一种口腔鳞状细胞癌生物标志物识别模型建立方法技术

本申请公开了一种口腔鳞状细胞癌生物标志物识别模型建立方法。该方法包括对OSCC肿瘤数据库的转录组数据进行处理和分析，分析挖掘OSCC转录组RNA差异表达因子；分析得到OSCC样本细胞丰度和差异表达因子间的免疫浸润关系；评价得到的差异表达因子对肿瘤发生发展机制的实际影响，筛选并保留与生存显著相关RNA因子，鉴定可作为OSCC的生物标志物。本发明专利技术提供了一种口腔鳞状细胞癌生物标志物识别模型建立方法，能够提高识别生物标志物的灵敏度和准确性。确性。确性。

【技术实现步骤摘要】
一种口腔鳞状细胞癌生物标志物识别模型建立方法


[0001]本专利技术涉及医疗大数据
，特别涉及一种口腔鳞状细胞癌生物标志物识别模型建立方法。

技术介绍

[0002]转录组学是指一门在整体水平上研究细胞中基因转录的情况及转录调控规律的学科。转录组学是从RNA(Ri bonuc l e i c Ac i d)水平研究基因表达的情况。转录组即一个活细胞所能转录出来的所有RNA的总和，对转录组学中生物标志物和药物靶点的研究是研究细胞表型和功能的重要手段，为寻找疾病生物标志物、探索病理生理机制和研究相关生物通路提供新思路。
[0003]口腔鳞状细胞癌(Ora l squamous ce l l carc i noma，OSCC)是口腔及颌、面部最常见的癌症，具有高度侵袭性的癌症，易发生转移和局部复发，手术、放疗、化疗等常规治疗效果不理想。由于口腔在生理解剖位置上具有特殊性，疾病往往对患者的咀嚼、吞咽、语言、呼吸等功能造成很大的影响，甚至威胁生命。大部分OSCC患者就诊时已处于临床晚期，使得他们的治疗效果较差。OSCC患者的整体治疗效果仍不太理想，缺乏对于OSCC生物标志物识别模型的针对性研究。
[0004]常规的生物标志物识别方法，是将基因组或转录组的测序或表达信息转化为矩阵，分析分析差异表达情况，而后将差异表达因子中与生物通路等相关的一个或多个因子作为肿瘤的生物标志物。而浸润是恶性肿瘤的主要生物学特征，恶性肿瘤的生物学特征主要是肿瘤细胞有一定的浸润、侵袭能力，对于肿瘤样本中细胞丰度的分析有利于探究生物标志物与肿瘤免疫微环境的关系。

