一种病原物种特异性序列的筛选方法及系统技术方案

本申请属于生信分析技术领域，具体涉及一种病原物种特异性序列的筛选方法及系统，本申请建立了一套便捷获取物种特异性序列的方法，可用于种/亚种/菌株型的特异性区域筛选，相较于传统方法，准确性高并且时间成本低，同时还能实现使用最少引物对即可覆盖最全目标物种。能实现使用最少引物对即可覆盖最全目标物种。能实现使用最少引物对即可覆盖最全目标物种。

【技术实现步骤摘要】
一种病原物种特异性序列的筛选方法及系统


[0001]本申请属于生物信息学
，具体涉及一种病原物种特异性序列的筛选方法及系统。
技术背景
[0002]病原感染仍然是威胁全世界人类健康的巨大问题，给临床诊断和治疗带来了沉重负担。临床对于病原微生物的主要检测方式为临床培养或生化检测，随着下一代测序技术的不断进步，宏基因组测序(mNGS)极大的提高了病原检测的效率，并有助于识别难以培养的病原微生物。然而，mNGS在临床应用方面仍面临诸多障碍，尤其是当检验样品总量少、样本微生物含量低时，如咽拭子样品、支气管肺泡灌洗液样品、血液样品和脑脊液样品等。同时，由于宿主细胞和核苷酸在这些样本中往往占比很大(通常>90％的宿主成分)，极大地降低了微生物鉴定的测序效率。
[0003]基于PCR的检测方法以及由常规PCR衍生出来的多重PCR，由于其高灵敏度和低成本而被广泛用于诊断和监测应用。病原靶向测序(tNGS)通过超多重PCR扩增与高通量测序两种技术的结合，能够应对检测样本中存在的几十至上百种病原体。对低浓度的病原微生物的检测，由于通过了本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种病原物种特异性序列的筛选方法，其特征在于，包括如下步骤：1)病原比对数据库构建；基于公共数据库进行病原物种序列的筛选和过滤，构建病原比对数据库；优选的，所述数据库为公共数据库Refseq和/或GenBank数据库；2)目标物种基因组筛选；从病原比对数据库中筛选高质量目标物种的基因组序列；优选的，所述基因组序列选自完整基因组序列或染色体级别基因组序列；3)物种共有/保守区域筛选；对筛选出的基因组序列打断成序列片段，合并所有序列片段，并进行聚类；4)物种间特有序列筛选；基于聚类结果，从每个聚类cluster中随机挑选1条序列作为代表序列，将代表序列与病原比对数据库进行比对，得到初步比对结果；将序列相似度M高于阈值，并且该序列除比对到目标物种外未比对到其他物种的代表序列，作为该物种的特异性序列。2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述3)具体为：基于筛选出的基因组序列，将基因组序列打断为长度为L划窗为N的序列片段，将所有的序列片段合并,得到片段化后的基因组的fasta序列；聚类要求为同一个cluster内的序列的identity>95％；优选的，所述L和N的取值为50
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100000bp。3.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，所述3)进一步包括，选择性去除聚类cluster中包含的基因组数量远小于总基因组数量的cluster。4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述步骤4)中，所述相似度M计算如下：M＝#$其中，A为一条序列正确比对上参考序列的碱基数，L为该序列的总长度；优选的，所述阈值为0.95。5.根据权利要求1<...

【专利技术属性】
技术研发人员：张全全，邓望龙，张佩佩，任用，李诗濛，
申请(专利权)人：江苏先声医学诊断有限公司南京先声医学检验实验室有限公司，
类型：发明
国别省市：