基于分子标记的用于肝癌筛查和风险预测的系统及应用技术方案

是本申请公开了基于分子标记的肝癌肿瘤筛查模型的建立方法，所述方法包括获得与肝癌关联的SNP数据集；基于数据集，筛选得到用于建模的SNPs，以作为模型变量；计算每一模型变量的不同基因型的相对风险值；以及基于相对风险值获得所述肿瘤筛查模型。本申请明公开了基于所述方法构建的肿瘤筛查模型的肝癌筛查、风险预测和/或诊断方法，以及相关的试剂盒、系统、装置、计算机可读存储介质和设备，实现了对各个分期的肝癌的早期准确筛查。个分期的肝癌的早期准确筛查。个分期的肝癌的早期准确筛查。

【技术实现步骤摘要】
基于分子标记的用于肝癌筛查和风险预测的系统及应用


[0001]本申请涉及基因检测
，尤其涉及基于分子标记的用于肝癌 筛查和/或风险预测的系统。

技术介绍

[0002]肝癌的一级预防为病因预防，传统的肝癌病因主要为病毒感染(乙肝 病毒、丙肝病毒)，黄曲霉毒素、微囊藻毒素暴露，嗜烟，酗酒等不良生 活习惯；目前发现非酒精性脂肪肝已成为发达国家肝癌的主要病因；另 外有研究发现糖尿病是肝癌发生的一个独立危险因素；而高BMI人群肝 癌的患病率比正常人高5倍。针对传统病因，国家己采取了相应的措 施:2005年起乙肝疫苗己免费向所有新生儿接种；规范治疗后，慢性乙肝 可以得到有效的控制；慢性丙肝经过抗病毒治疗，HCV病毒可以被彻底 清除。
[0003]肝癌的三级预防主要指临床上治疗方法的改善以及新型药物的研 发。目前临床上常用的肝癌诊断方法为:结合临床症状，进行影像学检查， 包括超声、X线计算机断层成像(CT)、磁共振成像(MRI)、数字剪影血管 造影(DSA)和核医学影像方法(PET CT,SPECT CT)，必要时行肝脏穿刺活 检。这些应用于临床上的诊断方法，或灵敏度低或花费较大或具有创伤 性，难以满足人群早期筛查的需求。国际卫生组织推荐肝硬化患者每年 进行两次B超及AFP检查，以实现肝癌的早期诊断。但目前研究显示 AFP灵敏度较低，约40％的肝癌患者AFP水平并没有升高，尤其在早期 肝癌患者中此比例更高，欧洲肝癌研究协会(EASL)己不推荐AFP作为肝 癌的诊断指标[[19
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211。超声作为一种影像学诊断方法，对医生技术水平 依赖性强；一次只能检查一个病人，效率较低:另外只有患者肿瘤体积累积 达到一定程度，才能被超声检测到；因此其诊断早期肝癌，尤其是小肝 癌的灵敏度较低。所以迫切需要寻找一种无创、易普及且适合肝癌早期 诊断的客观的肝癌肿瘤筛查方式。

