用于结直肠癌预后预测的基因标签及其应用制造技术

本发明专利技术公开了一组用于结直肠癌预后预测的基因标签及其应用，该基因标签包括15个长链非编码RNA(Long non

【技术实现步骤摘要】
用于结直肠癌预后预测的基因标签及其应用


[0001]本专利技术属于生物医学检测
，具体涉及一种用于结直肠癌预后预测的由15个lncRNA表达量所构成的基因标签，以及该基因标签的应用。

技术介绍

[0002]结直肠癌(Colorectal Cancer，CRC)是一种常见的消化系统癌症，具有高异质性、高发病率以及高死亡率；结肠癌和直肠癌的发病率分别为全球第四和第八，综合死亡率位居第二。CRC患者的高死亡率主要是由于疾病的快速发展和临床治疗的局限性(Koncina E,Haan S,Rauh S,Letellier E:Prognostic and Predictive Molecular Biomarkers for Colorectal Cancer:Updates and Challenges.Cancers 2020,12(2))。通常情况下，癌症患者的风险评估和个性化治疗通常是基于美国癌症联合委员会(AJCC)发布的分类标准。这样的标准只考虑了病人的病理特征，而没有考虑分子生物学特征(Weiser MR:AJCC 8th Edition:Colorectal Cancer.Ann Surg Oncol 2018,25(6):1454
‑
1455)。因此，能够同时考虑到患者的临床和分子生物学特征的标准，将对CRC患者的个性化临床治疗和预后改善具有重要意义。
[0003]大量关于肿瘤微环境(TME)的研究表明，肿瘤浸润性免疫细胞在肿瘤的发展和控制中起着关键作用(Barnes TA,Amir E:HYPE or HOPE:the prognostic value of infiltrating immune cells in cancer.Br J Cancer 2017,117(4):451
‑
460)。考虑到免疫系统在肿瘤中的重要作用，一些免疫疗法包括免疫检查点抑制剂(ICI)疗法、细胞外细胞因子疗法和采用T细胞疗法被用于治疗肿瘤。尽管一些基于免疫检查点抑制剂的免疫疗法在治疗MSI
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H型CRC中取得了良好的效果，但在MSS型CRC中的大多数试验都失败了(Wang D,Zhang H,Xiang T,Wang G:Clinical Application of Adaptive Immune Therapy in MSS Colorectal Cancer Patients.Front Immunol 2021,12:762341)。因此能够看出ICI疗法在CRC的临床治疗中并不像我们预期的那样有效。
[0004]基因标签是指基于一组基因的表达，通过机器学习建立数学模型，用于预测临床上的具体目标。随着基因表达检测手段(包括二代高通量测序技术、聚合酶链式反应PCR等)逐渐成熟，越来越多的基因标签被发现，以用于结直肠癌的预后预测中。
[0005]一方面目前的CRC相关研究中尚未有利用免疫细胞系以及肿瘤细胞系的转录组数据对肿瘤免疫浸润相关lncRNA进行筛选，且目前构建的模型泛化能力较弱，尚存在不足。另一方面，基于肿瘤免疫浸润和CRC之间的紧密联系以及目前研究的不足，尚未有通过肿瘤免疫浸润相关lncRNA进行CRC预后评估的新方法，用于预测结直肠癌患者预后从而指导医生对患者进行个性化治疗。

