用于分析靶相互作用的三元组合CRISPR筛选系统及其方法技术方案

提供了用于多重基因组编辑或二元或三元组合CRISPR筛选的系统。还提供了对减轻疾病的基因组合的高通量筛选，以鉴定作为潜在治疗方案的二元和三元协同药物组合。还提供了慢病毒三元组合向导RNA表达盒和组合向导RNA文库。三元组合向导RNA表达盒和组合向导RNA文库。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于分析靶相互作用的三元组合CRISPR筛选系统及其方法
[0001]本国际专利申请要求于2020年4月16日提交的美国临时专利申请号：63/010,877的权益，其全部内容通过引用并入以用于所有目的。
1.

[0002]本文提供了用于多重基因组编辑或二元或三元组合CRISPR筛选的系统。还提供了对减轻疾病的基因组合的高通量筛选，以鉴定作为潜在治疗方案的二元和三元协同药物组合。还提供了慢病毒三元组合向导RNA表达盒和组合向导RNA文库。
[0003]2.专利技术背景
[0004]尽管联合疗法有望提高对各种疾病的治疗效果(Al
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Lazikani等人,2012)，但迄今为止仅发现了有限数量的有效组合，尤其是包含三种或更多种药物的组合(表S1)。药物组合的效果由于预料不到的协同作用或拮抗作用而难以预测，并且并非简单地是每种药物带来的效果的总和(Borisy等人,2003)。微孔板阵列与机器人系统偶联以筛选大规模药物组合。然而，由于实验的数量随着药物的数量和所研究的组合复杂性的阶呈指数增长，这种方法可能变得非常昂贵。RNA干扰本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.用于多重基因组编辑或二元或三元组合CRISPR筛选的系统，其包含：包含人U6(hU6)启动子、小鼠U6(mU6)启动子和人H1(hH1)启动子的慢病毒载体，所述慢病毒载体表达三个或更多个条码化向导RNA(“gRNA”)寡核苷酸对的阵列，所述启动子具有包含修饰的hU6、mU6和hH1启动子序列的3
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末端，以用于所述条码化gRNA寡核苷酸对的配对退火。2.用于多重基因组编辑或二元或三元组合CRISPR筛选的系统，其包含：包含人U6(hU6)启动子、小鼠U6(mU6)启动子和人H1(hH1)启动子的慢病毒载体，所述慢病毒载体表达三个或更多个条码化向导RNA(“gRNA”)寡核苷酸对的阵列，所述hU6启动子在3
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末端具有未修饰的启动子序列并且所述mU6和hH1启动子在3
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末端具有修饰的启动子序列，以用于所述条码化gRNA寡核苷酸对的配对退火。3.权利要求1或2的系统，其中所述条码化gRNA寡核苷酸对的配对退火形成RNA支架。4.权利要求1或2的系统，其中组合gRNA文库由CombiGEM
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CRISPR v2.0组装。5.权利要求1或2的系统，其中所述慢病毒载体转染人细胞并且所述条码化gRNA递送至所述人细胞。6.权利要求1或2的系统，其进一步包含在转染后的时间点使用下一代测序对条码化gRNA进行定量。7.权利要求1或2的系统，其中所述三元组合CRISPR筛选是高通量筛选。8.权利要求4的系统，其中所述gRNA形成RNA支架序列，所述RNA支架序列包含与所述组合gRNA文库相同的修饰的hU6、mU6和hH1启动子序列的3
’
末端。9.权利要求4的系统，其中所述gRNA形成RNA支架序列，所述RNA支架序列包含与所述组合gRNA文库相同的hU6、mU6和hH1启动子序列的3
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末端。10.筛选至少三元药物靶标组合的方法；所述方法包括：(i)提供靶向HGSOC的可成药基因的gRNA文库，其中每个基因包含3个gRNA的阵列；(ii)转染人细胞；和(iii)使用下一代测序对条码化gRNA进行定量。11.筛选至少三元药物靶标组合的系统，其包括：(i)提供表达gRNA的慢病毒三元组合gRNA表达构建体；(ii)用荧光报告基因转染人细胞；和(iii)在转染后一段时间内测量荧光阳性的细胞群的百分比。12.权利要求11的系统，其中所述荧光使用流式细胞术测量并且其中所述荧光是GFP、RFP和BFP荧光。13.权利要求11的系统，其中所述gRNA靶向绿色(GFP)、红色(RFP)和蓝色(BFP)荧光蛋白报告基因的外显子区域。14.权利要求11的系统，其中所述人细胞是卵巢癌细胞。15.权利要求14的系统，其中所述卵巢癌细胞是高级别浆液性卵巢癌(“HGSOC”)细胞。16.权利要求15的系统，其中所述卵巢癌细胞是OVCAR8

【专利技术属性】
技术研发人员：SL王，P周，S何，
申请(专利权)人：香港大学，
类型：发明
国别省市：