用于使肿瘤细胞对免疫疗法敏感的方法和组合物技术

本文提供了与通过向受试者施用抑制自噬的药剂来治疗或预防癌症(例如，通过靶向患有癌症的受试者的肿瘤)相关的方法和组合物。在某些方面，本文提供了使癌细胞对肿瘤坏死因子

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于使肿瘤细胞对免疫疗法敏感的方法和组合物
[0001]相关申请的交叉引用
[0002]本申请要求于2020年3月4日提交的以下美国临时申请第62/985,004号的权益，所述美国临时申请的全部内容通过引用并入本文。
[0003]序列表
[0004]本申请含有已经以ASCII格式电子提交并且特此通过引用整体并入的序列表。创建于2021年3月3日的所述ASCII副本命名为RPB
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02025_SL.txt并且大小为14,383字节。

技术介绍

[0005]癌症是美国第二大最常见的死亡原因。虽然免疫疗法已经改变了癌症的治疗，但肿瘤细胞对这些治疗方法的抗性提出了实质性挑战。例如，肿瘤细胞中的β
‑2‑
微球蛋白(B2M)或JAK1/JAK2的功能缺失突变与对检查点阻断的临床抗性相关。重要的是，控制肿瘤细胞对T细胞杀伤的敏感性的分子机制仍有待完全表征。因此，仍然需要用于新的且有效的癌症治疗，包括增加癌细胞对T细胞杀伤的敏感性的治疗。

技术实现思路

[0006]本文提供了用于通过自噬和/或NF
‑
κB通路的抑制增加癌细胞对T细胞杀伤(例如，肿瘤坏死因子
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α(TNF
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α)介导的杀伤)的敏感性的方法和组合物。本文还提供了用于通过抑制癌细胞中的自噬和/或NF
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κB通路增加受试者(例如，有需要的受试者)的癌细胞对T细胞杀伤(例如，TNF
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α介导的杀伤)的敏感性来治疗和/或预防受试者的癌症的方法和组合物。在一些实施例中，本文所提供的方法进一步包括向所述受试者施用癌症疗法(例如，癌症免疫疗法)。
[0007]在一些方面，本文提供了通过使所述癌细胞与抑制所述癌细胞中的自噬和/或NF
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κB通路的药剂(例如，至少一种本文所公开的药剂)接触来使癌细胞对TNF
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α介导的杀伤敏感的方法。在某些方面，本文提供了通过向受试者施用抑制所述癌细胞中的自噬和/或NF
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κB通路的至少一种药剂(例如，本文所公开的药剂)来增加对所述受试者的癌细胞的TNF
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α介导的杀伤的方法。在一些实施例中，所述癌细胞在受试者体内。在一些实施例中，所述癌细胞在肿瘤内(例如，受试者的实体瘤)。在某些实施例中，所述方法进一步包括向所述受试者施用癌症疗法(例如，癌症免疫疗法)。
[0008]在一些实施例中，所述药剂通过抑制自噬基因(即，编码产物的基因，所述产物在被抑制时会使细胞中的自噬水平降低)的表达或活性来抑制自噬。在一些实施例中，所述药剂靶向所述自噬基因(例如，所述药剂修饰所述自噬基因的序列)。在某些实施例中，所述药剂靶向所述自噬基因的产物(例如，由所述自噬基因编码的RNA或蛋白质)。在一些实施例中，所述自噬基因可以选自ATG12、WIPI2、RB1CC1、PIK3C3、ATG9A、ATG2A、ATG5、ATG14、EI24、NRBF2、ATG13、TAX1BP1和ATG10。
