本申请公开了一种引物组合物、试剂盒和检测SLC25A13IVS16区域变异的系统，所述引物组合物针对SLC25A13IVS16区域，包括上游引物和下游引物，所述上游引物序列如下：AAACTGGGGTGAGGATCGAAATACACGAGC；所述下游引物包括突变型下游引物和野生型下游引物，所述突变型下游引物序列如下：GCCCGAACCCCTTTCCACTGCCAACACCTC，所述野生型下游引物序列如下：CTGGCCAAACCACTTACAGCGGAGTGATAG。所述系统采用二代测序和生信结合的方式，能够快速准确地判断出变异结果。判断出变异结果。判断出变异结果。
【技术实现步骤摘要】
引物组合、试剂盒和检测SLC25A13 IVS16区域变异的系统
[0001]本申请涉及到基因检测领域，特别是一种引物组合、试剂盒和检测SLC25A13 IVS16区域变异的系统。
技术介绍
[0002]希特林蛋白缺陷病(citrin deficiency，CD)为一种常染色体隐性遗传疾病，本病致病基因SLC25A13位于染色体7q21.3,编码的蛋白质称希特林蛋白。
[0003]IVS16ins3kb是SLC25A13基因常见的一种致病性变异，由于插入序列片段较长，目前探针捕获等手段较难以准确检测该变异。目前使用三代长片段测序技术可以将插入片段完整扩增出来，但目前三代测序技术存在成本高，应用价格贵等问题。
技术实现思路
[0004]本申请实施例提供了一种引物组合物，用于在二代测序技术下扩增SLC25A13 IVS16区域，以解决现有技术中使用三代长片段测序技术存在的成本高的技术问题。
[0005]引物组合物，针对SLC25A13 IVS16区域，包括上游引物和下游引物，所述上游引物序列如下：AAACTGGGGTGAGGATCGAAATACACGAGC；所述下游引物包括突变型下游引物和野生型下游引物，所述突变型下游引物序列如下：GCCCGAACCCCTTTCCACTGCCAACACCTC，所述野生型下游引物序列如下：CTGGCCAAACCACTTACAGCGGAGTGATAG。
[0006]进一步的，所述引物组合物至少还包括以下至少一个对照引物组合：
[0007]针对扩增区域CG0175.ACAD9.NM_014049.5.exon7_control_ACAD9，上游引物序列如下：ATAGGGGTTTGGTTTTCTCCAAAGTC，下游引物序列如下：CGCGCACAGGAGCTACTT；
[0008]针对扩增区域CG0539.CYP11B1.NM_000497.3.exon8_control，上游引物序列如下：CTCTCAGCTCGCCGCTTAC，下游引物序列如下：GACATGGTCCCATCCAGCAC；
[0009]针对扩增区域CG0095.INSRR.NM_014215.3.exon2_control_NTRK1_exon2，上游引物序列如下：TCCTGATGCCTAGCTTAAGGGAGTC，下游引物序列如下：GCATTGGGGGAAATGATCCAAATG；
[0010]针对扩增区域CG0335.SIL1.NM_001037633.2.exon5_control_A001，上游引物序列如下：TCTGTGCTCTGGGAGAGAAGTAAA，下游引物序列如下：GAGACTGACATGCAGATCATGGTACG；
[0011]针对扩增区域CG0336.SIL1.NM_001037633.2.exon5_control_A002，上游引物序列如下：CAGCAATCTTCTCTTCCAAACTGGAGC，下游引物序列如下：CCATGGTAGACCACAGACATCTTGGGC；
[0012]针对扩增区域CG0593.STIM1.NM_001277961.1.exon10_control_A001，上游引物序列如下：AAGTCCATGCCTGCAGTTCTCTT，下游引物序列如下：ATCCACGTCGTCAGTCATGATGAAG；
[0013]针对扩增区域CG0594.STIM1.NM_001277961.1.exon10_control_A002，上游引物序列如下：AAGTCCATGCCTGCAGTTCTCTT，下游引物序列如下：AAAGGCTCCTTCCTTCATCCCCGC；
[0014]针对扩增区域CG0740.EDNRB.NM_001201397.1.exon3_control，上游引物序列如
下：GGAAACACTTCTGAGTGGCATTTATTTA，下游引物序列如下：TGAGTAAAATGAGCCATCTTTTAAGGGTCA；
[0015]针对扩增区域CG0174.IQCB1.NM_001023570.exon3_control，上游引物序列如下：GTAATACTGATATGGTACAGAAGCTTCATACCAA，下游引物序列如下：GTTAGGGGAGAAAAATCACAAACCTTCA。
[0016]本申请的另一个实施例提供一种上述引物组合物在制备检测SLC25A13 IVS16区域变异试剂盒的应用。