技术实现思路

[0005]本专利技术的目的是提供一种口腔鳞状细胞癌生物标志物识别模型建立方法，该方法充分利用Per l和R语言对OSCC肿瘤数据库的转录组数据进行编程语言处理和分析能力，OSCC样本细胞丰度和差异表达因子间的免疫浸润关系，评价挖掘得到的差异表达因子对肿瘤发生发展机制的实际影响，使得对OSCC生物标志物识别更加准确。
[0006]本专利技术公开了一种口腔鳞状细胞癌生物标志物识别模型建立方法，包括：
[0007]对OSCC肿瘤数据库的转录组数据进行处理和分析，分析挖掘OSCC转录组RNA差异表达因子；
[0008]分析得到OSCC样本细胞丰度和差异表达因子间的免疫浸润关系；
[0009]评价得到的差异表达因子对肿瘤发生发展机制的实际影响，筛选并保留与生存显著相关RNA因子，鉴定可作为OSCC的生物标志物。
[0010]对OSCC肿瘤数据库的转录组数据进行处理和分析，分析挖掘OSCC转录组RNA差异表达因子进一步包括：
[0011]通过RNA测序方法对OSCC患者肿瘤样本的转录组成分进行分析。
[0012]对OSCC肿瘤数据库的转录组数据进行处理和分析，分析挖掘OSCC转录组RNA差异表达因子包括：
[0013]通过Per l和R语言对OSCC肿瘤数据库的转录组数据进行编程语言处理和分析，得到OSCC转录组学因子的表达矩阵，分析挖掘OSCC转录组中的差异表达因子。
[0014]分析得到OSCC样本细胞丰度和差异表达因子间的免疫浸润关系进一步包括：
[0015]采用Ci rc2Traits数据库在线工具和使用FunRi ch工具预测交集分析得到各类RNA之间的靶向调控关系。
[0016]分析得到OSCC样本细胞丰度和差异表达因子间的免疫浸润关系进一步包括：
[0017]通过基因本体和通路富集分析得到OSCC转录组中差异表达因子的生物通路映射结果，匹配涉及的细胞组分、分子功能和生物通路。
[0018]分析得到OSCC样本细胞丰度和差异表达因子间的免疫浸润关系包括：
[0019]基于R语言的C I BERSORT运算线性支持向量回归原理对人类免疫细胞亚型的表达矩阵进行去卷积，从RNA测序数据中量化肿瘤浸润的免疫细胞，得到OSCC样本细胞丰度和差异表达因子间的免疫浸润关系。
[0020]评价得到的差异表达因子对肿瘤发生发展机制的实际影响，筛选并保留与生存显著相关RNA因子，鉴定可作为OSCC的生物标志物包括：
[0021]基于单因素Cox回归模型分析，筛选并保留与生存显著相关RNA因子，鉴定可作为OSCC的生物标志物。
[0022]本专利技术主要解决了OSCC生物标志物识别方法单一的问题。本专利技术基于OSCC环状RNA(c i rcu l ar RNA，c i rcRNA)、微小RNA(mi croRNA，mi RNA)和信使RNA(messenger RNA，mRNA)中生物标志物和药物靶点的挖掘，探究了OSCC中转录组表达情况与肿瘤免疫浸润之间的关系，并基于Cox回归模型(Cox proport i ona l
‑
hazards mode l)建立了OSCC生物标志物识别模型。
[0023]RNA差异表达因子在不同环境下，表达与其他有显著区别，因此RNA差异表达因子可以作为细胞的标志物进行识别，本专利技术通过对OSCC肿瘤数据库的转录组数据进行处理和分析，分析挖掘OSCC转录组RNA差异表达因子，由于恶性肿瘤的主要生物学特点就是浸润，恶性肿瘤的生物学特征主要是肿瘤细胞有一定的浸润、侵袭能力，对于肿瘤样本中细胞丰度的分析有利于探究生物标志物与肿瘤免疫微环境的关系，所以本专利技术经过分析并得到OSCC样本细胞丰度和差异表达因子间的免疫浸润关系，利用RNA差异表达因子可以作为细胞的标志物进行识别，分析出与免疫浸润关系有关的RNA差异表达因子，就可以得到能判别OSCC的RNA标志物。
附图说明
[0024]此处的附图被并入说明书中并构成本说明书的一部分，标示出了符合本专利技术的实施例，并与说明书一起用于解释本专利技术的原理。
[0025]为了更清楚地说明本专利技术实施例或现有技术中的技术方案，下面将对实施例或现有技术描述中所需要使用的附图作简单地介绍，显而易见地，对于本领域普通技术人员而言，在不付出创造性劳动性的前提下，还可以根据这些附图获得其他的附图。
[0026]图1为本专利技术提出的一种口腔鳞状细胞癌生物标志物识别模型建立方法的流程
图；
[0027]图2为本专利技术提出的一种口腔鳞状细胞癌生物标志物识别模型建立方法的程序框图。
具体实施方式
[0028]下面将结合本专利技术实施例中的附图，对本专利技术实施例中的技术方案进行清楚、完整地描述，显然，所描述的实施例仅仅是本专利技术的一部分实施例，而不是全部的实施例。基于本专利技术中的实施例，本领域普通技术人员在没有作出创造性劳动前提下所获得的所有其他实施例，都属于本专利技术保护的范围。
[0029]需要说明，本专利技术实施例中所有方向性指示(诸如上、下、左、右、前、后
……
)仅用于解释在某一特定姿态(如附图所示)下各部件之间的相对位置关系、运动情况等，如果该特定姿态发生改变时，则该方向性指示也相应地随之改变。
[0030]另外，在本专利技术中涉及“第一”、“本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种口腔鳞状细胞癌生物标志物识别模型建立方法，其特征在于，包括：对OSCC肿瘤数据库的转录组数据进行处理和分析，分析挖掘OSCC转录组RNA差异表达因子；分析得到OSCC样本细胞丰度和差异表达因子间的免疫浸润关系；评价得到的差异表达因子对肿瘤发生发展机制的实际影响，筛选并保留与生存显著相关RNA因子，鉴定可作为OSCC的生物标志物。2.根据权利要求1所述的一种口腔鳞状细胞癌生物标志物识别模型建立方法，其特征在于，所述对OSCC肿瘤数据库的转录组数据进行处理和分析，分析挖掘OSCC转录组RNA差异表达因子进一步包括：通过RNA测序方法对OSCC患者肿瘤样本的转录组成分进行分析。3.根据权利要求1所述的一种口腔鳞状细胞癌生物标志物识别模型建立方法，其特征在于，所述对OSCC肿瘤数据库的转录组数据进行处理和分析，分析挖掘OSCC转录组RNA差异表达因子包括：通过Perl和R语言对OSCC肿瘤数据库的转录组数据进行编程语言处理和分析，得到OSCC转录组学因子的表达矩阵，分析挖掘OSCC转录组中的差异表达因子。4.根据权利要求1所述的一种口腔鳞状细胞癌生物标志物识别模型建立方法，其特征在于，所述分析得到OSCC样本细胞丰度和差异表达因子间的免疫浸润关...

【专利技术属性】
技术研发人员：胡德华，蔡煜锋，姜浩，吴海竞，贺政豪，
申请(专利权)人：中南大学，
类型：发明
国别省市：