单样本ceRNA竞争模块识别方法、装置、电子设备及存储介质制造方法及图纸

本发明专利技术提供一种单样本ceRNA竞争模块识别方法、装置、电子设备及存储介质，涉及基因识别技术领域。该单样本ceRNA竞争模块识别方法包括：根据匹配样本的miRNA表达谱数据、靶基因表达谱数据和先验的miRNA

【技术实现步骤摘要】
单样本ceRNA竞争模块识别方法、装置、电子设备及存储介质


[0001]本专利技术涉及基因识别
，具体而言，涉及一种单样本ceRNA竞争模块识别方法、装置、电子设备及存储介质。

技术介绍

[0002]不同编码和非编码核糖核酸(RibonucleicAcid，RNA)转录本通过竞争性结合微小核糖核酸(MircoRNA，简称miRNA)应答原件(MicroRNA Response Elements，简称MREs)来调控miRNA的基因沉默功能，这些RNA转录本统称为竞争性内源RNA(Competing Endogenous RNA，简称ceRNA)。ceRNA往往通过聚集成簇或模块的模式来实现其生理和病理过程中的重要任务。ceRNA参与许多重要的生物过程，其参与的基因模块可能是细胞系统的重要组成成分。
[0003]现有技术识别ceRNA竞争模块的解决方法，通常的做法是基于转录组数据和先验miRNA
‑
靶基因调控关系数据识别多样本精度水平下的ceRNA竞争模块。
[0004]由于每个生物样本存在异质性，多样本精度水平下的ceRNA竞争模块无法准确的表达每个生物样本的特质。因此，急需提供一种能够在单样本水平下识别ceRNA竞争模块的方法。