技术实现思路

[0004]有鉴于此，本申请的目的在于，至少提供一种改进的肝癌筛查模型， 以实现无创、易普及且适合肝癌早期诊断方式。
[0005]第一方面，本申请实施例公开了基于分子标记的肝癌肿瘤筛查模型 的建立方法，包括：
[0006]获得与肝癌关联的SNP数据集；
[0007]基于所述数据集，筛选得到用于建模的SNPs，以作为模型变量；
[0008]计算每一模型变量的不同基因型的相对风险值；以及
[0009]基于所述相对风险值获得所述肿瘤筛查模型。
[0010]在本申请实施例中，筛选得到用于建模的SNPs的步骤具体包括：根 据每一SNP在不同染色体上的连锁不平衡分析结果，挑选较为SNP间距 在50Mb以内，并且连续分析的r2>0.9，以作为模型构建的SNP。
[0011]在本申请实施例中，筛选得到用于建模的SNPs的步骤后，还包括：
[0012]根据获得各个SNP在所述数据集中的单独效应，得到每一SNP位点 的对肝癌发生的单独效应值和表型参数；其中，所述单独效应值为单个 SNP的在所述数据集中患肝癌的统计概率；所述表型参数，为所述数据 集中，该单个SNP在单个个体遗传过程中的表型为显性遗传个体患肝癌 的统计频率；以及
[0013]利用Logistic回归分析计算单个个体的单独效应值进行校正、加权后 获得遗传分数；以及
[0014]根据所述单独效应值、表型参数和遗传分数，即可计算得到每个个 体的基于SNPs的肝癌加权风险筛查评分，根据所述肝癌加权风险筛查评 分即能判断每一个体的患癌风险。
[0015]在本申请实施例中，筛选得到用于建模的SNPs包括 TAGA*rs15945924、FBXW*rs11744825、RANBP1*rs17033807、GNA* rs5741536、TY*rs8896114、TGM*rs239809、DUOX*rs4539964、 RE*rs4362209、AT*rs10819989、ATP7*rs5251533、MUTY*rs4579862中 的至少一种。
[0016]在本申请实施例中，筛选得到用于建模的SNPs包括 TAGA*rs15945924、FBXW*rs11744825、RANBP1*rs17033807、GNA* rs5741536、TY*rs8896114、TGM*rs239809、DUOX*rs4539964、 RE*rs4362209、AT*rs10819989、ATP7*rs5251533、MUTY*rs4579862。
[0017]在本申请实施例中，筛选得到用于建模的SNPs包括FBXW* rs11744825、GNA*rs5741536、TY*rs8896114、TGM*rs239809、 DUOX*rs4539964、RE*rs4362209、ATP7*rs5251533、MUTY*rs4579862。
[0018]在本申请实施例中，筛选得到用于建模的SNPs包括 TAGA*rs15945924、FBXW*rs11744825、GNA*rs5741536、TY* rs8896114、TGM*rs239809、DUOX*rs4539964、RE*rs4362209、 AT*rs10819989、ATP7*rs5251533、MUTY*rs4579862。
[0019]第二方面，本申请实施例公开了一种肝癌筛查、风险预测和/或诊断 方法，，所述方法包括使用肝癌肿瘤筛查模型的步骤，所述肝癌肿瘤筛 查模型由第一方面项所述的构建方法构建得到。
[0020]第三方面，本申请实施例公开了一种肝癌癌症筛查、风险预测和/或 诊断试剂盒，所述试剂盒包含用于检测根据第一方面所述的构建方法构 建的肿瘤筛查模型中的基因分型的试剂。
[0021]第四方面，本申请实施例公开了用于肝癌筛查、风险预测和/或诊断 的系统或装置，所述系统或装置包括：
[0022]获取模块，用于获取获得与肝癌关联的SNP数据集；
[0023]筛选模块，用于基于所述数据集筛选得到用于建模的SNPs，以作为 模型变量；
[0024]计算模块，用于计算每一模型变量的不同基因型的相对风险值；
[0025]构建模块，用于基于所述相对风险值构建得到所述肝癌肿瘤筛查模 型；以及
[0026]数据分析模块，用于将待测个体用于建模的SNP的相对风险值输入 根据第一方面所述的构建方法构建的肝癌肿瘤筛查模型中，以得出预测 结果。
[0027]与现有技术相比，本申请至少具有以下有益效果：
[0028]本申请提供的肝癌肿瘤筛查模型不仅提供了能够获得更准确预测结 果的肿瘤筛查模型构建方法，还提供了新的肿瘤预测指标组合，实现了 优于现有技术的预测效果。另
外，本申请提供的利用该模型进行肝癌肿 瘤筛查的方法不依赖于肿瘤的进展程度，在不同分期的肿瘤患者中的预 测效果没有明显差异，可适用于肿瘤的各个时期，能够解决早期和极早 期肿瘤难以筛查的难题。
附图说明
[0029]图1为本本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.用于肝癌筛查和风险预测的系统，其特征在于，所述系统包括：获取模块，用于获取获得与肝癌关联的SNP数据集；筛选模块，用于基于所述数据集筛选得到用于建模的SNPs，以作为模型变量；计算模块，用于计算每一模型变量的不同基因型的相对风险值；构建模块，用于基于所述相对风险值构建得到所述肝癌肿瘤筛查模型；以及数据分析模块，用于将待测个体用于建模的SNP的相对风险值输入根据所述肝癌肿瘤筛查模型中，以得出预测结果；所述肝癌肿瘤筛查模型的构建方法包括：获得与肝癌关联的SNP数据集；基于所述数据集，筛选得到用于建模的SNPs，以作为模型变量；计算每一模型变量的不同基因型的相对风险值；以及基于所述相对风险值获得所述肿瘤筛查模型；其中，筛选得到用于建模的SNPs的步骤具体包括：根据每一SNP在不同染色体上的连锁不平衡分析结果，挑选较为SNP间距在50Mb以内，并且连续分析的r2>0.9，以作为模型构建的SNP；r2的计算公式为：r2＝(PA1B1－PA1
×
PB1)2/PA1
×
(1－PA1)
×
PB1
×
(1－PB1)；式中，PA1和PB1是两个SNP标记位点上第1个等位基因的频率，PA1B1是等位基因之间形成的单倍型频率；其中，所述相对风险值为[L2×
f2+L2×
(1－f)2/+L
×
(1－L)
×
(1－f)+L
×
(1－L)+(1－L)2]/W，L表征对肝癌发生的单独效应值和f为表型参数，W为遗传分数，其利用logistic回归分析计算单个个体的单独效应值进行校正、加权后获得；所述肿瘤筛查模型的模型公式为：M＝SNP2
×
SNP8
×
SNP9
×
SNP14
×
SNP15
×
SNP20
×
...

【专利技术属性】
技术研发人员：付小斌，
申请(专利权)人：河北北方学院附属第一医院，
类型：发明
国别省市：