用于朱顶红杂交后代鉴定的SSR分子标记组合、SSR引物组合及其应用制造技术

本发明专利技术公开一种用于朱顶红杂交后代鉴定的SSR分子标记组合、SSR引物组合及其应用，本发明专利技术基于朱顶红转录组数据开发EST

【技术实现步骤摘要】
用于朱顶红杂交后代鉴定的SSR分子标记组合、SSR引物组合及其应用


[0001]本专利技术属于花卉遗传育种与技术应用领域，具体涉及用于朱顶红杂交后代鉴定的SSR分子标记组合、SSR引物组合及其应用。

技术介绍

[0002]朱顶红(Hippeastrum spp.)为石蒜科朱顶红属(Hippeastrum)多年生球根花卉的总称，原产于中南美洲，其品种繁多(超过600个园艺品种)、株型优美、花大色艳、花型多变、花色艳丽且丰富，极具观赏价值(孙翊等,2017)。朱顶红常用作切花和盆花，在国内外花卉市场上均深受喜爱，此外朱顶红又可露地种植，已逐渐应用于园林景观，具有广阔的市场前景(曹华等,2021；孙翊等,2017)。
[0003]目前，国际上流行的园艺杂交种朱顶红有100多个品种，而国内推广应用的朱顶红品种主要引自荷兰、美国和南非等地，缺少自主培育的新品种，种球主要依赖国外进口(石丰瑞等,2014；王黎等,2020)。中国的朱顶红市场前景极为广阔，然而缺乏自主知识产权的品种是限制朱顶红产业发展的主要“瓶颈”之一，导致朱顶红在生产和销售上受到限制且价格高昂；因此，近年来国内逐渐关注创制具有自主知识产权的朱顶红品种或品系(叶露,2007；石丰瑞等,2014；杨柳燕等,2019)，以期选育出商品价值高的新品种，从而减少种球的进口，满足国内日益增长的需求。目前，杂交育种是培育朱顶红新品种最为常用的方法，虽然朱顶红不同杂交组合的结实率存在差异，但通过杂交可获得大量杂交后代，例如石丰瑞等(2014)通过44个杂交组合获得了1.6万株杂交苗，田松青(2007)采用引进的12个品种配置67个组合共获得了2万株一代杂种单株。在选育朱顶红新品种时，新品种鉴定主要依赖传统的形态学鉴定，即通过杂交苗开花性状鉴定，而杂交苗培育到开花种球需要2～3年时间，杂交获得的后代群体数量较大，管理成本较高，且育种周期较长。例如，石丰瑞等(2014)于2010年开展杂交育种并获得1.6万株杂交苗，直至2014年才通过已开花组合进行鉴定并筛选出新材料5个；田松青(2007)杂交获得的2万株一代杂种单株经连续3年的初选及单株复选，才从167个初选杂交后代中选育出31个优良品种。因此，对杂交后代进行早期鉴定，是降低朱顶红育种成本、缩短育种周期的有效途径，将加快朱顶红新品种的培育进程，为实现我国自主选育朱顶红的市场供应有着重要意义。
[0004]近年来，随着全基因组测序、简化基因组测序、RNA
‑
seq等高通量测序技术的快速发展，提高了分子标记的开发效率，降低了开发成本(郭丽丽等,2021)。基于SSR、SNP等分子标记，已构建了梅花、菊花、莲花、牡丹、桂花、等重要花卉的高密度遗传图谱，为该些物种的分子标记辅助育种提供了基础，加快了新品种选育的进程。简单重复序列(Simple Sequence Repeats,SSR)，也称为微卫星DNA，是一类由1
‑
6bp组成的基序串联重复而成的DNA序列。与其它分子标记技术相比，SSR标记具有数量丰富，覆盖整个基因组，揭示的多态性高；(2)具有多等位基因的特性，提供的信息量高；(3)以孟德尔方式遗传，呈共显性；另外还具有DNA用量少，DNA质量要求不高，快速简便，重复性好等优点(卓蕾等,2021)。基于EST
(Expressed sequence tags)序列开发的SSR标记具有信息量大、通用性好、开发简单等优越性，是目前一种主要的功能性分析标记，已广泛应用于植物遗传图谱构建、亲缘关系鉴定、遗传多样性评价、功能基因组学研究等(钱学磊等,2012；陈思等,2018)。因此，开发可用于朱顶红杂交后代早期鉴定的EST
‑
SSR分子标记，将有助于开展朱顶红的分子标记辅助育种工作，实现朱顶红新种质的早期鉴定，加快朱顶红新品种的选育。