[0009]在一些实施例中，所述药剂通过抑制NF
‑
κB通路基因的表达或活性来抑制所述NF
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κB通路。在一些实施例中，所述药剂靶向所述NF
‑
κB通路基因本身(例如，所述药剂修饰所述
NF
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κB通路基因的序列)。在某些实施例中，所述药剂靶向所述NF
‑
κB通路基因的产物(例如，由所述NF
‑
κB通路基因编码的RNA或蛋白质)。在某些实施例中，所述NF
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κB基因可以选自CFLAR、UBE2L3、RNF31、IKBKB、MAP3K7、TAB1、RELA、IKKBKG、CHUK、TAB2、TBK1、MAPKAPK2、RBCK1、TRAF2、SHARPIN和TNFAIP3。
[0010]因此，在某些实施例中，所述药剂可以修饰至少一个自噬基因或NF
‑
κB基因，其中对所述至少一个自噬基因和/或NF
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κB的修饰导致自噬基因产物和/或NF
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κB基因产物的表达和/或活性降低。在某些实施例中，对所述自噬基因或NF
‑
κB基因的修饰可以包括缺失、插入、置换或其组合。在某些实施例中，所述药剂可以是CRISPR/Cas药剂、TALEN核酸酶或锌指核酸酶。
[0011]在某些实施例中，所述药剂抑制由自噬基因或NF
‑
κB基因编码的RNA或蛋白质的活性和/或降低其水平。在一些实施例中，所述药剂可以是靶向由自噬基因或NF
‑
κB基因编码的RNA(例如，mRNA)的干扰核酸，例如，siRNA、shRNA、miRNA或反义寡核苷酸。在一些实施例中，所述药剂是自噬或所述NF
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κB通路的小分子抑制剂。
[0012]在某些实施例中，本文所提供的方法进一步包括向所述受试者施用另外的抗癌疗法。在一些实施例中，所述另外的抗癌疗法是癌症免疫疗法。在一些实施例中，所述癌症免疫疗法包括向所述受试者施用自体或同种异体T细胞疗法；施用自体或同种异体CAR T细胞疗法；向所述受试者施用癌症疫苗；向所述受试者施用TNF
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α和/或向所述受试者施用免疫检查点抑制剂。在一些实施例中，所述另外的抗癌疗法包括向所述受试者施用Smac模拟物(例如，LCL
‑
161、APG
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1387、TL32711、GDC
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0917、HGS1029、AT
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406)。
[0013]在某些方面，本文提供了抑制癌细胞中的自噬的药剂，所述药剂用于使受试者的癌细胞对TNF
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α介导的杀伤敏感。另外，在一些方面，本文提供了抑制癌细胞中的自噬的药剂，所述药剂用于增加对受试者中TNF
‑
α介导的癌细胞的杀伤。在一些方面，本文提供了组合疗法，所述组合疗法包括抑制癌细胞中的自噬的药剂以及癌症免疫疗法，所述组合疗法用于治疗癌症。
附图说明
