用于治疗癌症的细胞制造技术

本发明专利技术涉及用于确定粒细胞用于治疗癌症的适用性的方法。本发明专利技术还涉及所述粒细胞、用于鉴定所述粒细胞的方法和能够分化成所述粒细胞的干细胞，包含其的组合物和试剂盒，及其用于治疗癌症的用途。用于治疗癌症的用途。用于治疗癌症的用途。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于治疗癌症的细胞
[0001]本专利技术涉及适用于治疗癌症的基于细胞的疗法。
[0002]癌症是世界范围内发病率和死亡率的主要原因，发达国家的癌症发病率每年都在增加。世界卫生组织指出，仅在2012年就有大约1400万新癌症病例(和820万相关死亡)，预计在接下来的二十年中增加到2200万病例。目前的治疗策略包括手术、放射和细胞毒性化疗的组合，然而这些治疗中的许多最终是无效的并且与有害的副作用相关。
[0003]已经评估了造血干细胞移植(HSCT)作为治疗某些癌症(如肾细胞癌)的治疗技术的安全性和功效。然而，由于潜在致命的安全性问题，这种治疗仍然在很大程度上被视为实验性的，其中接受者由于多能干细胞的不受控制的增殖而表现出严重的移植物抗宿主病(GVHD)。因此，需要改进的和替代的癌症疗法。
[0004]尽管癌症发病率增加，但已经观察到大约50
‑
60％的个体在其一生中不发展癌症。实际上，在极少数情况下，一些个体表现出自发性癌症消退。这个观察结果导致对来自自发性消退个体的白细胞的研究，以及所述白细胞在白细胞输注疗法(LIFT)中的用途。
[0005]常规的LIFT使用单采血液成分术进行，用于将取自供体的粒细胞(例如嗜中性粒细胞)直接转移至癌症患者。目前在临床中使用的常规方法对于用作可靠的癌症治疗剂是不实用的或不可扩展的。首先，粒细胞(如嗜中性粒细胞)具有非常有限的保质期(通常小于24小时)，使得它们难以储存。其次，单采血液成分术需要大约5个(非常罕见的)供体以获得所需的细胞数量。第三，为了避免来自重复暴露的同种异体免疫应答，在随后的施用中不能使用相同的供体，因此需要增加适当供体的库。第四，实际上不能预期供体将可根据请求获得，或者愿意提供无穷无尽的用于LIFT程序的粒细胞来源。因此，需要快速且可靠地鉴定产生具有足够癌症杀灭活性的粒细胞的合适供体。
[0006]鉴定产生这种粒细胞的供体通常使用测量杀灭的癌细胞百分比的功能测定来进行。然而，此类测定可能是耗时的。因此，需要改进的/替代的测定，其可以灵敏地和特异性地和/或快速地鉴定这样的粒细胞和供体和/或验证使用功能测定获得的任何结果。
[0007]本专利技术提供了对上述问题中的至少一个的解决方案。
[0008]本专利技术的专利技术人令人惊讶地鉴定了与粒细胞用于治疗癌症的适用性相关的许多基因(及其表达水平)。有利地，可以使用转录组学、蛋白质组学或基因组技术来确定此类基因的表达水平，以灵敏且特异性地鉴定和/或快速鉴定具有治疗功效的粒细胞和/或产生此类粒细胞的供体。
[0009]此外，通过测定本文所述的一种或多种基因的表达，本专利技术允许制备适用于治疗癌症的基本上同质的粒细胞群(例如，其中存在的粒细胞的至少90％是适用于治疗癌症的粒细胞)。
[0010]在一个方面中，本专利技术提供了一种用于确定粒细胞用于治疗癌症的适用性的方法，该方法包括：
[0011]a.将测量的粒细胞的一种或多种基因的表达水平与参考标准中相同的一种或多种基因的表达水平进行比较，其中一种或多种基因与用于治疗癌症的适用性相关并且选自：CTSG、CAP37、ITGB1、CYBB、SYK、DOCK8、COMP、ATG7、SLC2A1、GZMK、ATM、IKBKB、BCAP31、
TAPBP、PPP3CB、ANXA1、PERM、PLEC、ACSL1、RAC1、GM2A和PSMB2；和
[0012]b.基于比较确定粒细胞用于治疗癌症的适用性。
[0013]用于本专利技术的基因的代表性序列与适当的Ensembl登录号一起描述于本文的序列表中。用于本专利技术的基因可以是如SEQ ID NO:1
‑
24或83
‑
87所示的一种或多种或其变体。用于本专利技术方法中的基因可包含与SEQ ID NO:1
‑
24或83
‑
87中的任一个具有至少70％、80％、90％或95％序列同一性的核苷酸序列(或由其组成)。优选，用于本专利技术方法中的基因包含SEQ ID NO:1
‑
