SARS-COV-2抗体及其选择和使用方法技术

本披露提供了与SARS

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】SARS
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COV
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2抗体及其选择和使用方法
[0001]1.相关申请的交叉引用
[0002]本申请要求2020年5月17日提交的美国临时申请号63/026,121 的优先权，该申请的全部内容特此通过援引并入。
[0003]2.关于联邦资助的研究与开发的声明
[0004]本专利技术根据国防高级研究计划局(Defense Advanced ResearchProjects Agency，DARPA)授予的HR00 11
‑
18
‑2‑
0001和国家过敏与 感染疾病研究所/国立卫生研究院(National Institutes of Allergy andInfection Disease/National Institutes of Health)授予的HHS合同 75N93019C00074在政府支持下完成。政府享有本专利技术的某些权利。
[0005]3.联合研究协议各方的名称
[0006]出于35 U.S.C.103(c)(2)的目的，阿斯利康制药有限公司 (AstraZeneca Pharmaceuticals LP)与范德堡大学医学中心(VanderbiltUniversity Medical Center)之间就与抗COVID抗体及其用途有关的发 明执行联合研究协议。
[0007]4.对以电子方式提交的序列表的引用
[0008]与本申请一起提交的ASCII文本文件形式的以电子方式提交的 序列表(名称为2943/>‑
153PC01_SL_ST25.txt；大小为40,379字节；且 创建日期为2021年5月11日)通过援引以其全文并入本文。
5.

[0009]本披露涉及与SARS
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CoV
‑
2的刺突蛋白特异性结合的抗体及其抗 原结合片段，以及制备、选择和使用这些抗体及其抗原结合片段的方
6.
技术介绍

[0010]已经出现了由严重急性呼吸道综合征冠状病毒2(SARS
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CoV
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2) 引起的冠状病毒2019(COVID 19)大流行。SARS
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CoV
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2迅速在世 界范围内引起感染。该病毒的死亡率目前尚不确定，但全球病例数和 死亡数令人震惊：截至2020年5月，全球已确诊超过400万例且死 亡30万人。该病毒能够通过感染者咳嗽、打喷嚏或说话时从鼻子或 口腔排出的小飞沫在人与人之间传播。潜伏期(从暴露到症状发作的 时间)范围为0到24天，平均为3
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5天，但是在恢复后的这段时间期 间可能具有传染性。大多数感染SARS
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CoV
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2的人在暴露11.5天内显 示出症状。症状包括发烧、咳嗽和呼吸困难。该病毒对患有2型糖尿 病、心脏病、慢性阻塞性肺病(COPD)和/或肥胖症的高龄患者具有 更大的影响。大多数感染该病毒的患者具有轻度症状，但在一些患者 中，肺部感染很严重，导致严重的呼吸窘迫甚至死亡。
[0011]截至2020年5月，尚无获得批准的疫苗，也没有获得科学界和 医学界批准的具体治疗方法，但是正在研究几种疫苗和抗病毒方法。 例如，因为针对病毒表面刺突(S)糖蛋白的人单克隆抗体(mAb) 介导对其他冠状病毒(包括SARS
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CoV3
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7和中东呼吸综合征68 (MERS))的免疫，所以已经假设靶向SARS
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CoV
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2刺突蛋白的人 mAb可能有望用于预防和治
疗SARS
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CoV
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2感染。基于该病毒如果传播到医疗保健系统较弱的国家可能产生的影响，世界卫生组织(WHO)已宣布该暴发为国际关注的突发公共卫生事件(PHEIC)。因此，迫切需要能够预防和治疗COVID
‑
19的药物。
7.