[0014]图1有A至G七个部分并且显示全基因组CRISPR KO筛选鉴定调节细胞毒性T细胞进行的杀伤的肿瘤细胞基因。A部分示出了混合的CRISPR筛选的示意图。将用小鼠GeCKO sgRNA文库修饰的MC38癌细胞用Ova或打乱的对照肽进行脉冲处理，并且然后与激活的Ova特异性细胞毒性T细胞一起培养。T细胞杀伤后，通过依诺米那测序(Illumina sequencing)来评估存活肿瘤细胞中的sgRNA代表性。进行三次生物学重复(B、D、F部分)。火山图示出了促进(富集的sgRNAs)或限制(耗尽的sgRNAs)肿瘤细胞杀伤的基因。B部分突出了促进杀伤的所关注基因(例如，抗原呈递、TNFα信号传导、mTOR信号传导)。D和F部分突出了限制杀伤的所关注基因(例如，NF
‑
κB通路、自噬)。X轴示出了Z本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种使癌细胞对肿瘤坏死因子
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α(TNF
‑
α)介导的杀伤敏感的方法，所述方法包括使所述癌细胞与抑制所述癌细胞中的自噬的药剂接触。2.根据权利要求1所述的方法，其中所述药剂抑制自噬基因的表达或活性。3.根据权利要求2所述的方法，其中所述自噬基因选自ATG12、WIPI2、RB1CC1、PIK3C3、ATG9A、ATG2A、ATG5、ATG14、EI24、NRBF2、ATG13、TAX1BP1和ATG10。4.根据权利要求2或权利要求3所述的方法，其中所述药剂修饰至少一个自噬基因，其中修饰所述至少一个自噬基因使所述自噬基因的表达或活性降低。5.根据权利要求4所述的方法，其中对所述自噬基因的所述修饰包括缺失、插入、置换或其组合。6.根据权利要求1至5中任一项所述的方法，其中所述药剂是组合物，所述组合物包含有效引导Cas酶切割或结合所述自噬基因中的序列的向导RNA，其中所述向导RNA包括DNA靶向区段，所述DNA靶向区段靶向所述自噬基因内的向导RNA靶序列。7.根据权利要求6所述的方法，其中所述向导RNA被配置成提供选自所述自噬基因内的双链断裂和单链断裂的切割事件。8.根据权利要求6或7所述的方法，其中所述向导RNA靶序列包括或接近所述自噬基因的起始密码子。9.根据权利要求8所述的方法，其中所述向导RNA靶序列位于所述起始密码子的约1000个、500个、400个、300个、200个、100个、50个、45个、40个、35个、30个、25个、20个、15个、10个或5个核苷酸内。10.根据权利要求6至9中任一项所述的方法，其中所述向导RNA包括成簇规律间隔短回文重复序列(CRISPR)RNA(crRNA)和反式激活CRISPR RNA(tracrRNA)，所述crRNA包括所述DNA靶向区段。11.根据权利要求10所述的方法，其中所述向导RNA是模块化向导RNA，所述模块化向导RNA中的所述crRNA和所述tracrRNA是彼此杂交的单独分子。12.根据权利要求6至11中任一项所述的方法，其中所述组合物进一步包含Cas蛋白或编码所述Cas蛋白的核酸序列。13.根据权利要求12所述的方法，其中所述Cas蛋白是核酸酶活性Cas蛋白。14.根据权利要求12所述的方法，其中所述Cas蛋白是与转录阻遏物结构域融合的无核酸酶活性Cas蛋白。15.根据权利要求13或14所述的方法，其中所述Cas蛋白是Cas9蛋白。16.根据权利要求15所述的方法，其中所述Cas9分子是金黄色葡萄球菌Cas9蛋白、酿脓链球菌Cas9蛋白或脑膜炎奈瑟菌Cas9蛋白。17.根据权利要求1至5中任一项所述的方法，其中所述药剂是组合物，所述组合物包含核酸，所述核酸包括第一核苷酸序列，所述第一核苷酸序列编码有效引导Cas酶切割或结合所述自噬基因中的序列的向导RNA，其中所述向导RNA包括DNA靶向区段，所述DNA靶向区段靶向所述自噬基因内的向导RNA靶序列。18.根据权利要求17所述的方法，其中所述向导RNA靶序列包括或接近所述自噬基因的起始密码子。19.根据权利要求18所述的方法，其中所述向导RNA靶序列位于所述起始密码子的约
