CKAP4蛋白的应用、产品、表达干扰试剂及预后模型构建方法技术

本发明专利技术涉及CKAP4蛋白的应用、产品、表达干扰试剂及预后模型构建方法，以解决胶质母细胞瘤治疗、恶化发展的监测及预后缺乏有效手段监测的技术问题。CKAP4蛋白的应用是作为胶质母细胞瘤特异性分子标记物。产品包括检测CKAP4表达水平的试剂。CKAP4的表达干扰试剂在制备抑制胶质母细胞瘤恶化的药物组合物中的应用。预后模型构建方法包括：1、获取mRNA表达数据；2、对mRNA测序数据进行整合；3、获取CKAP4表达水平相关的因素；4、获取胶质母细胞瘤预后的不良因素；5、获取胶质母细胞瘤预后的独立危险因素；6、构建胶质母细胞瘤患者生存概率的预测列线图，获得预后模型。获得预后模型。获得预后模型。

【技术实现步骤摘要】
CKAP4蛋白的应用、产品、表达干扰试剂及预后模型构建方法


[0001]本专利技术涉及生物医学领域，具体涉及CKAP4的检测试剂、产品、表达干扰试剂、表达水平检测方法及预后模型构建方法。

技术介绍

[0002]胶质母细胞瘤(Glioblasto mamultiform,GBM)作为最常见的中枢神经系统恶性肿瘤，是胶质瘤中恶性程度最高IV级胶质瘤(世界卫生组织，2007)。GBM重要的生物学特征是侵袭性生长，易复发和肿瘤组织内部细胞异质性，尤其高级别胶质母细胞瘤恶化迅速，并可能在初始治疗8
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9个月后复发。然而，现在对胶质母细胞瘤治疗、预后以及恶化发展的监测依然缺乏有效的手段。
[0003]CKAP4(cytoskeleton
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associated protein 4)，也称为p63和CLIP
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63，是一种位于内质网(ER)膜中的II型跨膜蛋白，在癌症发生发展过程中发挥重要调控作用。

