一种IKZF1基因外显子2-3多倍体检测试剂盒制造技术

本发明专利技术公开了一种IKZF1基因外显子2

【技术实现步骤摘要】
一种IKZF1基因外显子2
‑
3多倍体检测试剂盒

：
[0001]本专利技术属于数字PCR领域，具体涉及一种数字PCR法检测IKZF1基因外显子2
‑
3多倍体试剂盒。

技术介绍
：
[0002]IKZF1基因编码一种具有锌指结构的转录因子蛋白，编码具有调控淋巴细胞生产功能的转录因子IKAROS，在正常骨髓、淋巴细胞、红细胞、巨核细胞等分化的不同阶段发挥重要作用，是造血系统的重要调节基因之一，在淋巴细胞的分化和发育过程中起着重要的调控作用。IKZF1基因突变是成人B细胞急性淋巴细胞白血病的预后不良因素，约30％的急性淋巴性白血病患者中可检测到IKZF1基因突变，多表现为部分外显子缺失，导致IKZF1蛋白功能异常，也有少数患者两条IKZF1基因完全缺失，导致IKZF1基因的表达阴性。由于IKZF1 基因外显子的可变剪切，目前临床常见的IKZF1突变具有13种转录本，表现为N端DNA结合区锌指结构不同程度的缺失，从而影响DNA的结合能力和转录活性。临床上可使用基因芯片、琼脂糖凝胶电泳等方法对IKZF1基因缺失型突变进行检测，作为治疗和预后评估的参考依据。近年来，临床中又发现除传统的IKZF1基因缺失外，部分患者还伴随有IKZF1基因染色体上基因外显子2和外显子3出现多个拷贝，同样提示患者预后不良，但目前常规的染色体核型分析和基因芯片方法均无法对此突变类型进行检测。
[0003]目前检测IKZF1基因突变的方法主要包括染色体核型分析、基因芯片杂交、PCR
‑
琼脂糖凝胶电泳等，其中染色体核型分析分辨率较低，对小片段的重复序列和多倍体无法检出，基因芯片杂交需要对突变区域设计特异性探针，成本较高，PCR
‑
琼脂糖凝胶电泳容易受到基因缺失和拷贝数变化影响，无法准确判断罕见的基因变化类型和多倍体数量。