24或83
‑
87中的任一个(更优选地由其组成)。
[0014]在一个方面中，本专利技术提供了一种用于确定粒细胞用于治疗癌症的适用性的方法，该方法包括：
[0015]a.测量粒细胞的一种或多种基因的表达水平，其中一种或多种基因与用于治疗癌症的适用性相关，并且选自：ITGB1、CYBB、SYK、DOCK8、COMP、ATG7、SLC2A1、GZMK、CTSG、ATM、IKBKB、BCAP31、TAPBP、PPP3CB、ANXA1、PERM、PLEC、ACSL1、RAC1、GM2A、CAP37和PSMB2；
[0016]b.将测量的表达水平与参考标准中相同的一种或多种基因的表达水平进行比较；和
[0017]c.基于比较确定粒细胞用于治疗癌症的适用性。
[0018]在另一个方面中，本专利技术提供了一种用于鉴定供体是否产生适用于治疗癌症的粒细胞的方法，该方法包括：
[0019]a.将可从供体获得的样品中包含的粒细胞的一种或多种基因的测量表达水平与参考标准中相同的一种或多种基因的表达水平进行比较，其中一种或多种基因与用于治疗癌症的适用性相关，并且选自：CTSG、CAP37、ITGB1、CYBB、SYK、DOCK8、COMP、ATG7、SLC2A1、GZMK、ATM、IKBKB、BCAP31、TAPBP、PPP3CB、ANXA1、PERM、PLEC、ACSL1、RAC1、GM2A和PSMB2；和
[0020]b.基于比较鉴定供体是否产生适用于治疗癌症的粒细胞。
[0021]在一个相关方面中，本专利技术提供了一种用于鉴定供体是否产生适用于治疗癌症的粒细胞的方法，该方法包括：
[0022]a.测量可从供体获得的样品中包含的粒细胞的一种或多种基因的测量表达水平，其中一种或多种基因与用于治疗癌症的适用性相关，并且选自：ITGB1、CYBB、SYK、DOCK8、COMP、ATG7、SLC2A1、GZMK、CTSG、ATM、IKBKB、BCAP31、TAPBP、PPP3CB、ANXA1、PERM、PLEC、ACSL1、RAC1、GM2A、CAP37和PSMB2；
[0023]b.将测量的表达水平与参考标准中相同的一种或多种基因的表达水平进行比较；和
[0024]c.基于比较鉴定供体是否产生用于治疗癌症的粒细胞。
[0025]在优选实施方案中，本文提及的方法包括测量和/或比较测量的GM2A、PLEC、CYBB、DOCK8和/或PPP3CB和任选一种或多种其他基因的表达水平。最优选，本文提及的方法包括测量和/或比较测量的GM2A和任选一种或多种其他基因的表达水平。有利地，所述基因的表达在适用于治疗癌症的粒细胞和不适用于治疗癌症的粒细胞之间具有高度统计学显著性差异。因此，测量和/或比较那些基因中的至少一种的测量的表达水平具有特别高的预测值。因此，本文所述的任何方法中使用的基因可以是GM2A、P本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种用于确定粒细胞用于治疗癌症的适用性的方法，该方法包括：a.将测量的粒细胞的一种或多种基因的表达水平与参考标准中相同的一种或多种基因的表达水平进行比较，其中一种或多种基因与用于治疗癌症的适用性相关并且选自：GM2A、CTSG、CAP37、ITGB1、CYBB、SYK、DOCK8、COMP、ATG7、SLC2A1、GZMK、ATM、IKBKB、BCAP31、TAPBP、PPP3CB、ANXA1、PERM、PLEC、ACSL1、RAC1和PSMB2；和b.基于比较确定粒细胞用于治疗癌症的适用性。2.一种用于鉴定供体是否产生适用于治疗癌症的粒细胞的方法，该方法包括：a.将可从供体获得的样品中包含的粒细胞的一种或多种基因的测量表达水平与参考标准中相同的一种或多种基因的表达水平进行比较，其中一种或多种基因与治疗癌症的适用性相关并且选自：GM2A、CTSG、CAP37、ITGB1、CYBB、SYK、DOCK8、COMP、ATG7、SLC2A1、GZMK、ATM、IKBKB、BCAP31、TAPBP、PPP3CB、ANXA1、PERM、PLEC、ACSL1、RAC1和PSMB2；和b.基于比较鉴定供体是否产生适用于治疗癌症的粒细胞。3.根据权利要求1或2的方法，其中步骤b.包括：出现以下情况时，确定粒细胞适用于治疗癌症或鉴定供体产生适用于治疗癌症的粒细胞：i.