1000个、500个、400个、300个、200个、100个、50个、45个、40个、35个、30个、25个、20个、15个、10个或5个核苷酸内。20.根据权利要求17所述的方法，其中所述向导RNA靶序列位于所述自噬基因的外显子1或外显子2中。21.根据权利要求17至20中任一项所述的方法，其中所述向导RNA包括成簇规律间隔短回文重复序列(CRISPR)RNA(crRNA)和反式激活CRISPR RNA(tracrRNA)，所述crRNA包括所述DNA靶向区段。22.根据权利要求17至21中任一项所述的方法，其中所述向导RNA是模块化向导RNA，所述模块化向导RNA中的所述crRNA和所述tracrRNA是彼此杂交的单独分子。23.根据权利要求22所述的方法，其中所述组合物进一步包含编码Cas蛋白的第二核苷酸序列。24.根据权利要求23所述的方法，其中所述Cas蛋白是核酸酶活性Cas蛋白或与转录阻遏物结构域融合的无核酸酶活性Cas蛋白。25.根据权利要求23或24所述的方法，其中所述Cas蛋白是Cas9蛋白。26.根据权利要求25所述的方法，其中所述Cas9蛋白是金黄色葡萄球菌Cas9蛋白、酿脓链球菌Cas9蛋白或脑膜炎奈瑟菌Cas9蛋白。27.根据权利要求1至5中任一项所述的方法，其中所述药剂是TALEN核酸酶或锌指核酸酶。28.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中所述药剂抑制RNA或蛋白质的活性。29.根据权利要求28所述的方法，其中所述药剂是干扰核酸。30.根据权利要求29所述的方法，其中所述干扰核酸是siRNA、shRNA、miRNA或反义寡核苷酸。31.根据权利要求1所述的方法，其中所述药剂是选自以下的小分子自噬抑制剂：PI3
‑
激酶抑制剂、磷酸肌醇3
‑
激酶(PI3K)抑制剂、Unc
‑
51样激酶1(ULK1)抑制剂、液泡蛋白分选蛋白18(Vps18)抑制剂、液泡蛋白分选蛋白34(Vps34)抑制剂、泛素特异性肽酶(USP10或USP13)抑制剂、基于噻吨酮的自噬抑制剂、ATG4抑制剂、奥托非尼、3
‑
甲基腺嘌呤、渥曼青霉素、氯化铵、巴弗洛霉素A1、依洛尼塞、亮抑酶肽、桦木酸、CA074、秋水仙碱、毒胡萝卜素、液泡蛋白
‑
1、长春花碱、去甲基氯米帕明、LY294002、PT210、GSK
‑
2126458、Spautin
‑
1、SAR405、化合物31、VPS34
‑
IN1、PIK
‑
III、化合物6、MRT68921、SBI
‑
0206965、胃酶抑素A、E64d、氯米帕明、硫蒽酮、氯喹、羟基氯喹、莫能菌素、Lys05、ARN5187、化合物30、MPT0L145、ROC325、维替泊芬、NSC185058和NSC377071。32.根据权利要求1至31中任一项所述的方法，其中所述癌细胞是肺癌细胞、乳腺癌细胞、结肠癌细胞、宫颈癌细胞、胰腺癌细胞、肾癌细胞、胃癌细胞、GI癌细胞、肝癌细胞、骨癌细胞、血液系统癌细胞、神经组织癌细胞、黑色素瘤细胞、甲状腺癌细胞、卵巢癌细胞、睾丸癌细胞、前列腺癌细胞、宫颈癌细胞、阴道癌细胞或膀胱癌细胞。33.根据权利要求32所述的方法，其中所述癌细胞是乳腺癌细胞。34.根据权利要求32所述的方法，其中所述癌细胞是结肠癌细胞。35.根据权利要求32所述的方法，其中所述癌细胞是肺癌细胞。36.根据权利要求32所述的方法，其中所述癌细胞是卵巢癌细胞。
37.根据权利要求32所述的方法，其中所述癌细胞是宫颈癌细胞。38.根据权利要求32所述的方法，其中所述癌细胞是膀胱癌细胞。39.根据权利要求32所述的方法，其中所述癌细胞是肾癌细胞。40.根据权利要求1至39中任一项所述的方法，其中所述癌细胞在受试者体内，并且向所述受试者施用抑制所述癌细胞中的自噬的所述药剂。41.根据权利要求40所述的方法，其中所述受试者是人类受试者。42.一种使受试者的癌细胞对肿瘤坏死因子
‑
α(TNF
‑
α)介导的杀伤敏感的方法，所述方法包括向所述受试者施用抑制所述癌细胞中的自噬的药剂。43.一种增加对受试者的癌细胞的肿瘤坏死因子
‑
α(TNF
‑