技术实现思路

[0005]专利技术目的：朱顶红杂交育种存在后代群体数量较大，管理成本较高，且育种周期较长等问题，相较于其他观赏植物，其分子标记辅助育种技术较为薄弱，制约了国产新品种的选育进程。针对上述现有技术的不足，本专利技术的目的是提供一种用于朱顶红杂交后代鉴定的SSR分子标记组合、SSR引物组合及其应用，所述SSR引物组合可用于朱顶红杂交后代的早期鉴定，既提高了朱顶红杂交育种效率，又降低了杂交后代株系的管理成本，具有准确性高、操作简便等优点。
[0006]技术方案：为了解决上述技术问题，本专利技术提供如下技术方案：
[0007]用于朱顶红杂交后代鉴定的SSR分子标记组合，所述组合中的SSR分子标记分别由具有如下核苷酸序列的引物对扩增所得：
[0008][0009][0010]用于朱顶红杂交后代鉴定的SSR引物组合，所述组合包括具有如下核苷酸序列的引物对：
[0011][0012]一种试剂盒，其包所述的SSR引物组合。
[0013]所述的SSR分子标记组合、所述的SSR引物组合、或所述的试剂盒在朱顶红杂交后代鉴定中的应用。
[0014]朱顶红亲本及其杂交后代的分子身份证，采用所述SSR引物组合或所述试剂盒，对朱顶红样品的DNA进行PCR扩增，PCR产物进行电泳检测，将每个个体的等位基因转换成为1和0字符串，最终得到朱顶红亲本及其杂交后代的由1、0编号的原始数据，作为每一个朱顶红样本的
‘
分子身份证
’
。
[0015]优选的，所述朱顶红亲本中，母本品种选择
‘
Picotee
’
、
‘
Rapido
’
和
‘
Naranja
’
，父本品种选择
‘
Blossom peacock
’
、
‘
Sunny nymph
’
、
‘
Matterhorn
’
、
‘
Luna
’
和
‘
Naranja
’
，共配置6组杂交组合，分别为
♀
Picotee
×♂
Blossompeacock、
♀
Rapido
×♂
Blossompeacock、
♀
Picotee
×♂
Sunny nymph、
♀
Picotee
×♂
Matterhorn、
♀
Naranja
×♂
Luna、
♀
Luna
×♂
Naran ja。
[0016]一种朱顶红杂交后代鉴定方法，包括如下步骤：
[0017]1)朱顶红亲本和杂交后代DNA提取；
[0018]2)采用所述的SSR引物组合或所述的试剂盒，对朱顶红亲本和杂交后代PCR扩增；
[0019]3)扩增产物毛细管电泳检测；
[0020]4)根据电泳结果，将每本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
peacock
’
、
‘
Sunny nymph
’
、
‘
Matterhorn
’
、
‘
Luna
’
和
‘
Naran ja
’
，共配置6组杂交组合，分别为
♀
Picotee
×♂
Blossom peacock、
♀
Rapido
×♂
Blossom peacock、
♀
Picotee
×♂
Sunny nymph、
♀
...

【专利技术属性】
技术研发人员：周琳，蔡友铭，张永春，杨柳燕，陈敏敏，聂功平，李心，
申请(专利权)人：上海市农业科学院，
类型：发明
国别省市：