与参考标准相比时，参考标准来自不适用于治疗癌症的粒细胞时，GM2A、CTSG、CAP37、ITGB1、CYBB、SYK、DOCK8、COMP、ATG7、SLC2A1、GZMK、ATM、IKBKB、BCAP31、TAPBP、PERM、PLEC、ACSL1、RAC1和PSMB2中的一种或多种的测量表达水平增加；或ii.与参考标准相比时，参考标准来自不适用于治疗癌症的粒细胞时，ANXA1和/或PPP3CB的测量表达水平降低；或iii.与参考标准相比时，参考标准来自适用于治疗癌症的粒细胞时，GM2A、CTSG、CAP37、ITGB1、CYBB、SYK、DOCK8、COMP、ATG7、SLC2A1、GZMK、ATM、IKBKB、BCAP31、TAPBP、PERM、PLEC、ACSL1、RAC1和PSMB2中的一种或多种的测量表达水平增加或相同；或iv.与参考标准相比时，参考标准来自适用于治疗癌症的粒细胞时，ANXA1和/或PPP3CB的测量表达水平降低或相同；或出现以下情况时，确定粒细胞不适用于治疗癌症或鉴定供体产生不适用于治疗癌症的粒细胞：v.与参考标准相比时，参考标准来自不适用于治疗癌症的粒细胞时，GM2A、CTSG、CAP37、ITGB1、CYBB、SYK、DOCK8、COMP、ATG7、SLC2A1、GZMK、ATM、IKBKB、BCAP31、TAPBP、PERM、PLEC、ACSL1、RAC1和PSMB2中的一种或多种的测量表达水平降低或相同；或vi.与参考标准相比时，参考标准来自不适用于治疗癌症的粒细胞时，ANXA1和/或PPP3CB的测量表达水平增加或相同；或vii.与参考标准相比时，参考标准来自适用于治疗癌症的粒细胞时，GM2A、CTSG、CAP37、ITGB1、CYBB、SYK、DOCK8、COMP、ATG7、SLC2A1、GZMK、ATM、IKBKB、BCAP31、TAPBP、PERM、PLEC、ACSL1、RAC1和PSMB2中的一种或多种的测量表达水平降低；或viii.与参考标准相比时，参考标准来自适用于治疗癌症的粒细胞时，ANXA1和/或PPP3CB的测量表达水平增加。4.一种用于选择受试者是否适于使用用于治疗癌症的粒细胞或干细胞治疗的方法，该方法包括：
a.将可从受试者获得的样品中包含的粒细胞的一种或多种基因的测量表达水平与参考标准中相同的一种或多种基因的表达水平进行比较，其中一种或多种基因与治疗癌症的适用性相关并且选自：GM2A、CTSG、CAP37、ITGB1、CYBB、SYK、DOCK8、COMP、ATG7、SLC2A1、GZMK、ATM、IKBKB、BCAP31、TAPBP、PPP3CB、ANXA1、PERM、PLEC、ACSL1、RAC1和PSMB2；和b.基于比较鉴定受试者是否适于使用用于治疗癌症的粒细胞或干细胞治疗。5.一种用于确定受试者发展癌症的风险的方法，该方法包括：a.将可从受试者获得的样品中包含的粒细胞的一种或多种基因的测量表达水平与参考标准中相同的一种或多种基因的表达水平进行比较，其中一种或多种基因与治疗癌症的适用性相关并且选自：GM2A、CTSG、CAP37、ITGB1、CYBB、SYK、DOCK8、COMP、ATG7、SLC2A1、GZMK、ATM、IKBKB、BCAP31、TAPBP、PPP3CB、ANXA1、PERM、PLEC、ACSL1、RAC1和PSMB2；和b.基于比较确定受试者发展癌症的风险。6.根据权利要求4或5的方法，其中步骤b.包括：出现以下情况时，鉴定受试者为适于使用用于治疗癌症的粒细胞或干细胞治疗或确定受试者处于发展癌症的风险中：i.与参考标准相比时，参考标准来自不适用于治疗癌症的粒细胞时，GM2A、CTSG、CAP37、ITGB1、CYBB、SYK、DOCK8、COMP、ATG7、SLC2A1、GZMK、ATM、IKBKB、BCAP31、TAPBP、PERM、PLEC、ACSL1、RAC1和PSMB2中的一种或多种的测量表达水平降低或相同；或ii.与参考标准相比时，参考标准来自不适用于治疗癌症的粒细胞时，ANXA1和/或PPP3CB的测量表达水平增加或相同；或iii.与参考标准相比时，参考标准来自适用于治疗癌症的粒细胞时，GM2A、CTSG、CAP37、ITGB1、CYBB、SYK、DOCK8、COMP、ATG7、SLC2A1、GZMK、ATM、IKBKB、BCAP31、TAPBP、PERM、PLEC、ACSL1、RAC1和PSMB2中的一种或多种的测量表达水平降低；或iv.