α)介导的杀伤的方法，所述方法包括向所述受试者施用至少一种抑制所述癌细胞中的自噬的药剂。44.根据权利要求42或权利要求43所述的方法，其中所述药剂抑制自噬基因的表达或活性。45.根据权利要求44所述的方法，其中所述自噬基因选自ATG12、WIPI2、RB1CC1、PIK3C3、ATG9A、ATG2A、ATG5、ATG14、EI24、NRBF2、ATG13、TAX1BP1和ATG10。46.根据权利要求44或权利要求45所述的方法，其中所述药剂修饰至少一个自噬基因，其中修饰所述至少一个自噬基因使所述自噬基因的表达或活性降低。47.根据权利要求46所述的方法，其中对所述自噬基因的所述修饰包括缺失、插入、置换、其组合或与Cas蛋白的结合。48.根据权利要求42至47中任一项所述的方法，其中所述药剂是组合物，所述组合物包含有效引导Cas酶切割或结合所述自噬基因中的序列的向导RNA(gRNA)，其中所述向导RNA包括DNA靶向区段，所述DNA靶向区段靶向所述自噬基因内的向导RNA靶序列。49.根据权利要求48所述的方法，其中所述向导RNA被配置成提供选自所述自噬基因内的双链断裂和单链断裂的切割事件。50.根据权利要求48或49所述的方法，其中所述向导RNA靶序列包括或接近所述自噬基因的起始密码子。51.根据权利要求50所述的方法，其中所述向导RNA靶序列位于所述起始密码子的约1000个、500个、400个、300个、200个、100个、50个、45个、40个、35个、30个、25个、20个、15个、10个或5个核苷酸内。52.根据权利要求48或49所述的方法，其中所述向导RNA靶序列位于所述自噬基因的外显子1或外显子2中。53.根据权利要求48至52中任一项所述的方法，其中所述向导RNA包括成簇规律间隔短回文重复序列(CRISPR)RNA(crRNA)和反式激活CRISPR RNA(tracrRNA)，所述crRNA包括所述DNA靶向区段。54.根据权利要求53所述的方法，其中所述向导RNA是模块化向导RNA，所述模块化向导RNA中的所述crRNA和所述tracrRNA是彼此杂交的单独分子。55.根据权利要求48至54中任一项所述的方法，其中所述组合物进一步包含Cas蛋白或编码所述Cas蛋白的核酸序列。56.根据权利要求55所述的方法，其中所述Cas蛋白是核酸酶活性Cas蛋白或与转录阻遏物结构域融合的无核酸酶活性Cas蛋白。
57.根据权利要求54至56中任一项所述的方法，其中所述Cas蛋白是Cas9蛋白。58.根据权利要求57所述的方法，其中所述Cas9分子是金黄色葡萄球菌Cas9蛋白、酿脓链球菌Cas9蛋白或脑膜炎奈瑟菌Cas9蛋白。59.根据权利要求42至47中任一项所述的方法，其中所述药剂是组合物，所述组合物包含核酸，所述核酸包括第一核苷酸序列，所述第一核苷酸序列编码有效引导Cas酶切割或结合所述自噬基因中的序列的向导RNA，其中所述向导RNA包括DNA靶向区段，所述DNA靶向区段靶向所述自噬基因内的向导RNA靶序列。60.根据权利要求59所述的方法，其中所述向导RNA靶序列包括或接近所述自噬基因的起始密码子。61.根据权利要求60所述的方法，其中所述向导RNA靶序列位于所述起始密码子的约1000个、500个、400个、300个、200个、100个、50个、45个、40个、35个、30个、25个、20个、15个、10个或5个核苷酸内。62.根据权利要求59所述的方法，其中所述向导RNA靶序列位于所述自噬基因的外显子1或外显子2中。63.根据权利要求59至62中任一项所述的方法，其中所述向导RNA包括成簇规律间隔短回文重复序列(CRISPR)RNA(crRNA)和反式激活CRISPR RNA(tracrRNA)，所述crRNA包括所述DNA靶向区段。64.根据权利要求3所述的方法，其中所述向导RNA是模块化向导RNA，所述模块化向导RNA中的所述crRNA和所述tracrRNA是彼此杂交的单独分子。65.根据权利要求63或64所述的方法，其中所述组合物进一步包含编码Cas蛋白的第二核苷酸序列。66.根据权利要求65所述的方法，其中所述Cas蛋白是核酸酶活性Cas蛋白或与转录阻遏物结构域融合的无核酸酶活性Cas蛋白。67.根据权利要求64至66中任一项所述的方法，其中所述Cas蛋白是Cas9蛋白。68.根据权利要求67所述的方法，其中所述Cas9蛋白是金黄色葡萄球菌Cas9蛋白、酿脓链球菌Cas9蛋白或脑膜炎奈瑟菌Cas9蛋白。69.根据权利要求42至46中任一项所述的方法，其中所述药剂是TALEN核酸酶或锌指核酸酶。70.根据权利要求42至45中任一项所述的方法，其中所述药剂抑制RNA或蛋白质的活性。71.根据权利要求70所述的方法，其中所述药剂是干扰核酸。72.根据权利要求71所述的方法，其中所述干扰核酸是siRNA、shRNA、miRNA或反义寡核苷酸。73.根据权利要求42或权利要求43所述的方法，其中所述药剂是选自以下的小分子自噬抑制剂：PI3