[0017]本申请的另一个实施例提供一种试剂盒，所述试剂盒包含上述引物组合物。
[0018]进一步的，所述试剂盒中还包括DNA聚合酶和反应缓冲液。
[0019]本申请的第三个实施例提供一种检测SLC25A13 IVS16区域变异的系统，包括以下模块：
[0020]采集模块，用于获取受试者样本；
[0021]扩增模块，用于对所述样本进行PCR扩增；
[0022]文库构建模块，用于构建多重PCR靶向测序文库；
[0023]测序模块，用于测序并分析；
[0024]其中，所述扩增模块采用权利要求1或2中的引物组合物进行；所述测序模块采用二代测序技术进行。
[0025]进一步的，所述测序模块包括预先训练好的机器学习模型，通过将PCR扩增并构建多重PCR靶向测序文库后的样本数据输入至所述机器学习模型，获得所述样本数据对应的分析结果。
[0026]进一步的，所述预先训练好的机器学习模型是通过将历史样本按照7：3的比例分成训练集和测试集训练出来的。
[0027]进一步的，所述机器学习模型采用决策树算法进行分类，所述决策树算法基于每个样本的测序总深度、野生型测序列数目、突变型序列数目以及变异等位基因频率四个参数构建。
[0028]进一步的，所述决策树算法分别标准如下：
[0029]判定为阳性的决策标准为满足以下条件：
[0030]测序总深度＞50X，且，突变型序列数目≥10，且，突变比例≥10％；
[0031]判定为阴性的决策标准为满足以下条件：
[0032]测序总深度≥50X，且，突变型序列数目＜10；
[0033]判定为无法判定的决策标准为满足以下条件：
[0034]测序总深度≤50X。
[0035]在本申请实施例，提供了一种新的引物组合物，能够在二代测序技术下进行稳定、准确的检测SLC25A13内含子插入变异，并且利用高通量测序优势、生信算法以及决策树进行阈值判断来进行特殊变异的检测，确保检测的快速性和准确性。
附图说明
[0036]构成本申请的一部分的附图用来提供对本申请的进一步理解，本申请的示意性实施例及其说明用于解释本申请，并不构成对本申请的不当限定。在附图中：
[0037]图1是根据本申请实施例的中检测SLC25A13 IVS16区域变异的方法的流程图。
具体实施方式
[0038]需要说明的是，在不冲突的情况下本文档来自技高网...
【技术保护点】
【技术特征摘要】
1.引物组合物，针对SLC25A13 IVS16区域，包括上游引物和下游引物，其特征在于，所述上游引物序列如下：AAACTGGGGTGAGGATCGAAATACACGAGC；所述下游引物包括突变型下游引物和野生型下游引物，所述突变型下游引物序列如下：GCCCGAACCCCTTTCCACTGCCAACACCTC，所述野生型下游引物序列如下：CTGGCCAAACCACTTACAGCGGAGTGATAG。2.根据权利要求1所述的引物组合，其特征在于：所述引物组合物至少还包括以下至少一个对照引物组合：针对扩增区域CG0175.ACAD9.NM_014049.5.EXON7_CONTROL_ACAD9，上游引物序列如下：ATAGGGGTTTGGTTTTCTCCAAAGTC，下游引物序列如下：CGCGCACAGGAGCTACTT；针对扩增区域CG0539.CYP11B1.NM_000497.3.EXON8_CONTROL，上游引物序列如下：CTCTCAGCTCGCCGCTTAC，下游引物序列如下：GACATGGTCCCATCCAGCAC；针对扩增区域CG0095.INSRR.NM_014215.3.EXON2_CONTROL_NTRK1_EXON2，上游引物序列如下：TCCTGATGCCTAGCTTAAGGGAGTC，下游引物序列如下：GCATTGGGGGAAATGATCCAAATG；针对扩增区域CG0335.SIL1.NM_001037633.2.EXON5_CONTROL_A001，上游引物序列如下：TCTGTGCTCTGGGAGAGAAGTAAA，下游引物序列如下：GAGACTGACATGCAGATCATGGTACG；针对扩增区域CG0336.SIL1.NM_001037633.2.EXON5_CONTROL_A002，上游引物序列如下：CAGCAATCTTCTCTTCCAAACTGGAGC，下游引物序列如下：CCATGGTAGACCACAGACATCTTGGGC；针对扩增区域CG0593.STIM1.NM_001277961.1.EXON10_CONTROL_A001，上游引物序列如下：AAGTCCATGCCTGCAGTTCTCTT，下游引物序列如下：ATCCACGTCGTCAGTCATGATGAAG；针对扩增区域CG0594.STIM1.NM_001277961.1.EXON10_CONTROL_A002，上游引物序列如下...
【专利技术属性】
技术研发人员：文曙，李珉，朱娜，杨锋，栗海波，
申请(专利权)人：苏州赛美科基因科技有限公司，
类型：发明
国别省市：
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