技术实现思路

[0004]本专利技术目的在于解决胶质母细胞瘤治疗、恶化发展的监测及预后缺乏有效手段监测的技术问题，提供一种CKAP4蛋白的应用、产品、表达干扰试剂及预后模型构建方法。
[0005]本专利技术的技术方案为：
[0006]本专利技术提供了一种CKAP4蛋白的应用，其特殊之处在于：所述CKAP4蛋白作为胶质母细胞瘤特异性分子标记物。
[0007]进一步地，所述CKAP4蛋白作为监测胶质母细胞瘤发展进程的分子靶标。
[0008]进一步地，通过检测CKAP4表达水平诊断胶质母细胞瘤。
[0009]进一步地，所述CKAP4表达水平检测方法包括基于质谱的无标记定量分析、免疫印迹。
[0010]本专利技术还提供了一种诊断胶质母细胞瘤的产品，其特殊之处在于：所述产品包括检测CKAP4表达水平的试剂。具体的，所述产品可以是用于诊断胶质母细胞瘤的试剂盒或芯片。
[0011]本专利技术还提供了CKAP4的表达干扰试剂在制备抑制胶质母细胞瘤恶化的药物组合物中的应用。
[0012]进一步地，所述CKAP4的表达干扰试剂为siRNA
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CKAP4，其序列为：GCAGGAUUUGAAAGCCUUATT,sense；UAAGGCUUUCAAAUCCUGCTT,antisense。
[0013]本专利技术还提供了一种基于CKAP4的胶质母细胞瘤预后模型的构建方法，其特殊之处在于，包括以下步骤：
[0014]S1、获取多个胶质母细胞瘤患者的胶质瘤样本，采集胶质瘤样本的mRNA表达谱获取mRNA表达数据，并分别与各个胶质瘤样本对应的临床数据匹配；
[0015]S2、采用ComBat函数消除不同批次胶质瘤样本之间的批次效应，实现对胶质瘤样本的mRNA测序数据进行整合；
[0016]S3、根据年龄高或低、性别、胶质瘤级别高或低、治疗方式放疗和/或化疗、IDH1突变型或野生型、X1p19q共缺失或非共缺失以及MGMT的启动子甲基化或启动子未甲基化分别与CKAP4表达水平的统计学差异性，得到年龄高或低、胶质瘤级别高或低、IDH1突变型或野生型、X1p19q共缺失或非共缺失以及MGMT启动子甲基化或启动子未甲基化为CKAP4表达水平相关的因素；
[0017]S4、分析年龄高或低、胶质瘤级别高或低、IDH1突变型或野生型、X1p19q共缺失或非共缺失、MGMT启动子甲基化或启动子未甲基化及CKAP4表达水平分别与胶质母细胞瘤预后的统计学差异性，获得年龄高或低、胶质瘤级别高或低、IDH1突变型或野生型、X1p19q共缺失或非共缺失、MGMT启动子甲基化或启动子未甲基化及CKAP4表达水平为胶质母细胞瘤预后的不良因素；
[0018]S5、将胶质母细胞瘤预后的不良因素进行多变量回归分析，得到胶质瘤级别、IDH1突变型或野生型、X1p19q共缺失或非共缺失及CKAP4表达水平为胶质母细胞瘤预后的独立危险因素；
[0019]S6、根据胶质母细胞瘤预后的独立危险因素构建胶质母细胞瘤患者生存概率的预测列线图，获得胶质母细胞瘤预后模型。
[0020]进一步地，步骤S5中，所述多变量回归分析为，采用Cox比例风险模型对胶质母细胞瘤患者的预后进行多变量分析，用于确定独立危险因素。
[0021]进一步地，步骤S6中，根据胶质母细胞瘤预后的独立危险因素构建胶质母细胞瘤患者生存概率的预测列线图具体为：基于从多变量回归分析中过滤得到的独立危险因素，使用Rstudio中的rms构建列阵图模型，以量化多个独立危险因素与生存概率之间的关系。
[0022]本专利技术的有益效果：
[0023]1、本专利技术通过大量的试验验证了CKAP4在胶质母细胞瘤中高表达，并通过设计CKAP4的表达干扰剂siRNA和CKAP4的过表达载体，对实验中的胶质母细胞瘤细胞进行转染，分别敲低和过表达胶质母细胞瘤细胞中CKAP4的表达水平，再通过CCK8试验、伤口愈合试验、transwell试验验证了在胶质母细胞瘤细胞中抑制CKAP4的表达，可以抑制胶质母细胞瘤细胞的增殖、迁移和侵袭。这表明CKAP4蛋白可以作为胶质母细胞瘤特异性分子标记物，以及表明CKAP4检测试剂在制备胶质母细胞瘤诊断产品中应用的可行性，以及表明CKAP4的表达干扰试剂在抑制胶质母细胞瘤恶化发展中具有应用前景。
[0024]2、本专利技术提供的构建胶质母细胞瘤预后模型方法可以根据筛选出的独立危险因素和预测列线图，评估患者的预后情况，为预后治疗提供参考。
[0025]3、本专利技术不仅确定了CKAP4蛋白作为生物标志物或未来有希望的治疗靶标，而且还建立了预测胶质瘤患者生存风险和概率的列线图，可以为理解复杂的GBM生物学过程奠定一定的理论基础，并为胶质瘤的治疗和预后提供更多的风险预测。
附图说明
[0026]图1为本专利技术实施例中GBM和癌旁组织的定量蛋白质组分析工作流程示意图；
[0027]图2为本专利技术实施例GBM中可定量差异蛋白的火山图；
[0028]图3为本专利技术实施例GBM中99种上调蛋白质的蛋白质
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蛋白质相互作用网络图；
[0029]图4为本专利技术实施例中从PPI网络图筛选Hub基因示意图；
[0030]图5为本专利技术实施例中10个Hub基因的KEGG通路关系图；
[0031]图6为本专利技术实施例GEPIA数据库中比对Hub基因mRNA表达水平图；
[0032]图7为本专利技术实施例UALCAN数据库中比对Hub基因mRNA表达水平图；
[0033]图8为本专利技术实施例HPA数据库中比对Hub基因蛋白表达水平图；
[0034]图9为本专利技术实施例中CGGA数据库CKAP4的Kaplan
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Meier曲线分析图；
[0035]图10为本专利技术实施例中CGGA数据库CANX的Kaplan
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Meier曲线分析图；
[0036]图11为本专利技术实施本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种CKAP4蛋白的应用，其特征在于：所述CKAP4蛋白作为胶质母细胞瘤特异性分子标记物。2.根据权利要求1所述的CKAP4的应用，其特征在于：所述CKAP4蛋白作为监测胶质母细胞瘤发展进程的分子靶标。3.根据权利要求2所述的CKAP4的应用，其特征在于：通过检测CKAP4表达水平诊断胶质母细胞瘤。4.根据权利要求3所述的CKAP4的应用，其特征在于：所述CKAP4表达水平检测方法包括基于质谱的无标记定量分析、免疫印迹。5.一种诊断胶质母细胞瘤的产品，其特征在于：所述产品包括检测CKAP4表达水平的试剂。6.CKAP4蛋白的表达干扰试剂在制备抑制胶质母细胞瘤恶化的药物组合物中的应用。7.根据权利要求6所述的应用，其特征在于：所述CKAP4的表达干扰试剂为siRNA
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CKAP4，其序列为：GCAGGAUUUGAAAGCCUUATT,sense；UAAGGCUUUCAAAUCCUGCTT,antisense。8.一种基于CKAP4的胶质母细胞瘤预后模型的构建方法，其特征在于，包括以下步骤：S1、获取多个胶质母细胞瘤患者的胶质瘤样本，采集胶质瘤样本的mRNA表达谱获取mRNA表达数据，并分别与各个胶质瘤样本对应的临床数据匹配；S2、采用ComBat函数消除不同批次胶质瘤样本之间的批次效应，对不同批次胶质瘤样本的mRNA测序数据进行整合；S3、根据年龄高或低、性别、胶质瘤级别高或低、治疗方式放疗和/或化疗、IDH1突变型或野生型、X1p19q共缺失或非共缺失以及MGMT启动子甲基化或启动子未甲基化分别与CKAP4表达水平的...

【专利技术属性】
技术研发人员：许凯悦，王会娟，陈超，张凯倩，
申请(专利权)人：陕西佰美基因股份有限公司，
类型：发明
国别省市：