技术实现思路
：
[0004]本专利技术的目的在于提供一种特异性好、灵敏度高、成本较低的基于数字PCR方法的IKZF1 基因外显子2
‑
3多倍体检测试剂盒。
[0005]本专利技术的第一个目的是提供IKZF1基因外显子2
‑
3和RPPH1基因的检测引物和探针组，具体如下：
[0006]IKZF1
‑
F：5
’‑
GTAAGCGATACTCCAGATGAGG
‑3’
；
[0007]IKZF1
‑
R：5
’‑
CACGACTCTGTCACTCTTGG
‑3’
；
[0008]IKZF1
‑
Probe：5
’‑
FAM
‑
CGATGAGCCCATGCCGATCCC
‑
BHQ1
‑3’
；
[0009]RPPH1
‑
F：5
’‑
GGCGGATGCCTCCTTTG
‑3’
；
[0010]RPPH1
‑
R：5
’‑
TACCTCACCTCAGCCATTGA
‑3’
；
[0011]RPPH1
‑
Probe：5
’‑
HEX
‑
ACTTCGCTGGCCGTGAGTCTGTTC
‑
BHQ2
‑3’
。
[0012]本专利技术的第二个目的是提供基于数字PCR方法的IKZF1基因外显子2
‑
3多倍体检测试剂盒，包括PCR预混液和上述特异性扩增IKZF1基因外显子2
‑
3和RPPH1基因的检测引物和探针组。
[0013]本专利技术的第三个目的是提供一种非疾病的诊断和治疗目的的基于数字PCR方法的IKZF1基因外显子2
‑
3多倍体检测方法，其是提取样本DNA，用上述IKZF1基因外显子2
‑
3和RPPH1基因的检测引物和探针组分别进行PCR扩增，对IKZF1外显子2
‑
3和管家基因RPPH1进行拷贝数定量，通过计算IKZF1基因外显子2
‑
3和RPPH1拷贝数比例，判断是否存在IKZF1外显子2
‑
3多倍体。
[0014]优选，所述的PCR扩增程序是95℃，10min；60℃，45sec升温速率：1.5℃/S。
[0015]优选，所述的PCR反应试剂包括2
×
PCRMIX，12.5μL；IKZF1
‑
F，0.5μM；IKZF1
‑
R，0.5μM；IKZF1
‑
Probe，0.25μM；RPPH1
‑
F，0.5μM，RPPH1
‑
R，0.5μM，RPPH1
‑
Probe，0.25μM，模板1.0μL。
[0016]本专利技术采用的数字PCRIKZF1基因外显子2
‑
3多倍体检测方法，其特点为单管反应，同时对RPPH1基因和IKZF1外显子2
‑
3进行定量，通过二者比值判断IKZF1基因外显子是否存在多倍体，验操作简便，检测时间短，成本较低。
[0017]本专利技术主要的技术特点是：(1)同时对IKZF1外显子2
‑
3和管家基因RPPH1进行拷贝数定量，通过计算IKZF1基因外显子2
‑
3和RPPH1拷贝数比例，判断是否存在IKZF1外显子2
‑
3多倍体。不受IKZF1基因其他区域突变如缺失、易位等影响。(2)操作简单，结果判读客观方便。
具体实施方式
[0018]为了使本专利技术的目的、技术方案及优点更加清楚明白，以下结合实施例，对本专利技术进行进一步详细说明。应当理解，此处所描述的具体实施例仅仅用以解释本专利技术，并不用于限定本专利技术。以下实施例中所使用的方法如无特殊说明，均采取本领域常规技术方法，所使用的原料如无特殊说明，均为市售原料。
[0019]实施例1：数字PCR检测IKZF1外显子2
‑
3多倍体
[0020]本专利技术采取了以下技术方案
[0021]一种基于数字PCR方法的IKZF1基因外显子2
‑
3多倍体检测试剂盒，包括特异性扩增基因IKZF1外显子2
‑
3和内参基因RPPH1的正向引物、反向引物和探针；
[0022]引物、探针具体序列信息如下：
[0023]IKZF1
‑
F：5
’‑
GTAAGCGATACTCCAGATGAGG
‑3’
，核苷酸序列如SEQIDNO.1所示；
[0024]IKZF1
‑
R：5
’‑
CACGACTCTGTCACTCTTGG
‑3’
，核苷酸序列本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.IKZF1基因外显子2
‑
3和RPPH1基因的检测引物和探针组，其特征在于，具体如下：IKZF1
‑
F：5
’‑
GTAAGCGATACTCCAGATGAGG
‑3’
；IKZF1
‑
R：5
’‑
CACGACTCTGTCACTCTTGG
‑3’
；IKZF1
‑
PROBE：5
’‑
FAM
‑
CGATGAGCCCATGCCGATCCC
‑
BHQ1
‑3’
；RPPH1
‑
F：5
’‑
GGCGGATGCCTCCTTTG
‑3’
；RPPH1
‑
R：5
’‑
TACCTCACCTCAGCCATTGA
‑3’
；RPPH1
‑
PROBE：5
’‑
HEX
‑
ACTTCGCTGGCCGTGAGTCTGTTC
‑
BHQ2
‑3’
。2.一种基于数字PCR方法的IKZF1基因外显子2
‑
3多倍体检测试剂盒，其特征在于，包括PCR预混液和权利要求1所述的IKZF1基因外显子2
‑
...

【专利技术属性】
技术研发人员：李红，易丽君，
申请(专利权)人：江西省儿童医院，
类型：发明
国别省市：