技术实现思路

[0012]在本文提供的一些方面，与SARS
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CoV
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2的刺突蛋白(例如SEQIDNO：63)特异性结合的抗体或其抗原结合片段与该刺突蛋白的包含氨基酸F486和/或N487(例如F486和N487)的表位结合。在一些方面，该抗体或其抗原结合片段竞争性抑制包含以下链的抗体与SARS
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CoV
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2的刺突蛋白的结合：(i)包含SEQIDNO：39的氨基酸序列的可变重链(VH)和包含SEQIDNO：40的氨基酸序列的可变轻链(VL)；(ii)包含SEQIDNO：31的氨基酸序列的可变重链(VH)和包含SEQIDNO：32的氨基酸序列的可变轻链(VL)；(iii)包含SEQIDNO：47的氨基酸序列的可变重链(VH)和包含SEQIDNO：48的氨基酸序列的可变轻链(VL)；或(iv)包含SEQIDNO：61的氨基酸序列的可变重链(VH)和包含SEQIDNO：62的氨基酸序列的可变轻链(VL)。在一些方面，该抗体或其抗原结合片段和包含以下链的抗体与SARS
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CoV
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2的刺突蛋白的相同表位结合：(i)包含SEQIDNO：39的氨基酸序列的可变重链(VH)和包含SEQIDNO：40的氨基酸序列的可变轻链(VL)；(ii)包含SEQIDNO：31的氨基酸序列的可变重链(VH)和包含SEQIDNO：32的氨基酸序列的可变轻链(VL)；(iii)包含SEQIDNO：47的氨基酸序列的可变重链(VH)和包含SEQIDNO：48的氨基酸序列的可变轻链(VL)；或(iv)包含SEQIDNO：61的氨基酸序列的可变重链(VH)和包含SEQIDNO：62的氨基酸序列的可变轻链(VL)。在一些方面，该抗体或其抗原结合片段含有(i)包含SEQIDNO：39的氨基酸序列的可变重链(VH)和包含SEQIDNO：40的氨基酸序列的可变轻链(VL)；(ii)包含SEQIDNO：31的氨基酸序列的可变重链(VH)和包含SEQIDNO：32的氨基酸序列的可变轻链(VL)；(iii)包含SEQIDNO：47的氨基酸序列的可变重链(VH)和包含SEQIDNO：48的氨基酸序列的可变轻链(VL)；或(iv)包含SEQIDNO：61的氨基酸序列的可变重链(VH)和包含SEQIDNO：62的氨基酸序列的可变轻链(VL)。在一些方面，该抗体或其抗原结合片段包含分别具有SEQIDNO：41
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46或分别具有SEQIDNO：55
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60的VH
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CDR1、VH
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CDR2、VH
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CDR3、VL
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CDR1、VL
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CDR2和VL
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CDR3。在一些方面，该抗体或其抗原结合片段包含SEQIDNO：47的VH和/或SEQIDNO：48的VL，或包含SEQIDNO：61的VH和/或SEQIDNO：62的V本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种与SARS
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CoV
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2的刺突蛋白特异性结合的抗体或其抗原结合片段，其中该抗体或其抗原结合片段与该刺突蛋白的包含氨基酸F486和/或N487的表位特异性结合。2.如权利要求1所述的抗体或其抗原结合片段，其中该抗体或其抗原结合片段竞争性抑制包含以下链的抗体与SARS
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CoV
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2的该刺突蛋白的结合：(i)包含SEQ ID NO：39的氨基酸序列的可变重链(VH)和包含SEQ ID NO：40的氨基酸序列的可变轻链(VL)；(ii)包含SEQ ID NO：31的氨基酸序列的可变重链(VH)和包含SEQ ID NO：32的氨基酸序列的可变轻链(VL)；(iii)包含SEQ ID NO：47的氨基酸序列的可变重链(VH)和包含SEQ ID NO：48的氨基酸序列的可变轻链(VL)；或(iv)包含SEQ ID NO：61的氨基酸序列的可变重链(VH)和包含SEQ ID NO：62的氨基酸序列的可变轻链(VL)。3.如权利要求1或2所述的抗体或其抗原结合片段，其中该抗体或其抗原结合片段和包含以下链的抗体与SARS
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CoV
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2的该刺突蛋白的相同表位结合：(i)包含SEQ ID NO：39的氨基酸序列的可变重链(VH)和包含SEQ ID NO：40的氨基酸序列的可变轻链(VL)；(ii)包含SEQ ID NO：31的氨基酸序列的可变重链(VH)和包含SEQ IDNO：32的氨基酸序列的可变轻链(VL)；(iii)包含SEQ ID NO：47的氨基酸序列的可变重链(VH)和包含SEQ ID NO：48的氨基酸序列的可变轻链(VL)；或(iv)包含SEQ ID NO：61的氨基酸序列的可变重链(VH)和包含SEQ ID NO：62的氨基酸序列的可变轻链(VL)。4.如权利要求1
‑
3中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中该抗体或抗原结合片段含有(i)包含SEQ ID NO：39的氨基酸序列的可变重链(VH)和包含SEQ ID NO：40的氨基酸序列的可变轻链(VL)；(ii)包含SEQ ID NO：31的氨基酸序列的可变重链(VH)和包含SEQ ID NO：32的氨基酸序列的可变轻链(VL)；(iii)包含SEQ ID NO：47的氨基酸序列的可变重链(VH)和包含SEQ ID NO：48的氨基酸序列的可变轻链(VL)；或(iv)包含SEQ ID NO∶61的氨基酸序列的可变重链(VH)和包含SEQ ID NO：62的氨基酸序列的可变轻链(VL)。5.如权利要求1
‑
4中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中该抗体或其抗原结合片段包含分别具有SEQ ID NO：41
‑
46或分别具有SEQ ID NO：55
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60的VH