技术实现思路

[0005]本专利技术的目的在于，针对上述现有技术中的不足，提供一种单样本ceRNA竞争模块识别方法、装置、电子设备及存储介质，以获取单样本水平下的ceRNA竞争模块。
[0006]为实现上述目的，本专利技术实施例采用的技术方案如下：
[0007]第一方面，本专利技术实施例提供了一种单样本ceRNA竞争模块识别方法，包括：根据匹配样本的miRNA表达谱数据、靶基因表达谱数据和先验的miRNA
‑
靶基因的调控关系，识别得到多个第一ceRNA竞争模块。敲除匹配样本的miRNA表达谱数据、靶基因表达谱数据和先验的miRNA
‑
靶基因的调控关系中的目标样本。根据敲除目标样本的匹配样本的miRNA表达谱数据、靶基因表达谱数据和先验的miRNA
‑
靶基因的调控关系，识别得到多个第二ceRNA竞争模块。根据每个第一ceRNA竞争模块和每个第二ceRNA竞争模块，通过差异模块分析，获取目标样本的ceRNA竞争模块。
[0008]一些实施方式中，根据第一ceRNA竞争模块和第二ceRNA竞争模块，通过差异模块分析，获取目标样本的ceRNA竞争模块，包括：计算每个第一ceRNA竞争模块和第二ceRNA竞争模块之间模块相似性。根据模块相似性获取目标样本的ceRNA竞争模块，目标样本的ceRNA竞争模块包括第一ceRNA竞争模块和第二ceRNA竞争模块中的差异ceRNA竞争模块，差异ceRNA竞争模块包括与每个第二ceRNA竞争模块之间模块相似性均小于第一阈值的第一ceRNA竞争模块，和每个第一ceRNA竞争模块之间模块相似性均小于第二阈值的第二ceRNA竞争模块。
[0009]一些实施方式中，根据匹配样本的miRNA表达谱数据、靶基因表达谱数据和先验的
miRNA
‑
靶基因的调控关系，识别得到多个第一ceRNA竞争模块，包括：根据靶基因表达谱数据，通过聚类分析获取基因模块。根据基因模块，miRNA表达谱数据和先验的miRNA
‑
靶基因的调控关系，识别得到多个第一ceRNA竞争模块。
[0010]一些实施方式中，根据敲除目标样本的匹配样本的miRNA表达谱数据、靶基因表达谱数据和先验的miRNA
‑
靶基因的调控关系，识别得到多个第二ceRNA竞争模块，包括：根据敲除目标样本的靶基因表达谱数据，通过聚类分析获取敲除目标样本的基因模块。根据敲除目标样本的基因模块、miRNA表达谱数据和先验的miRNA
‑
靶基因的调控关系，识别得到多个第二ceRNA竞争模块。
[0011]第二方面，本专利技术实施例还提供了一种单样本ceRNA竞争模块识别装置，包括：识别模块，用于根据匹配样本的miRNA表达谱数据、靶基因表达谱数据和先验的miRNA
‑
靶基因的调控关系，识别得到多个第一ceRNA竞争模块。敲除模块，用于敲除匹配样本的miRNA表达谱数据、靶基因表达谱数据和先验的miRNA
‑
靶基因的调控关系中的目标样本。识别模块，还用于根据敲除目标样本的匹配样本的miRNA表达谱数据、靶基因表达谱数据和先验的miRNA
‑
靶基因的调控关系，识别得到多个第二ceRNA竞争模块。分析模块，用于根据每个第一ceRNA竞争模块和每个第二ceRNA竞争模块，通过差异模块分析，获取目标样本的ceRNA竞争模块。
[0012]一些实施方式中，分析模块，具体用于计算每个第一ceRNA竞争模块和第二ceRNA竞争模块之间模块相似性。根据模块相似性获取目标样本的ceRNA竞争模块，目标样本的ceRNA竞争模块包括第一ceRNA竞争模块和第二ceRNA竞争模块中的差异ceRNA竞争模块，差异ceRNA竞争模块包括与每个第二ceRNA竞争模块之间模块相似性均小于第一阈值的第一ceRNA竞争模块，和每个第一ceRNA竞争模块之间模块相似性均小于第二阈值的第二ceRNA竞争模块。
[0013]一些实施方式中，识别模块，具体用于根据靶基因表达谱数据，通过聚类分析获取基因模块。根据基因模块，miRNA表达谱数据和先验的miRNA
‑
靶基因的调控关系，识别得到多个第一ceRNA竞争模块。
[0014]一些实施方式中，识别模块，具体用于根据敲除目标样本的靶基因表达谱数据，通过聚类分析获取敲除目标样本的基因模块。根据敲除目标样本的基因模块、miRNA表达谱数据和先验的miRNA
‑
靶基因的调控关系，识别得到多个第二ceRNA竞争模块。
[0015]第三方面，本专利技术实施例提供一种电子设备，包括：处理器、存储介质和总线，存储介质存储有处理器可执行的机器可读指令，当电子设备运行时，处理器与存储介质之间通过总线通信，处理器执行机器可读指令，以执行上述第一方面任一方法的步骤。
[0016]第四方面，本专利技术实施例还提供一种计算机可读存储介质，计算机可读存储介质上存储有计算机程序，计算机程序被处理器运行时执行如上述第一方面任一方法的步骤。
[0017]本专利技术的有益效果是：根据匹配样本的miRNA表达谱数据、靶基因表达谱数据和先验的miRNA
‑
靶基因的调控关系，识别得到多个第一ceRNA竞争模块。敲除匹配样本的miRNA表达谱数据、靶基因表达谱数据和先验的miRNA
‑
靶基因的调控关系中的目标样本。根据敲除目标样本的匹配样本的miRNA表达谱数据、靶基因表达谱数据和先验的miRNA
‑
靶基因的调控关系，识别得到多个第二ceRNA竞争模块。根据每个第一ceRNA竞争模块和每个第二ceRNA竞争模块，通过本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种单样本竞争性内源核糖核酸ceRNA竞争模块识别方法，其特征在于，包括：根据匹配样本的微小核糖核酸miRNA表达谱数据、靶基因表达谱数据和先验的miRNA
‑
靶基因的调控关系，识别得到多个第一ceRNA竞争模块；敲除所述匹配样本的miRNA表达谱数据、靶基因表达谱数据和先验的miRNA
‑
靶基因的调控关系中的目标样本；根据敲除所述目标样本的匹配样本的miRNA表达谱数据、靶基因表达谱数据和先验的miRNA
‑
靶基因的调控关系，识别得到多个第二ceRNA竞争模块；根据每个所述第一ceRNA竞争模块和每个所述第二ceRNA竞争模块，通过差异模块分析，获取所述目标样本的ceRNA竞争模块。2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述根据所述第一ceRNA竞争模块和所述第二ceRNA竞争模块，通过差异模块分析，获取所述目标样本的ceRNA竞争模块，包括：计算每个所述第一ceRNA竞争模块和所述第二ceRNA竞争模块之间模块相似性；根据所述模块相似性获取所述目标样本的ceRNA竞争模块，所述目标样本的ceRNA竞争模块包括所述第一ceRNA竞争模块和所述第二ceRNA竞争模块中的差异ceRNA竞争模块，所述差异ceRNA竞争模块包括与每个所述第二ceRNA竞争模块之间模块相似性均小于第一阈值的第一ceRNA竞争模块，和每个所述第一ceRNA竞争模块之间模块相似性均小于第二阈值的第二ceRNA竞争模块。3.根据权利要求1或2所述的方法，其特征在于，所述根据匹配样本的miRNA表达谱数据、靶基因表达谱数据和先验的miRNA
‑
靶基因的调控关系，识别得到多个第一ceRNA竞争模块，包括：根据所述靶基因表达谱数据，通过聚类分析获取基因模块；根据所述基因模块，所述miRNA表达谱数据和所述先验的miRNA
‑
靶基因的调控关系，识别得到多个所述第一ceRNA竞争模块。4.根据权利要求1或2所述的方法，其特征在于，根据敲除所述目标样本的匹配样本的miRNA表达谱数据、靶基因表达谱数据和先验的miRNA
‑
靶基因的调控关系，识别得到多个第二ceRNA竞争模块，包括：根据敲除所述目标样本的靶基因表达谱数据，通过聚类分析获取敲除所述目标样本的基因模块；根据所述敲除所述目标样本的基因模块、miRNA表达谱数据和先验的miRNA
‑
靶基因的调控关系，识别得到多个所述第二ceRNA竞争模块。5.一种单样本ceRNA竞争模块识别装置，其特征在于，包括...

【专利技术属性】
技术研发人员：张俊鹏，孙少平，赵春文，李司婧，杨燕婷，
申请(专利权)人：玉溪市人民医院，
类型：发明
国别省市：