一种针对靶向测序检测基因拷贝数变异的方法及装置制造方法及图纸

本发明专利技术实施例提供一种针对靶向测序检测基因拷贝数变异的方法及装置，所述方法包括：获取待检测样本及阴性样本；对样本测序数据质量控制，将质量控制后的样本测序数据与参考基因组进行比对，得到序列片段的位置信息；对靶向测序区域进行区间划分，结合序列片段的位置信息，得到深度指标；根据深度指标，结合预设方案，得到拷贝数变异基因初筛获得的基因集合；去除拷贝数变异基因初筛获得的基因集合，计算并选择最佳阴性样本；结合待检测样本，计算得到待检测样本中的拷贝数变异基因。采用本方法能够去除待测样本中潜在的拷贝数变异，从背景样本池中选择最近缘的正常样本作为对照对待测样本进行拷贝数变异的检测，降低检测成本、提高检测效果。提高检测效果。提高检测效果。

【技术实现步骤摘要】
一种针对靶向测序检测基因拷贝数变异的方法及装置


[0001]本专利技术涉及基因检测
，尤其涉及一种针对靶向测序检测基因拷贝数变异的方法及装置。

技术介绍

[0002]针对拷贝数变异的检测，传统检测方法包括荧光原位杂交(FISH)、多重连接依赖探针扩增(MLPA)、数字PCR(ddPCR)、染色体微阵列(CMA)等。FISH基于序列特异性荧光标记探针的杂交，对给定的荧光信号进行显微检测，该信号能够指示特定目标DNA序列的存在与否。ddPCR通过将模板DNA稀释成数千个纳米级液滴，无需标准检测即可对目标拷贝数进行绝对定量。除传统检测方法以外，基于NGS测序的检测方法也得到广泛的应用。用于拷贝数变异检测的NGS测序包括靶向测序(Target
‑
NGS)、全外显子测序(WES)和全基因组测序(WGS)等。基于NGS测序的拷贝数变异检测依赖于测序深度的差异来识别发生拷贝数变异的基因或基因组区间，但不同测序方法所能够覆盖到的基因组区间存在差异，因此所采取的识别算法也存在一些差异。靶向测序覆盖较少的基因组区间，通常采用各个区间相对测序本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种针对靶向测序检测基因拷贝数变异的方法，其特征在于，包括：获取待检测样本，并根据所述待检测样本获取关联的阴性样本，根据所述待检测样本及阴性样本建立样本库；对所述样本库中的样本测序数据进行质量控制，并将质量控制后的样本测序数据与参考基因组进行比对，得到所述样本测序数据中各个序列片段的位置信息；获取所述参考基因组的预设的靶向测序区域，并对所述靶向测序区域进行连续的区间划分，得到各个基因区间，并结合所述样本测序数据中各个序列片段的位置信息进行读序深度统计，得到各个基因区间的深度指标；根据各个基因区间的深度指标，结合预设的拷贝数变异基因初筛方案，得到所述拷贝数变异基因初筛获得的基因集合；根据所述拷贝数变异基因初筛获得的基因集合，对所述待检测样本及阴性样本中所述基因集合对应的基因区间进行去除，并对去除后的待检测样本及阴性样本进行深度指标的最值均一化，计算待测样本与阴性样本的距离，并根据所述距离选择最佳阴性样本；基于所述最佳阴性样本计算所述待检测样本中各个基因区间的相对深度比，并根据所述相对深度比计算得到各个基因区间的调整相对拷贝数比值，并根据所述调整相对拷贝数比值计算得到基因水平拷贝数比值，基于基因水平拷贝数比值，计算得到待检测样本中的拷贝数变异基因。2.根据权利要求1所述的针对靶向测序检测基因拷贝数变异的方法，其特征在于，所述根据各个基因区间的深度指标，结合预设的拷贝数变异基因初筛方案，得到所述拷贝数变异基因初筛获得的基因集合，还包括：将所述待检测样本的基因区间按照深度指标进行排序，并按照排序逐一选择对应的目标基因进行基因初筛，所述基因初筛包括：计算排除目标基因以外的剩余基因对应区间的深度指标的标准差，并对比目标基因的区间深度与所述标准差；根据所述基因初筛的对比结果，确定所述拷贝数变异基因初筛获得的基因集合。3.根据权利要求1所述的针对靶向测序检测基因拷贝数变异的方法，其特征在于，所述根据各个基因区间的深度指标，结合预设的拷贝数变异基因初筛方案，得到所述拷贝数变异基因初筛获得的基因集合，包括：根据所述参考基因组的序列信息计算各个基因区间的GC比例；对所述GC比例区间进行窗口划分，并计算所述待检测样本在每个窗口中深度指标占前5%的筛选基因区间；逐一将各个区间与所述筛选基因区间进行比对，当目标基因满足≥60%的基因区间属于筛选基因区间时，则所述目标基因属于所述拷贝数变异基因初筛获得的基因集合。4.根据权利要求1所述的针对靶向测序检测基因拷贝数变异的方法，其特征在于，所述对样本库中的样本测序数据进行质量控制，包括：去除样本测序数据的接头序列、两端低质量序列及包含连续多个N碱基或者长度低于预设阈值的序列。5.根据权利要求1所述的针对靶向测序检测基因拷贝数变异的方法，其特征在于，所述参考基因组，包括：GRCh37、GRCh38。
6.一种针...

【专利技术属性】
技术研发人员：王涛，贾磊，肖姗姗，
申请(专利权)人：杭州瑞普基因科技有限公司，
类型：发明
国别省市：