与参考标准相比时，参考标准来自适用于治疗癌症的粒细胞时，ANXA1和/或PPP3CB的测量表达水平增加；或出现以下情况时，鉴定受试者为不适于使用用于治疗癌症的粒细胞或干细胞治疗或确定受试者未处于发展癌症的风险中：v.与参考标准相比时，参考标准来自不适用于治疗癌症的粒细胞时，GM2A、CTSG、CAP37、ITGB1、CYBB、SYK、DOCK8、COMP、ATG7、SLC2A1、GZMK、ATM、IKBKB、BCAP31、TAPBP、PERM、PLEC、ACSL1、RAC1和PSMB2中的一种或多种的测量表达水平增加；或vi.与参考标准相比时，参考标准来自不适用于治疗癌症的粒细胞时，ANXA1和/或PPP3CB的测量表达水平降低；或vii.与参考标准相比时，参考标准来自适用于治疗癌症的粒细胞时，GM2A、CTSG、CAP37、ITGB1、CYBB、SYK、DOCK8、COMP、ATG7、SLC2A1、GZMK、ATM、IKBKB、BCAP31、TAPBP、PERM、PLEC、ACSL1、RAC1和PSMB2中的一种或多种的测量表达水平增加或相同；或viii.与参考标准相比时，参考标准来自适用于治疗癌症的粒细胞时，ANXA1和/或PPP3CB的测量表达水平降低或相同。7.根据之前任一项权利要求的方法，其中该方法进一步包括测量一种或多种基因的表达。8.根据之前任一项权利要求的方法，其中粒细胞是嗜中性粒细胞。
9.根据之前任一项权利要求的方法，进一步包括测量选自S100A9和S100A8的一种或多种基因的表达水平。10.根据之前任一项权利要求的方法，其中一种或多种与用于治疗癌症的适用性相关的基因是与以下相关的一种或多种基因：a.杀灭癌细胞并选自：GM2A、CTSG、CAP37、CYBB、GZMK、ATM、PERM、ACSL1、ATG7、SYK、DOCK8、RAC1和PSMB2，和/或b.定位和/或结合癌细胞并选自：ANXA1、ITGB1、COMP、SLC2A1和PLEC；和/或c.免疫介质的募集并选自：BCAP31、TAPBP、IKBKB和PPP3CB。11.根据之前任一项权利要求的方法，其中通过蛋白质组学技术来测量表达水平。12.根据之前任一项权利要求的方法，其中通过转录组学技术来测量表达水平。13.根据权利要求1
‑
3或7
‑
12任一项的方法，进一步包括当粒细胞已被确定为适用于治疗癌症时选择粒细胞，或者当供体已被鉴定为产生用于治疗癌症的粒细胞的供体时从可从供体获得的样品中选择粒细胞，优选其中选择包括分离粒细胞。14.一种用于获得用于治疗癌症的粒细胞的体外方法，所述方法包括从可从供体获得的样品获得粒细胞，其中所述供体产生粒细胞，所述粒细胞包括：a.与参考标准相比时，ITGB1、CYBB、SYK、DOCK8、COMP、ATG7、SLC2A1、GZMK、CTSG、ATM、IKBKB、BCAP31、TAPBP、PERM、PLEC、ACSL1、RAC1、GM2A、CAP37和PSMB2中的一种或多种的表达增加，其中参考标准来自不适用于治疗癌症的粒细胞；和/或b.与参考标准相比时，ANXA1和/或PPP3CB的表达降低，其中参考标准来自不适用于治疗癌症的粒细胞。15.一种用于获得用于治疗癌症的干细胞的体外方法，所述方法包括从可从供体获得的样品获得干细胞，其中所述供体产生粒细胞，所述粒细胞包括：a.与参考标准相比时，ITGB1、CYBB、SYK、DOCK8、COMP、ATG7、SLC2A1、GZMK、CTSG、ATM、IKBKB、BCAP31、TAPBP、PERM、PLEC、ACSL1、RAC1、GM2A、CAP37和PSMB2中的一种或多种的表达增加，其中参考标准来自不适用于治疗癌症的粒细胞；和/或b.与参考标准相比时，ANXA1和/或PPP3CB的表达降低，其中参考标准来自不适用于治疗癌症的粒细胞。16.一种制备适用于治疗癌症的干细胞的方法，该方法包括：a.根据权利要求2
‑
3或7
‑
13任一项的方法鉴定产生适用于治疗癌症的粒细胞的供体；和b.从可从所述供体获得的样品获得干细胞。17.一种用于生产用于治疗...

【专利技术属性】
技术研发人员：A，
申请(专利权)人：LIFT生物科学有限公司，
类型：发明
国别省市：