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CDR1、VH
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CDR2、VH
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CDR3、VL
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CDR1、VL
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CDR2和VL
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CDR3。6.如权利要求1
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5中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中该抗体或其抗原结合片段包含SEQ ID NO：47的VH和/或SEQ IDNO：48的VL，或包含SEQ ID NO：61的VH和/或SEQ ID NO：62的VL；任选地其中该抗体或其抗原结合片段包含SEQ ID NO：47的VH和SEQ ID NO：48的VL，或包含SEQ ID NO：61的VH和SEQ ID NO：62的VL。7.一种与SARS
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CoV
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2的刺突蛋白特异性结合的抗体或其抗原结合片段，其中该抗体或其抗原结合片段与该刺突蛋白的包含氨基酸G447和/或K444的表位特异性结合。8.如权利要求7所述的抗体或其抗原结合片段，其中该抗体或其抗原结合片段竞争性抑制包含以下链的抗体与该SARS
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CoV
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2的刺突蛋白的结合：(i)包含SEQ ID NO：15的氨基酸序列的可变重链(VH)和包含SEQ ID NO∶16的氨基酸序列的可变轻链(VL)；或(ii)包含SEQ ID NO：23的氨基酸序列的可变重链(VH)和包含SEQ IDNO：24的氨基酸序列的可变轻链(VL)。9.如权利要求7或8所述的抗体或其抗原结合片段，其中该抗体或其抗原结合片段和包含以下链的抗体与该SARS
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CoV
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2的刺突蛋白的相同表位结合：(i)包含SEQ ID NO：15的氨
基酸序列的可变重链(VH)和包含SEQ ID NO∶16的氨基酸序列的可变轻链(VL)；或(ii)包含SEQ ID NO：23的氨基酸序列的可变重链(VH)和包含SEQ IDNO：24的氨基酸序列的可变轻链(VL)。10.如权利要求7
‑
9中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中该抗体或其抗原结合片段含有(i)包含SEQ ID NO：15的氨基酸序列的可变重链(VH)和包含SEQ ID NO：16的氨基酸序列的可变轻链(VL)；或(ii)包含SEQ ID NO：23的氨基酸序列的可变重链(VH)和包含SEQ ID NO：24的氨基酸序列的可变轻链(VL)。11.如权利要求1
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10中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中该抗体或其抗原结合片段与SARS
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CoV交叉反应。12.如权利要求1
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10中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中该抗体或其抗原结合片段不与SARS
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CoV交叉反应。13.如权利要求1
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12中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中该抗体或抗原结合片段抑制SARS
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CoV
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2与血管紧张素转化酶2(ACE2)的结合。14.如权利要求1
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13中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中该抗体或抗原结合片段中和SARS
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CoV
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2。15.如权利要求1
‑
14中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中该抗体或抗原结合片段是全人的。16.如权利要求1
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14中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中该抗体或抗原结合片段是人源化的。17.如权利要求1
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16中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中该抗体或抗原结合片段包含重链恒定区。18.如权利要求17所述的抗体或其抗原结合片段，其中该重链恒定区选自由人免疫球蛋白IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1和IgA2重链恒定区组成的组，任选地其中该重链恒定区是人IgG1。19.如权利要求1
‑
18中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中该抗体或抗原结合片段包含轻链恒定区。20.如权利要求19所述的抗体或其抗原结合片段，其中该轻链恒定区选自由人免疫球蛋白IgGκ和IgGλ轻链恒定区组成的组，任选地其中该轻链恒定区是人IgGκ轻链恒定区。21.如权利要求1
‑
20中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中该抗体或抗原结合片段包含(i)人IgG1重链恒定区和(ii)人IgGκ轻链恒定区。22.如权利要求1
‑
21中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中该抗体或抗原结合片段进一步包含：含有YTE突变的重链恒定区，任选地其中该重链恒定区是人IgG1重链恒定区；和轻链恒定区，任选地其中该轻链恒定区是人IgGκ轻链恒定区。23.如权利要求1
‑