‑
激酶抑制剂、磷酸肌醇3
‑
激酶(PI3K)抑制剂、Unc
‑
51样激酶1(ULK1)抑制剂、液泡蛋白分选蛋白18(Vps18)抑制剂、液泡蛋白分选蛋白34(Vps34)抑制剂、泛素特异性肽酶(USP10或USP13)抑制剂、基于噻吨酮的自噬抑制剂、ATG4抑制剂、奥托非尼、3
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甲基腺嘌呤、渥曼青霉素、氯化铵、巴弗洛霉素A1、依洛尼塞、亮抑酶肽、桦木酸、CA074、秋水仙碱、毒胡萝卜素、液泡蛋白
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1、长春花碱、去甲基氯米帕明、LY294002、PT210、GSK
‑
2126458、
Spautin
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1、SAR405、化合物31、VPS34
‑
IN1、PIK
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III、化合物6、MRT68921、SBI
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0206965、胃酶抑素A、E64d、氯米帕明、硫蒽酮、氯喹、羟基氯喹、莫能菌素、Lys05、ARN5187、化合物30、MPT0L145、ROC325、维替泊芬、NSC185058和NSC377071。74.根据权利要求42至73中任一项所述的方法，其中所述癌细胞是肺癌细胞、乳腺癌细胞、结肠癌细胞、宫颈癌细胞、胰腺癌细胞、肾癌细胞、胃癌细胞、GI癌细胞、肝癌细胞、骨癌细胞、血液系统癌细胞、神经组织癌细胞、黑色素瘤细胞、甲状腺癌细胞、卵巢癌细胞、睾丸癌细胞、前列腺癌细胞、宫颈癌细胞、阴道癌细胞或膀胱癌细胞。75.根据权利要求74所述的方法，其中所述癌细胞是乳腺癌细胞。76.根据权利要求74所述的方法，其中所述癌细胞是结肠癌细胞。77.根据权利要求74所述的方法，其中所述癌细胞是肺癌细胞。78.根据权利要求74所述的方法，其中所述癌细胞是卵巢癌细胞。79.根据权利要求74所述的方法，其中所述癌细胞是宫颈癌细胞。80.根据权利要求74所述的方法，其中所述癌细胞是膀胱癌细胞。81.根据权利要求74所述的方法，其中所述癌细胞是肾癌细胞。82.一种使受试者的肿瘤对肿瘤坏死因子
‑
α(TNF
‑
α)介导的杀伤敏感的方法，所述方法包括向所述受试者施用抑制所述肿瘤中的自噬的药剂。83.一种增加对受试者的肿瘤的肿瘤坏死因子
‑
α(TNF
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α)介导的杀伤的方法，所述方法包括向所述受试者施用至少一种抑制所述肿瘤中的自噬的药剂。84.根据权利要求82或权利要求83所述的方法，其中所述药剂抑制自噬基因的表达或活性。85.根据权利要求84所述的方法，其中所述自噬基因选自ATG12、WIPI2、RB1CC1、PIK3C3、ATG9A、ATG2A、ATG5、ATG14、EI24、NRBF2、ATG13、TAX1BP1和ATG10。86.根据权利要求84或权利要求85所述的方法，其中所述药剂修饰至少一个自噬基因，其中修饰所述至少一个自噬基因使所述自噬基因的表达或活性降低。87.根据权利要求86所述的方法，其中对所述自噬基因的所述修饰包括缺失、插入、置换、其组合或与Cas蛋白的结合。88.根据权利要求82至87中任一项所述的方法，其中所述药剂是组合物，所述组合物包含有效引导Cas酶切割或结合所述自噬基因中的序列的向导RNA，其中所述向导RNA包括DNA靶向区段，所述DNA靶向区段靶向所述自噬基因内的向导RNA靶序列。