蛋白质分子与配体分子的结合分析制造技术

根据本公开的实现，提供了一种分子结合分析的方案。在该分析方案中，可以获取基于配体分子的结构确定的第一特征表示，并获取基于蛋白质分子的结构确定的第二特征表示。进一步地，还可以确定复合结构的第三特征表示，其中复合结构是基于蛋白质分子和配体分子而被构建的。进一步地，第一特征表示、第二特征表示和第三特征表示可以用于生成聚合特征表示，确定关于配体分子和蛋白质分子之间的结合的评价信息。该评价信息可以指示结合的有效性，或者也可以指示结合的结合姿态的亲和性。由此，可以实现更为高效且准确的结合分析。以实现更为高效且准确的结合分析。以实现更为高效且准确的结合分析。

【技术实现步骤摘要】
蛋白质分子与配体分子的结合分析

技术介绍

[0001]在药物发现中，一项重要的工作是分析蛋白质分子(例如，靶向蛋白)与药物小分子(也称为配体分子，Ligand)之间能否有效结合。传统的药物发现过程依赖于化学实验来研究分子之间的结合。
[0002]近年来，随着计算机技术的发展，一些机器学习技术逐渐被应用于预测蛋白质分子与配体分子之间的结合。通过机器学习技术来预测分子之间的结合可以极大地降低药物发现的成本，人们也越来越关注如何提高利用基于机器学习技术的分子集合预测的准确性。

技术实现思路

[0003]根据本公开的实现，提供了一种分子结合分析的方案。在该分析方案中，可以获取基于配体分子的结构确定的第一特征表示，并获取基于蛋白质分子的结构确定的第二特征表示。进一步地，还可以确定复合结构的第三特征表示，其中复合结构是基于蛋白质分子和配体分子而被构建的。进一步地，第一特征表示、第二特征表示和第三特征表示可以用于生成聚合特征表示，确定关于配体分子和蛋白质分子之间的结合的评价信息。该评价信息可以指示结合的有效性，或者也可以指示结合的结合姿态的亲和性。由此，可以实本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种分子结合分析的方法，包括：获取配体分子的第一特征表示和蛋白质分子的第二特征表示，所述第一特征表示是基于所述配体分子的结构而被确定的，所述第二特征表示是基于所述蛋白质分子的结构而被确定的；确定复合结构的第三特征表示，所述复合结构是基于所述蛋白质分子和所述配体分子而被构建的；基于所述第一特征表示、所述第二特征表示和所述第三特征表示，生成聚合特征表示；以及基于所述聚合特征表示，确定关于所述配体分子和所述蛋白质分子之间的结合的评价信息，所述评价信息指示所述结合的有效性或者指示所述结合的结合姿态的亲和性。2.根据权利要求1所述的方法，其中所述第一特征表示、所述第二特征表示和所述第三特征表示中的至少一项是包括节点特征和边缘特征的特征图，所述节点特征用于表征分子中的原子，所述边缘特征用于表征原子之间的结合关系。3.根据权利要求2所述的方法，其中基于所述第一特征表示、所述第二特征表示和所述第三特征表示生成聚合特征表示包括：基于所述第一特征表示、所述第二特征表示和所述第三特征表示确定第一组输入；利用注意力模型处理所述第一组输入，确定第一中间特征表示；以及基于所述第一中间特征表示，确定所述聚合特征表示。4.根据权利要求3所述的方法，其中所述注意力模型为第一注意力模型，并且基于所述第一中间特征表示确定所述聚合特征表示包括：基于所述第一特征表示、所述第二特征表示和所述第一中间特征表示，确定第二组输入；利用第二注意力模型处理所述第二组输入，确定第二中间特征表示；以及基于所述第二中间特征表示，确定所述聚合特征表示。5.根据权利要求3所述的方法，其中所述注意力模型的参数是基于训练结合分析模型而被确定的，所述结合分析模型包括至少一个注意力模型以及预测模型，所述预测模型用于基于所述聚合特征表示来输出所述评价信息。6.根据权利要求3所述的方法，其中确定所述第一组输入包括：利用多头注意力机制，基于所述第一特征表示中的与边缘对应的边缘特征和与所述边缘对应的一对节点的节点特征，更新所述第一特征表示；以及基于经更新的所述第一特征表示，确定所述第一组输入。7.根据权利要求1所述的方法，其中所述复合结构为目标复合结构，并且所述方法还包括：确定所述蛋白质分子的结合口袋；基于所述蛋白质分子的所述结合口袋，确定第一组候选复合结构；以及基于与所述第一组候选复合结构对应的结合自由能，从所述一组候选复合结构中确定所述目标复合结构，其中确定关于所述配体分子和所述蛋白质分子之间的结合的评价信息包括：确定关于所述配体分子和所述蛋白质分子之间的所述结合的有效性。
8.根据权利要求1所述的方法，其中所述配体分子为一组候选配体分子中的一个配体分子，所述方法还包括：确定指示所述蛋白质分子与所述一组候选配体分子之间结合有效性的第一组评价信息；以及基于所述第一组评价信息指示的结合有效性，从所述一组候选配体分子中确定目标配体分子。9.根据权利要求1所述的方法，其中所述复合结构为第二组候选复合结构中的一个候选复合结构，所述第二组候选复合结构对应于一组候选结合姿态，并且所述方法还包括：确定与所述第二组候选复合结构对应的第二组评价信息，所述第二组评价信息指示所述一组候选结合姿态的亲和性；以及基于所述第二组评价信息，从所述一组候选结合姿态中确定目标结合姿态。10.一种设备，包括：处理单元；以及存储器，耦合至所述处理单元并且包含存储于其上的指令，所述指令在由所述处理单元执行时使所述设备执行以下动作：获取配体分子的第一特征表示和蛋白质分子的第二特征表示，所述第一特征表示是基于所述配体分子的结构而被确定的，所述第二特征表示是基于所述蛋白质分子的结构而被确定的；确定复合结构的第三特征表示，所述复合结构是基于所述蛋白质分子和所述配体分子而被构建的；基于所述第一特征表示、所述第二特征表示和所述第三特征表示，生成聚合特征表示；以及基于所述聚合特征表示，确定关于所述配体分子...

【专利技术属性】
技术研发人员：王童，邵斌，刘铁岩，
申请(专利权)人：微软技术许可有限责任公司，
类型：发明
国别省市：