱华玉，牛欢欢，王银萍，
申请(专利权)人：河南农业大学，
类型：发明
国别省市：
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