89.根据权利要求88所述的方法，其中所述向导RNA被配置成提供选自所述自噬基因内的双链断裂和单链断裂的切割事件。90.根据权利要求88或89所述的方法，其中所述向导RNA靶序列包括或接近所述自噬基因的起始密码子。91.根据权利要求90所述的方法，其中所述向导RNA靶序列位于所述起始密码子的约1000个、500个、400个、300个、200个、100个、50个、45个、40个、35个、30个、25个、20个、15个、10个或5个核苷酸内。92.根据权利要求88或89所述的方法，其中所述向导RNA靶序列位于所述自噬基因的外显子1或外显子2中。93.根据权利要求88至92中任一项所述的方法，其中所述向导RNA包括成簇规律间隔短
回文重复序列(CRISPR)RNA(crRNA)和反式激活CRISPR RNA(tracrRNA)，所述crRNA包括所述DNA靶向区段。94.根据权利要求93所述的方法，其中所述向导RNA是模块化向导RNA，所述模块化向导RNA中的所述crRNA和所述tracrRNA是彼此杂交的单独分子。95.根据权利要求88至94中任一项所述的方法，其中所述组合物进一步包含Cas蛋白或编码所述Cas蛋白的核酸序列。96.根据权利要求95所述的方法，其中所述Cas蛋白是核酸酶活性Cas蛋白或与转录阻遏物结构域融合的无核酸酶活性Cas蛋白。97.根据权利要求94至96中任一项所述的方法，其中所述Cas蛋白是Cas9蛋白。98.根据权利要求97所述的方法，其中所述Cas9分子是金黄色葡萄球菌Cas9蛋白、酿脓链球菌Cas9蛋白或脑膜炎奈瑟菌Cas9蛋白。99.根据权利要求98所述的方法，其中所述Cas9分子是金黄色葡萄球菌Cas9蛋白。100.根据权利要求82至87中任一项所述的方法，其中所述药剂是组合物，所述组合物包含核酸，所述核酸包括第一核苷酸序列，所述第一核苷酸序列编码有效引导Cas酶切割或结合所述自噬基因中的序列的向导RNA，其中所述向导RNA包括DNA靶向区段，所述DNA靶向区段靶向所述自噬基因内的向导RNA靶序列。101.根据权利要求100所述的方法，其中所述向导RNA靶序列包括或接近所述自噬基因的起始密码子。102.根据权利要求100或101所述的方法，其中所述向导RNA靶序列位于所述起始密码子的约1000个、500个、400个、300个、200个、100个、50个、45个、40个、35个、30个、25个、20个、15个、10个或5个核苷酸内。103.根据权利要求100所述的方法，其中所述向导RNA靶序列位于所述自噬基因的外显子1或外显子2中。104.根据权利要求100至103中任一项所述的方法，其中所述向导RNA包括成簇规律间隔短回文重复序列(CRISPR)RNA(crRNA)和反式激活CRISPR RNA(tracrRNA)，所述crRNA包括所述DNA靶向区段。105.根据权利要求104所述的方法，其中所述向导RNA是模块化向导RNA，所述模块化向导RNA中的所述crRNA和所述tracrRNA是彼此杂交的单独分子。106.根据权利要求100至105中任一项所述的方法，其中所述组合物进一步包含编码Cas蛋白的第二核苷酸序列。107.根据权利要求106所述的方法，其中所述Cas蛋白是核酸酶活性Cas蛋白或与转录阻遏物结构域融合的无核酸酶活性Cas蛋白。108.根据权利要求105至107中任一项所述的方法，其中所述Cas蛋白是Cas9蛋白。109.根据权利要求108所述的方法，其中所述Cas9蛋白是金黄色葡萄球菌Cas9蛋白、酿脓链球菌Cas9蛋白或脑膜炎奈瑟菌Cas9蛋白。110.根据权利要求82至86中任一项所述的方法，其中所述药剂是TALEN核酸酶或锌指核酸酶。111.根据权利要求82至85中任一项所述的方法，其中所述药剂抑制RNA或蛋白质的活性。
112.根据权利要求111所述的方法，其中所述药剂是干扰核酸。113.根据权利要求112所述的方法，其中所述干扰核酸是siRNA、shRNA、miRNA或反义寡核苷酸。114.根据权利要求82或权利要求83所述的方法，...

【专利技术属性】
技术研发人员：T，
申请(专利权)人：瑞泽恩制药公司，
类型：发明
国别省市：