18中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中该抗体或抗原结合片段进一步包含：含有TM突变的重链恒定区，任选地其中该重链恒定区是人IgG1重链恒定区；和轻链恒定区，任选地其中该轻链恒定区是人IgGκ轻链恒定区。24.如权利要求1
‑
23中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，该抗体或其抗原结合片段是全长抗体。25.如权利要求1
‑
23中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，该抗体或其抗原结合片
段是抗原结合片段。26.如权利要求25所述的抗原结合片段，其中该抗原结合片段包含Fab、Fab
′
、F(ab
′
)2、单链Fv(scFv)、二硫键连接的Fv、V
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NAR结构域、IgNar、IgGΔCH2、微型抗体、F(ab
′
)3、四链抗体、三链抗体、双链抗体、单结构域抗体、(scFv)2或scFv
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Fc。27.如权利要求1
‑
26中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中该抗体或抗原结合片段是分离的。28.如权利要求1
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27中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中该抗体或抗原结合片段是单克隆的。29.如权利要求1
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28中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，其中该抗体或抗原结合片段是重组的。30.如权利要求1
‑
29中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，该抗体或其抗原结合片段进一步包含可检测标记。31.一种分离的多核苷酸，该分离的多核苷酸包含编码如权利要求1
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30中任一项所述的抗体或其抗原结合片段的重链可变区的核酸分子和/或编码如权利要求1
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30中任一项所述的抗体或其抗原结合片段的轻链可变区的核酸分子。32.一种分离的载体，该分离的载体包含如权利要求31所述的多核苷酸。33.一种宿主细胞，该宿主细胞包含如权利要求31中任一项所述的多核苷酸、如权利要求32所述的载体、或第一载体和第二载体，该第一载体包含编码如权利要求1
‑
30中任一项所述的抗体或其抗原结合片段的重链可变区的核酸分子，该第二载体包含编码如权利要求1
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30中任一项所述的抗体或其抗原结合片段的轻链可变区的核酸分子。34.一种产生与SARS
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CoV
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2的刺突蛋白结合的抗体或其抗原结合片段的方法，该方法包括培养如权利要求33所述的宿主细胞，使得该核酸分子表达并且产生该抗体或其抗原结合片段，任选地其中该方法进一步包括分离该抗体或抗原结合片段。35.一种抗体或其抗原结合片段，该抗体或其抗原结合片段通过如权利要求34所述的方法产生。36.一种选择抗体或其抗原结合片段的方法，该方法包括确定该抗体或其抗原结合片段与SARS
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CoV
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2的刺突蛋白的包含氨基酸F486和/或N487的表位结合，以及选择该抗体或其抗原结合片段。37.如权利要求36所述的方法，其中该确定包括测量该抗体或其抗原结合片段与包含F486A和/或N487A的SARS
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CoV
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2突变体刺突蛋白结合的能力，并且其中如果该抗体或其抗原结合片段与该突变体蛋白结合，则不选择该抗体或其抗原结合片段。38.一种抗体或其抗原结合片段，该抗体或其抗原结合片段通过如权利要求36或37所述的方法选择。39.一种选择抗体或其抗原结合片段的方法，该方法包括确定该抗体或其抗原结合片段与SARS
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CoV
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2的刺突蛋白的包含氨基酸G447和/或K444的表位结合，以及选择该抗体或其抗原结合片段。40.如权利要求39所述的方法，其中该确定包括测量该抗体或其抗原结合片段与包含G447R和/或K444A的SARS
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CoV
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2突变体刺突蛋白结合的能力，并且其中如果该抗体或其抗原结合片段与该突变体蛋白结合，则不选择该抗体或其抗原结合片段。
41.一种抗体或其抗原结合片段，该抗体或其抗原结合片段通过如权利要求38或权利要求书39所述的方法选择。42.一种组合物，该组合物包含如权利要求1
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30、35、38和41中任一项所述的抗体或其抗原结合片段，任选地其中该组合物是进一步包含药学上可接受的赋形剂的药物组合物。43.一种组合物，该组合物包含(i)与SARS
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CoV
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2的刺突蛋白特异性结合的第一抗体或其抗原结合片段，其中该第一抗体或其抗原结合片段与SARS
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CoV
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2的该刺突蛋白的受体结合结构域(RBD)的ACE2界面特异性结合，和(ii)与SARS
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CoV
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2的该刺突蛋白特异性结合的第二抗体或其抗原结合片段，其中该第二抗体或其抗原结合片段与该刺突蛋白的该RBD的顶端结构域特异性结合。44.一种组合物，该组合物包含(i)与SARS
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CoV
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2的刺突蛋白特异...

【专利技术属性】
技术研发人员：M，
申请(专利权)人：阿斯利康英国有限公司，
类型：发明
国别省市：