技术实现思路

[0006]有鉴于此，本专利技术有必要提供一组用于结直肠癌预后预测的基因标签，该基因标签由15个与结直肠癌预后强相关的lncRNA构成，其能够用于预测结直肠癌患者预后，且构
建模型的泛化能力较强，能够为临床医生和患者提供准确的疗效评估，达到个性化或精准医疗的目的。
[0007]为了实现上述目的，本专利技术第一方面提供了一组用于结直肠癌预后预测的基因标签，本专利技术中基于统计学方法获得了与结直肠癌患者预后相关的基因标签，通过检测该基因标签表达水平能够准确预测结直肠癌患者预后，实现指导个性化或精准医疗的目的。所述的基因标签由15个长链非编码RNA(Long non
‑
coding RNA，lncRNA)组成，分别为AC093326.2，MRGPRG
‑
AS1，USP30
‑
AS1，LHFPL3
‑
AS2，RP5
‑
907D15.4，OGFRP1，C11orf72，EWSAT1，CEBPA
‑
AS1，CARD8
‑
AS1，MIAT，LINC00324，ZNF667
‑
AS1，A2M
‑
AS1和LINC00494。
[0008]本专利技术第二方面提供了检测样本中本专利技术第一方面所述基因标签表达量的试剂在制备用于结直肠癌预后预测的产品中的应用，本文中所述的样本是指结直肠癌的组织样本，这里的基因标签表达量可通过本领域中常规的测序技术进行检测，具体的说，所述的测序技术包括但不限于基因芯片、二代高通测序技术和/或PCR；所述的试剂包括采用上述测序技术检测样本中所述基因标签表达量的试剂，优选地，所述试剂为核酸探针或引物；比如，所述的试剂可以是特异性识别AC093326.2，MRGPRG
‑
AS1，USP30
‑
AS1，LHFPL3
‑
AS2，RP5
‑
907D15.4，OGFRP1，C11orf72，EWSAT1，CEBPA
‑
AS1，CARD8
‑
AS1，MIAT，LINC00324，ZNF667
‑
AS1，A2M
‑
AS1和LINC00494的核酸探针，或者特异性扩增AC093326.2，MRGPRG
‑
AS1，USP30
‑
AS1，LHFPL3
‑
AS2，RP5
‑
907D15.4，OGFRP1，C11orf72，EWSAT1，CEBPA
‑
AS1，CARD8
‑
AS1，MIAT，LINC00324，ZNF667
‑
AS1，A2M
‑
AS1和LINC00494的引物。可以理解的是，这里的引物或核酸探针等可通过本领域技术人员熟知的方法来进行制备，故这里不再具体阐述。
[0009]本专利技术第三方面提供了一种用于结直肠癌预后预测的产品，所述产品包括检测样本中本专利技术第一方面所述的基因标签表达量的试剂；优选地，所述试剂包括通过测序技术检测样本中所述基因标签表达量的试剂，所述的测序技术包括但不限于基因芯片、二代高通测序技术和/或PCR；优选地，所述试剂为核酸探针或引物。这里所述的产品主要指的是体外检测产品，包括但不限于芯片或试剂盒，其中所述的芯片可以是基因芯片，所述的试剂盒可以是基因检测试剂盒。
[0010]进一步的，在每例样本检测后，使用公式：
[0011][0012]进行风险评分，其中，exp
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【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一组用于结直肠癌预后预测的基因标签，其特征在于，所述基因标签由15个长链非编码RNA组成，分别为AC093326.2，MRGPRG
‑
AS1，USP30
‑
AS1，LHFPL3
‑
AS2，RP5
‑
907D15.4，OGFRP1，C11orf72，EWSAT1，CEBPA
‑
AS1，CARD8
‑
AS1，MIAT，LINC00324，ZNF667
‑
AS1，A2M
‑
AS1和LINC00494。2.检测样本中权利要求1所述基因标签表达量的试剂在制备用于结直肠癌预后预测的产品中的应用。3.如权利要求2所述的应用，其特征在于，所述试剂包括通过基因芯片、二代高通量测序技术和/或PCR检测样本中所述基因标签表达量的试剂；优选地，所述试剂为核酸探针或引物。4.一种用于结直肠癌预后预测的产品，其特征在于，所述产品包括检测样本中权利要求1所述的基因标签表达量的试剂；优选地，所述试剂包括通过基因芯片、二代高通量测序技术和/或PCR检测样本中所述基因标签表达量的试剂；优选地，所述试剂为核酸探针或引物。5.如权利要求4所述的产品，其特征在于，所述产品为芯片或试剂盒。6.一种用于结直肠癌预后预测的预测模型，其特征在于，所述预测模型包括如权利要求1所述的基因标签，所述预测模型采用如下公式计算风险评分：风险评分＝AC093326.2表达量
×
(0.2143～0.2144)+MRGPRG
‑
AS1表达量
×
(0.3634～0.3635)+USP30
‑
AS1表达量
×
(
‑
0.4447～
‑
0.4446)+LHFPL3
‑
AS2表达量
×
(0.3096～0.3097)+RP5
‑
907D15.4表达量
×
(0.4813～0.4814)+OGFRP1表达量
×
(0.7894～0.7895)+C11orf72表达量
×
(0.2243～0.2244)+EWSAT1表达量
×
(0.1048～0.1049)+CEBPA
‑
AS1表达量
×
(
‑
0.4341～
‑
0.434)+CARD8
‑
AS1表达量
×
(
‑
0.2542～
‑
0.2541)+MIAT表达量
×
(0.2718～0.2719)+LINC00324表达量
×
(
‑
0.1991～
‑
0.199)+ZNF667
‑
AS1表达量
×
(0.4400～0.4401)+A2M
‑
AS1表达量
×
(
‑<...

【专利技术属性】
技术研发人员：聂金福，杨劭谊，王姝洁，
申请(专利权)人：中国科学院合肥物质科学研究院，
类型：发明
国别省市：